ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49635

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
N7 B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
P B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
OP2 B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C8 B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O3' A 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
OP1 B 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
N6 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C3' B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O3' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
N9 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C5' B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
P A 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.000, 0.458, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.458 std_dev=0.458

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.13 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.17 0.06 0.15 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.13 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.15 0.14 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.20 0.03 0.17 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.18 0.03 0.17 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.16 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.16 0.03 0.16 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.08 0.15 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.20 0.01 0.16 0.10
N4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.21 0.07 0.17 0.14
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.16 0.09 0.14 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.15 0.15 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.18 0.11 0.02
O5' 0.08 0.17 0.02 0.08 0.20 0.00 0.18 0.00 0.16 0.15 0.20 0.21 0.16 0.01 0.14 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.15 0.06 0.16 0.15 0.03 0.17 0.03 0.15 0.03 0.08 0.01 0.07 0.09 0.16 0.15 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.15 0.13 0.14 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.17 0.14 0.15 0.15 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.08 0.05 0.10 0.14 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.13 0.03 0.03 0.08 0.08 0.07 0.15 0.10 0.00 0.13 0.11 0.10 0.03 0.03 0.06 0.02 0.09 0.04 0.10 0.08 0.07
C2 0.04 0.08 0.02 0.06 0.03 0.10 0.04 0.16 0.08 0.03 0.09 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.06 0.11 0.08 0.08
C2' 0.01 0.12 0.03 0.02 0.07 0.07 0.06 0.13 0.10 0.00 0.12 0.10 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.07 0.06
C3' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.11 0.06 0.02 0.08 0.07 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.03 0.08 0.06 0.05
C4 0.10 0.02 0.06 0.09 0.04 0.12 0.02 0.17 0.04 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.13 0.08 0.10 0.08 0.08
C4' 0.01 0.11 0.04 0.01 0.06 0.05 0.06 0.09 0.08 0.00 0.10 0.09 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.03
C5 0.10 0.07 0.05 0.08 0.02 0.13 0.01 0.16 0.07 0.06 0.10 0.00 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.15 0.07 0.10 0.08 0.08
C5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.06 0.03 0.03
C6 0.08 0.11 0.03 0.06 0.02 0.12 0.04 0.16 0.09 0.05 0.12 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.14 0.07 0.10 0.08 0.08
N1 0.04 0.11 0.01 0.05 0.05 0.11 0.05 0.16 0.09 0.03 0.12 0.08 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.06 0.11 0.08 0.08
N3 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.11 0.00 0.17 0.05 0.06 0.06 0.00 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.08
N4 0.11 0.04 0.08 0.10 0.08 0.13 0.05 0.17 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.09 0.06 0.08 0.13 0.08 0.10 0.08 0.08
O2 0.00 0.08 0.00 0.05 0.04 0.09 0.04 0.16 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.11 0.08 0.08
O2' 0.03 0.13 0.04 0.01 0.09 0.06 0.09 0.12 0.12 0.03 0.13 0.11 0.12 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.06 0.01 0.08 0.06 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.04
O4' 0.01 0.15 0.04 0.03 0.10 0.09 0.08 0.15 0.11 0.00 0.14 0.14 0.10 0.03 0.04 0.07 0.01 0.11 0.05 0.11 0.08 0.07
O5' 0.32 0.14 0.26 0.27 0.24 0.30 0.23 0.32 0.19 0.30 0.15 0.19 0.18 0.27 0.29 0.20 0.22 0.36 0.29 0.31 0.28 0.29
OP1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
OP2 0.16 0.01 0.08 0.08 0.09 0.15 0.09 0.16 0.05 0.14 0.02 0.05 0.05 0.12 0.13 0.06 0.03 0.22 0.12 0.17 0.12 0.13
P 0.13 0.03 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.06 0.11 0.03 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.04 0.16 0.09 0.12 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.07 0.07
O5' 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00