ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 1, 4, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.007, 0.031, 0.056, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.031, 0.065, 0.098, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.065 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.021, 0.064, 0.107, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.064 std_dev=0.043
OP1 B 0, 0.318, 0.607, 0.897, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.607 std_dev=0.289
P B 0, 0.171, 0.472, 0.772, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.472 std_dev=0.300
OP2 B 0, 0.268, 0.627, 0.986, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.627 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.132, 0.492, 0.852, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.492 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.399, 0.762, 1.124, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.762 std_dev=0.363
O4' A 0, 0.179, 0.621, 1.064, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.621 std_dev=0.442
C2' A 0, 0.216, 0.714, 1.212, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.714 std_dev=0.498
C4' A 0, 0.318, 0.863, 1.409, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.863 std_dev=0.545
OP2 A 0, 0.558, 1.120, 1.683, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.120 std_dev=0.563
C3' A 0, 0.337, 0.934, 1.531, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.934 std_dev=0.597
O5' B 0, 0.491, 1.107, 1.723, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.107 std_dev=0.616
P A 0, 0.487, 1.152, 1.818, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.152 std_dev=0.665
C5' A 0, 0.432, 1.136, 1.840, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.136 std_dev=0.704
O5' A 0, 0.508, 1.279, 2.050, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.279 std_dev=0.771
O2' A 0, 0.382, 1.242, 2.101, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.242 std_dev=0.860
O3' A 0, 0.504, 1.424, 2.345, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.424 std_dev=0.920
C4' B 0, 0.641, 1.564, 2.487, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.564 std_dev=0.923
C2' B 0, 0.635, 1.597, 2.560, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.597 std_dev=0.962
C5' B 0, 0.689, 1.745, 2.801, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.745 std_dev=1.056
O2' B 0, 0.726, 1.827, 2.929, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.827 std_dev=1.102
OP1 A 0, 0.793, 2.048, 3.302, 3.529 max_d=3.529 avg_d=2.048 std_dev=1.254
O4' B 0, 0.796, 2.145, 3.494, 3.375 max_d=3.375 avg_d=2.145 std_dev=1.349
C8 B 0, 0.798, 2.166, 3.535, 3.369 max_d=3.369 avg_d=2.166 std_dev=1.368
C1' B 0, 0.813, 2.230, 3.648, 3.516 max_d=3.516 avg_d=2.230 std_dev=1.418
N9 B 0, 0.836, 2.323, 3.811, 3.626 max_d=3.626 avg_d=2.323 std_dev=1.488
N7 B 0, 0.876, 2.430, 3.983, 3.760 max_d=3.760 avg_d=2.430 std_dev=1.553
C4 B 0, 0.938, 2.675, 4.412, 4.159 max_d=4.159 avg_d=2.675 std_dev=1.737
C5 B 0, 0.957, 2.753, 4.549, 4.277 max_d=4.277 avg_d=2.753 std_dev=1.796
N3 B 0, 1.035, 2.952, 4.870, 4.556 max_d=4.556 avg_d=2.952 std_dev=1.917
C6 B 0, 1.083, 3.189, 5.295, 4.947 max_d=4.947 avg_d=3.189 std_dev=2.106
C2 B 0, 1.131, 3.299, 5.467, 5.100 max_d=5.100 avg_d=3.299 std_dev=2.168
N6 B 0, 1.159, 3.411, 5.663, 5.284 max_d=5.284 avg_d=3.411 std_dev=2.252
N1 B 0, 1.159, 3.445, 5.731, 5.349 max_d=5.349 avg_d=3.445 std_dev=2.286

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.34 0.00 0.17 0.10 0.61 0.12
