Doublet Group distance statistics: 49655

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, -0.002, 0.021, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.004, 0.056, 0.107, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.056 std_dev=0.052
N1 B 0, 0.036, 0.128, 0.219, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.128 std_dev=0.092
C6 B 0, 0.019, 0.219, 0.418, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.219 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.008, 0.262, 0.515, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.262 std_dev=0.254
C5 B 0, -0.031, 0.352, 0.735, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.352 std_dev=0.383
C2 B 0, -0.031, 0.363, 0.757, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.363 std_dev=0.394
C4 B 0, -0.066, 0.421, 0.908, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.421 std_dev=0.487
N3 B 0, -0.073, 0.433, 0.939, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.433 std_dev=0.506
O2 B 0, -0.082, 0.558, 1.198, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.558 std_dev=0.640
C2' B 0, -0.088, 0.582, 1.252, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.582 std_dev=0.670
O4 B 0, -0.118, 0.590, 1.298, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.590 std_dev=0.708
O2' B 0, -0.145, 0.840, 1.825, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.840 std_dev=0.985
O4' A 0, -0.234, 0.874, 1.983, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.874 std_dev=1.108
C2' A 0, -0.238, 0.922, 2.083, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.922 std_dev=1.161
O4' B 0, -0.300, 0.970, 2.239, 2.763 max_d=2.763 avg_d=0.970 std_dev=1.269
C4' A 0, -0.348, 0.957, 2.261, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.957 std_dev=1.304
C3' B 0, -0.312, 1.042, 2.395, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.042 std_dev=1.354
O3' B 0, -0.333, 1.065, 2.463, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.065 std_dev=1.398
O2' A 0, -0.084, 1.408, 2.901, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.408 std_dev=1.492
C3' A 0, -0.284, 1.307, 2.898, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.307 std_dev=1.591
C4' B 0, -0.464, 1.357, 3.178, 3.932 max_d=3.932 avg_d=1.357 std_dev=1.821
O3' A 0, -0.161, 1.862, 3.884, 4.673 max_d=4.673 avg_d=1.862 std_dev=2.023
C5' A 0, -0.731, 1.864, 4.458, 5.533 max_d=5.533 avg_d=1.864 std_dev=2.594
O5' A 0, -0.726, 1.942, 4.609, 5.714 max_d=5.714 avg_d=1.942 std_dev=2.668
O5' B 0, -0.743, 1.997, 4.737, 5.872 max_d=5.872 avg_d=1.997 std_dev=2.740
C5' B 0, -0.730, 2.025, 4.779, 5.919 max_d=5.919 avg_d=2.025 std_dev=2.755
P A 0, -0.902, 2.615, 6.131, 7.586 max_d=7.586 avg_d=2.615 std_dev=3.517
OP1 A 0, -0.881, 2.719, 6.319, 7.806 max_d=7.806 avg_d=2.719 std_dev=3.600
P B 0, -0.998, 2.742, 6.482, 8.029 max_d=8.029 avg_d=2.742 std_dev=3.740
OP2 B 0, -1.038, 2.906, 6.850, 8.483 max_d=8.483 avg_d=2.906 std_dev=3.944
OP2 A 0, -1.024, 3.146, 7.317, 9.040 max_d=9.040 avg_d=3.146 std_dev=4.171
OP1 B 0, -1.167, 3.300, 7.767, 9.615 max_d=9.615 avg_d=3.300 std_dev=4.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.13 0.01 0.22 0.24 0.23 0.24
C2 0.03 0.00 0.10 0.30 0.02 0.35 0.01 0.62 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.49 0.09 0.35 0.20 0.29 0.25 0.30
