ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49669

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 9, 5, 6, 10, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.042 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.020, 0.047, 0.073, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.018, 0.056, 0.093, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.056 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.050, 0.097, 0.143, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.097 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.037, 0.094, 0.152, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.094 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.052, 0.116, 0.180, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.116 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.114, 0.185, 0.257, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.185 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.067, 0.155, 0.243, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.155 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.082, 0.171, 0.261, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.171 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.076, 0.173, 0.270, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.173 std_dev=0.097
P A 0, 0.089, 0.221, 0.354, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.221 std_dev=0.133
OP2 A 0, 0.100, 0.252, 0.404, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.252 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.116, 0.284, 0.453, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.284 std_dev=0.169
P B 0, 0.213, 0.395, 0.577, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.395 std_dev=0.182
OP2 B 0, 0.210, 0.398, 0.586, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.398 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.296, 0.502, 0.708, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.502 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.209, 0.418, 0.627, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.418 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.271, 0.487, 0.703, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.487 std_dev=0.216
C8 B 0, 0.215, 0.432, 0.649, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.432 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.216, 0.434, 0.651, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.434 std_dev=0.217
C5' B 0, 0.241, 0.472, 0.703, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.472 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.285, 0.516, 0.748, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.516 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.296, 0.529, 0.762, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.529 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.249, 0.527, 0.805, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.527 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.150, 0.429, 0.708, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.429 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.185, 0.490, 0.795, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.490 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.225, 0.554, 0.883, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.554 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.278, 0.626, 0.974, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.626 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.248, 0.602, 0.956, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.602 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.136, 0.534, 0.933, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.534 std_dev=0.398
C2 B 0, 0.200, 0.632, 1.065, 3.040 max_d=3.040 avg_d=0.632 std_dev=0.433
O3' B 0, 0.172, 0.608, 1.044, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.608 std_dev=0.436
N1 B 0, 0.153, 0.606, 1.059, 3.250 max_d=3.250 avg_d=0.606 std_dev=0.453
O2' B 0, 0.299, 0.759, 1.220, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.759 std_dev=0.461
