ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49629

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C2' A 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C8 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C4 B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C5 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
O3' A 0, 0.000, 0.391, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475
N6 B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
C2 B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
N1 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
O2' A 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C5' A 0, 0.000, 0.607, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.607 std_dev=0.607
P A 0, 0.000, 0.697, 1.394, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.697 std_dev=0.697
OP2 A 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
O4' B 0, 0.000, 0.793, 1.587, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.793 std_dev=0.793
O5' A 0, 0.000, 0.802, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.802 std_dev=0.802
C2' B 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
O2' B 0, 0.000, 0.920, 1.840, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.920 std_dev=0.920
P B 0, 0.000, 1.049, 2.098, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.049 std_dev=1.049
C4' B 0, 0.000, 1.098, 2.197, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.098 std_dev=1.098
O5' B 0, 0.000, 1.127, 2.254, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.127 std_dev=1.127
C3' B 0, 0.000, 1.175, 2.350, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.175 std_dev=1.175
OP1 A 0, 0.000, 1.237, 2.473, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.237 std_dev=1.237
O3' B 0, 0.000, 1.336, 2.673, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.336 std_dev=1.336
C5' B 0, 0.000, 1.423, 2.845, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.423 std_dev=1.423
OP2 B 0, 0.000, 1.541, 3.082, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.541 std_dev=1.541
OP1 B 0, 0.000, 1.737, 3.475, 3.475 max_d=3.475 avg_d=1.737 std_dev=1.737

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.53 0.30 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.15 0.73 0.14 0.21
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.18 0.09 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.00 0.01 0.03 0.61 0.26 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.26 0.23 0.44 0.16
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.10 0.00 0.26 0.85 0.02 0.36
C4' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.02 0.06 0.04 0.13 0.02 0.01 0.00 0.31 0.28 0.04
C5 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.00 0.29 0.84 0.01 0.38
C5' 0.08 0.16 0.18 0.02 0.27 0.00 0.30 0.00 0.27 0.18 0.21 0.29 0.10 0.04 0.15 0.00 0.00 0.32 0.17 0.00
C6 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.00 0.25 0.76 0.13 0.28
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.15 0.69 0.20 0.18
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.20 0.81 0.05 0.29
N4 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.10 0.00 0.29 0.87 0.10 0.40
O2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.09 0.68 0.18 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.15 0.13 0.16 0.04 0.13 0.08 0.11 0.16 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.62 0.28 0.05
O3' 0.15 0.12 0.00 0.00 0.10 0.02 0.08 0.15 0.09 0.12 0.11 0.10 0.13 0.04 0.00 0.12 0.31 0.09 0.40 0.23
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.35 0.33 0.03
O5' 0.06 0.15 0.03 0.26 0.26 0.00 0.29 0.00 0.25 0.15 0.20 0.29 0.09 0.10 0.31 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.53 0.73 0.61 0.23 0.85 0.31 0.84 0.32 0.76 0.69 0.81 0.87 0.68 0.62 0.09 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.14 0.26 0.44 0.02 0.28 0.01 0.17 0.13 0.20 0.05 0.10 0.18 0.28 0.40 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.21 0.10 0.16 0.36 0.04 0.38 0.00 0.28 0.18 0.29 0.40 0.15 0.05 0.23 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.37 0.20 0.13 0.18 0.11 0.12 0.34 0.23 0.02 0.37 0.29 0.18 0.03 0.09 0.24 0.06 0.13 0.26 0.36 0.39 0.29
C2 0.05 0.27 0.18 0.05 0.08 0.17 0.02 0.38 0.05 0.12 0.21 0.21 0.04 0.15 0.01 0.29 0.16 0.21 0.19 0.50 0.43 0.29
C2' 0.09 0.44 0.22 0.08 0.19 0.19 0.12 0.44 0.26 0.07 0.43 0.33 0.20 0.06 0.07 0.32 0.11 0.21 0.15 0.28 0.57 0.17
