ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49667

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 4, 18, 15, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.008, 0.034, 0.061, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.055, 0.143, 0.232, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.143 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.037, 0.131, 0.224, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.131 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.075, 0.178, 0.281, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.178 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.069, 0.193, 0.318, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.193 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.085, 0.222, 0.358, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.222 std_dev=0.136
P B 0, 0.182, 0.333, 0.484, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.333 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.165, 0.331, 0.498, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.331 std_dev=0.167
OP1 B 0, 0.176, 0.351, 0.527, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.351 std_dev=0.175
O5' B 0, 0.240, 0.426, 0.612, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.426 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.148, 0.341, 0.534, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.341 std_dev=0.193
C5' B 0, 0.247, 0.469, 0.692, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.469 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.112, 0.341, 0.569, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.341 std_dev=0.229
C8 B 0, 0.178, 0.439, 0.700, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.439 std_dev=0.261
O5' A 0, 0.105, 0.378, 0.651, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.378 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.179, 0.457, 0.736, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.457 std_dev=0.278
C4' B 0, 0.260, 0.559, 0.859, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.559 std_dev=0.299
C3' B 0, 0.253, 0.569, 0.886, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.569 std_dev=0.316
O4' B 0, 0.273, 0.606, 0.940, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.606 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.255, 0.592, 0.929, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.592 std_dev=0.337
N9 B 0, 0.230, 0.573, 0.916, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.573 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.214, 0.574, 0.933, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.574 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.273, 0.657, 1.041, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.657 std_dev=0.384
C2' B 0, 0.269, 0.659, 1.049, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.659 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.255, 0.656, 1.056, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.656 std_dev=0.400
N6 B 0, 0.241, 0.645, 1.050, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.645 std_dev=0.404
C6 B 0, 0.241, 0.655, 1.069, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.655 std_dev=0.414
P A 0, 0.145, 0.561, 0.976, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.561 std_dev=0.416
OP1 A 0, 0.133, 0.579, 1.025, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.579 std_dev=0.446
OP2 A 0, 0.183, 0.662, 1.142, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.662 std_dev=0.479
O2' B 0, 0.331, 0.814, 1.296, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.814 std_dev=0.483
N3 B 0, 0.316, 0.809, 1.301, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.809 std_dev=0.492
N1 B 0, 0.294, 0.789, 1.285, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.789 std_dev=0.495
C2 B 0, 0.327, 0.856, 1.385, 2.546 max_d=2.546 avg_d=0.856 std_dev=0.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.11 0.08 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.10 0.06 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.10 0.06 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.11 0.09 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.09 0.05 0.07
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.05 0.04
O5' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.06 0.05 0.10 0.02 0.11 0.02 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.04 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.08 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.11 0.11
C2 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.15 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.15 0.13 0.12
C2' 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.11 0.08 0.13 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.10
C3' 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.11 0.09 0.08
C4 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09
C4' 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.08
C5 0.14 0.14 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.09 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.10 0.12 0.08 0.12 0.09 0.08
C5' 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.09 0.13 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06
C6 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.13 0.11 0.13 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09
N1 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.13 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.13 0.11 0.10
N3 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.09 0.12 0.09 0.15 0.11 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.14 0.12 0.12
N4 0.11 0.12 0.10 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08
O2 0.11 0.17 0.10 0.09 0.14 0.10 0.15 0.11 0.18 0.11 0.18 0.15 0.20 0.13 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.16 0.15 0.14
O2' 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.15 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.14 0.12 0.11
O3' 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.08 0.13 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.11 0.09 0.08
O4' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09
O5' 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06
OP1 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.13 0.09 0.08 0.09 0.12 0.12 0.10
OP2 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09
P 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.06 0.07 0.12 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.09 0.14 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.10 0.15 0.11
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07 0.09 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.12
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.11 0.15 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.05 0.10 0.09 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.08 0.09 0.06 0.13 0.11 0.06 0.08 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.04 0.04 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.11 0.17 0.15 0.10 0.04 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.07 0.12 0.11 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00