ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49625

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.018, 0.075, 0.132, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.075 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.016, 0.088, 0.159, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.030, 0.105, 0.180, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.105 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.037, 0.129, 0.222, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.129 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.135 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.050, 0.171, 0.293, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.171 std_dev=0.121
OP2 A 0, 0.056, 0.191, 0.326, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.191 std_dev=0.135
O5' A 0, 0.062, 0.222, 0.382, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.222 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.065, 0.227, 0.390, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.227 std_dev=0.163
P A 0, 0.045, 0.229, 0.413, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.229 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.057, 0.315, 0.574, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.315 std_dev=0.259
O3' B 0, 0.113, 0.385, 0.657, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.385 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.119, 0.415, 0.711, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.415 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.128, 0.471, 0.814, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.471 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.145, 0.501, 0.856, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.501 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.136, 0.493, 0.850, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.493 std_dev=0.357
O4' B 0, 0.147, 0.540, 0.932, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.540 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.144, 0.544, 0.945, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.544 std_dev=0.400
O2' B 0, 0.165, 0.566, 0.968, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.566 std_dev=0.401
C2 B 0, 0.145, 0.549, 0.952, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.549 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.163, 0.570, 0.978, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.570 std_dev=0.408
C4 B 0, 0.162, 0.572, 0.982, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.572 std_dev=0.410
N1 B 0, 0.163, 0.578, 0.992, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.578 std_dev=0.415
N9 B 0, 0.169, 0.585, 1.002, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.585 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.174, 0.598, 1.022, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.598 std_dev=0.424
C6 B 0, 0.176, 0.604, 1.032, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.604 std_dev=0.428
O5' B 0, 0.128, 0.559, 0.990, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.559 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.181, 0.617, 1.054, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.617 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.183, 0.625, 1.067, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.625 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.186, 0.634, 1.083, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.634 std_dev=0.449
OP2 B 0, 0.177, 0.693, 1.209, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.693 std_dev=0.516
P B 0, 0.216, 0.786, 1.356, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.786 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.291, 1.026, 1.761, 1.683 max_d=1.683 avg_d=1.026 std_dev=0.735

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.11 0.08
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.11 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.12 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.13 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.07 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.12 0.09
O5' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.02 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.11 0.04 0.02 0.11 0.04 0.12 0.02 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.04 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.02 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.23 0.15 0.11 0.17 0.11 0.16 0.10 0.19 0.07 0.22 0.21 0.18 0.11 0.13 0.18 0.11 0.12 0.07 0.11 0.09 0.06
C2 0.14 0.19 0.15 0.09 0.14 0.08 0.12 0.04 0.16 0.11 0.20 0.17 0.16 0.07 0.12 0.18 0.09 0.09 0.03 0.08 0.07 0.04
C2' 0.11 0.20 0.12 0.06 0.14 0.06 0.14 0.05 0.17 0.06 0.20 0.17 0.17 0.10 0.10 0.16 0.06 0.08 0.04 0.13 0.04 0.03
C3' 0.04 0.17 0.06 0.03 0.11 0.03 0.12 0.07 0.15 0.05 0.18 0.14 0.16 0.09 0.06 0.11 0.03 0.03 0.06 0.18 0.02 0.07
C4 0.15 0.14 0.15 0.10 0.09 0.08 0.07 0.05 0.07 0.17 0.15 0.09 0.06 0.13 0.14 0.16 0.08 0.09 0.12 0.15 0.12 0.12
C4' 0.07 0.19 0.08 0.07 0.13 0.07 0.13 0.07 0.16 0.08 0.19 0.17 0.16 0.12 0.09 0.13 0.07 0.07 0.08 0.16 0.10 0.08
C5 0.12 0.16 0.14 0.09 0.03 0.07 0.01 0.03 0.09 0.14 0.16 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.08 0.08 0.10 0.13 0.07 0.08
C5' 0.02 0.15 0.01 0.04 0.09 0.03 0.10 0.05 0.12 0.10 0.14 0.13 0.12 0.11 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.16 0.12 0.09
C6 0.07 0.20 0.11 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.14 0.08 0.20 0.16 0.14 0.07 0.02 0.13 0.08 0.02 0.04 0.09 0.05 0.02
N1 0.11 0.21 0.13 0.08 0.14 0.07 0.12 0.05 0.17 0.03 0.21 0.18 0.16 0.04 0.08 0.16 0.09 0.08 0.02 0.08 0.06 0.00
N3 0.14 0.16 0.15 0.09 0.11 0.07 0.09 0.03 0.12 0.15 0.17 0.13 0.12 0.12 0.13 0.17 0.09 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10
N4 0.18 0.08 0.17 0.11 0.15 0.12 0.15 0.09 0.08 0.21 0.09 0.10 0.05 0.19 0.18 0.17 0.09 0.14 0.18 0.21 0.19 0.19
O2 0.17 0.20 0.17 0.11 0.17 0.10 0.16 0.06 0.18 0.14 0.21 0.18 0.18 0.12 0.16 0.20 0.10 0.12 0.00 0.06 0.08 0.03
O2' 0.16 0.22 0.16 0.10 0.19 0.11 0.18 0.08 0.20 0.13 0.22 0.21 0.19 0.15 0.16 0.20 0.09 0.13 0.08 0.14 0.06 0.06
O3' 0.04 0.16 0.06 0.04 0.11 0.05 0.11 0.10 0.15 0.06 0.17 0.13 0.15 0.09 0.06 0.11 0.04 0.04 0.09 0.22 0.04 0.11
O4' 0.11 0.23 0.13 0.12 0.17 0.12 0.15 0.13 0.18 0.08 0.21 0.21 0.18 0.12 0.11 0.16 0.12 0.12 0.11 0.15 0.13 0.11
O5' 0.03 0.15 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.09 0.07 0.14 0.12 0.09 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.16 0.11 0.07
OP1 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.07 0.11 0.05 0.17 0.16 0.10 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.15 0.24 0.26 0.19
OP2 0.01 0.23 0.01 0.00 0.12 0.04 0.11 0.06 0.16 0.03 0.22 0.19 0.15 0.05 0.05 0.01 0.01 0.03 0.07 0.19 0.18 0.11
P 0.01 0.19 0.02 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.12 0.04 0.17 0.15 0.11 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.17 0.19 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.13 0.16 0.20 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.13 0.18 0.14
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.14 0.19 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.16 0.20 0.17
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.12 0.17 0.12
N1 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.14 0.17 0.20 0.17
N3 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.13 0.14 0.18 0.15
N6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.17 0.21 0.17
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.14 0.18 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.11 0.15 0.11
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.09 0.02
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05 0.11 0.11 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.12 0.15 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
O5' 0.06 0.13 0.01 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.12 0.10 0.02 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.16 0.07 0.08 0.13 0.07 0.14 0.08 0.16 0.12 0.17 0.14 0.17 0.14 0.11 0.09 0.12 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.20 0.10 0.11 0.18 0.08 0.19 0.09 0.20 0.17 0.20 0.18 0.21 0.18 0.15 0.09 0.15 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.17 0.03 0.02 0.14 0.01 0.15 0.01 0.17 0.12 0.17 0.15 0.17 0.14 0.11 0.02 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00