ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49621

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.014, 0.049, 0.083, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.017, 0.055, 0.093, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.055 std_dev=0.038
O4' A 0, -0.006, 0.353, 0.711, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.353 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.071, 0.472, 0.874, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.472 std_dev=0.402
C2' A 0, -0.044, 0.368, 0.780, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.368 std_dev=0.412
C5 B 0, 0.100, 0.525, 0.949, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.525 std_dev=0.424
N1 B 0, -0.059, 0.404, 0.866, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.404 std_dev=0.463
C2 B 0, 0.082, 0.577, 1.072, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.577 std_dev=0.495
C4 B 0, 0.096, 0.596, 1.095, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.596 std_dev=0.499
N3 B 0, 0.148, 0.712, 1.275, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.712 std_dev=0.563
O2' A 0, 0.102, 0.714, 1.326, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.714 std_dev=0.612
C4' A 0, 0.019, 0.643, 1.268, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.643 std_dev=0.625
N7 B 0, 0.162, 0.845, 1.528, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.845 std_dev=0.683
N6 B 0, 0.156, 0.843, 1.531, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.843 std_dev=0.688
C5' A 0, -0.156, 0.568, 1.292, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.568 std_dev=0.724
C3' A 0, 0.141, 0.889, 1.638, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.889 std_dev=0.748
N9 B 0, 0.128, 0.886, 1.645, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.886 std_dev=0.758
C8 B 0, 0.164, 0.976, 1.789, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.976 std_dev=0.813
OP1 A 0, 0.176, 1.013, 1.850, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.013 std_dev=0.837
C2' B 0, 0.147, 1.161, 2.176, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.161 std_dev=1.014
O5' A 0, 0.187, 1.207, 2.227, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.207 std_dev=1.020
C1' B 0, 0.203, 1.242, 2.281, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.242 std_dev=1.039
O3' A 0, 0.196, 1.348, 2.499, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.348 std_dev=1.152
O2' B 0, 0.252, 1.425, 2.599, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.425 std_dev=1.174
P A 0, 0.218, 1.623, 3.029, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.623 std_dev=1.406
O4' B 0, 0.195, 1.827, 3.458, 4.207 max_d=4.207 avg_d=1.827 std_dev=1.631
C3' B 0, -0.168, 1.489, 3.147, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.489 std_dev=1.658
C4' B 0, 0.156, 2.076, 3.997, 5.066 max_d=5.066 avg_d=2.076 std_dev=1.921
O3' B 0, -0.303, 1.640, 3.582, 5.281 max_d=5.281 avg_d=1.640 std_dev=1.943
OP2 A 0, 0.454, 2.581, 4.707, 4.725 max_d=4.725 avg_d=2.581 std_dev=2.126
C5' B 0, 0.255, 2.857, 5.458, 6.873 max_d=6.873 avg_d=2.857 std_dev=2.602
O5' B 0, 0.246, 2.882, 5.518, 7.028 max_d=7.028 avg_d=2.882 std_dev=2.636
P B 0, 0.500, 3.622, 6.745, 7.991 max_d=7.991 avg_d=3.622 std_dev=3.123
OP2 B 0, 0.515, 3.794, 7.073, 8.415 max_d=8.415 avg_d=3.794 std_dev=3.279
OP1 B 0, 0.670, 3.950, 7.230, 7.910 max_d=7.910 avg_d=3.950 std_dev=3.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.30 0.00 0.36 0.27 0.34 0.36
