ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49633

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O3' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
N7 B 0, 0.000, 0.136, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.000, 0.203, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O5' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
C8 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N6 B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.000, 0.391, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.391 std_dev=0.391
P A 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
OP2 A 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
OP1 A 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C2 B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP1 B 0, 0.000, 0.457, 0.914, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.457 std_dev=0.457
C5' B 0, 0.000, 0.499, 0.997, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.499 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C1' B 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.533
P B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C4' B 0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O4' B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C2' B 0, 0.000, 0.587, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.587 std_dev=0.587
O3' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
OP2 B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O2' B 0, 0.000, 0.709, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.709 std_dev=0.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.06 0.12 0.08
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.09 0.16 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.10 0.07
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.13 0.21 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.15 0.22 0.16
C5' 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.13 0.20 0.15
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.10 0.16 0.13
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.11 0.18 0.14
N4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.15 0.22 0.17
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.14 0.11
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.13 0.09
O3' 0.04 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.05
O5' 0.07 0.09 0.06 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.09 0.05 0.05 0.13 0.01 0.15 0.03 0.13 0.10 0.11 0.15 0.07 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.16 0.10 0.01 0.21 0.01 0.22 0.01 0.20 0.16 0.18 0.22 0.14 0.13 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.07 0.03 0.16 0.00 0.16 0.00 0.15 0.13 0.14 0.17 0.11 0.09 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.13 0.06 0.10 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.11 0.04 0.06 0.10 0.17 0.06 0.03 0.10 0.07 0.09 0.08
C2 0.08 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.03 0.19 0.07 0.02 0.06 0.04 0.10 0.02 0.05 0.00 0.06 0.12 0.18 0.13 0.17 0.16
C2' 0.12 0.10 0.14 0.06 0.10 0.02 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.05 0.07 0.10 0.18 0.07 0.05 0.10 0.08 0.09 0.08
C3' 0.19 0.09 0.19 0.11 0.11 0.09 0.04 0.05 0.00 0.09 0.03 0.13 0.04 0.02 0.14 0.25 0.11 0.14 0.06 0.02 0.03 0.03
C4 0.15 0.09 0.07 0.10 0.02 0.16 0.04 0.22 0.12 0.06 0.15 0.01 0.15 0.00 0.09 0.05 0.07 0.20 0.19 0.15 0.20 0.17
C4' 0.22 0.12 0.21 0.12 0.12 0.08 0.03 0.07 0.01 0.05 0.05 0.16 0.04 0.02 0.14 0.27 0.12 0.14 0.08 0.04 0.05 0.06
C5 0.08 0.17 0.01 0.04 0.05 0.11 0.07 0.18 0.13 0.04 0.18 0.10 0.14 0.01 0.04 0.04 0.00 0.16 0.16 0.12 0.16 0.14
C5' 0.19 0.14 0.22 0.12 0.10 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.06 0.10 0.30 0.13 0.09 0.08 0.05 0.06 0.06
C6 0.01 0.17 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.16 0.12 0.01 0.16 0.13 0.12 0.02 0.01 0.11 0.04 0.10 0.13 0.10 0.13 0.12
N1 0.00 0.11 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.16 0.09 0.00 0.11 0.08 0.09 0.03 0.01 0.09 0.01 0.07 0.15 0.11 0.14 0.13
N3 0.14 0.00 0.09 0.11 0.06 0.15 0.02 0.22 0.08 0.06 0.09 0.08 0.13 0.00 0.10 0.07 0.09 0.18 0.20 0.15 0.20 0.18
N4 0.19 0.08 0.12 0.14 0.04 0.19 0.03 0.24 0.12 0.08 0.16 0.04 0.17 0.01 0.12 0.12 0.11 0.24 0.21 0.17 0.22 0.19
O2 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.19 0.14 0.18 0.16
O2' 0.12 0.08 0.14 0.09 0.12 0.05 0.12 0.05 0.10 0.14 0.08 0.10 0.10 0.14 0.13 0.17 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05
O3' 0.20 0.01 0.18 0.12 0.07 0.12 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.07 0.11 0.03 0.14 0.23 0.11 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02
O4' 0.15 0.12 0.17 0.07 0.11 0.02 0.03 0.12 0.02 0.01 0.06 0.15 0.02 0.03 0.10 0.22 0.08 0.05 0.11 0.07 0.09 0.09
O5' 0.03 0.06 0.08 0.01 0.00 0.06 0.06 0.18 0.04 0.10 0.01 0.06 0.06 0.11 0.03 0.16 0.02 0.08 0.15 0.10 0.12 0.12
OP1 0.05 0.05 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.15 0.03 0.03 0.10 0.08 0.10 0.08
OP2 0.08 0.02 0.02 0.08 0.07 0.12 0.10 0.20 0.08 0.14 0.04 0.03 0.09 0.14 0.10 0.05 0.04 0.16 0.16 0.11 0.14 0.13
P 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07 0.17 0.05 0.11 0.01 0.02 0.07 0.12 0.06 0.11 0.00 0.11 0.14 0.10 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.10 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.04 0.01 0.07 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.16 0.10 0.14 0.13
C5' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.15 0.19 0.12 0.06 0.17 0.21 0.10 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.16 0.09 0.13 0.12
C8 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.03 0.19 0.13 0.19 0.16
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.11 0.03 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01
N6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.19 0.13 0.16 0.16
N7 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.23 0.17 0.22 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.09 0.06
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.02 0.08
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.04 0.11 0.00 0.03 0.05 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.05
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.16 0.19 0.11 0.03 0.19 0.23 0.09 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.03 0.11 0.08 0.01 0.06 0.10 0.02 0.09 0.13 0.03 0.05 0.13 0.17 0.02 0.17 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.14 0.02 0.13 0.19 0.08 0.01 0.16 0.22 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.12 0.16 0.07 0.01 0.16 0.20 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00