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.02 0.07 0.03 0.19 0.01 0.02 0.04 0.08 0.26 0.10 0.06
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.20 0.00 0.08 0.01 0.06 0.13 0.31 0.22 0.38 0.01 0.00 0.01 0.25 0.37 0.26 0.06
C4 0.03 0.02 0.03 0.20 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.26 0.13 0.07 0.33 0.19 0.34 0.21
C4' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.03 0.00 0.23 0.00 0.29 0.02 0.28 0.04 0.63 0.20 0.03 0.01 0.01 0.27 0.05 0.12
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.23 0.00 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.34 0.74 0.61 0.81 0.66
C5' 0.01 0.62 0.04 0.01 0.11 0.00 0.36 0.00 0.46 0.07 0.54 0.12 1.12 0.16 0.06 0.00 0.00 0.29 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01 0.29 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.03 0.42 0.76 0.67 0.81 0.70
N1 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.03 0.03 0.27 0.21 0.27 0.22
N3 0.03 0.01 0.07 0.31 0.00 0.28 0.00 0.54 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.13 0.22 0.09 0.23 0.15 0.22
N4 0.04 0.02 0.03 0.22 0.00 0.04 0.01 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.16 0.07 0.34 0.17 0.36 0.21
O2 0.05 0.00 0.19 0.38 0.01 0.63 0.01 1.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.75 0.10 0.69 0.68 0.75 0.78 0.79
O2' 0.00 0.49 0.01 0.01 0.26 0.20 0.11 0.16 0.17 0.16 0.46 0.28 0.75 0.00 0.06 0.12 0.36 0.06 0.37 0.20
O3' 0.13 0.09 0.02 0.00 0.13 0.03 0.09 0.06 0.03 0.03 0.13 0.16 0.10 0.06 0.00 0.07 0.53 0.35 0.57 0.19
O4' 0.01 0.35 0.04 0.01 0.07 0.01 0.34 0.00 0.42 0.03 0.22 0.07 0.69 0.12 0.07 0.00 0.33 0.19 0.32 0.25
O5' 0.22 0.20 0.08 0.25 0.33 0.01 0.74 0.00 0.76 0.27 0.09 0.34 0.68 0.36 0.53 0.33 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.24 0.29 0.26 0.37 0.19 0.27 0.61 0.29 0.67 0.21 0.23 0.17 0.75 0.06 0.35 0.19 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.25 0.10 0.26 0.34 0.05 0.81 0.02 0.81 0.27 0.15 0.36 0.78 0.37 0.57 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.30 0.06 0.06 0.21 0.12 0.66 0.01 0.70 0.22 0.22 0.21 0.79 0.20 0.19 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.02 0.42 0.12 0.35 0.50 0.38 0.54 0.15 0.04 0.17 0.09 0.50 0.08 0.46 0.60 0.26 0.40 0.34 0.23
C2 0.13 0.03 0.25 0.10 0.19 0.11 0.15 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06 0.32 0.10 0.29 0.16 0.06 0.10 0.08 0.06
C2' 0.99 0.67 0.38 0.95 0.27 1.35 0.34 1.35 0.66 0.80 0.45 0.74 0.34 0.99 0.07 1.42 0.98 0.90 0.11 0.73
C3' 0.75 0.70 0.13 0.74 0.60 1.15 0.65 1.29 0.74 0.74 0.65 0.71 0.17 0.82 0.51 1.19 1.08 1.10 0.29 1.05
C4 0.05 0.15 0.18 0.20 0.08 0.45 0.01 0.72 0.03 0.07 0.15 0.18 0.07 0.42 0.08 0.36 0.59 0.72 0.61 0.69
C4' 0.23 0.14 0.98 0.30 0.08 0.23 0.13 0.49 0.19 0.18 0.10 0.14 1.27 0.28 0.06 0.31 0.28 0.65 0.11 0.53
C5 0.08 0.22 0.27 0.33 0.04 0.50 0.10 0.87 0.08 0.09 0.18 0.31 0.06 0.48 0.03 0.31 0.89 1.01 1.05 1.04
C5' 0.73 0.31 1.60 0.96 0.14 0.40 0.04 0.11 0.32 0.45 0.05 0.39 1.99 0.94 0.36 0.23 0.23 0.18 0.29 0.15
C6 0.17 0.16 0.36 0.21 0.10 0.13 0.22 0.42 0.12 0.10 0.06 0.27 0.20 0.30 0.15 0.11 0.65 0.69 1.04 0.81
N1 0.18 0.06 0.34 0.05 0.22 0.18 0.26 0.07 0.09 0.08 0.07 0.14 0.35 0.11 0.30 0.31 0.09 0.07 0.48 0.17
N3 0.08 0.06 0.18 0.04 0.03 0.17 0.03 0.31 0.05 0.07 0.03 0.08 0.19 0.24 0.08 0.12 0.19 0.23 0.20 0.22
