ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49648

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.021, 0.054, 0.088, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.054 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.026, 0.087, 0.148, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.087 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.052, 0.130, 0.208, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.130 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.036, 0.117, 0.197, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.117 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.048, 0.168, 0.289, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.168 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.098, 0.224, 0.351, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.224 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.057, 0.203, 0.350, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.203 std_dev=0.147
O2 B 0, 0.177, 0.355, 0.534, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.355 std_dev=0.179
O3' A 0, 0.078, 0.295, 0.513, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.295 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.168, 0.405, 0.641, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.405 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.254, 0.522, 0.791, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.522 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.319, 0.593, 0.866, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.593 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.094, 0.406, 0.719, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.406 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.267, 0.616, 0.966, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.616 std_dev=0.349
O5' A 0, -0.054, 0.336, 0.727, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.336 std_dev=0.391
C4 B 0, 0.087, 0.486, 0.885, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.486 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.190, 0.598, 1.005, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.598 std_dev=0.408
O4 B 0, 0.029, 0.504, 0.978, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.504 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.236, 0.871, 1.507, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.871 std_dev=0.635
C2' B 0, 0.125, 0.846, 1.568, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.846 std_dev=0.722
C4' B 0, 0.183, 1.079, 1.974, 3.400 max_d=3.400 avg_d=1.079 std_dev=0.895
O2' B 0, -0.056, 0.957, 1.971, 3.718 max_d=3.718 avg_d=0.957 std_dev=1.014
C3' B 0, 0.072, 1.093, 2.115, 3.813 max_d=3.813 avg_d=1.093 std_dev=1.022
O3' B 0, 0.145, 1.194, 2.242, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.194 std_dev=1.049
P A 0, -0.378, 0.681, 1.739, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.681 std_dev=1.058
OP2 A 0, -0.362, 0.910, 2.183, 4.446 max_d=4.446 avg_d=0.910 std_dev=1.272
OP1 A 0, -0.629, 0.944, 2.518, 5.357 max_d=5.357 avg_d=0.944 std_dev=1.573
C5' B 0, -0.228, 1.494, 3.215, 6.226 max_d=6.226 avg_d=1.494 std_dev=1.721
O5' B 0, -0.632, 1.507, 3.647, 7.477 max_d=7.477 avg_d=1.507 std_dev=2.139
P B 0, -0.995, 1.790, 4.576, 9.592 max_d=9.592 avg_d=1.790 std_dev=2.785
OP2 B 0, -0.920, 2.002, 4.924, 10.160 max_d=10.160 avg_d=2.002 std_dev=2.922
OP1 B 0, -1.212, 1.771, 4.753, 10.143 max_d=10.143 avg_d=1.771 std_dev=2.982

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.21 0.39 0.20
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.28 0.64 0.77 0.52
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.21 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.39 1.14 1.06 0.84
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.19 0.06 0.09
C5 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05 0.42 1.22 1.05 0.89
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.37 0.95 0.85 0.72
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.28 0.62 0.69 0.49
N3 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.03 0.34 0.89 0.94 0.68
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.12 0.04 0.42 1.29 1.17 0.94
O2 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.08 0.03 0.22 0.42 0.65 0.37
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.06 0.31 0.10 0.13
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.11 0.04 0.05 0.12 0.08 0.03 0.00 0.01 0.02 0.25 0.19 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.11 0.11 0.28 0.12
