Doublet Group distance statistics: 49650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.030, 0.067, 0.105, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.067 std_dev=0.037
N4	A	0, 0.020, 0.061, 0.102, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.061 std_dev=0.041
O4'	A	0, 0.049, 0.135, 0.221, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.135 std_dev=0.086
C2'	A	0, 0.004, 0.101, 0.197, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.101 std_dev=0.096
O2'	A	0, 0.046, 0.156, 0.266, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.156 std_dev=0.110
C3'	A	0, 0.065, 0.208, 0.350, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.208 std_dev=0.142
C4'	A	0, 0.087, 0.246, 0.405, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.246 std_dev=0.159
O3'	A	0, 0.120, 0.314, 0.508, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.314 std_dev=0.194
C6	B	0, 0.120, 0.373, 0.626, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.373 std_dev=0.253
N1	B	0, 0.167, 0.460, 0.754, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.460 std_dev=0.294
C5'	A	0, 0.160, 0.456, 0.751, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.456 std_dev=0.295
O4'	B	0, 0.123, 0.459, 0.794, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.459 std_dev=0.335
C4'	B	0, 0.140, 0.509, 0.878, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.509 std_dev=0.369
P	B	0, 0.117, 0.496, 0.876, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.496 std_dev=0.379
C2	B	0, 0.161, 0.555, 0.948, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.555 std_dev=0.393
C5'	B	0, 0.107, 0.512, 0.918, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.512 std_dev=0.405
C5	B	0, 0.049, 0.459, 0.869, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.459 std_dev=0.410
OP1	B	0, 0.247, 0.658, 1.068, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.658 std_dev=0.411
O5'	A	0, 0.193, 0.612, 1.030, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.612 std_dev=0.419
C1'	B	0, 0.201, 0.649, 1.097, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.649 std_dev=0.448
O2	B	0, 0.262, 0.741, 1.221, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.741 std_dev=0.479
N3	B	0, 0.096, 0.580, 1.063, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.580 std_dev=0.484
C4	B	0, 0.122, 0.615, 1.109, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.615 std_dev=0.493
O4	B	0, 0.262, 0.866, 1.470, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.866 std_dev=0.604
P	A	0, 0.277, 0.882, 1.487, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.882 std_dev=0.605
OP2	B	0, 0.173, 0.844, 1.516, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.844 std_dev=0.672
O5'	B	0, 0.276, 0.972, 1.668, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.972 std_dev=0.696
C3'	B	0, 0.156, 0.868, 1.580, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.868 std_dev=0.712
C2'	B	0, 0.258, 1.000, 1.741, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.000 std_dev=0.741
OP2	A	0, 0.276, 1.197, 2.118, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.197 std_dev=0.921
O2'	B	0, 0.359, 1.368, 2.378, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.368 std_dev=1.009
O3'	B	0, 0.336, 1.363, 2.390, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.363 std_dev=1.027
OP1	A	0, 0.647, 1.911, 3.176, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.911 std_dev=1.264

