ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49654

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.004, 0.041, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.009, 0.089, 0.169, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.089 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.009, 0.124, 0.238, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.124 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.026, 0.154, 0.282, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.154 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.031, 0.191, 0.351, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.191 std_dev=0.160
O4' A 0, -0.016, 0.146, 0.309, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.146 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.046, 0.260, 0.474, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.260 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.026, 0.255, 0.484, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.255 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.043, 0.280, 0.518, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.280 std_dev=0.237
P A 0, 0.067, 0.320, 0.573, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.320 std_dev=0.253
O2' A 0, -0.015, 0.240, 0.496, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.240 std_dev=0.256
O5' A 0, 0.048, 0.305, 0.563, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.305 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.007, 0.335, 0.663, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.335 std_dev=0.328
O2 B 0, -0.001, 0.380, 0.762, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.380 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.029, 0.423, 0.818, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.423 std_dev=0.394
C6 B 0, 0.034, 0.457, 0.881, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.457 std_dev=0.424
C5 B 0, 0.039, 0.517, 0.996, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.517 std_dev=0.479
C1' B 0, -0.056, 0.425, 0.906, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.425 std_dev=0.481
O4' B 0, -0.046, 0.509, 1.063, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.509 std_dev=0.555
O4 B 0, 0.026, 0.587, 1.148, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.587 std_dev=0.561
OP2 A 0, -0.041, 0.734, 1.509, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.734 std_dev=0.775
C4' B 0, -0.104, 0.692, 1.488, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.692 std_dev=0.796
C2' B 0, -0.207, 0.595, 1.398, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.595 std_dev=0.802
O3' B 0, -0.210, 0.695, 1.600, 2.235 max_d=2.235 avg_d=0.695 std_dev=0.905
C3' B 0, -0.193, 0.746, 1.686, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.746 std_dev=0.940
O2' B 0, -0.274, 0.682, 1.638, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.682 std_dev=0.956
C5' B 0, -0.183, 0.888, 1.959, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.888 std_dev=1.071
OP1 A 0, -0.271, 0.996, 2.262, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.996 std_dev=1.266
O5' B 0, -0.547, 1.218, 2.984, 4.258 max_d=4.258 avg_d=1.218 std_dev=1.765
P B 0, -0.743, 1.418, 3.579, 5.151 max_d=5.151 avg_d=1.418 std_dev=2.161
OP1 B 0, -0.813, 1.626, 4.064, 5.838 max_d=5.838 avg_d=1.626 std_dev=2.439
OP2 B 0, -1.150, 2.000, 5.149, 7.447 max_d=7.447 avg_d=2.000 std_dev=3.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.17 0.39 0.09
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02 0.09 0.53 0.37 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.07 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.10 0.19 0.63 0.20
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.29 0.43 0.16
C4 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.08 0.06 0.12 0.81 0.30 0.13
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.06 0.10 0.12 0.82 0.28 0.13
C5' 0.04 0.09 0.05 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.10 0.11 0.18 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.43 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.05 0.09 0.11 0.64 0.30 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.02 0.09 0.48 0.36 0.10
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.10 0.02 0.10 0.68 0.35 0.11
N4 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.15 0.08 0.08 0.14 0.91 0.28 0.15
O2 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.09 0.11 0.07 0.08 0.41 0.39 0.11
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.14 0.01 0.18 0.04 0.15 0.07 0.10 0.15 0.09 0.00 0.01 0.01 0.12 0.26 0.78 0.24