O5' 0.15 0.28 0.10 0.08 0.39 0.02 0.42 0.01 0.37 0.28 0.34 0.42 0.22 0.06 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.64 0.11 0.09 1.14 0.19 1.22 0.03 0.95 0.62 0.89 1.29 0.42 0.31 0.25 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.77 0.21 0.10 1.06 0.06 1.05 0.13 0.85 0.69 0.94 1.17 0.65 0.10 0.19 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.52 0.10 0.09 0.84 0.09 0.89 0.01 0.72 0.49 0.68 0.94 0.37 0.13 0.12 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.18 0.20 0.31 0.15 0.40 0.31 0.41 0.34 0.27 0.13 0.17 0.46 0.20 0.10 0.46 0.48 0.17 0.27 0.14
C2 0.32 0.21 0.25 0.22 0.21 0.25 0.31 0.24 0.33 0.29 0.16 0.20 0.42 0.24 0.18 0.33 0.21 0.94 0.94 0.65
C2' 0.31 0.19 0.24 0.25 0.17 0.37 0.29 0.35 0.31 0.27 0.14 0.19 0.53 0.21 0.14 0.46 0.37 0.27 0.38 0.11
C3' 0.27 0.16 0.30 0.22 0.09 0.42 0.17 0.49 0.23 0.21 0.12 0.18 0.69 0.27 0.14 0.50 0.51 0.18 0.17 0.21
C4 0.31 0.15 0.36 0.25 0.11 0.25 0.16 0.24 0.21 0.22 0.10 0.19 0.57 0.36 0.16 0.39 0.30 1.11 0.88 0.74
C4' 0.25 0.15 0.24 0.29 0.13 0.50 0.15 0.66 0.22 0.19 0.16 0.17 0.64 0.20 0.22 0.52 0.79 0.50 0.26 0.55
C5 0.31 0.15 0.34 0.21 0.15 0.39 0.12 0.37 0.21 0.21 0.15 0.18 0.66 0.32 0.23 0.56 0.27 0.48 0.34 0.21
C5' 0.19 0.18 0.30 0.24 0.25 0.53 0.14 0.80 0.14 0.15 0.25 0.20 0.76 0.25 0.37 0.54 0.94 0.77 0.56 0.78
C6 0.31 0.15 0.27 0.23 0.12 0.44 0.17 0.48 0.26 0.23 0.14 0.18 0.60 0.25 0.23 0.56 0.47 0.23 0.19 0.15
N1 0.32 0.18 0.24 0.25 0.12 0.36 0.28 0.32 0.32 0.27 0.12 0.18 0.49 0.22 0.11 0.45 0.31 0.40 0.46 0.18
N3 0.31 0.21 0.30 0.24 0.18 0.24 0.25 0.35 0.28 0.27 0.14 0.21 0.44 0.30 0.17 0.30 0.43 1.33 1.17 0.96
N4 0.27 0.12 0.46 0.39 0.13 0.24 0.12 0.38 0.13 0.15 0.11 0.18 0.60 0.47 0.17 0.32 0.61 1.48 1.09 1.06
O2 0.32 0.24 0.23 0.23 0.29 0.24 0.36 0.31 0.35 0.30 0.22 0.21 0.35 0.23 0.28 0.28 0.29 1.07 1.14 0.79
O2' 0.33 0.23 0.21 0.31 0.25 0.38 0.35 0.36 0.36 0.30 0.20 0.21 0.45 0.21 0.24 0.44 0.42 0.19 0.38 0.11
O3' 0.26 0.16 0.32 0.21 0.10 0.41 0.18 0.49 0.22 0.20 0.12 0.18 0.73 0.29 0.13 0.50 0.51 0.16 0.16 0.20
O4' 0.28 0.15 0.20 0.35 0.11 0.50 0.21 0.63 0.28 0.22 0.16 0.17 0.52 0.20 0.22 0.51 0.78 0.46 0.18 0.51
O5' 0.33 0.48 0.56 0.18 0.56 0.31 0.43 0.65 0.36 0.39 0.56 0.50 1.06 0.46 0.64 0.28 0.85 0.85 0.55 0.79
OP1 1.17 1.11 1.52 1.08 0.92 0.69 0.96 0.32 1.06 1.13 1.02 1.15 2.15 1.47 0.78 0.66 0.20 0.18 0.15 0.13
OP2 1.33 1.40 1.53 1.05 1.39 0.68 1.42 0.26 1.39 1.39 1.40 1.39 2.06 1.46 1.31 0.75 0.26 0.49 0.23 0.33
P 0.90 0.94 1.15 0.68 0.89 0.37 0.88 0.30 0.89 0.92 0.92 0.95 1.73 1.07 0.83 0.39 0.48 0.65 0.36 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.26 0.03 0.01 0.04 0.38 0.32 0.16
C2 0.04 0.00 0.05 0.08 0.01 0.19 0.02 0.39 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.24 0.32 0.92 1.00 0.66
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.14 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.03 0.06 0.02 0.30 0.67 0.34 0.35
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.28 0.00 0.36 0.02 0.33 0.15 0.16 0.15 0.02 0.00 0.30 0.02 0.07 0.19 0.17 0.07
C4 0.03 0.01 0.05 0.28 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.08 0.01 0.03 0.39 0.32 0.34 0.19
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.34 0.07 0.10 0.44 0.21 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.11 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.36 0.01 0.31 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.06 0.01 0.20 0.82 0.66 0.29 0.68
C5' 0.04 0.39 0.14 0.02 0.14 0.01 0.49 0.00 0.52 0.05 0.24 0.83 0.07 0.16 0.14 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03
C6 0.01 0.01 0.04 0.33 0.01 0.34 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.07 0.01 0.26 0.81 0.55 0.28 0.63
N1 0.02 0.00 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.01 0.02 0.18 0.32 0.35 0.09
N3 0.03 0.00 0.05 0.16 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.15 0.12 0.73 0.88 0.47
O2 0.06 0.01 0.08 0.15 0.01 0.44 0.02 0.83 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.14 0.01 0.43 0.88 1.57 1.61 1.31
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.24 0.21 0.33 0.07 0.31 0.15 0.11 0.17 0.00 0.05 0.25 0.15 0.25 0.75 0.26 0.33
O3' 0.26 0.10 0.03 0.00 0.08 0.02 0.06 0.16 0.07 0.12 0.07 0.14 0.05 0.00 0.11 0.17 0.10 0.06 0.46 0.29
O4 0.03 0.01 0.06 0.30 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.00 0.03 0.41 0.35 0.38 0.22
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.01 0.26 0.02 0.15 0.43 0.15 0.17 0.03 0.00 0.13 0.18 0.28 0.08
O5' 0.04 0.32 0.30 0.07 0.39 0.02 0.82 0.01 0.81 0.18 0.12 0.88 0.25 0.10 0.41 0.13 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.38 0.92 0.67 0.19 0.32 0.11 0.66 0.04 0.55 0.32 0.73 1.57 0.75 0.06 0.35 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 1.00 0.34 0.17 0.34 0.11 0.29 0.07 0.28 0.35 0.88 1.61 0.26 0.46 0.38 0.28 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.66 0.35 0.07 0.19 0.03 0.68 0.03 0.63 0.09 0.47 1.31 0.33 0.29 0.22 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00