ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49632

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N4 A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.000, 0.137, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP1 B 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O3' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
P B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O2' A 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N6 B 0, 0.000, 0.567, 1.134, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.567 std_dev=0.567
OP2 B 0, 0.000, 0.595, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C6 B 0, 0.000, 0.634, 1.268, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.634 std_dev=0.634
N7 B 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C5 B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
N1 B 0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673
C8 B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C4 B 0, 0.000, 0.719, 1.439, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.719 std_dev=0.719
O5' B 0, 0.000, 0.724, 1.448, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.724 std_dev=0.724
C2 B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
N9 B 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
N3 B 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755
O4' B 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C1' B 0, 0.000, 0.861, 1.723, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.861 std_dev=0.861
O5' A 0, 0.000, 0.968, 1.936, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.968 std_dev=0.968
C2' B 0, 0.000, 0.985, 1.969, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.985 std_dev=0.985
C5' B 0, 0.000, 1.140, 2.281, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.140 std_dev=1.140
OP1 A 0, 0.000, 1.198, 2.395, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.198 std_dev=1.198
C4' B 0, 0.000, 1.316, 2.631, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.316 std_dev=1.316
P A 0, 0.000, 1.333, 2.666, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.333 std_dev=1.333
O2' B 0, 0.000, 1.413, 2.827, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.413 std_dev=1.413
OP2 A 0, 0.000, 1.556, 3.113, 3.113 max_d=3.113 avg_d=1.556 std_dev=1.556
C3' B 0, 0.000, 1.631, 3.262, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.631 std_dev=1.631
O3' B 0, 0.000, 2.671, 5.341, 5.341 max_d=5.341 avg_d=2.671 std_dev=2.671

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.15 0.10 0.01 0.13
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.17 0.28 0.17 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.11 0.23 0.30
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.01 0.40 0.28
C4 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.03 0.07 0.20 0.42 0.25 0.18
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.16 0.01
C5 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.08 0.19 0.40 0.25 0.17
C5' 0.02 0.00 0.09 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.31 0.32 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.07 0.19 0.29 0.19 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.17 0.23 0.13 0.14
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.18 0.37 0.22 0.18
N4 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.04 0.08 0.21 0.48 0.28 0.20
O2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.22 0.14 0.14
O2' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.08 0.09 0.05 0.08 0.14 0.03 0.00 0.04 0.01 0.36 0.15 0.27 0.37
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.20 0.05 0.37 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.11 0.07
O5' 0.15 0.17 0.33 0.30 0.20 0.01 0.19 0.02 0.19 0.17 0.18 0.21 0.14 0.36 0.20 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.28 0.11 0.01 0.42 0.19 0.40 0.31 0.29 0.23 0.37 0.48 0.22 0.15 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.01 0.17 0.23 0.40 0.25 0.16 0.25 0.32 0.19 0.13 0.22 0.28 0.14 0.27 0.37 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.30 0.28 0.18 0.01 0.17 0.02 0.15 0.14 0.18 0.20 0.14 0.37 0.22 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.25 0.16 0.19 0.00 0.05 0.02 0.24 0.13 0.24 0.26 0.14 0.11 0.18 0.15 0.17 0.13 0.14 0.06 0.04 0.01 0.03
C2 0.09 0.22 0.07 0.39 0.03 0.18 0.02 0.36 0.17 0.18 0.26 0.12 0.17 0.15 0.09 0.24 0.34 0.06 0.12 0.02 0.02 0.05
C2' 0.18 0.23 0.18 0.14 0.01 0.00 0.02 0.18 0.12 0.23 0.25 0.11 0.12 0.17 0.15 0.11 0.15 0.17 0.01 0.07 0.01 0.01
