ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.012, 0.037, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.120, 0.260, 0.401, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.260 std_dev=0.141
C2' A 0, 0.117, 0.272, 0.427, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.272 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.170, 0.384, 0.598, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.384 std_dev=0.214
C4' A 0, 0.208, 0.431, 0.654, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.431 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.205, 0.443, 0.681, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.443 std_dev=0.238
C3' A 0, 0.212, 0.468, 0.723, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.468 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.252, 0.512, 0.771, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.512 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.074, 0.351, 0.627, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.351 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.298, 0.615, 0.931, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.615 std_dev=0.317
N9 B 0, 0.272, 0.616, 0.960, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.616 std_dev=0.344
C5' A 0, 0.358, 0.706, 1.054, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.706 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.343, 0.712, 1.081, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.712 std_dev=0.369
O3' A 0, 0.291, 0.667, 1.044, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.667 std_dev=0.377
O5' A 0, 0.283, 0.680, 1.076, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.680 std_dev=0.397
N6 B 0, 0.442, 0.890, 1.337, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.890 std_dev=0.448
N3 B 0, 0.427, 0.934, 1.440, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.934 std_dev=0.506
N1 B 0, 0.438, 0.973, 1.508, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.973 std_dev=0.535
P A 0, 0.232, 0.776, 1.320, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.776 std_dev=0.544
C1' B 0, 0.415, 0.970, 1.525, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.970 std_dev=0.555
C2 B 0, 0.468, 1.046, 1.625, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.046 std_dev=0.579
OP1 A 0, 0.116, 0.901, 1.685, 2.506 max_d=2.506 avg_d=0.901 std_dev=0.784
O4' B 0, 0.586, 1.383, 2.180, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.383 std_dev=0.797
C4' B 0, 0.389, 1.373, 2.357, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.373 std_dev=0.984
OP2 A 0, 0.271, 1.409, 2.548, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.409 std_dev=1.138
C2' B 0, 0.754, 2.031, 3.308, 3.491 max_d=3.491 avg_d=2.031 std_dev=1.277
C3' B 0, 0.484, 1.894, 3.305, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.894 std_dev=1.410
O3' B 0, 0.762, 2.483, 4.204, 4.355 max_d=4.355 avg_d=2.483 std_dev=1.721
O2' B 0, 1.334, 3.393, 5.452, 5.456 max_d=5.456 avg_d=3.393 std_dev=2.059
C5' B 0, 1.127, 3.333, 5.539, 6.028 max_d=6.028 avg_d=3.333 std_dev=2.206
O5' B 0, 1.740, 4.368, 6.996, 7.205 max_d=7.205 avg_d=4.368 std_dev=2.628
OP2 B 0, 3.254, 6.975, 10.696, 10.874 max_d=10.874 avg_d=6.975 std_dev=3.721
P B 0, 2.359, 6.384, 10.410, 10.335 max_d=10.335 avg_d=6.384 std_dev=4.025
OP1 B 0, 3.215, 7.756, 12.296, 11.824 max_d=11.824 avg_d=7.756 std_dev=4.541

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.22 0.24 0.47 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.17 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.17 0.06 0.27 0.36 0.68 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.03 0.13 0.03 0.06 0.05 0.18 0.00 0.03 0.01 0.15 0.46 0.42 0.22