C2 0.05 0.00 0.20 0.15 0.01 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.28 0.12 0.31 0.15 0.50 0.24
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.27 0.18 0.02 0.15 0.04 0.34 0.00 0.04 0.02 0.28 0.72 1.07 0.57
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.20 0.01 0.21 0.01 0.17 0.12 0.18 0.22 0.16 0.01 0.01 0.03 0.15 0.45 0.57 0.31
C4 0.02 0.01 0.04 0.20 0.00 0.04 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.10 0.04 0.49 0.28 0.34 0.40
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.12 0.26 0.02 0.01 0.01 0.20 0.42 0.05
C5 0.02 0.01 0.13 0.21 0.00 0.08 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.06 0.08 0.54 0.31 0.32 0.43
C5' 0.14 0.21 0.27 0.01 0.27 0.01 0.27 0.00 0.25 0.20 0.24 0.28 0.21 0.06 0.24 0.02 0.01 0.40 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.17 0.01 0.09 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.09 0.11 0.47 0.25 0.43 0.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.20 0.02 0.33 0.16 0.52 0.24
N3 0.04 0.01 0.15 0.18 0.00 0.04 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.10 0.40 0.21 0.42 0.32
N4 0.02 0.01 0.04 0.22 0.01 0.05 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.08 0.05 0.53 0.32 0.27 0.45
O2 0.09 0.00 0.34 0.16 0.02 0.12 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.28 0.41 0.20 0.22 0.11 0.56 0.20
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.26 0.26 0.37 0.06 0.35 0.15 0.12 0.28 0.28 0.00 0.06 0.15 0.24 0.79 1.14 0.58
O3' 0.34 0.28 0.04 0.01 0.10 0.02 0.06 0.24 0.09 0.20 0.21 0.08 0.41 0.06 0.00 0.24 0.13 0.26 0.34 0.15
O4' 0.00 0.12 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.10 0.05 0.20 0.15 0.24 0.00 0.35 0.55 0.32 0.41
O5' 0.17 0.31 0.28 0.15 0.49 0.01 0.54 0.01 0.47 0.33 0.40 0.53 0.22 0.24 0.13 0.35 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.15 0.72 0.45 0.28 0.20 0.31 0.40 0.25 0.16 0.21 0.32 0.11 0.79 0.26 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.61 0.50 1.07 0.57 0.34 0.42 0.32 0.42 0.43 0.52 0.42 0.27 0.56 1.14 0.34 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.24 0.57 0.31 0.40 0.05 0.43 0.02 0.34 0.24 0.32 0.45 0.20 0.58 0.15 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.10 1.57 0.89 0.38 1.47 0.37 1.68 0.10 1.86 1.38 1.77 1.42 2.06 1.62 1.31 0.88 0.05 0.78 0.12 0.11 0.08 0.09
C2 0.90 1.08 0.74 0.37 1.14 0.35 1.35 0.15 1.37 1.22 1.20 1.03 1.51 1.43 1.08 0.71 0.11 0.66 0.16 0.12 0.10 0.10
C2' 0.96 1.47 0.74 0.25 1.38 0.22 1.64 0.15 1.84 1.36 1.71 1.30 2.12 1.63 1.22 0.69 0.17 0.65 0.13 0.20 0.14 0.15
C3' 1.12 1.51 0.95 0.47 1.43 0.42 1.62 0.12 1.77 1.40 1.69 1.38 1.95 1.59 1.31 0.94 0.13 0.80 0.16 0.28 0.23 0.28
C4 0.69 0.63 0.63 0.30 0.79 0.20 0.92 0.13 0.83 1.02 0.69 0.65 0.86 1.09 0.84 0.57 0.09 0.45 0.17 0.13 0.04 0.08
C4' 1.01 1.45 0.80 0.30 1.33 0.30 1.48 0.14 1.66 1.24 1.63 1.31 1.81 1.41 1.19 0.83 0.12 0.70 0.18 0.14 0.11 0.10
C5 0.82 0.88 0.75 0.30 1.00 0.19 1.14 0.19 1.10 1.13 0.96 0.88 1.13 1.23 1.00 0.69 0.05 0.51 0.20 0.15 0.05 0.10
C5' 0.80 1.27 0.61 0.23 1.11 0.22 1.25 0.40 1.43 1.01 1.43 1.11 1.56 1.18 0.97 0.64 0.42 0.48 0.44 0.32 0.34 0.26
C6 0.97 1.22 0.84 0.34 1.26 0.26 1.43 0.14 1.47 1.28 1.35 1.16 1.54 1.44 1.17 0.80 0.06 0.63 0.16 0.13 0.05 0.09
N1 0.99 1.30 0.83 0.36 1.31 0.33 1.51 0.10 1.60 1.31 1.46 1.22 1.74 1.52 1.20 0.80 0.05 0.69 0.14 0.12 0.07 0.09
N3 0.74 0.74 0.64 0.34 0.88 0.30 1.04 0.15 0.97 1.08 0.81 0.75 1.03 1.21 0.89 0.59 0.14 0.54 0.17 0.12 0.09 0.10
