ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49622

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.028, 0.133, 0.237, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.133 std_dev=0.104
O4' A 0, -0.014, 0.107, 0.228, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.107 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.044, 0.166, 0.288, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.166 std_dev=0.122
C4' A 0, -0.003, 0.146, 0.295, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.146 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.019, 0.183, 0.347, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.183 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.069, 0.257, 0.446, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.257 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.071, 0.281, 0.490, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.281 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.213, 0.454, 0.696, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.454 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.192, 0.434, 0.677, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.434 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.215, 0.463, 0.710, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.463 std_dev=0.248
N6 B 0, 0.191, 0.442, 0.694, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.442 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.207, 0.461, 0.715, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.461 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.133, 0.388, 0.644, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.388 std_dev=0.256
P A 0, 0.044, 0.301, 0.558, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.301 std_dev=0.257
C5' A 0, -0.004, 0.255, 0.513, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.255 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.229, 0.488, 0.747, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.488 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.165, 0.426, 0.687, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.426 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.171, 0.435, 0.699, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.435 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.139, 0.405, 0.670, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.405 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.214, 0.506, 0.798, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.506 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.244, 0.545, 0.846, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.545 std_dev=0.301
C2' B 0, 0.303, 0.630, 0.957, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.630 std_dev=0.327
C8 B 0, 0.256, 0.594, 0.931, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.594 std_dev=0.337
N7 B 0, 0.242, 0.595, 0.948, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.595 std_dev=0.353
OP1 A 0, 0.250, 0.622, 0.993, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.622 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.307, 0.680, 1.053, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.680 std_dev=0.373
O2' B 0, 0.336, 0.711, 1.085, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.711 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.342, 0.723, 1.104, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.723 std_dev=0.381
C5' B 0, 0.200, 0.629, 1.057, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.629 std_dev=0.429
O3' B 0, 0.482, 1.006, 1.530, 1.479 max_d=1.479 avg_d=1.006 std_dev=0.524
P B 0, 0.427, 1.000, 1.574, 1.587 max_d=1.587 avg_d=1.000 std_dev=0.574
OP1 B 0, 0.416, 1.116, 1.816, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.116 std_dev=0.700
OP2 B 0, 0.464, 1.208, 1.953, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.208 std_dev=0.745

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.03 0.13 0.08 0.17 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.12 0.06 0.16 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.11 0.05 0.13 0.04
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.04
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.06 0.12 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.13 0.08 0.18 0.08
N4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.12 0.05 0.16 0.05
O2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.02 0.14 0.10 0.17 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.04 0.16 0.02 0.00 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.08 0.13 0.10
