ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49649

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N4 A 0, -0.002, 0.041, 0.085, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.041 std_dev=0.043
C5 B 0, 0.117, 0.355, 0.593, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.355 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.154, 0.417, 0.681, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.417 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.196, 0.474, 0.753, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.474 std_dev=0.279
O4' A 0, 0.166, 0.449, 0.732, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.449 std_dev=0.283
C2' A 0, 0.176, 0.467, 0.759, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.467 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.216, 0.509, 0.801, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.509 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.149, 0.445, 0.741, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.445 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.188, 0.501, 0.813, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.501 std_dev=0.313
C4' A 0, 0.185, 0.567, 0.948, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.567 std_dev=0.382
O2' A 0, 0.228, 0.625, 1.023, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.625 std_dev=0.398
C3' A 0, 0.261, 0.673, 1.085, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.673 std_dev=0.412
O2 B 0, 0.322, 0.745, 1.169, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.745 std_dev=0.423
O4 B 0, 0.296, 0.770, 1.244, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.770 std_dev=0.474
C1' B 0, 0.300, 0.789, 1.278, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.789 std_dev=0.489
O3' A 0, 0.379, 0.915, 1.452, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.915 std_dev=0.536
O5' B 0, 0.290, 0.833, 1.375, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.833 std_dev=0.543
C2' B 0, 0.268, 0.847, 1.426, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.847 std_dev=0.579
O4' B 0, 0.384, 0.978, 1.573, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.978 std_dev=0.594
P B 0, 0.463, 1.133, 1.804, 1.759 max_d=1.759 avg_d=1.133 std_dev=0.670
C3' B 0, 0.362, 1.052, 1.741, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.052 std_dev=0.690
O5' A 0, 0.325, 1.046, 1.766, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.046 std_dev=0.721
C5' A 0, 0.382, 1.112, 1.842, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.112 std_dev=0.730
O2' B 0, 0.431, 1.211, 1.992, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.211 std_dev=0.780
C4' B 0, 0.495, 1.281, 2.066, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.281 std_dev=0.785
OP2 B 0, 0.597, 1.399, 2.200, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.399 std_dev=0.802
C5' B 0, 0.618, 1.539, 2.460, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.539 std_dev=0.921
O3' B 0, 0.496, 1.420, 2.344, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.420 std_dev=0.924
OP1 B 0, 0.839, 2.054, 3.269, 3.184 max_d=3.184 avg_d=2.054 std_dev=1.215
P A 0, 0.837, 2.224, 3.612, 4.149 max_d=4.149 avg_d=2.224 std_dev=1.387
OP1 A 0, 1.056, 2.680, 4.304, 4.671 max_d=4.671 avg_d=2.680 std_dev=1.624
OP2 A 0, 1.322, 3.332, 5.343, 5.813 max_d=5.813 avg_d=3.332 std_dev=2.011

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.23 0.24 0.14
C2 0.01 0.00 0.10 0.12 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.06 0.17 0.16 0.36 0.21
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.08 0.04 0.16 0.01 0.02 0.01 0.05 0.29 0.23 0.13
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.10 0.07 0.12 0.12 0.18 0.02 0.00 0.00 0.04 0.34 0.17 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.02 0.18 0.19 0.44 0.26
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.09 0.07 0.12 0.10 0.02 0.00 0.03 0.28 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.15 0.20 0.38 0.23
C5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.00 0.03 0.05 0.15 0.13 0.18 0.09 0.03 0.02 0.00 0.28 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.12 0.21 0.32 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.12 0.17 0.29 0.17
N3 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.05 0.20 0.21 0.45 0.25
N4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.12 0.03 0.21 0.22 0.50 0.28
O2 0.02 0.00 0.16 0.18 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.20 0.11 0.18 0.20 0.35 0.20
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.12 0.14 0.12 0.00 0.05 0.08 0.05 0.32 0.21 0.10