C3' 0.19 0.19 0.20 0.02 0.03 0.08 0.03 0.09 0.08 0.22 0.19 0.08 0.08 0.16 0.16 0.04 0.03 0.19 0.06 0.02 0.06 0.02
C4 0.23 0.02 0.19 0.23 0.18 0.03 0.20 0.25 0.10 0.29 0.00 0.10 0.10 0.29 0.23 0.43 0.10 0.19 0.04 0.00 0.03 0.03
C4' 0.29 0.15 0.31 0.16 0.12 0.25 0.12 0.05 0.01 0.31 0.14 0.02 0.01 0.24 0.26 0.17 0.27 0.31 0.12 0.12 0.01 0.02
C5 0.31 0.08 0.27 0.09 0.25 0.09 0.28 0.15 0.18 0.35 0.05 0.17 0.16 0.35 0.31 0.46 0.10 0.28 0.04 0.00 0.02 0.01
C5' 0.38 0.01 0.38 0.30 0.24 0.39 0.22 0.16 0.10 0.36 0.01 0.14 0.08 0.30 0.33 0.25 0.50 0.41 0.22 0.11 0.05 0.02
C6 0.29 0.03 0.26 0.07 0.21 0.10 0.23 0.14 0.09 0.35 0.07 0.10 0.06 0.32 0.29 0.38 0.10 0.27 0.04 0.00 0.01 0.00
N1 0.19 0.19 0.17 0.22 0.06 0.04 0.08 0.25 0.09 0.27 0.23 0.06 0.09 0.23 0.18 0.27 0.12 0.16 0.05 0.02 0.01 0.03
N3 0.13 0.11 0.10 0.37 0.05 0.15 0.06 0.34 0.06 0.20 0.15 0.03 0.08 0.19 0.13 0.33 0.30 0.09 0.11 0.01 0.03 0.05
N4 0.25 0.10 0.20 0.23 0.21 0.02 0.23 0.25 0.18 0.29 0.09 0.16 0.18 0.29 0.25 0.48 0.09 0.21 0.03 0.00 0.04 0.03
O2 0.03 0.32 0.04 0.55 0.17 0.33 0.18 0.46 0.29 0.05 0.35 0.24 0.28 0.01 0.05 0.12 0.57 0.07 0.20 0.03 0.01 0.06
O2' 0.15 0.25 0.16 0.24 0.02 0.09 0.03 0.25 0.17 0.21 0.27 0.13 0.17 0.13 0.12 0.10 0.35 0.13 0.02 0.14 0.01 0.04
O3' 0.10 0.25 0.13 0.12 0.07 0.05 0.06 0.18 0.16 0.14 0.25 0.17 0.15 0.06 0.06 0.07 0.24 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00
O4' 0.25 0.22 0.25 0.01 0.09 0.13 0.11 0.08 0.05 0.31 0.20 0.08 0.03 0.25 0.24 0.23 0.17 0.24 0.02 0.11 0.01 0.03
O5' 0.01 0.47 0.03 0.00 0.14 0.11 0.06 0.02 0.16 0.11 0.36 0.35 0.09 0.09 0.01 0.12 0.20 0.07 0.13 0.08 0.13 0.12
OP1 0.07 0.12 0.07 0.02 0.08 0.06 0.19 0.12 0.16 0.24 0.01 0.08 0.25 0.29 0.12 0.05 0.20 0.07 0.06 0.24 0.19 0.17
OP2 0.05 0.62 0.10 0.25 0.25 0.42 0.28 0.36 0.46 0.04 0.64 0.39 0.48 0.15 0.08 0.03 0.58 0.24 0.51 0.51 0.44 0.45
P 0.03 0.45 0.01 0.04 0.14 0.16 0.07 0.08 0.16 0.09 0.35 0.33 0.10 0.07 0.03 0.15 0.28 0.07 0.18 0.14 0.16 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.00 0.03 0.09 0.13 0.05
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.38 0.01 0.19 0.36 0.20 0.26
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.20 0.10
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.17 0.01 0.31 0.01 0.28 0.43 0.17 0.01 0.35 0.44 0.22 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01
C4 0.03 0.00 0.01 0.17 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.16 0.00 0.14 0.19 0.03 0.10
C4' 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.14 0.02 0.13 0.21 0.06 0.04 0.16 0.21 0.10 0.28 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.00 0.02 0.31 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.04 0.00 0.15 0.15 0.03 0.09
C5' 0.00 0.22 0.05 0.01 0.21 0.02 0.29 0.00 0.32 0.22 0.29 0.16 0.36 0.29 0.16 0.19 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02
C6 0.03 0.00 0.00 0.28 0.01 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.03 0.00 0.19 0.22 0.13 0.17
C8 0.00 0.01 0.07 0.43 0.00 0.21 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.30 0.01 0.07 0.00 0.16 0.08
N1 0.04 0.00 0.03 0.17 0.01 0.06 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.22 0.00 0.20 0.32 0.20 0.25
N3 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.40 0.01 0.15 0.30 0.12 0.19
N6 0.03 0.00 0.01 0.35 0.01 0.16 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.08 0.00 0.19 0.18 0.12 0.16
N7 0.01 0.00 0.06 0.44 0.00 0.21 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.28 0.01 0.11 0.03 0.08 0.02
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.02 0.01 0.08 0.09 0.09 0.01
O2' 0.00 0.26 0.00 0.02 0.24 0.28 0.29 0.19 0.31 0.21 0.30 0.21 0.34 0.27 0.18 0.00 0.08 0.20 0.32 0.38 0.12 0.20
O3' 0.23 0.38 0.04 0.01 0.16 0.02 0.04 0.17 0.03 0.30 0.22 0.40 0.08 0.28 0.02 0.08 0.00 0.12 0.13 0.13 0.31 0.18
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.00 0.04 0.09 0.06 0.02
O5' 0.03 0.19 0.00 0.03 0.14 0.03 0.15 0.01 0.19 0.07 0.20 0.15 0.19 0.11 0.08 0.32 0.13 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.09 0.36 0.03 0.03 0.19 0.04 0.15 0.00 0.22 0.00 0.32 0.30 0.18 0.03 0.09 0.38 0.13 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.13 0.20 0.20 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.13 0.16 0.20 0.12 0.12 0.08 0.09 0.12 0.31 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.26 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.17 0.08 0.25 0.19 0.16 0.02 0.01 0.20 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00