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.16 0.31 0.12 0.58 0.45 0.57 0.61
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.19 0.09 0.02 0.11 0.06 0.19 0.01 0.11 0.03 0.42 0.58 0.45 0.55
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.33 0.00 0.37 0.03 0.34 0.20 0.23 0.35 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.24 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.22 0.34 0.03 0.76 0.60 0.94 0.87
C4' 0.01 0.07 0.04 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.19 0.06 0.06 0.11 0.13 0.27 0.09 0.00 0.02 0.22 0.31 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.37 0.00 0.18 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.38 0.08 0.79 0.60 1.00 0.90
C5' 0.10 0.11 0.19 0.03 0.11 0.00 0.19 0.00 0.20 0.10 0.11 0.12 0.15 0.08 0.14 0.01 0.01 0.35 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.34 0.01 0.19 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.12 0.70 0.51 0.79 0.75
N1 0.00 0.01 0.02 0.20 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.56 0.42 0.55 0.57
N3 0.02 0.00 0.11 0.23 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.31 0.10 0.68 0.53 0.75 0.75
N4 0.02 0.02 0.06 0.35 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.37 0.04 0.81 0.65 1.07 0.96
O2 0.04 0.00 0.19 0.07 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.41 0.18 0.49 0.38 0.45 0.50
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.22 0.27 0.29 0.08 0.29 0.15 0.19 0.24 0.23 0.00 0.15 0.18 0.36 0.66 0.42 0.57
O3' 0.30 0.31 0.11 0.01 0.34 0.09 0.38 0.14 0.33 0.26 0.31 0.37 0.41 0.15 0.00 0.23 0.36 0.22 0.47 0.30
O4' 0.00 0.12 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.10 0.04 0.18 0.18 0.23 0.00 0.29 0.29 0.28 0.26
O5' 0.36 0.58 0.42 0.04 0.76 0.02 0.79 0.01 0.70 0.56 0.68 0.81 0.49 0.36 0.36 0.29 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.27 0.45 0.58 0.13 0.60 0.22 0.60 0.35 0.51 0.42 0.53 0.65 0.38 0.66 0.22 0.29 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.34 0.57 0.45 0.24 0.94 0.31 1.00 0.30 0.79 0.55 0.75 1.07 0.45 0.42 0.47 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.36 0.61 0.55 0.21 0.87 0.08 0.90 0.01 0.75 0.57 0.75 0.96 0.50 0.57 0.30 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 0.27 0.51 0.39 0.34 0.68 0.10 0.89 0.11 0.27 0.13 0.41 0.32 0.10 0.43 0.68 0.37 0.82 0.85 0.39 1.24 0.94
C2 0.46 0.18 0.43 0.35 0.33 0.43 0.24 0.52 0.12 0.37 0.13 0.29 0.18 0.27 0.41 0.47 0.39 0.55 0.53 0.49 0.67 0.43
C2' 0.41 0.32 0.61 0.23 0.25 0.46 0.14 0.80 0.21 0.09 0.25 0.36 0.31 0.09 0.26 0.90 0.37 0.64 0.77 0.62 1.32 1.06
C3' 0.27 0.40 0.47 0.08 0.19 0.58 0.24 1.08 0.27 0.31 0.26 0.42 0.43 0.44 0.09 0.86 0.10 0.67 1.12 1.20 1.76 1.55
C4 0.22 0.21 0.46 0.51 0.21 0.10 0.23 0.14 0.27 0.22 0.28 0.18 0.29 0.23 0.21 0.35 0.63 0.24 0.44 0.86 0.24 0.45
C4' 0.29 0.25 0.36 0.21 0.14 0.64 0.42 1.05 0.45 0.43 0.27 0.30 0.65 0.63 0.08 0.71 0.15 0.71 1.06 0.96 1.56 1.37
C5 0.20 0.32 0.51 0.51 0.20 0.06 0.18 0.09 0.25 0.12 0.33 0.25 0.25 0.12 0.16 0.45 0.67 0.34 0.27 0.63 0.06 0.25
C5' 0.25 0.37 0.65 0.20 0.42 0.36 0.63 0.79 0.58 0.73 0.40 0.38 0.70 0.82 0.45 0.94 0.31 0.46 0.74 0.93 1.13 1.07
C6 0.31 0.32 0.49 0.34 0.23 0.23 0.13 0.34 0.18 0.13 0.27 0.33 0.20 0.07 0.22 0.54 0.50 0.50 0.17 0.28 0.45 0.21
N1 0.46 0.26 0.46 0.30 0.31 0.43 0.15 0.55 0.11 0.25 0.17 0.35 0.22 0.12 0.36 0.55 0.37 0.61 0.47 0.12 0.75 0.45
N3 0.34 0.15 0.41 0.40 0.27 0.25 0.27 0.31 0.20 0.33 0.18 0.20 0.21 0.30 0.32 0.36 0.47 0.36 0.46 0.80 0.39 0.41
