ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C4' B 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5' B 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O5' B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
P B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O3' B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.000, 0.203, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.000, 0.239, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.239 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O2 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O3' A 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O4 B 0, 0.000, 0.280, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C5' A 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.000, 0.320, 0.639, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.320 std_dev=0.320
OP1 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
OP1 A 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
P A 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP2 A 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.11 0.15 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.10 0.13 0.11
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.10 0.14 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04
N3 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.09 0.08 0.12 0.09
N4 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.14 0.18 0.15
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.09 0.07
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02
O5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.06 0.02 0.08 0.14 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.08 0.02 0.00 0.15 0.01 0.13 0.00 0.09 0.06 0.12 0.18 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.02 0.00 0.12 0.01 0.11 0.01 0.07 0.04 0.09 0.15 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.04 0.01 0.16 0.03 0.10 0.03 0.04 0.03 0.17 0.10 0.07 0.03 0.19 0.01 0.01 0.18 0.12 0.00
C2 0.09 0.06 0.08 0.05 0.13 0.06 0.07 0.05 0.01 0.02 0.13 0.04 0.10 0.00 0.17 0.05 0.00 0.17 0.13 0.01
C2' 0.00 0.10 0.00 0.04 0.13 0.02 0.08 0.01 0.04 0.04 0.14 0.10 0.04 0.10 0.16 0.03 0.04 0.20 0.07 0.03
C3' 0.04 0.03 0.05 0.00 0.08 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.09 0.06 0.11 0.01 0.01 0.17 0.12 0.00
C4 0.11 0.04 0.10 0.07 0.07 0.05 0.01 0.03 0.06 0.09 0.03 0.05 0.12 0.02 0.12 0.07 0.01 0.21 0.16 0.00
C4' 0.06 0.01 0.08 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00 0.12 0.02 0.09 0.03 0.01 0.14 0.16 0.03
C5 0.10 0.04 0.10 0.07 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.12 0.02 0.16 0.07 0.01 0.22 0.16 0.00
C5' 0.12 0.09 0.15 0.10 0.04 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.04 0.10 0.18 0.04 0.01 0.09 0.08 0.07 0.25 0.10
C6 0.09 0.00 0.09 0.06 0.12 0.06 0.05 0.04 0.01 0.05 0.10 0.02 0.12 0.01 0.18 0.06 0.00 0.20 0.16 0.01
N1 0.07 0.06 0.08 0.05 0.14 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.14 0.04 0.10 0.00 0.19 0.04 0.00 0.18 0.14 0.01
N3 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.01 0.11 0.02 0.13 0.07 0.00 0.19 0.15 0.01
N4 0.10 0.07 0.09 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.10 0.03 0.07 0.11 0.02 0.06 0.06 0.03 0.23 0.14 0.02
O2 0.06 0.10 0.06 0.04 0.14 0.05 0.09 0.04 0.04 0.02 0.15 0.10 0.08 0.01 0.16 0.03 0.00 0.15 0.09 0.01
O2' 0.08 0.16 0.07 0.12 0.17 0.08 0.13 0.06 0.10 0.11 0.19 0.18 0.04 0.19 0.19 0.09 0.09 0.22 0.02 0.07
O3' 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.08 0.08 0.10 0.01 0.02 0.17 0.09 0.01
O4' 0.08 0.03 0.10 0.07 0.11 0.09 0.05 0.08 0.00 0.03 0.11 0.01 0.14 0.04 0.15 0.06 0.03 0.14 0.18 0.04
O5' 0.11 0.09 0.15 0.11 0.03 0.11 0.06 0.10 0.08 0.10 0.04 0.11 0.19 0.06 0.01 0.09 0.08 0.06 0.25 0.10
OP1 0.10 0.10 0.13 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.16 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.27 0.09
OP2 0.12 0.14 0.17 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.16 0.20 0.08 0.12 0.10 0.11 0.01 0.31 0.14
P 0.11 0.10 0.14 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.18 0.05 0.07 0.08 0.08 0.04 0.27 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.08 0.16 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.05 0.15 0.17 0.01
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.19 0.19 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.20 0.21 0.02
C5' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.22 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.14 0.19 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.05 0.17 0.18 0.01
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.06 0.05 0.14 0.15 0.01
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.13 0.00
O3' 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06
O4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.06 0.20 0.18 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.15 0.04 0.06 0.19 0.02 0.20 0.01 0.17 0.14 0.17 0.14 0.05 0.07 0.20 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.17 0.13 0.10 0.19 0.05 0.21 0.03 0.22 0.19 0.18 0.15 0.13 0.06 0.18 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00