N4 0.08 0.15 0.12 0.28 0.20 0.69 0.07 0.99 0.03 0.05 0.24 0.17 0.07 0.56 0.26 0.62 0.74 0.93 0.63 0.84
O2 0.13 0.05 0.25 0.21 0.25 0.28 0.15 0.32 0.04 0.06 0.17 0.04 0.41 0.05 0.40 0.27 0.37 0.51 0.32 0.46
O2' 1.20 0.59 0.68 1.33 0.07 1.81 0.07 1.88 0.56 0.80 0.22 0.74 0.71 1.44 0.39 1.72 1.34 1.47 0.24 1.12
O3' 1.08 0.85 0.52 1.33 0.59 1.78 0.67 2.09 0.88 0.95 0.70 0.89 0.28 1.49 0.43 1.62 1.84 2.19 1.09 2.04
O4' 0.60 0.51 1.31 0.71 0.45 0.26 0.57 0.09 0.66 0.59 0.45 0.48 1.50 0.75 0.36 0.14 0.28 0.11 0.55 0.11
O5' 1.27 0.94 2.10 1.31 0.47 0.64 0.53 0.11 0.88 1.04 0.69 1.03 2.65 1.31 0.24 0.60 0.16 0.65 0.25 0.54
OP1 1.26 0.92 2.16 1.45 0.50 0.68 0.59 0.18 0.89 1.02 0.68 1.01 2.77 1.46 0.28 0.56 0.33 0.39 0.23 0.23
OP2 1.69 1.21 2.52 1.77 0.50 1.00 0.55 0.31 1.01 1.31 0.84 1.40 3.37 1.87 0.18 0.94 0.24 0.71 0.54 0.61
P 1.42 1.03 2.27 1.50 0.50 0.76 0.58 0.18 0.95 1.14 0.74 1.15 2.98 1.56 0.23 0.70 0.20 0.62 0.26 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.39 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.04
C2 0.00 0.00 0.30 0.25 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.21 0.00 0.24 0.15 0.12 0.31 0.18
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.18 0.19 0.05 0.25 0.46 0.00 0.06 0.11 0.03 0.40 0.41 0.55 0.45
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.42 0.00 0.41 0.01 0.34 0.24 0.35 0.14 0.00 0.00 0.45 0.01 0.06 0.13 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.09 0.42 0.00 0.19 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.06 0.00 0.01 0.54 0.60 0.81 0.65
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.19 0.00 0.34 0.00 0.36 0.11 0.01 0.27 0.27 0.03 0.19 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.02 0.11 0.41 0.00 0.34 0.00 0.49 0.00 0.01 0.02 0.03 0.53 0.12 0.00 0.17 0.69 0.77 0.86 0.81
C5' 0.03 0.07 0.18 0.01 0.27 0.00 0.49 0.00 0.47 0.13 0.04 0.29 0.08 0.19 0.29 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.02 0.19 0.34 0.00 0.36 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.02 0.54 0.04 0.01 0.25 0.59 0.60 0.57 0.63
N1 0.00 0.01 0.05 0.24 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.16 0.01 0.00 0.24 0.23 0.27 0.26
N3 0.00 0.00 0.25 0.35 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.18 0.31 0.32 0.56 0.38
O2 0.01 0.01 0.46 0.14 0.01 0.27 0.03 0.29 0.02 0.01 0.01 0.00 0.42 0.37 0.01 0.41 0.05 0.12 0.13 0.03
O2' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.29 0.27 0.53 0.08 0.54 0.19 0.05 0.42 0.00 0.07 0.29 0.19 0.31 0.31 0.65 0.39
O3' 0.39 0.21 0.06 0.00 0.06 0.03 0.12 0.19 0.04 0.16 0.08 0.37 0.07 0.00 0.11 0.24 0.16 0.26 0.24 0.22
O4 0.01 0.00 0.11 0.45 0.00 0.19 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.00 0.03 0.58 0.69 0.95 0.73
O4' 0.00 0.24 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.18 0.41 0.19 0.24 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05
O5' 0.05 0.15 0.40 0.06 0.54 0.01 0.69 0.00 0.59 0.24 0.31 0.05 0.31 0.16 0.58 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.41 0.13 0.60 0.03 0.77 0.02 0.60 0.23 0.32 0.12 0.31 0.26 0.69 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.31 0.55 0.07 0.81 0.02 0.86 0.00 0.57 0.27 0.56 0.13 0.65 0.24 0.95 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.18 0.45 0.07 0.65 0.01 0.81 0.00 0.63 0.26 0.38 0.03 0.39 0.22 0.73 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00