ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49628

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' A 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O5' A 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
N6 B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C6 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C5' A 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
O3' A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
P A 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
N3 B 0, 0.000, 0.460, 0.920, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.460 std_dev=0.460
OP1 A 0, 0.000, 0.463, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C5 B 0, 0.000, 0.502, 1.004, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.502 std_dev=0.502
C4 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
OP2 A 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
N7 B 0, 0.000, 0.610, 1.220, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.610 std_dev=0.610
N9 B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C8 B 0, 0.000, 0.718, 1.435, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.718 std_dev=0.718
C1' B 0, 0.000, 0.767, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.767 std_dev=0.767
O2' B 0, 0.000, 0.820, 1.641, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.820 std_dev=0.820
C2' B 0, 0.000, 0.836, 1.672, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.836 std_dev=0.836
O4' B 0, 0.000, 0.926, 1.851, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.926 std_dev=0.926
C3' B 0, 0.000, 1.032, 2.064, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.032 std_dev=1.032
C4' B 0, 0.000, 1.074, 2.148, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.074 std_dev=1.074
O3' B 0, 0.000, 1.100, 2.201, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.100 std_dev=1.100
C5' B 0, 0.000, 1.248, 2.495, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.248 std_dev=1.248
OP2 B 0, 0.000, 1.253, 2.506, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.253 std_dev=1.253
O5' B 0, 0.000, 1.263, 2.527, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.263 std_dev=1.263
P B 0, 0.000, 1.301, 2.602, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.301 std_dev=1.301
OP1 B 0, 0.000, 1.450, 2.901, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.450 std_dev=1.450

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.11 0.16 0.11
C4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.13 0.18 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.09 0.10 0.14 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.08 0.14 0.09
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.12 0.17 0.11
O2 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05
O2' 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04
O3' 0.04 0.09 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.04 0.14 0.15 0.00 0.05 0.06 0.11 0.04 0.08
O4' 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03
O5' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.01 0.05 0.03 0.06 0.11 0.01 0.13 0.03 0.10 0.06 0.08 0.12 0.02 0.06 0.11 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.11 0.04 0.02 0.16 0.00 0.18 0.01 0.14 0.10 0.14 0.17 0.09 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.04 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.09 0.11 0.05 0.04 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.01 0.08 0.07 0.03 0.10 0.00 0.09 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.15 0.08 0.08 0.09 0.09 0.03 0.04
C2 0.10 0.06 0.11 0.09 0.08 0.09 0.05 0.08 0.02 0.06 0.03 0.09 0.01 0.04 0.09 0.17 0.09 0.08 0.09 0.07 0.03 0.03
C2' 0.08 0.02 0.08 0.08 0.02 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.15 0.09 0.10 0.11 0.10 0.01 0.06
C3' 0.07 0.02 0.08 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04 0.15 0.09 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04
C4 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.11 0.02 0.04 0.03 0.00 0.09 0.03
C4' 0.07 0.00 0.08 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.16 0.09 0.08 0.09 0.09 0.03 0.04
C5 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.05
C5' 0.08 0.03 0.09 0.08 0.06 0.11 0.04 0.11 0.02 0.06 0.02 0.05 0.00 0.04 0.07 0.16 0.10 0.09 0.10 0.10 0.02 0.05
C6 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.02
N1 0.06 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04 0.13 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01
N3 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.01 0.05 0.09 0.15 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01
N4 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.00 0.04 0.06 0.11 0.02 0.04 0.03 0.02 0.09 0.04
O2 0.14 0.11 0.16 0.14 0.12 0.13 0.08 0.12 0.05 0.09 0.06 0.14 0.01 0.07 0.12 0.22 0.14 0.12 0.13 0.12 0.02 0.07
O2' 0.16 0.03 0.17 0.18 0.09 0.21 0.06 0.22 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.08 0.13 0.24 0.19 0.19 0.21 0.21 0.09 0.16
O3' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.04 0.09 0.04 0.01 0.09 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.00
O4' 0.08 0.01 0.10 0.09 0.04 0.10 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.18 0.11 0.09 0.09 0.09 0.03 0.05
O5' 0.11 0.04 0.10 0.09 0.07 0.12 0.06 0.12 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.06 0.09 0.17 0.10 0.12 0.12 0.10 0.01 0.07
OP1 0.09 0.01 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.11 0.03 0.09 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.13 0.06 0.11 0.11 0.10 0.00 0.07
OP2 0.17 0.12 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.17 0.13 0.17 0.12 0.14 0.12 0.16 0.17 0.22 0.15 0.18 0.17 0.15 0.06 0.13
P 0.11 0.04 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.12 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.08 0.10 0.16 0.09 0.12 0.11 0.10 0.00 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.04
C2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00
C5 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.11 0.07
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.09 0.07 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.12 0.08
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.04 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.11 0.06
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02
N6 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.15 0.11
N7 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05 0.06 0.11 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02
O2' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
O3' 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.03 0.02 0.08 0.08 0.06 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00
O5' 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.04 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.09 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.09 0.03 0.03 0.08 0.03 0.11 0.04 0.12 0.09 0.11 0.07 0.15 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.02 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00