ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49620

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4' A 0, 0.020, 0.064, 0.107, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.064 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.009, 0.052, 0.096, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.052 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.031, 0.075, 0.119, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.075 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.003, 0.070, 0.138, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.070 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.053, 0.128, 0.204, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.128 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.018, 0.112, 0.206, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.112 std_dev=0.094
P A 0, 0.089, 0.193, 0.298, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.193 std_dev=0.104
O2' A 0, 0.006, 0.116, 0.226, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.116 std_dev=0.110
OP2 A 0, 0.080, 0.205, 0.330, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.205 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.025, 0.154, 0.283, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.154 std_dev=0.129
OP1 A 0, 0.075, 0.235, 0.395, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.235 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.193, 0.416, 0.639, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.416 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.200, 0.427, 0.654, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.427 std_dev=0.227
C8 B 0, 0.208, 0.438, 0.668, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.438 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.209, 0.446, 0.683, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.446 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.213, 0.459, 0.705, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.459 std_dev=0.246
N6 B 0, 0.229, 0.480, 0.732, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.480 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.174, 0.427, 0.679, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.427 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.219, 0.473, 0.727, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.473 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.214, 0.469, 0.723, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.469 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.226, 0.493, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.493 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.230, 0.501, 0.771, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.501 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.235, 0.534, 0.832, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.534 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.224, 0.548, 0.871, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.548 std_dev=0.324
C5' B 0, 0.211, 0.543, 0.875, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.543 std_dev=0.332
C2' B 0, 0.275, 0.633, 0.991, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.633 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.238, 0.602, 0.966, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.602 std_dev=0.364
C3' B 0, 0.300, 0.692, 1.084, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.692 std_dev=0.392
O2' B 0, 0.321, 0.740, 1.160, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.740 std_dev=0.420
OP2 B 0, 0.264, 0.688, 1.112, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.688 std_dev=0.424
O3' B 0, 0.328, 0.755, 1.183, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.755 std_dev=0.427
P B 0, 0.302, 0.735, 1.168, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.735 std_dev=0.433
OP1 B 0, 0.411, 0.949, 1.486, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.949 std_dev=0.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.08 0.06
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.06
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.09 0.08 0.03 0.08 0.02 0.06 0.07 0.10 0.09 0.05 0.09 0.06 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09
C2 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.10 0.09 0.10 0.06 0.13 0.06 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09
C2' 0.10 0.06 0.09 0.09 0.04 0.09 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.03 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10
C3' 0.10 0.04 0.09 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.02 0.11 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08
C4 0.04 0.08 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.09 0.05 0.10 0.04 0.14 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.10 0.11 0.09
C4' 0.11 0.05 0.11 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.02 0.12 0.06 0.04 0.03 0.08 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.09
C5 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.09 0.07 0.11 0.04 0.14 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.10 0.11 0.09
C5' 0.15 0.02 0.14 0.14 0.10 0.13 0.09 0.12 0.05 0.15 0.02 0.06 0.05 0.12 0.14 0.15 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10
C6 0.06 0.08 0.06 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.09 0.09 0.11 0.03 0.12 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08
N1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.09 0.10 0.10 0.04 0.12 0.06 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09
N3 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.10 0.07 0.10 0.05 0.14 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09
N4 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.09 0.04 0.11 0.05 0.14 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.10 0.12 0.09
O2 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10
O2' 0.12 0.05 0.11 0.11 0.04 0.12 0.04 0.12 0.06 0.11 0.08 0.04 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.16 0.15 0.14 0.15
O3' 0.09 0.06 0.07 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.05 0.07
O4' 0.10 0.08 0.10 0.09 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.12 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09
O5' 0.15 0.09 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.10 0.09 0.17 0.06 0.11 0.08 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.08
OP1 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.11 0.13 0.16 0.13 0.14 0.12 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07
OP2 0.11 0.04 0.11 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.05 0.07 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08
P 0.14 0.09 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.10 0.16 0.07 0.10 0.10 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.08 0.06
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.08 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.09 0.07
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.10 0.10 0.08
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00