N4 0.13 0.21 0.48 0.65 0.18 0.21 0.26 0.33 0.32 0.21 0.30 0.13 0.40 0.26 0.17 0.29 0.78 0.10 0.70 1.17 0.55 0.79
O2 0.58 0.18 0.47 0.46 0.40 0.64 0.30 0.78 0.12 0.50 0.13 0.33 0.25 0.38 0.52 0.51 0.44 0.71 0.81 0.61 1.00 0.74
O2' 0.81 0.29 0.79 0.60 0.42 0.93 0.19 1.20 0.08 0.48 0.15 0.45 0.29 0.26 0.59 1.08 0.63 1.08 1.16 1.01 1.66 1.40
O3' 0.26 0.43 0.36 0.30 0.22 0.79 0.44 1.39 0.51 0.45 0.41 0.42 0.74 0.65 0.12 0.78 0.19 0.77 1.46 1.67 2.20 1.99
O4' 0.57 0.23 0.47 0.39 0.20 0.69 0.21 0.89 0.35 0.13 0.19 0.39 0.59 0.35 0.28 0.68 0.38 0.80 0.84 0.37 1.22 0.93
O5' 0.36 1.07 0.90 0.47 0.73 0.62 0.72 1.17 0.81 0.64 0.97 0.96 0.78 0.70 0.54 1.15 0.55 0.62 1.03 1.54 1.42 1.47
OP1 0.29 0.95 0.59 0.08 0.43 0.86 0.31 1.29 0.52 0.19 0.80 0.84 0.47 0.11 0.14 0.90 0.30 1.02 0.94 1.41 1.10 1.25
OP2 0.98 1.13 1.32 1.19 0.87 1.47 0.85 2.11 0.82 1.19 0.99 1.01 0.77 1.05 0.99 1.66 1.22 1.27 1.94 2.76 2.25 2.44
P 0.29 1.18 0.88 0.50 0.63 0.88 0.57 1.47 0.73 0.55 1.02 1.01 0.67 0.52 0.42 1.21 0.60 0.84 1.22 1.89 1.49 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.56 0.06 0.13
C2 0.02 0.00 0.27 0.58 0.01 0.41 0.01 0.65 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.58 0.21 0.96 1.60 0.82 1.17
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.19 0.28 0.06 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.37 0.12 0.09
C3' 0.00 0.58 0.00 0.00 0.24 0.00 0.09 0.01 0.20 0.38 0.42 0.57 0.12 0.28 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.12 0.24 0.00 0.18 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.21 0.11 0.45 1.14 0.26 0.58
C4' 0.01 0.41 0.01 0.00 0.18 0.00 0.09 0.00 0.17 0.29 0.31 0.39 0.12 0.21 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.38 1.06 0.35 0.44
C5' 0.04 0.65 0.02 0.01 0.29 0.00 0.22 0.00 0.31 0.48 0.52 0.59 0.26 0.39 0.16 0.02 0.05 0.01 0.00 0.11 0.22 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.19 0.11 0.50 1.30 0.35 0.66
C8 0.01 0.01 0.16 0.38 0.01 0.29 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.36 0.13 0.72 0.47 0.86 0.58
N1 0.02 0.00 0.19 0.42 0.01 0.31 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.42 0.17 0.78 1.55 0.62 1.01
N3 0.03 0.00 0.28 0.57 0.00 0.39 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.54 0.20 0.86 1.43 0.69 1.01
N6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.12 0.02 0.26 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.13 0.09 0.43 1.23 0.41 0.56
N7 0.00 0.01 0.12 0.28 0.00 0.21 0.01 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.29 0.06 0.61 0.67 0.83 0.52
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.27 0.73 0.27 0.21
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.09 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.28 0.06 0.07
O3' 0.01 0.58 0.01 0.01 0.21 0.02 0.10 0.05 0.19 0.36 0.42 0.54 0.13 0.29 0.07 0.02 0.00 0.01 0.11 0.13 0.08 0.08
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.13 0.17 0.20 0.09 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.50 0.12 0.13
O5' 0.11 0.96 0.05 0.04 0.45 0.01 0.38 0.00 0.50 0.72 0.78 0.86 0.43 0.61 0.27 0.02 0.11 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.56 1.60 0.37 0.17 1.14 0.15 1.06 0.11 1.30 0.47 1.55 1.43 1.23 0.67 0.73 0.28 0.13 0.50 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.82 0.12 0.09 0.26 0.10 0.35 0.22 0.35 0.86 0.62 0.69 0.41 0.83 0.27 0.06 0.08 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 1.17 0.09 0.06 0.58 0.05 0.44 0.00 0.66 0.58 1.01 1.01 0.56 0.52 0.21 0.07 0.08 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00