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.01	0.00	0.06	0.33	0.37	0.11
C2	0.03	0.00	0.05	0.09	0.02	0.08	0.02	0.14	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.10	0.05	0.10	0.64	0.55	0.26
C2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.06	0.01	0.04	0.02	0.10	0.00	0.01	0.01	0.09	0.27	0.23	0.11
C3'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.09	0.00	0.09	0.02	0.08	0.06	0.10	0.10	0.14	0.01	0.00	0.01	0.17	0.24	0.26	0.12
C4	0.02	0.02	0.01	0.09	0.00	0.07	0.01	0.15	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.11	0.04	0.14	0.83	0.59	0.34
C4'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.07	0.00	0.04	0.01	0.02	0.03	0.09	0.08	0.12	0.05	0.02	0.00	0.01	0.20	0.25	0.04
C5	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.07	0.11	0.02	0.12	0.73	0.54	0.29
C5'	0.02	0.14	0.02	0.02	0.15	0.01	0.10	0.00	0.06	0.07	0.17	0.18	0.17	0.05	0.03	0.01	0.01	0.28	0.29	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.08	0.02	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.09	0.02	0.09	0.58	0.48	0.21
N1	0.01	0.00	0.01	0.06	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.08	0.51	0.47	0.19
N3	0.02	0.01	0.04	0.10	0.01	0.09	0.00	0.17	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.12	0.05	0.14	0.82	0.61	0.35
N4	0.02	0.02	0.02	0.10	0.00	0.08	0.03	0.18	0.03	0.01	0.02	0.00	0.05	0.06	0.12	0.05	0.17	0.94	0.61	0.40
O2	0.05	0.01	0.10	0.14	0.03	0.12	0.02	0.17	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.08	0.15	0.08	0.08	0.57	0.57	0.25
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.05	0.07	0.05	0.06	0.02	0.04	0.06	0.08	0.00	0.03	0.04	0.08	0.18	0.25	0.09
O3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.11	0.02	0.11	0.03	0.09	0.06	0.12	0.12	0.15	0.03	0.00	0.01	0.24	0.30	0.44	0.15
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.04	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.05	0.08	0.04	0.01	0.00	0.14	0.32	0.43	0.11
O5'	0.06	0.10	0.09	0.17	0.14	0.01	0.12	0.01	0.09	0.08	0.14	0.17	0.08	0.08	0.24	0.14	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.33	0.64	0.27	0.24	0.83	0.20	0.73	0.28	0.58	0.51	0.82	0.94	0.57	0.18	0.30	0.32	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.55	0.23	0.26	0.59	0.25	0.54	0.29	0.48	0.47	0.61	0.61	0.57	0.25	0.44	0.43	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.26	0.11	0.12	0.34	0.04	0.29	0.01	0.21	0.19	0.35	0.40	0.25	0.09	0.15	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.35	0.17	0.30	0.12	0.16	0.15	0.14	0.22	0.19	0.22	0.15	0.20	0.46	0.15	0.22	0.24	0.18	0.04	0.16	0.07
C2	0.33	0.23	0.26	0.07	0.21	0.10	0.16	0.19	0.17	0.24	0.21	0.26	0.40	0.05	0.29	0.21	0.29	0.13	0.18	0.14
C2'	0.29	0.17	0.23	0.10	0.17	0.13	0.18	0.22	0.20	0.20	0.16	0.18	0.34	0.13	0.18	0.23	0.22	0.09	0.26	0.14
C3'	0.19	0.13	0.10	0.15	0.18	0.12	0.18	0.28	0.15	0.14	0.15	0.13	0.18	0.20	0.20	0.19	0.09	0.01	0.08	0.01
C4	0.34	0.15	0.35	0.19	0.28	0.18	0.24	0.16	0.16	0.20	0.13	0.25	0.50	0.22	0.43	0.21	0.33	0.13	0.20	0.13
C4'	0.24	0.17	0.13	0.13	0.21	0.11	0.20	0.30	0.18	0.18	0.19	0.17	0.25	0.19	0.25	0.20	0.06	0.07	0.18	0.07
C5	0.39	0.14	0.44	0.29	0.31	0.25	0.26	0.21	0.21	0.22	0.20	0.20	0.60	0.33	0.42	0.26	0.28	0.13	0.24	0.12
C5'	0.23	0.21	0.14	0.21	0.28	0.16	0.25	0.31	0.21	0.21	0.25	0.21	0.21	0.29	0.32	0.21	0.14	0.19	0.40	0.20
C6	0.39	0.13	0.42	0.26	0.21	0.24	0.17	0.22	0.17	0.21	0.15	0.18	0.59	0.30	0.31	0.26	0.25	0.12	0.24	0.11
