ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49666

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 6, 13, 24, 12, 5, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.029, 0.056, 0.084, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.056 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.073, 0.147, 0.220, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.147 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.049, 0.127, 0.205, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.127 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.221, 0.324, 0.428, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.324 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.374, 0.487, 0.601, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.487 std_dev=0.114
P B 0, 0.263, 0.428, 0.594, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.428 std_dev=0.166
OP2 B 0, 0.309, 0.475, 0.642, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.475 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.280, 0.453, 0.625, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.453 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.251, 0.429, 0.606, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.429 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.105, 0.284, 0.463, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.284 std_dev=0.179
O3' A 0, 1.209, 1.411, 1.613, 1.820 max_d=1.820 avg_d=1.411 std_dev=0.202
OP1 B 0, 0.290, 0.495, 0.699, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.495 std_dev=0.204
P A 0, 0.165, 0.496, 0.827, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.496 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.128, 0.497, 0.866, 3.017 max_d=3.017 avg_d=0.497 std_dev=0.369
OP2 A 0, 0.128, 0.505, 0.881, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.505 std_dev=0.376
OP1 A 0, 0.058, 0.560, 1.061, 4.192 max_d=4.192 avg_d=0.560 std_dev=0.502
C5' B 0, -0.017, 0.529, 1.075, 4.560 max_d=4.560 avg_d=0.529 std_dev=0.546
O3' B 0, -0.031, 0.641, 1.312, 5.079 max_d=5.079 avg_d=0.641 std_dev=0.672
C3' B 0, -0.149, 0.617, 1.382, 6.140 max_d=6.140 avg_d=0.617 std_dev=0.766
C4' B 0, -0.189, 0.611, 1.412, 6.617 max_d=6.617 avg_d=0.611 std_dev=0.801
O4' B 0, -0.341, 0.685, 1.711, 8.542 max_d=8.542 avg_d=0.685 std_dev=1.026
C2' B 0, -0.378, 0.728, 1.834, 9.085 max_d=9.085 avg_d=0.728 std_dev=1.106
C8 B 0, -0.374, 0.798, 1.971, 9.933 max_d=9.933 avg_d=0.798 std_dev=1.172
C1' B 0, -0.482, 0.741, 1.965, 10.181 max_d=10.181 avg_d=0.741 std_dev=1.223
O2' B 0, -0.447, 0.815, 2.078, 10.365 max_d=10.365 avg_d=0.815 std_dev=1.262
N9 B 0, -0.498, 0.792, 2.082, 10.869 max_d=10.869 avg_d=0.792 std_dev=1.290
N7 B 0, -0.507, 0.856, 2.219, 11.654 max_d=11.654 avg_d=0.856 std_dev=1.363
C4 B 0, -0.698, 0.849, 2.397, 13.134 max_d=13.134 avg_d=0.849 std_dev=1.547
C5 B 0, -0.715, 0.883, 2.481, 13.647 max_d=13.647 avg_d=0.883 std_dev=1.598
N3 B 0, -0.857, 0.883, 2.624, 14.743 max_d=14.743 avg_d=0.883 std_dev=1.740
C6 B 0, -0.938, 0.946, 2.831, 16.133 max_d=16.133 avg_d=0.946 std_dev=1.885
C2 B 0, -1.044, 0.935, 2.913, 16.818 max_d=16.818 avg_d=0.935 std_dev=1.979
N6 B 0, -1.008, 1.000, 3.007, 17.244 max_d=17.244 avg_d=1.000 std_dev=2.007
N1 B 0, -1.101, 0.965, 3.031, 17.631 max_d=17.631 avg_d=0.965 std_dev=2.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.10 0.00 0.11 0.16 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.13 0.15 0.22 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05 0.03 0.07 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.17 0.29 0.30 0.20
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.18 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.04 0.03 0.15 0.16 0.20 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.09 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.16 0.16 0.19 0.16
C5' 0.04 0.07 0.08 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.09 0.12 0.06 0.06 0.08 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.05 0.15 0.14 0.19 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.13 0.15 0.22 0.12
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.03 0.14 0.15 0.21 0.14
N4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.05 0.04 0.16 0.18 0.20 0.17
O2 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.17 0.06 0.12 0.15 0.23 0.12