O3' 0.03 0.13 0.02 0.00 0.10 0.02 0.10 0.03 0.09 0.05 0.14 0.12 0.20 0.05 0.00 0.02 0.11 0.43 0.13 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.11 0.08 0.02 0.00 0.11 0.22 0.26 0.13
O5' 0.09 0.17 0.05 0.04 0.18 0.03 0.15 0.00 0.12 0.12 0.20 0.21 0.18 0.05 0.11 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.16 0.29 0.34 0.19 0.28 0.20 0.28 0.21 0.17 0.21 0.22 0.20 0.32 0.43 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.36 0.23 0.17 0.44 0.17 0.38 0.17 0.32 0.29 0.45 0.50 0.35 0.21 0.13 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.21 0.13 0.10 0.26 0.05 0.23 0.01 0.20 0.17 0.25 0.28 0.20 0.10 0.12 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.07 0.11 0.21 0.15 0.22 0.26 0.14 0.08 0.16 0.14 0.13 0.13 0.30 0.09 0.07 0.11 0.22 0.04
C2 0.11 0.11 0.09 0.09 0.24 0.14 0.20 0.17 0.13 0.09 0.18 0.11 0.13 0.11 0.34 0.14 0.11 0.12 0.46 0.17
C2' 0.15 0.20 0.09 0.09 0.24 0.11 0.24 0.24 0.18 0.17 0.22 0.21 0.15 0.12 0.29 0.09 0.06 0.13 0.25 0.06
C3' 0.16 0.22 0.15 0.18 0.30 0.14 0.31 0.23 0.25 0.21 0.26 0.20 0.13 0.18 0.35 0.12 0.13 0.04 0.10 0.02
C4 0.25 0.11 0.22 0.22 0.23 0.29 0.17 0.27 0.15 0.15 0.18 0.14 0.30 0.25 0.34 0.30 0.23 0.15 0.48 0.16
C4' 0.12 0.19 0.12 0.17 0.34 0.13 0.36 0.22 0.26 0.18 0.26 0.16 0.11 0.17 0.42 0.10 0.09 0.01 0.05 0.03
C5 0.27 0.13 0.26 0.29 0.21 0.39 0.16 0.39 0.17 0.15 0.20 0.16 0.31 0.33 0.29 0.37 0.26 0.25 0.39 0.14
C5' 0.21 0.34 0.24 0.27 0.52 0.19 0.51 0.23 0.39 0.31 0.43 0.30 0.17 0.26 0.61 0.16 0.20 0.08 0.18 0.08
C6 0.18 0.10 0.19 0.26 0.17 0.35 0.14 0.40 0.14 0.09 0.16 0.16 0.22 0.29 0.25 0.32 0.22 0.25 0.32 0.12
N1 0.09 0.07 0.10 0.15 0.19 0.21 0.17 0.27 0.13 0.04 0.14 0.10 0.13 0.17 0.27 0.18 0.13 0.11 0.35 0.08
N3 0.17 0.13 0.15 0.12 0.24 0.18 0.17 0.17 0.13 0.12 0.19 0.16 0.21 0.14 0.36 0.20 0.16 0.14 0.51 0.18
N4 0.29 0.15 0.27 0.24 0.26 0.31 0.17 0.26 0.16 0.19 0.20 0.21 0.38 0.28 0.38 0.32 0.26 0.17 0.51 0.18
O2 0.10 0.16 0.09 0.09 0.29 0.10 0.24 0.15 0.15 0.12 0.23 0.15 0.11 0.09 0.39 0.09 0.06 0.24 0.49 0.25
O2' 0.38 0.38 0.35 0.29 0.34 0.29 0.32 0.27 0.32 0.37 0.36 0.41 0.38 0.29 0.36 0.35 0.33 0.22 0.24 0.15
O3' 0.16 0.25 0.11 0.12 0.34 0.04 0.34 0.13 0.28 0.23 0.29 0.22 0.10 0.12 0.37 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.09 0.11 0.10 0.16 0.28 0.16 0.31 0.25 0.22 0.11 0.19 0.08 0.12 0.17 0.38 0.11 0.10 0.05 0.11 0.02
O5' 0.31 0.46 0.33 0.31 0.60 0.22 0.57 0.21 0.44 0.40 0.54 0.43 0.28 0.28 0.68 0.24 0.24 0.22 0.16 0.10
OP1 0.55 0.62 0.65 0.71 0.69 0.61 0.63 0.64 0.59 0.58 0.68 0.62 0.59 0.73 0.79 0.52 0.82 0.53 0.68 0.60
OP2 0.89 1.15 0.98 0.95 1.37 0.76 1.26 0.66 1.06 1.04 1.28 1.12 0.88 0.94 1.46 0.74 0.73 0.19 0.44 0.35
P 0.56 0.74 0.62 0.62 0.90 0.48 0.84 0.44 0.70 0.66 0.84 0.72 0.55 0.60 0.99 0.46 0.53 0.25 0.36 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.15 0.55 0.23
C2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.01 0.03 0.16 0.27 0.64 0.31
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.09 0.10 0.00 0.03 0.09 0.01 0.12 0.18 0.43 0.16
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.12 0.03 0.10 0.08 0.14 0.12 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.22 0.30 0.12
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.00 0.04 0.25 0.39 0.63 0.35
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.00 0.03 0.12 0.35 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.04 0.25 0.39 0.64 0.35
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.09 0.04 0.04 0.13 0.01 0.01 0.17 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.20 0.32 0.66 0.33
N1 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.15 0.25 0.63 0.30
N3 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.01 0.03 0.21 0.34 0.64 0.33
O2 0.05 0.00 0.10 0.12 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.02 0.05 0.13 0.23 0.62 0.29
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.00 0.06 0.05 0.04 0.05 0.12 0.42 0.13
O3' 0.02 0.14 0.03 0.00 0.19 0.02 0.15 0.04 0.11 0.08 0.18 0.13 0.06 0.00 0.22 0.02 0.14 0.24 0.21 0.08
O4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.22 0.00 0.04 0.27 0.42 0.58 0.35
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.09 0.09 0.51 0.22
O5' 0.07 0.16 0.12 0.18 0.25 0.03 0.25 0.01 0.20 0.15 0.21 0.13 0.05 0.14 0.27 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.15 0.27 0.18 0.22 0.39 0.12 0.39 0.17 0.32 0.25 0.34 0.23 0.12 0.24 0.42 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.55 0.64 0.43 0.30 0.63 0.35 0.64 0.28 0.66 0.63 0.64 0.62 0.42 0.21 0.58 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.31 0.16 0.12 0.35 0.09 0.35 0.01 0.33 0.30 0.33 0.29 0.13 0.08 0.35 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00