N6 B 0, 0.059, 0.523, 0.986, 3.387 max_d=3.387 avg_d=0.523 std_dev=0.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.12 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.11 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.04 0.10 0.04 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.04 0.12 0.03 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.09 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.36 0.12 0.16 0.22 0.08 0.28 0.09 0.40 0.09 0.43 0.26 0.48 0.19 0.11 0.07 0.18 0.13 0.09 0.13 0.08 0.08
C2 0.07 0.37 0.13 0.16 0.24 0.07 0.31 0.08 0.42 0.12 0.44 0.28 0.50 0.23 0.13 0.08 0.18 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08
C2' 0.08 0.32 0.09 0.12 0.18 0.11 0.23 0.12 0.36 0.07 0.39 0.22 0.45 0.14 0.08 0.07 0.14 0.16 0.12 0.12 0.09 0.08
C3' 0.09 0.29 0.06 0.09 0.15 0.11 0.22 0.10 0.34 0.06 0.37 0.19 0.43 0.14 0.06 0.08 0.11 0.16 0.11 0.11 0.07 0.06
C4 0.08 0.33 0.12 0.15 0.24 0.08 0.32 0.07 0.41 0.17 0.40 0.25 0.48 0.29 0.15 0.07 0.15 0.11 0.08 0.15 0.08 0.09
C4' 0.06 0.33 0.09 0.13 0.19 0.09 0.24 0.08 0.37 0.07 0.40 0.23 0.45 0.16 0.08 0.06 0.15 0.14 0.09 0.12 0.06 0.06
C5 0.08 0.33 0.11 0.15 0.24 0.08 0.32 0.08 0.41 0.17 0.40 0.25 0.49 0.28 0.15 0.08 0.15 0.11 0.08 0.17 0.09 0.10
C5' 0.06 0.32 0.08 0.12 0.18 0.08 0.25 0.06 0.37 0.08 0.39 0.22 0.45 0.18 0.08 0.06 0.13 0.13 0.07 0.13 0.05 0.05
C6 0.07 0.34 0.11 0.15 0.23 0.07 0.31 0.07 0.41 0.14 0.42 0.25 0.50 0.26 0.13 0.06 0.15 0.11 0.07 0.15 0.07 0.08
N1 0.06 0.36 0.12 0.15 0.23 0.07 0.30 0.07 0.41 0.12 0.43 0.26 0.50 0.23 0.12 0.06 0.17 0.11 0.08 0.13 0.07 0.08
N3 0.07 0.35 0.12 0.16 0.25 0.07 0.32 0.07 0.42 0.15 0.42 0.27 0.49 0.27 0.14 0.07 0.17 0.11 0.07 0.13 0.07 0.08
N4 0.10 0.31 0.12 0.16 0.24 0.09 0.32 0.09 0.39 0.20 0.38 0.24 0.46 0.31 0.17 0.09 0.15 0.11 0.09 0.17 0.11 0.10
O2 0.08 0.39 0.15 0.18 0.24 0.09 0.30 0.11 0.43 0.11 0.46 0.29 0.50 0.20 0.13 0.11 0.21 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09
O2' 0.10 0.34 0.13 0.15 0.19 0.13 0.22 0.14 0.35 0.10 0.40 0.24 0.43 0.13 0.10 0.11 0.18 0.17 0.14 0.13 0.11 0.10
O3' 0.11 0.27 0.07 0.09 0.13 0.14 0.18 0.12 0.30 0.07 0.34 0.17 0.39 0.10 0.06 0.11 0.10 0.19 0.13 0.10 0.08 0.07
O4' 0.06 0.36 0.12 0.16 0.22 0.08 0.28 0.08 0.40 0.10 0.43 0.26 0.48 0.20 0.11 0.07 0.18 0.12 0.08 0.14 0.07 0.08
O5' 0.07 0.31 0.06 0.11 0.19 0.08 0.26 0.06 0.37 0.10 0.38 0.21 0.47 0.21 0.09 0.07 0.11 0.13 0.08 0.13 0.07 0.05
OP1 0.08 0.30 0.06 0.10 0.19 0.09 0.27 0.06 0.38 0.11 0.38 0.21 0.47 0.22 0.10 0.10 0.09 0.13 0.08 0.14 0.09 0.06
OP2 0.10 0.29 0.09 0.12 0.20 0.11 0.28 0.09 0.38 0.15 0.37 0.21 0.48 0.25 0.12 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.12 0.09
P 0.07 0.30 0.07 0.11 0.19 0.09 0.27 0.06 0.38 0.12 0.38 0.21 0.47 0.23 0.10 0.09 0.10 0.13 0.08 0.14 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.12 0.14 0.32 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.13 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.16 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.14 0.27 0.19
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.13 0.21 0.34 0.25
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.15 0.23 0.39 0.28
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.19 0.24 0.21
N1 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.14 0.19 0.37 0.25
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.10 0.10 0.26 0.16
N6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.16 0.28 0.43 0.31
N7 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.13 0.25 0.34 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.20 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.08 0.07 0.03
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.12 0.09 0.14 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
O5' 0.03 0.12 0.07 0.12 0.11 0.01 0.13 0.00 0.15 0.10 0.14 0.10 0.16 0.13 0.08 0.06 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.14 0.04 0.03 0.14 0.09 0.21 0.04 0.23 0.19 0.19 0.10 0.28 0.25 0.11 0.08 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.32 0.13 0.16 0.27 0.03 0.34 0.01 0.39 0.24 0.37 0.26 0.43 0.34 0.20 0.07 0.14 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.20 0.06 0.08 0.19 0.05 0.25 0.01 0.28 0.21 0.25 0.16 0.31 0.27 0.15 0.03 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00