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.13 0.09 0.11 0.06 0.09 0.07 0.14 0.15 0.16 0.00 0.04 0.07 0.15 0.31 0.35 0.22
O3' 0.10 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.17 0.04 0.00 0.07 0.13 0.11 0.21 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.07 0.07 0.00 0.06 0.10 0.21 0.10
O5' 0.11 0.13 0.17 0.07 0.15 0.02 0.16 0.01 0.15 0.13 0.14 0.16 0.12 0.15 0.13 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.16 0.15 0.29 0.18 0.16 0.09 0.16 0.06 0.14 0.15 0.15 0.18 0.15 0.31 0.11 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.22 0.30 0.18 0.20 0.15 0.19 0.06 0.19 0.22 0.21 0.20 0.23 0.35 0.21 0.21 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.20 0.08 0.15 0.05 0.16 0.02 0.14 0.12 0.14 0.17 0.12 0.22 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.12 0.48 0.31 0.95 0.13 1.14 0.13 1.33 0.83 1.30 0.95 1.50 1.08 0.76 0.36 0.19 0.29 0.15 0.13 0.14 0.11
C2 0.47 0.92 0.44 0.30 0.84 0.14 1.01 0.12 1.11 0.79 1.06 0.80 1.23 1.00 0.69 0.32 0.19 0.28 0.15 0.13 0.15 0.12
C2' 0.37 0.99 0.36 0.23 0.82 0.10 1.02 0.19 1.20 0.72 1.17 0.81 1.39 0.96 0.63 0.23 0.14 0.17 0.10 0.13 0.13 0.11
C3' 0.50 1.14 0.50 0.35 0.95 0.13 1.13 0.10 1.33 0.81 1.32 0.95 1.49 1.05 0.75 0.37 0.23 0.27 0.17 0.13 0.13 0.12
C4 0.41 0.71 0.40 0.28 0.68 0.13 0.80 0.13 0.85 0.69 0.80 0.63 0.91 0.82 0.60 0.29 0.18 0.24 0.14 0.15 0.14 0.11
C4' 0.58 1.28 0.56 0.37 1.05 0.16 1.23 0.09 1.45 0.88 1.46 1.07 1.62 1.13 0.83 0.44 0.23 0.33 0.17 0.13 0.14 0.11
C5 0.43 0.81 0.43 0.30 0.74 0.15 0.87 0.15 0.95 0.71 0.91 0.71 1.03 0.86 0.63 0.32 0.19 0.26 0.14 0.15 0.14 0.12
C5' 0.59 1.30 0.57 0.37 1.06 0.17 1.23 0.10 1.45 0.87 1.47 1.09 1.60 1.11 0.83 0.46 0.23 0.34 0.16 0.15 0.16 0.13
C6 0.47 0.95 0.46 0.31 0.84 0.14 1.00 0.14 1.12 0.77 1.09 0.82 1.23 0.96 0.69 0.34 0.20 0.27 0.14 0.14 0.14 0.12
N1 0.48 1.01 0.46 0.31 0.89 0.13 1.07 0.12 1.20 0.81 1.16 0.86 1.34 1.03 0.72 0.34 0.19 0.28 0.14 0.13 0.14 0.11
N3 0.43 0.77 0.40 0.29 0.73 0.13 0.87 0.11 0.93 0.73 0.88 0.69 1.01 0.89 0.63 0.29 0.19 0.26 0.15 0.14 0.14 0.11
N4 0.34 0.52 0.34 0.26 0.52 0.14 0.61 0.14 0.63 0.57 0.59 0.47 0.67 0.64 0.49 0.25 0.17 0.22 0.14 0.17 0.15 0.13
O2 0.48 0.96 0.44 0.30 0.85 0.16 1.03 0.14 1.15 0.79 1.10 0.83 1.29 1.01 0.70 0.33 0.20 0.30 0.17 0.14 0.17 0.14
O2' 0.28 0.92 0.27 0.17 0.72 0.22 0.92 0.33 1.13 0.59 1.11 0.72 1.33 0.85 0.52 0.19 0.18 0.17 0.14 0.19 0.21 0.19
O3' 0.43 1.09 0.45 0.29 0.87 0.12 1.04 0.19 1.25 0.72 1.26 0.89 1.42 0.95 0.67 0.32 0.20 0.22 0.13 0.16 0.18 0.15
O4' 0.61 1.29 0.58 0.38 1.08 0.19 1.26 0.09 1.47 0.91 1.47 1.09 1.63 1.15 0.86 0.47 0.25 0.37 0.17 0.13 0.15 0.12
O5' 0.47 1.12 0.48 0.30 0.91 0.12 1.07 0.16 1.27 0.76 1.28 0.93 1.40 0.97 0.71 0.36 0.18 0.25 0.14 0.20 0.18 0.15
OP1 0.62 1.33 0.65 0.45 1.07 0.24 1.20 0.16 1.41 0.86 1.46 1.12 1.51 1.07 0.85 0.53 0.33 0.38 0.23 0.20 0.20 0.19
OP2 0.40 0.96 0.44 0.31 0.78 0.15 0.92 0.21 1.07 0.66 1.09 0.80 1.18 0.84 0.61 0.31 0.22 0.21 0.18 0.24 0.21 0.19
P 0.56 1.20 0.58 0.40 0.99 0.19 1.13 0.12 1.31 0.83 1.34 1.02 1.42 1.03 0.79 0.45 0.27 0.33 0.21 0.18 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.12 0.03 0.09 0.12 0.24 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.12 0.20 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.16 0.25 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.16 0.28 0.10
C8 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.08 0.18 0.19 0.08
N1 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.09 0.14 0.27 0.11
N3 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.09 0.11 0.20 0.09
N6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.09 0.19 0.32 0.12
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.08 0.21 0.25 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.12 0.15 0.06
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.14 0.12 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O5' 0.04 0.09 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.03 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.12 0.08 0.09 0.12 0.08 0.16 0.11 0.16 0.18 0.14 0.11 0.19 0.21 0.12 0.08 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.24 0.07 0.08 0.20 0.06 0.25 0.11 0.28 0.19 0.27 0.20 0.32 0.25 0.15 0.05 0.12 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.10 0.04 0.06 0.08 0.02 0.09 0.02 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.06 0.04 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00