ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49646

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.001, 0.025, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.011, 0.049, 0.088, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.049 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.028, 0.076, 0.124, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.076 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.321, 0.516, 0.711, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.516 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.269, 0.538, 0.807, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.538 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.564, 0.841, 1.118, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.841 std_dev=0.277
C2' A 0, 0.424, 0.704, 0.983, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.704 std_dev=0.280
C3' A 0, 0.624, 0.926, 1.228, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.926 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.353, 0.670, 0.988, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.670 std_dev=0.318
O4' B 0, 0.198, 0.531, 0.865, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.531 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.235, 0.589, 0.942, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.589 std_dev=0.354
C4' B 0, 0.368, 0.725, 1.083, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.725 std_dev=0.357
C5' A 0, 0.753, 1.118, 1.483, 1.374 max_d=1.374 avg_d=1.118 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.245, 0.633, 1.021, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.633 std_dev=0.388
O5' A 0, 0.822, 1.227, 1.632, 1.484 max_d=1.484 avg_d=1.227 std_dev=0.405
P A 0, 0.763, 1.175, 1.587, 1.695 max_d=1.695 avg_d=1.175 std_dev=0.412
OP2 A 0, 0.619, 1.034, 1.448, 1.451 max_d=1.451 avg_d=1.034 std_dev=0.415
C4 B 0, 0.395, 0.824, 1.253, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.824 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.395, 0.833, 1.272, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.833 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.505, 0.946, 1.387, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.946 std_dev=0.441
C5' B 0, 0.686, 1.127, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=1.127 std_dev=0.441
C2 B 0, 0.371, 0.823, 1.275, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.823 std_dev=0.452
N3 B 0, 0.421, 0.902, 1.382, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.902 std_dev=0.481
O2' A 0, 0.951, 1.432, 1.913, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.432 std_dev=0.481
O3' A 0, 1.060, 1.562, 2.064, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.562 std_dev=0.502
O2 B 0, 0.514, 1.043, 1.572, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.043 std_dev=0.529
O4 B 0, 0.496, 1.032, 1.568, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.032 std_dev=0.536
O5' B 0, 0.846, 1.385, 1.924, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.385 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.831, 1.380, 1.929, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.380 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.847, 1.426, 2.006, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.426 std_dev=0.579
P B 0, 0.991, 1.612, 2.233, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.612 std_dev=0.621
OP1 B 0, 1.177, 1.810, 2.443, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.810 std_dev=0.633
OP1 A 0, 1.218, 2.037, 2.855, 3.002 max_d=3.002 avg_d=2.037 std_dev=0.818
OP2 B 0, 2.678, 3.987, 5.295, 5.082 max_d=5.082 avg_d=3.987 std_dev=1.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.20 0.13 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.02 0.03 0.11 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.06 0.04 0.37 0.16 0.34 0.15
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.10 0.10 0.02 0.05 0.06 0.14 0.01 0.01 0.01 0.13 0.32 0.16 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.04 0.08 0.12 0.01 0.01 0.01 0.13 0.29 0.19 0.11
C4 0.03 0.02 0.05 0.06 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.57 0.24 0.43 0.25
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.12 0.03 0.04 0.12 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.15 0.19 0.11
C5 0.05 0.03 0.09 0.11 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.11 0.07 0.61 0.25 0.44 0.27
C5' 0.05 0.11 0.10 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.25 0.13 0.18 0.29 0.06 0.09 0.07 0.02 0.02 0.14 0.07 0.04
C6 0.05 0.02 0.10 0.11 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.11 0.12 0.06 0.53 0.20 0.37 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02 0.37 0.15 0.32 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.06 0.06 0.47 0.20 0.38 0.19
N4 0.04 0.03 0.06 0.08 0.01 0.12 0.02 0.29 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.08 0.07 0.09 0.62 0.27 0.48 0.31