C3' 0.10 0.37 0.18 0.10 0.18 0.15 0.12 0.40 0.23 0.03 0.37 0.29 0.19 0.03 0.08 0.25 0.08 0.15 0.23 0.27 0.46 0.23
C4 0.00 0.17 0.02 0.13 0.05 0.31 0.02 0.53 0.05 0.16 0.14 0.14 0.01 0.15 0.04 0.21 0.31 0.29 0.10 0.41 0.49 0.23
C4' 0.09 0.42 0.13 0.09 0.20 0.16 0.17 0.41 0.31 0.03 0.44 0.32 0.31 0.00 0.09 0.16 0.06 0.14 0.21 0.12 0.47 0.17
C5 0.01 0.22 0.03 0.14 0.09 0.31 0.06 0.57 0.14 0.11 0.21 0.17 0.11 0.09 0.00 0.13 0.29 0.24 0.12 0.23 0.49 0.18
C5' 0.08 0.33 0.07 0.11 0.09 0.38 0.10 0.64 0.28 0.14 0.39 0.20 0.35 0.07 0.05 0.02 0.26 0.32 0.01 0.21 0.70 0.09
C6 0.05 0.28 0.03 0.05 0.13 0.25 0.09 0.50 0.19 0.08 0.28 0.22 0.15 0.07 0.03 0.14 0.21 0.20 0.17 0.23 0.46 0.21
N1 0.07 0.31 0.13 0.04 0.14 0.18 0.07 0.41 0.17 0.08 0.30 0.24 0.10 0.09 0.04 0.22 0.15 0.18 0.21 0.36 0.43 0.26
N3 0.02 0.18 0.14 0.03 0.03 0.23 0.07 0.43 0.01 0.16 0.12 0.16 0.07 0.19 0.04 0.30 0.24 0.27 0.14 0.54 0.46 0.27
N4 0.04 0.10 0.05 0.23 0.00 0.39 0.04 0.60 0.01 0.17 0.08 0.08 0.01 0.15 0.07 0.20 0.40 0.35 0.03 0.45 0.52 0.21
O2 0.06 0.26 0.26 0.11 0.06 0.12 0.06 0.31 0.01 0.12 0.17 0.20 0.12 0.17 0.00 0.35 0.10 0.20 0.20 0.58 0.41 0.31
O2' 0.08 0.48 0.29 0.13 0.20 0.19 0.15 0.41 0.30 0.04 0.49 0.35 0.27 0.02 0.07 0.38 0.09 0.24 0.13 0.33 0.61 0.14
O3' 0.06 0.16 0.05 0.02 0.02 0.27 0.08 0.49 0.00 0.19 0.13 0.09 0.06 0.20 0.09 0.08 0.21 0.29 0.12 0.20 0.54 0.14
O4' 0.08 0.33 0.10 0.09 0.16 0.13 0.12 0.36 0.24 0.03 0.34 0.26 0.22 0.02 0.07 0.11 0.07 0.11 0.27 0.23 0.36 0.26
O5' 0.30 0.09 0.38 0.41 0.16 0.61 0.19 0.90 0.03 0.43 0.11 0.03 0.00 0.39 0.30 0.30 0.52 0.51 0.22 0.44 0.83 0.26
OP1 0.75 0.37 0.83 0.90 0.57 1.09 0.51 1.34 0.34 0.73 0.28 0.50 0.21 0.62 0.69 0.72 1.05 0.97 0.61 0.87 1.23 0.68
OP2 0.16 0.28 0.33 0.36 0.04 0.52 0.06 0.85 0.24 0.24 0.33 0.15 0.30 0.15 0.12 0.23 0.44 0.36 0.16 0.49 0.73 0.23
P 0.34 0.09 0.45 0.48 0.14 0.68 0.12 0.98 0.07 0.38 0.16 0.04 0.15 0.29 0.29 0.36 0.60 0.55 0.28 0.61 0.91 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.00 0.21 0.73 0.12 0.40
C2 0.01 0.00 0.23 0.20 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.29 0.71 0.14 0.42
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.10 0.00 0.03 0.16 0.08 0.13 0.16 0.23 0.04 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.44 0.30 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.17 0.05 0.19 0.18 0.16 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.23 0.34 0.34 0.07
C4 0.00 0.00 0.10 0.15 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.32 0.63 0.11 0.43
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.59 0.28 0.14
C5 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.03 0.38 0.52 0.09 0.43
C5' 0.07 0.03 0.16 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.14 0.06 0.03 0.11 0.13 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.24 0.29 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.04 0.38 0.53 0.10 0.44
C8 0.00 0.00 0.13 0.05 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.08 0.03 0.41 0.44 0.05 0.43
N1 0.00 0.00 0.16 0.19 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.34 0.62 0.12 0.43
N3 0.00 0.00 0.23 0.18 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.06 0.26 0.73 0.14 0.41
N6 0.00 0.00 0.04 0.16 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.02 0.03 0.41 0.44 0.08 0.43
N7 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.05 0.01 0.42 0.39 0.05 0.43
N9 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.01 0.32 0.61 0.10 0.42
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.16 0.16 0.01 0.13 0.21 0.06 0.04 0.17 0.22 0.12 0.00 0.02 0.09 0.03 0.76 0.08 0.29
O3' 0.20 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.15 0.03 0.08 0.03 0.08 0.02 0.05 0.11 0.02 0.00 0.14 0.22 0.54 0.29 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.36 0.80 0.09 0.47
O5' 0.21 0.29 0.14 0.23 0.32 0.01 0.38 0.01 0.38 0.41 0.34 0.26 0.41 0.42 0.32 0.03 0.22 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.73 0.71 0.44 0.34 0.63 0.59 0.52 0.24 0.53 0.44 0.62 0.73 0.44 0.39 0.61 0.76 0.54 0.80 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.14 0.30 0.34 0.11 0.28 0.09 0.29 0.10 0.05 0.12 0.14 0.08 0.05 0.10 0.08 0.29 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.40 0.42 0.07 0.07 0.43 0.14 0.43 0.01 0.44 0.43 0.43 0.41 0.43 0.43 0.42 0.29 0.03 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00