ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2 B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O2' B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C6 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O4' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O4 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.000, 0.232, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O3' B 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C5' B 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
P B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
OP2 B 0, 0.000, 0.405, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.405
OP1 B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
OP2 A 0, 0.000, 0.532, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.532 std_dev=0.532
P A 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
O5' A 0, 0.000, 0.935, 1.869, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.935 std_dev=0.935
OP1 A 0, 0.000, 0.984, 1.968, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.984 std_dev=0.984

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.44 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.12 0.45 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.39 0.08 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.25 0.46 0.00 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.12 0.33 0.20 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.01 0.13
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.26 0.23 0.02
C5' 0.03 0.07 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.26 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.21 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.39 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.15 0.41 0.15 0.09
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.31 0.22 0.03
O2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.15 0.53 0.07 0.15
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.24 0.40 0.07 0.01
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.22 0.55 0.07 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.45 0.09 0.10
O5' 0.01 0.12 0.18 0.25 0.12 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.15 0.14 0.15 0.24 0.22 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.44 0.45 0.39 0.46 0.33 0.49 0.26 0.26 0.29 0.39 0.41 0.31 0.53 0.40 0.55 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.12 0.08 0.00 0.20 0.01 0.23 0.07 0.21 0.15 0.15 0.22 0.07 0.07 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.02 0.06 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.15 0.01 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02
C2' 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.09 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01
C3' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06
C5 0.06 0.07 0.06 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.09 0.06 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.03
C5' 0.08 0.04 0.07 0.06 0.03 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.02 0.03 0.08 0.05 0.01 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12
C6 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.01 0.03
N1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01
N3 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02
N4 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00
O2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
O2' 0.07 0.09 0.07 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.03
O3' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02
O4' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
O5' 0.23 0.28 0.28 0.28 0.38 0.22 0.34 0.22 0.28 0.26 0.33 0.26 0.26 0.30 0.44 0.18 0.23 0.28 0.25 0.24
OP1 0.09 0.20 0.10 0.01 0.20 0.02 0.09 0.09 0.06 0.12 0.24 0.23 0.11 0.01 0.25 0.01 0.12 0.18 0.21 0.19
OP2 0.32 0.27 0.31 0.34 0.24 0.34 0.28 0.33 0.30 0.30 0.24 0.27 0.32 0.34 0.19 0.34 0.33 0.28 0.27 0.29
P 0.05 0.01 0.03 0.07 0.04 0.09 0.01 0.11 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00