N1	0.36	0.17	0.32	0.13	0.17	0.15	0.12	0.20	0.16	0.22	0.15	0.21	0.48	0.15	0.25	0.23	0.21	0.06	0.16	0.05
N3	0.32	0.22	0.28	0.10	0.20	0.11	0.15	0.16	0.13	0.21	0.17	0.29	0.41	0.09	0.35	0.19	0.35	0.16	0.20	0.16
N4	0.32	0.16	0.36	0.22	0.35	0.19	0.30	0.15	0.18	0.19	0.15	0.29	0.51	0.25	0.54	0.21	0.37	0.16	0.20	0.15
O2	0.32	0.28	0.23	0.12	0.30	0.12	0.25	0.23	0.24	0.27	0.29	0.30	0.34	0.11	0.35	0.22	0.32	0.20	0.27	0.22
O2'	0.35	0.20	0.33	0.20	0.17	0.21	0.18	0.22	0.22	0.24	0.17	0.23	0.45	0.24	0.18	0.28	0.48	0.18	0.31	0.25
O3'	0.11	0.09	0.14	0.27	0.17	0.18	0.17	0.34	0.12	0.08	0.13	0.09	0.12	0.33	0.19	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01
O4'	0.31	0.19	0.23	0.06	0.21	0.11	0.18	0.25	0.20	0.22	0.19	0.21	0.38	0.10	0.25	0.23	0.11	0.03	0.13	0.03
O5'	0.34	0.29	0.28	0.31	0.31	0.31	0.31	0.39	0.32	0.31	0.29	0.28	0.30	0.36	0.32	0.34	0.37	0.40	0.54	0.39
OP1	0.76	0.91	0.63	0.43	1.01	0.49	0.94	0.37	0.85	0.84	0.98	0.90	0.66	0.34	1.06	0.67	0.31	0.50	0.34	0.34
OP2	0.28	0.21	0.41	0.68	0.22	0.52	0.27	0.74	0.27	0.24	0.19	0.21	0.34	0.85	0.24	0.33	0.80	0.94	1.20	0.88
P	0.35	0.37	0.33	0.38	0.42	0.32	0.39	0.39	0.36	0.36	0.40	0.36	0.32	0.45	0.45	0.34	0.41	0.40	0.62	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.15	0.06	0.54	0.15
C2	0.01	0.00	0.10	0.12	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.15	0.01	0.03	0.34	0.09	0.44	0.09
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.03	0.01	0.09	0.01	0.11	0.02	0.07	0.19	0.00	0.01	0.03	0.01	0.26	0.22	0.38	0.04
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.15	0.02	0.17	0.05	0.10	0.21	0.01	0.00	0.09	0.01	0.36	0.35	0.27	0.16
C4	0.02	0.01	0.03	0.08	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.03	0.51	0.11	0.26	0.15
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.07	0.03	0.05	0.07	0.05	0.03	0.04	0.00	0.01	0.13	0.47	0.09
C5	0.01	0.01	0.09	0.15	0.01	0.06	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.19	0.01	0.04	0.53	0.11	0.26	0.15
C5'	0.01	0.07	0.01	0.02	0.06	0.00	0.07	0.00	0.07	0.04	0.07	0.09	0.04	0.04	0.06	0.01	0.00	0.17	0.40	0.01
C6	0.01	0.01	0.11	0.17	0.01	0.07	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.19	0.01	0.04	0.46	0.09	0.40	0.10
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.02	0.33	0.08	0.47	0.10
N3	0.01	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.13	0.01	0.03	0.43	0.10	0.35	0.11
O2	0.03	0.00	0.19	0.21	0.01	0.07	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.26	0.02	0.06	0.27	0.08	0.47	0.10
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.02	0.05	0.05	0.04	0.06	0.01	0.05	0.14	0.00	0.02	0.02	0.04	0.09	0.19	0.43	0.06
O3'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.12	0.03	0.19	0.04	0.19	0.06	0.13	0.26	0.02	0.00	0.13	0.02	0.34	0.48	0.17	0.24
O4	0.02	0.01	0.03	0.09	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.13	0.00	0.03	0.54	0.11	0.19	0.17
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.06	0.04	0.02	0.03	0.00	0.12	0.10	0.64	0.26
O5'	0.15	0.34	0.26	0.36	0.51	0.01	0.53	0.00	0.46	0.33	0.43	0.27	0.09	0.34	0.54	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.06	0.09	0.22	0.35	0.11	0.13	0.11	0.17	0.09	0.08	0.10	0.08	0.19	0.48	0.11	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.54	0.44	0.38	0.27	0.26	0.47	0.26	0.40	0.40	0.47	0.35	0.47	0.43	0.17	0.19	0.64	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.15	0.09	0.04	0.16	0.15	0.09	0.15	0.01	0.10	0.10	0.11	0.10	0.06	0.24	0.17	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00