O3' 0.06 0.10 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.10 0.08 0.11 0.01 0.00 0.06 0.06 0.36 0.41 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.13 0.07
O5' 0.04 0.09 0.10 0.07 0.12 0.01 0.12 0.00 0.11 0.09 0.10 0.14 0.08 0.12 0.06 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.17 0.53 0.19 0.29 0.81 0.33 0.82 0.43 0.64 0.48 0.68 0.91 0.41 0.26 0.36 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.39 0.37 0.63 0.43 0.30 0.16 0.28 0.28 0.30 0.36 0.35 0.28 0.39 0.78 0.41 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.09 0.10 0.20 0.16 0.13 0.07 0.13 0.01 0.10 0.10 0.11 0.15 0.11 0.24 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.13 0.04 0.12 0.28 0.14 0.39 0.17 0.36 0.16 0.17 0.29 0.09 0.11 0.30 0.04 0.44 0.61 0.40 0.33
C2 0.17 0.15 0.23 0.33 0.33 0.41 0.43 0.48 0.31 0.11 0.17 0.30 0.15 0.27 0.39 0.31 0.55 0.86 0.24 0.36
C2' 0.10 0.02 0.13 0.14 0.23 0.11 0.37 0.16 0.34 0.15 0.07 0.23 0.25 0.16 0.26 0.02 0.53 0.78 0.62 0.49
C3' 0.13 0.11 0.12 0.15 0.22 0.11 0.34 0.11 0.34 0.17 0.14 0.27 0.19 0.17 0.24 0.14 0.42 0.55 0.65 0.41
C4 0.16 0.07 0.15 0.23 0.33 0.34 0.36 0.41 0.19 0.06 0.15 0.19 0.06 0.16 0.42 0.31 0.17 0.59 0.42 0.07
C4' 0.19 0.20 0.21 0.32 0.24 0.31 0.31 0.33 0.33 0.19 0.24 0.35 0.21 0.33 0.26 0.24 0.08 0.11 0.18 0.04
C5 0.11 0.02 0.10 0.13 0.26 0.21 0.30 0.23 0.22 0.08 0.12 0.16 0.19 0.11 0.30 0.18 0.02 0.37 0.57 0.23
C5' 0.27 0.15 0.46 0.61 0.19 0.48 0.18 0.49 0.24 0.15 0.25 0.29 0.51 0.71 0.25 0.29 0.29 0.17 0.24 0.29
C6 0.13 0.02 0.16 0.16 0.25 0.18 0.34 0.18 0.30 0.14 0.11 0.20 0.24 0.16 0.27 0.11 0.04 0.37 0.34 0.13
N1 0.04 0.09 0.09 0.17 0.29 0.23 0.40 0.26 0.35 0.12 0.14 0.26 0.12 0.14 0.33 0.12 0.32 0.60 0.07 0.16
N3 0.21 0.13 0.25 0.35 0.35 0.45 0.42 0.54 0.25 0.12 0.16 0.25 0.15 0.27 0.44 0.38 0.43 0.83 0.07 0.22
N4 0.19 0.06 0.18 0.27 0.33 0.38 0.28 0.46 0.10 0.10 0.14 0.14 0.06 0.18 0.47 0.35 0.13 0.58 0.60 0.14
O2 0.24 0.19 0.33 0.45 0.33 0.52 0.43 0.61 0.31 0.16 0.18 0.35 0.25 0.39 0.40 0.36 0.87 1.15 0.69 0.71
O2' 0.04 0.05 0.06 0.13 0.27 0.19 0.42 0.29 0.36 0.13 0.09 0.25 0.18 0.11 0.31 0.08 0.84 1.16 1.04 0.83
O3' 0.11 0.17 0.06 0.07 0.21 0.03 0.33 0.05 0.32 0.15 0.16 0.34 0.06 0.10 0.23 0.13 0.69 0.71 1.09 0.70
O4' 0.14 0.22 0.13 0.22 0.27 0.24 0.34 0.27 0.34 0.20 0.25 0.36 0.13 0.19 0.30 0.16 0.13 0.18 0.06 0.07
O5' 0.46 0.12 0.67 0.72 0.12 0.51 0.25 0.47 0.35 0.31 0.05 0.11 0.83 0.82 0.13 0.36 0.34 0.11 0.40 0.35
OP1 0.26 0.29 0.64 0.83 0.59 0.49 0.39 0.42 0.17 0.09 0.57 0.23 0.90 1.09 0.77 0.15 0.33 0.09 0.39 0.29
OP2 0.26 0.02 0.32 0.40 0.14 0.38 0.16 0.37 0.21 0.16 0.14 0.14 0.37 0.44 0.21 0.28 0.28 0.11 0.44 0.35
P 0.45 0.13 0.68 0.74 0.10 0.50 0.19 0.46 0.29 0.29 0.07 0.12 0.88 0.85 0.17 0.33 0.37 0.08 0.48 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.39 0.20 0.79 0.49
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.01 0.07 0.54 0.34 1.27 0.76
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.05 0.10 0.01 0.06 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.54 0.39 0.89 0.56
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.20 0.27 0.17
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.01 0.02 0.72 0.53 1.74 1.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.07 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.07 0.01 0.08 0.75 0.56 1.74 1.10
C5' 0.02 0.06 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.07 0.01 0.09 0.68 0.47 1.49 0.96
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.55 0.33 1.21 0.76
N3 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.64 0.43 1.54 0.93
O2 0.06 0.01 0.15 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.28 0.08 0.00 0.14 0.42 0.25 1.03 0.59
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.04 0.14 0.01 0.07 0.28 0.00 0.03 0.05 0.01 0.51 0.41 0.90 0.55
O3' 0.07 0.07 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.07 0.06 0.08 0.03 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.11 0.08
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.76 0.58 1.88 1.15
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.03 0.00 0.22 0.11 0.52 0.33
O5' 0.39 0.54 0.54 0.22 0.72 0.00 0.75 0.00 0.68 0.55 0.64 0.42 0.51 0.05 0.76 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.34 0.39 0.20 0.53 0.07 0.56 0.10 0.47 0.33 0.43 0.25 0.41 0.03 0.58 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.79 1.27 0.89 0.27 1.74 0.08 1.74 0.01 1.49 1.21 1.54 1.03 0.90 0.11 1.88 0.52 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.49 0.76 0.56 0.17 1.08 0.04 1.10 0.00 0.96 0.76 0.93 0.59 0.55 0.08 1.15 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00