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.21 0.01 0.22 0.03 0.21 0.13 0.20 0.23 0.21 0.02 0.01 0.01 0.10 0.53 0.38 0.29
C4 0.03 0.01 0.05 0.21 0.00 0.14 0.01 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.24 0.04 0.29 0.46 0.91 0.22
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.10 0.15 0.04 0.15 0.02 0.00 0.05 0.16 0.33 0.08
C5 0.02 0.02 0.11 0.22 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.25 0.04 0.29 0.41 0.98 0.23
C5' 0.06 0.13 0.03 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.25 0.15 0.18 0.26 0.08 0.11 0.08 0.05 0.02 0.26 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.21 0.02 0.16 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.23 0.04 0.27 0.32 0.84 0.17
N1 0.02 0.00 0.03 0.13 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.26 0.30 0.66 0.10
N3 0.03 0.01 0.06 0.20 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.22 0.05 0.29 0.43 0.79 0.17
N4 0.04 0.02 0.05 0.23 0.01 0.15 0.02 0.26 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.27 0.05 0.31 0.52 0.96 0.26
O2 0.03 0.00 0.18 0.21 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.22 0.07 0.25 0.35 0.59 0.09
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.15 0.13 0.11 0.11 0.07 0.12 0.13 0.14 0.00 0.03 0.12 0.07 0.41 0.36 0.20
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.24 0.02 0.25 0.08 0.23 0.13 0.22 0.27 0.22 0.03 0.00 0.02 0.25 0.70 0.42 0.39
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.12 0.02 0.00 0.25 0.33 0.36 0.14
O5' 0.22 0.27 0.15 0.10 0.29 0.05 0.29 0.02 0.27 0.26 0.29 0.31 0.25 0.07 0.25 0.25 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 0.36 0.46 0.53 0.46 0.16 0.41 0.26 0.32 0.30 0.43 0.52 0.35 0.41 0.70 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.68 0.42 0.38 0.91 0.33 0.98 0.36 0.84 0.66 0.79 0.96 0.59 0.36 0.42 0.36 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.22 0.29 0.22 0.08 0.23 0.03 0.17 0.10 0.17 0.26 0.09 0.20 0.39 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.13 0.64 0.66 0.19 0.37 0.22 0.64 0.18 0.28 0.13 0.16 0.23 0.30 0.22 0.65 0.79 0.72 1.26 2.07 0.90 1.47
C2 0.29 0.26 0.41 0.67 0.25 0.23 0.18 0.17 0.16 0.16 0.18 0.30 0.24 0.19 0.24 0.23 0.61 0.50 0.71 1.26 0.37 0.73
C2' 0.15 0.15 0.77 0.82 0.18 0.26 0.26 0.56 0.26 0.29 0.18 0.15 0.35 0.36 0.18 0.85 1.05 0.67 1.13 2.05 0.87 1.40
C3' 0.14 0.08 0.96 0.95 0.07 0.22 0.16 0.51 0.18 0.15 0.11 0.10 0.29 0.23 0.08 1.16 1.25 0.65 0.93 1.82 0.79 1.20
C4 0.45 0.22 0.41 0.78 0.23 0.46 0.11 0.69 0.26 0.12 0.18 0.35 0.45 0.14 0.28 0.43 0.60 0.44 0.24 0.22 1.15 0.34
C4' 0.20 0.19 1.01 0.83 0.14 0.31 0.10 0.76 0.10 0.10 0.14 0.21 0.14 0.13 0.14 1.30 1.12 0.66 1.16 2.12 1.11 1.48
C5 0.48 0.22 0.53 0.90 0.20 0.53 0.14 0.73 0.28 0.16 0.28 0.27 0.40 0.12 0.29 0.43 0.73 0.53 0.37 0.27 1.15 0.45
C5' 0.47 0.45 1.25 1.06 0.40 0.35 0.32 0.62 0.31 0.31 0.38 0.47 0.26 0.27 0.40 1.61 1.38 0.62 0.80 1.58 0.89 1.07
C6 0.40 0.18 0.61 0.89 0.19 0.42 0.13 0.41 0.18 0.22 0.19 0.22 0.26 0.16 0.28 0.45 0.80 0.64 0.48 0.75 0.61 0.38
N1 0.30 0.15 0.55 0.75 0.21 0.29 0.17 0.27 0.14 0.23 0.11 0.22 0.21 0.22 0.25 0.41 0.73 0.62 0.79 1.34 0.40 0.82
N3 0.37 0.30 0.34 0.68 0.26 0.31 0.11 0.38 0.13 0.12 0.13 0.38 0.34 0.14 0.26 0.29 0.55 0.43 0.35 0.71 0.69 0.23
N4 0.48 0.24 0.40 0.76 0.22 0.55 0.15 0.94 0.35 0.10 0.26 0.39 0.59 0.16 0.28 0.61 0.57 0.39 0.45 0.40 1.62 0.76
O2 0.22 0.32 0.38 0.58 0.26 0.19 0.24 0.26 0.26 0.16 0.30 0.31 0.29 0.21 0.20 0.21 0.57 0.50 0.98 1.69 0.51 1.12
