ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49630

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C3' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O3' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O5' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
P A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O5' B 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
P B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP1 B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C5' B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
OP1 A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C5 B 0, 0.000, 0.255, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.000, 0.270, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
N7 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.000, 0.386, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C8 B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
N6 B 0, 0.000, 0.443, 0.886, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C2 B 0, 0.000, 0.531, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.531 std_dev=0.531
N1 B 0, 0.000, 0.548, 1.096, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.548 std_dev=0.548

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.10 0.06
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.04
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.12 0.07
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.08 0.09 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.04 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.05 0.03
C2 0.04 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.13 0.06 0.10 0.06 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.07 0.01
C2' 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.11 0.03 0.04
C3' 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.09 0.01 0.01 0.05 0.10 0.05 0.00 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.07
C4 0.09 0.13 0.05 0.05 0.01 0.06 0.04 0.03 0.05 0.20 0.12 0.08 0.03 0.16 0.10 0.05 0.06 0.09 0.02 0.07 0.08 0.00
C4' 0.03 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.07 0.04 0.12 0.09 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.01 0.06
C5 0.08 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.09 0.03 0.03 0.22 0.03 0.02 0.05 0.22 0.11 0.04 0.04 0.08 0.03 0.08 0.06 0.02
C5' 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.03 0.11 0.04 0.12 0.10 0.09 0.05 0.16 0.14 0.06 0.01 0.01 0.05 0.04 0.10 0.01 0.07
C6 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.10 0.02 0.06 0.16 0.01 0.01 0.08 0.19 0.08 0.02 0.02 0.06 0.02 0.09 0.05 0.03
N1 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.10 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.06 0.02
N3 0.06 0.17 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.13 0.18 0.10 0.11 0.09 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.08 0.08 0.00
N4 0.12 0.17 0.08 0.08 0.00 0.09 0.03 0.04 0.06 0.22 0.15 0.11 0.05 0.17 0.12 0.08 0.09 0.13 0.03 0.04 0.11 0.02
O2 0.02 0.13 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.15 0.03 0.18 0.08 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01
O2' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04 0.04
O3' 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05 0.00 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.07
O4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.05 0.10 0.05 0.15 0.08 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.04
O5' 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.05 0.08 0.04 0.13 0.01 0.11 0.03 0.19 0.07 0.01 0.08 0.08 0.03 0.04 0.00 0.07 0.02
OP1 0.01 0.22 0.03 0.05 0.14 0.03 0.21 0.04 0.28 0.08 0.27 0.15 0.35 0.18 0.07 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
OP2 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.11 0.04 0.12 0.11 0.07 0.01 0.18 0.16 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.10 0.04
P 0.00 0.11 0.04 0.05 0.08 0.04 0.14 0.04 0.19 0.08 0.16 0.07 0.25 0.16 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03
C2 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.15 0.15 0.04 0.27 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.05 0.10 0.02
C4' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.08 0.12 0.15 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.04 0.05
C5' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.14 0.16 0.19 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.09 0.12 0.01
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.18 0.24 0.16 0.21
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.12 0.10 0.01 0.23 0.10
N3 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.15 0.13 0.04 0.22 0.13
N6 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.13 0.09 0.03
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.24 0.12 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.07
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
O4' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.15 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03
O5' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.18 0.10 0.13 0.00 0.14 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.09 0.24 0.01 0.04 0.13 0.24 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.27 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02 0.12 0.16 0.23 0.22 0.09 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.21 0.10 0.13 0.03 0.18 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00