ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49634

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N9 B 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C8 B 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C1' B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C2' B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
N7 B 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C5 B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
N3 B 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.000, 0.145, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.145 std_dev=0.145
N1 B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O4' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O3' B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
N6 B 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C3' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
O2' A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
P A 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O3' A 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
OP2 A 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
OP1 A 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
O5' A 0, 0.000, 0.509, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.000, 0.606, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.606 std_dev=0.606

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.27 0.16 0.15 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.35 0.14 0.18 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.12 0.10 0.09 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00
C4 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.35 0.06 0.10 0.11
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.10 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.33 0.04 0.06 0.08
C5' 0.09 0.17 0.04 0.01 0.28 0.00 0.32 0.00 0.29 0.19 0.22 0.30 0.10 0.00 0.09 0.02 0.02 0.12 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.09 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.35 0.09 0.09 0.10
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.34 0.14 0.15 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.36 0.11 0.15 0.14
N4 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.34 0.03 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.11 0.03 0.35 0.18 0.21 0.17
O2' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03 0.14 0.00 0.04 0.08 0.02 0.07 0.04 0.00
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.09 0.09 0.02 0.01 0.04 0.11 0.04 0.00 0.03 0.16 0.03 0.01 0.06
O4' 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.00 0.30 0.23 0.20 0.19
O5' 0.27 0.35 0.12 0.00 0.35 0.00 0.33 0.02 0.35 0.34 0.36 0.34 0.35 0.02 0.16 0.30 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.16 0.14 0.10 0.07 0.06 0.08 0.04 0.12 0.09 0.14 0.11 0.03 0.18 0.07 0.03 0.23 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.18 0.09 0.05 0.10 0.05 0.06 0.08 0.09 0.15 0.15 0.08 0.21 0.04 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.15 0.05 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.10 0.14 0.14 0.09 0.17 0.00 0.06 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.18 0.01 0.07
C2 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.20 0.05 0.09
C2' 0.06 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.15 0.13 0.10 0.01
C3' 0.14 0.06 0.14 0.11 0.08 0.12 0.06 0.08 0.04 0.11 0.04 0.07 0.03 0.07 0.12 0.11 0.11 0.14 0.22 0.10 0.12 0.06
C4 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.19 0.07 0.10
C4' 0.19 0.10 0.17 0.14 0.13 0.15 0.11 0.10 0.09 0.15 0.09 0.12 0.08 0.11 0.16 0.14 0.14 0.18 0.24 0.10 0.10 0.05
C5 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.09 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.19 0.08 0.09
C5' 0.42 0.34 0.39 0.32 0.36 0.30 0.31 0.17 0.29 0.32 0.31 0.36 0.25 0.27 0.38 0.37 0.31 0.37 0.30 0.11 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.19 0.07 0.09
N1 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.19 0.04 0.08
N3 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.19 0.06 0.09
N4 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.08 0.08 0.03 0.09 0.05 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.19 0.08 0.10
O2 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.21 0.04 0.10
O2' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.16 0.10 0.16 0.04
O3' 0.16 0.05 0.15 0.14 0.08 0.16 0.06 0.13 0.03 0.12 0.03 0.07 0.02 0.08 0.13 0.13 0.14 0.17 0.27 0.03 0.22 0.13
O4' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.03 0.10 0.09 0.07 0.02 0.13 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.02
O5' 0.15 0.31 0.13 0.10 0.25 0.06 0.23 0.03 0.26 0.14 0.29 0.29 0.22 0.17 0.18 0.18 0.07 0.11 0.14 0.07 0.14 0.07
OP1 0.10 0.02 0.12 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.10 0.12 0.06 0.13 0.12 0.08 0.01
OP2 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.05 0.09 0.04 0.02 0.04 0.08 0.03 0.16 0.11 0.04 0.03
P 0.07 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04 0.17 0.08 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.13 0.06 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.10 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.13 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.13 0.05 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.03 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.13 0.02 0.06
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.11 0.02 0.05
N3 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.13 0.08 0.08
N6 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.07 0.05 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.12 0.01 0.05
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.06 0.07
O2' 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.08 0.10 0.15 0.11
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.14 0.06 0.16 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.08 0.03 0.05 0.01
O5' 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.08 0.05 0.02 0.08 0.14 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.13 0.08 0.06 0.13 0.01 0.12 0.03 0.10 0.13 0.11 0.13 0.07 0.12 0.13 0.10 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.10 0.13 0.05 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.06 0.15 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07 0.03 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.00 0.05 0.07 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00