O5' 0.09 0.13 0.01 0.04 0.12 0.01 0.11 0.01 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.01 0.10 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.08 0.04 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.17 0.02 0.04 0.16 0.02 0.13 0.02 0.11 0.12 0.18 0.16 0.17 0.01 0.11 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.10 0.01 0.07 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.31 0.13 0.21 0.07 0.10 0.08 0.12 0.10 0.31 0.23 0.26 0.08 0.27 0.12 0.20 0.30 0.06 0.12 0.41 0.02 0.15
C2 0.17 0.21 0.12 0.12 0.06 0.09 0.17 0.08 0.05 0.40 0.15 0.14 0.12 0.41 0.20 0.20 0.20 0.15 0.09 0.27 0.16 0.05
C2' 0.05 0.29 0.16 0.24 0.08 0.13 0.07 0.16 0.08 0.25 0.22 0.25 0.06 0.23 0.07 0.25 0.36 0.03 0.14 0.48 0.07 0.20
C3' 0.12 0.24 0.05 0.18 0.04 0.09 0.11 0.15 0.05 0.30 0.16 0.18 0.08 0.28 0.15 0.14 0.30 0.05 0.11 0.43 0.04 0.16
C4 0.19 0.18 0.14 0.13 0.13 0.12 0.21 0.09 0.10 0.33 0.12 0.13 0.16 0.37 0.21 0.17 0.17 0.14 0.08 0.20 0.22 0.07
C4' 0.16 0.23 0.04 0.16 0.06 0.08 0.12 0.16 0.06 0.31 0.16 0.17 0.08 0.27 0.18 0.12 0.29 0.07 0.11 0.40 0.05 0.16
C5 0.19 0.27 0.16 0.13 0.11 0.10 0.17 0.05 0.05 0.31 0.19 0.18 0.09 0.31 0.20 0.19 0.18 0.12 0.12 0.24 0.16 0.06
C5' 0.24 0.16 0.18 0.05 0.12 0.05 0.17 0.11 0.08 0.34 0.09 0.10 0.10 0.31 0.24 0.25 0.17 0.13 0.05 0.30 0.07 0.08
C6 0.17 0.32 0.14 0.12 0.07 0.09 0.12 0.09 0.04 0.31 0.23 0.23 0.06 0.30 0.18 0.19 0.19 0.10 0.14 0.31 0.10 0.10
N1 0.16 0.28 0.12 0.14 0.03 0.08 0.12 0.06 0.05 0.35 0.21 0.21 0.08 0.33 0.18 0.18 0.22 0.10 0.10 0.33 0.09 0.08
N3 0.18 0.16 0.12 0.12 0.11 0.12 0.21 0.12 0.09 0.38 0.10 0.11 0.17 0.42 0.21 0.18 0.17 0.17 0.10 0.21 0.22 0.08
N4 0.19 0.13 0.15 0.15 0.15 0.14 0.22 0.13 0.15 0.31 0.09 0.11 0.21 0.34 0.21 0.17 0.18 0.15 0.08 0.15 0.28 0.11
O2 0.15 0.19 0.14 0.14 0.05 0.10 0.15 0.10 0.06 0.40 0.14 0.14 0.12 0.40 0.18 0.24 0.23 0.17 0.12 0.29 0.16 0.07
O2' 0.05 0.32 0.25 0.33 0.15 0.21 0.09 0.23 0.14 0.18 0.25 0.30 0.10 0.17 0.06 0.36 0.45 0.06 0.18 0.58 0.17 0.29
O3' 0.08 0.24 0.08 0.22 0.05 0.13 0.10 0.20 0.05 0.26 0.16 0.19 0.07 0.25 0.11 0.15 0.35 0.02 0.14 0.50 0.10 0.22
O4' 0.21 0.28 0.08 0.15 0.05 0.06 0.12 0.11 0.08 0.35 0.20 0.20 0.08 0.29 0.21 0.15 0.25 0.11 0.08 0.35 0.04 0.11
O5' 0.25 0.29 0.21 0.11 0.17 0.12 0.18 0.15 0.13 0.31 0.21 0.24 0.11 0.28 0.24 0.26 0.17 0.16 0.15 0.30 0.12 0.13
OP1 0.35 0.14 0.36 0.23 0.23 0.22 0.25 0.11 0.16 0.38 0.09 0.17 0.16 0.34 0.33 0.44 0.30 0.24 0.13 0.09 0.24 0.13
OP2 0.21 0.29 0.20 0.10 0.15 0.09 0.16 0.15 0.13 0.26 0.22 0.22 0.11 0.24 0.20 0.26 0.16 0.13 0.17 0.26 0.16 0.13
P 0.26 0.20 0.26 0.13 0.17 0.12 0.19 0.12 0.11 0.32 0.13 0.17 0.11 0.29 0.25 0.31 0.18 0.16 0.12 0.22 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.44 0.04 0.15
C2 0.04 0.00 0.11 0.08 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.04 0.16 0.18 0.31 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.09 0.11 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.38 0.14 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.31 0.18 0.09
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.12 0.29 0.18 0.07
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.34 0.08 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.12 0.29 0.16 0.06
C5' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.11 0.06 0.13 0.15 0.11 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.07 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.03 0.13 0.23 0.21 0.06
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.11 0.41 0.05 0.14
N1 0.04 0.00 0.09 0.08 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.04 0.15 0.17 0.28 0.12
N3 0.04 0.01 0.11 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04 0.16 0.22 0.27 0.13
N6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.09 0.04 0.13 0.23 0.20 0.04
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.12 0.36 0.09 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.10 0.38 0.09 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.07 0.08 0.05 0.11 0.06 0.13 0.12 0.11 0.06 0.05 0.00 0.03 0.07 0.09 0.37 0.21 0.11
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.09 0.03 0.11 0.09 0.09 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.09 0.32 0.27 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.10 0.40 0.03 0.16
O5' 0.09 0.16 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.13 0.11 0.15 0.16 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.44 0.18 0.38 0.31 0.29 0.34 0.29 0.16 0.23 0.41 0.17 0.22 0.23 0.36 0.38 0.37 0.32 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.31 0.14 0.18 0.18 0.08 0.16 0.07 0.21 0.05 0.28 0.27 0.20 0.09 0.09 0.21 0.27 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.15 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.01 0.06 0.14 0.12 0.13 0.04 0.11 0.11 0.11 0.17 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00