N4 0.42 0.23 0.44 0.24 0.39 0.11 0.46 0.18 0.36 0.69 0.26 0.27 0.39 0.65 0.50 0.39 0.13 0.25 0.23 0.16 0.04 0.09
O2 0.91 1.13 0.73 0.39 1.15 0.40 1.35 0.22 1.42 1.19 1.26 1.07 1.60 1.41 1.08 0.71 0.14 0.70 0.21 0.14 0.16 0.14
O2' 0.87 1.65 0.61 0.08 1.41 0.07 1.70 0.38 2.01 1.27 1.94 1.39 2.36 1.61 1.16 0.56 0.37 0.51 0.32 0.15 0.18 0.21
O3' 0.82 1.23 0.70 0.24 1.10 0.17 1.24 0.21 1.40 1.03 1.38 1.09 1.56 1.19 0.98 0.72 0.09 0.51 0.23 0.16 0.14 0.08
O4' 1.07 1.50 0.87 0.36 1.38 0.36 1.52 0.11 1.68 1.26 1.65 1.37 1.79 1.42 1.23 0.91 0.06 0.76 0.16 0.17 0.15 0.08
O5' 1.50 1.81 1.35 0.81 1.75 0.76 1.86 0.41 1.96 1.69 1.93 1.72 2.02 1.81 1.66 1.37 0.45 1.15 0.43 0.54 0.50 0.60
OP1 1.88 2.68 1.70 0.94 2.30 0.85 2.34 0.35 2.57 1.94 2.75 2.46 2.57 2.09 2.05 1.79 0.50 1.38 0.33 0.33 0.37 0.42
OP2 0.95 1.29 0.89 0.32 1.17 0.22 1.20 0.38 1.29 1.04 1.34 1.20 1.30 1.11 1.06 0.97 0.18 0.54 0.42 0.20 0.23 0.19
P 1.68 2.15 1.53 0.89 1.98 0.80 2.04 0.38 2.17 1.80 2.22 2.02 2.18 1.92 1.83 1.58 0.48 1.26 0.38 0.46 0.48 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.26 0.95 0.32
C2 0.04 0.00 0.29 0.38 0.01 0.15 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.49 0.07 0.24 0.50 1.14 0.51
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.12 0.23 0.29 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.53 0.05
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.22 0.01 0.16 0.02 0.23 0.15 0.33 0.35 0.18 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.08 0.15 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.16 0.22 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.26 0.04 0.17 0.43 1.14 0.48
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.12 0.14 0.14 0.10 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.34 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.19 0.03 0.18 0.47 1.18 0.52
C5' 0.02 0.18 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.18 0.15 0.18 0.18 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.29 0.04 0.21 0.52 1.17 0.54
C8 0.02 0.02 0.12 0.15 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.16 0.05 0.12 0.32 1.18 0.45
N1 0.03 0.00 0.23 0.33 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.43 0.06 0.25 0.53 1.17 0.54
N3 0.04 0.00 0.29 0.35 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.44 0.07 0.21 0.45 1.11 0.48
N6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.24 0.04 0.20 0.51 1.14 0.53
N7 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.15 0.42 1.18 0.50
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.34 1.11 0.43
O2' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.10 0.03 0.05 0.03 0.10 0.07 0.16 0.20 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.11 0.51 0.04
O3' 0.02 0.49 0.01 0.01 0.26 0.02 0.19 0.03 0.29 0.16 0.43 0.44 0.24 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.12 0.26 0.26 0.38
O4' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.29 0.92 0.40
O5' 0.03 0.24 0.04 0.08 0.17 0.01 0.18 0.01 0.21 0.12 0.25 0.21 0.20 0.15 0.09 0.04 0.12 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.26 0.50 0.13 0.15 0.43 0.08 0.47 0.01 0.52 0.32 0.53 0.45 0.51 0.42 0.34 0.11 0.26 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.95 1.14 0.53 0.18 1.14 0.34 1.18 0.10 1.17 1.18 1.17 1.11 1.14 1.18 1.11 0.51 0.26 0.92 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.51 0.05 0.16 0.48 0.06 0.52 0.02 0.54 0.45 0.54 0.48 0.53 0.50 0.43 0.04 0.38 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00