O2 0.07 0.02 0.14 0.12 0.04 0.09 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.19 0.13 0.06 0.27 0.13 0.32 0.16
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.07 0.03 0.10 0.09 0.11 0.04 0.10 0.08 0.19 0.00 0.04 0.02 0.13 0.41 0.16 0.13
O3' 0.08 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.11 0.07 0.12 0.07 0.06 0.07 0.13 0.04 0.00 0.09 0.16 0.29 0.20 0.13
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.06 0.09 0.06 0.02 0.09 0.00 0.15 0.05 0.35 0.23
O5' 0.20 0.37 0.13 0.13 0.57 0.03 0.61 0.02 0.53 0.37 0.47 0.62 0.27 0.13 0.16 0.15 0.00 0.04 0.03 0.02
OP1 0.13 0.16 0.32 0.29 0.24 0.15 0.25 0.14 0.20 0.15 0.20 0.27 0.13 0.41 0.29 0.05 0.04 0.00 0.03 0.02
OP2 0.27 0.34 0.16 0.19 0.43 0.19 0.44 0.07 0.37 0.32 0.38 0.48 0.32 0.16 0.20 0.35 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.12 0.15 0.09 0.11 0.25 0.11 0.27 0.04 0.19 0.14 0.19 0.31 0.16 0.13 0.13 0.23 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.21 0.07 0.10 0.25 0.14 0.25 0.17 0.23 0.18 0.25 0.23 0.11 0.12 0.26 0.12 0.14 0.18 0.27 0.12
C2 0.10 0.14 0.13 0.20 0.17 0.24 0.20 0.28 0.16 0.06 0.17 0.22 0.11 0.19 0.19 0.20 0.24 0.23 0.37 0.20
C2' 0.07 0.15 0.04 0.10 0.21 0.13 0.23 0.15 0.20 0.13 0.19 0.19 0.10 0.12 0.24 0.12 0.14 0.18 0.30 0.13
C3' 0.11 0.18 0.07 0.09 0.22 0.09 0.22 0.09 0.20 0.15 0.22 0.19 0.13 0.13 0.25 0.12 0.10 0.17 0.21 0.07
C4 0.24 0.23 0.22 0.27 0.10 0.30 0.16 0.32 0.14 0.16 0.18 0.34 0.21 0.28 0.17 0.29 0.28 0.26 0.38 0.24
C4' 0.13 0.18 0.10 0.12 0.21 0.11 0.20 0.11 0.18 0.16 0.21 0.19 0.13 0.15 0.23 0.14 0.12 0.16 0.17 0.09
C5 0.21 0.16 0.20 0.26 0.21 0.29 0.23 0.30 0.18 0.12 0.16 0.30 0.19 0.29 0.28 0.28 0.25 0.23 0.35 0.21
C5' 0.15 0.14 0.18 0.20 0.16 0.17 0.15 0.16 0.16 0.14 0.15 0.16 0.22 0.23 0.18 0.16 0.17 0.18 0.21 0.15
C6 0.12 0.14 0.12 0.21 0.25 0.25 0.26 0.25 0.20 0.10 0.22 0.22 0.12 0.24 0.30 0.22 0.21 0.20 0.31 0.17
N1 0.05 0.16 0.07 0.16 0.23 0.22 0.25 0.24 0.21 0.11 0.22 0.21 0.08 0.18 0.26 0.17 0.19 0.20 0.31 0.15
N3 0.18 0.19 0.19 0.25 0.12 0.28 0.15 0.32 0.12 0.11 0.18 0.28 0.17 0.24 0.16 0.26 0.28 0.26 0.40 0.25
N4 0.30 0.34 0.29 0.32 0.12 0.33 0.14 0.35 0.18 0.26 0.30 0.43 0.29 0.32 0.13 0.32 0.32 0.29 0.42 0.28
O2 0.12 0.15 0.15 0.20 0.17 0.23 0.21 0.28 0.19 0.12 0.18 0.20 0.13 0.18 0.18 0.17 0.25 0.24 0.40 0.23
O2' 0.10 0.14 0.09 0.13 0.21 0.18 0.26 0.22 0.23 0.14 0.18 0.19 0.12 0.11 0.23 0.16 0.21 0.26 0.38 0.22
O3' 0.11 0.16 0.07 0.13 0.18 0.12 0.18 0.12 0.17 0.14 0.19 0.19 0.09 0.14 0.20 0.13 0.14 0.24 0.14 0.10
O4' 0.12 0.23 0.07 0.15 0.24 0.19 0.21 0.21 0.19 0.18 0.26 0.25 0.12 0.16 0.26 0.13 0.18 0.20 0.22 0.14
O5' 0.36 0.39 0.34 0.31 0.36 0.31 0.36 0.31 0.37 0.38 0.38 0.44 0.33 0.29 0.34 0.38 0.33 0.30 0.44 0.34
OP1 0.34 0.36 0.46 0.42 0.35 0.30 0.32 0.29 0.31 0.33 0.37 0.37 0.59 0.43 0.39 0.26 0.34 0.32 0.29 0.30
OP2 0.29 0.38 0.26 0.24 0.36 0.24 0.34 0.25 0.32 0.33 0.39 0.43 0.29 0.24 0.37 0.30 0.28 0.31 0.30 0.27
P 0.19 0.20 0.24 0.24 0.19 0.18 0.19 0.17 0.18 0.18 0.20 0.23 0.31 0.26 0.21 0.18 0.18 0.21 0.08 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.10 0.25 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.03 0.04 0.10 0.14 0.33 0.14
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.07 0.10 0.02 0.05 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.13 0.12 0.28 0.15
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.16 0.09
C4 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.15 0.20 0.43 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.08 0.13 0.04
C5 0.04 0.02 0.09 0.09 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.08 0.04 0.05 0.18 0.21 0.44 0.24
C5' 0.05 0.08 0.07 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.10 0.07 0.06 0.03 0.17 0.02 0.01 0.11 0.09 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.09 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.04 0.17 0.17 0.39 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.10 0.13 0.32 0.14
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.03 0.04 0.11 0.16 0.38 0.17
O2 0.05 0.00 0.12 0.09 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.09 0.05 0.06 0.10 0.13 0.31 0.13
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.06 0.10 0.03 0.07 0.18 0.00 0.04 0.06 0.02 0.15 0.16 0.35 0.20
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.00 0.08 0.04 0.06 0.06 0.16 0.08
O4 0.04 0.03 0.06 0.07 0.01 0.08 0.04 0.17 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.00 0.07 0.18 0.23 0.47 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.13 0.22 0.08
O5' 0.07 0.10 0.13 0.07 0.15 0.02 0.18 0.01 0.17 0.10 0.11 0.10 0.15 0.06 0.18 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.14 0.12 0.07 0.20 0.08 0.21 0.11 0.17 0.13 0.16 0.13 0.16 0.06 0.23 0.13 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.25 0.33 0.28 0.16 0.43 0.13 0.44 0.09 0.39 0.32 0.38 0.31 0.35 0.16 0.47 0.22 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.15 0.09 0.22 0.04 0.24 0.02 0.21 0.14 0.17 0.13 0.20 0.08 0.26 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00