O2' 0.23 0.22 0.62 0.58 0.27 0.49 0.35 0.93 0.33 0.40 0.26 0.21 0.40 0.45 0.28 0.74 0.85 0.82 1.56 2.71 1.40 1.98
O3' 0.16 0.08 1.01 0.93 0.07 0.25 0.16 0.62 0.19 0.13 0.12 0.10 0.32 0.22 0.07 1.31 1.30 0.66 0.99 2.02 0.98 1.36
O4' 0.10 0.14 0.80 0.67 0.08 0.40 0.09 0.79 0.11 0.10 0.12 0.13 0.14 0.14 0.06 0.93 0.82 0.72 1.32 2.15 1.06 1.55
O5' 0.32 0.56 1.25 1.29 0.41 0.38 0.37 0.45 0.44 0.19 0.53 0.52 0.42 0.25 0.31 1.42 1.56 0.40 0.51 0.86 0.65 0.58
OP1 0.60 0.24 1.26 1.42 0.28 1.16 0.21 1.38 0.11 0.45 0.16 0.29 0.11 0.31 0.43 1.45 1.75 0.88 1.30 1.17 1.59 1.34
OP2 0.92 1.34 1.23 1.39 1.14 0.65 1.09 0.83 1.18 0.87 1.30 1.28 1.13 0.92 0.99 1.45 1.63 0.69 0.94 0.83 1.24 1.01
P 0.27 0.59 1.14 1.31 0.43 0.49 0.39 0.65 0.47 0.22 0.56 0.55 0.45 0.28 0.30 1.35 1.71 0.28 0.71 0.55 0.94 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.49 0.63 0.22 0.43
C2 0.06 0.00 0.12 0.57 0.03 0.82 0.02 1.29 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.61 0.21 0.66 0.69 0.72 1.66 0.99
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.20 0.05 0.08 0.09 0.12 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.64 0.64 0.61 0.66
C3' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.36 0.00 0.32 0.02 0.42 0.05 0.54 0.51 0.39 0.16 0.16 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.26 0.18
C4 0.01 0.03 0.06 0.36 0.00 0.39 0.00 0.52 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.14 0.31 0.22 0.46 0.54 0.21
C4' 0.01 0.82 0.03 0.00 0.39 0.00 0.21 0.02 0.39 0.29 0.65 0.78 0.29 0.14 0.05 0.24 0.02 0.01 0.03 0.17 0.11 0.05
C5 0.01 0.02 0.03 0.32 0.00 0.21 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.15 0.12 0.59 0.96 0.37 0.60
C5' 0.07 1.29 0.20 0.02 0.52 0.02 0.25 0.00 0.55 0.60 1.01 1.16 0.39 0.38 0.09 0.08 0.20 0.03 0.02 0.23 0.16 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.39 0.01 0.55 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.20 0.26 0.29 0.60 0.69 0.30
C8 0.02 0.04 0.08 0.05 0.01 0.29 0.00 0.60 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.32 1.38 1.84 0.97 1.49
N1 0.04 0.00 0.09 0.54 0.02 0.65 0.02 1.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.56 0.22 0.49 0.34 0.33 1.33 0.59
N3 0.05 0.01 0.12 0.51 0.01 0.78 0.00 1.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.56 0.16 0.67 0.57 0.54 1.33 0.79
N6 0.01 0.01 0.04 0.39 0.01 0.29 0.01 0.39 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.42 0.21 0.17 0.49 0.91 0.56 0.52
N7 0.02 0.03 0.05 0.16 0.00 0.14 0.00 0.38 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.12 0.18 1.22 1.77 0.79 1.37
N9 0.01 0.05 0.02 0.16 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.15 0.14 0.01 0.72 0.97 0.32 0.69
O2' 0.03 0.61 0.00 0.01 0.39 0.24 0.33 0.08 0.44 0.12 0.56 0.56 0.42 0.17 0.15 0.00 0.06 0.17 0.34 0.33 0.52 0.43
O3' 0.28 0.21 0.02 0.00 0.14 0.02 0.15 0.20 0.20 0.12 0.22 0.16 0.21 0.12 0.14 0.06 0.00 0.23 0.26 0.39 0.17 0.27
O4' 0.01 0.66 0.02 0.01 0.31 0.01 0.12 0.03 0.26 0.32 0.49 0.67 0.17 0.18 0.01 0.17 0.23 0.00 0.21 0.44 0.15 0.11
O5' 0.49 0.69 0.64 0.20 0.22 0.03 0.59 0.02 0.29 1.38 0.34 0.57 0.49 1.22 0.72 0.34 0.26 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.63 0.72 0.64 0.19 0.46 0.17 0.96 0.23 0.60 1.84 0.33 0.54 0.91 1.77 0.97 0.33 0.39 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 1.66 0.61 0.26 0.54 0.11 0.37 0.16 0.69 0.97 1.33 1.33 0.56 0.79 0.32 0.52 0.17 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.99 0.66 0.18 0.21 0.05 0.60 0.03 0.30 1.49 0.59 0.79 0.52 1.37 0.69 0.43 0.27 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00