ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49671

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.018, 0.049, 0.080, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.049 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.016, 0.055, 0.095, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.055 std_dev=0.040
C2' A 0, -0.050, 0.260, 0.569, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.260 std_dev=0.309
P B 0, 0.234, 0.544, 0.855, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.544 std_dev=0.310
O4' A 0, -0.052, 0.264, 0.580, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.264 std_dev=0.316
OP2 B 0, 0.246, 0.575, 0.903, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.575 std_dev=0.328
O2' A 0, -0.051, 0.316, 0.683, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.316 std_dev=0.367
C4' A 0, -0.033, 0.397, 0.827, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.397 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.119, 0.605, 1.090, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.605 std_dev=0.486
C3' A 0, -0.048, 0.441, 0.929, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.441 std_dev=0.488
O3' A 0, -0.050, 0.640, 1.331, 2.776 max_d=2.776 avg_d=0.640 std_dev=0.691
O5' A 0, -0.098, 0.634, 1.366, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.634 std_dev=0.732
O5' B 0, 0.100, 0.848, 1.597, 3.071 max_d=3.071 avg_d=0.848 std_dev=0.748
C5' A 0, -0.091, 0.661, 1.413, 3.009 max_d=3.009 avg_d=0.661 std_dev=0.752
OP2 A 0, -0.102, 0.675, 1.453, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.675 std_dev=0.778
P A 0, -0.181, 0.699, 1.578, 3.521 max_d=3.521 avg_d=0.699 std_dev=0.879
OP1 A 0, -0.232, 0.876, 1.984, 4.443 max_d=4.443 avg_d=0.876 std_dev=1.108
C5' B 0, -0.124, 1.011, 2.145, 4.636 max_d=4.636 avg_d=1.011 std_dev=1.135
N7 B 0, -0.161, 1.271, 2.704, 5.675 max_d=5.675 avg_d=1.271 std_dev=1.433
C8 B 0, -0.259, 1.225, 2.710, 5.901 max_d=5.901 avg_d=1.225 std_dev=1.485
C4' B 0, -0.571, 1.237, 3.045, 7.132 max_d=7.132 avg_d=1.237 std_dev=1.808
C5 B 0, -0.437, 1.478, 3.393, 7.541 max_d=7.541 avg_d=1.478 std_dev=1.915
N6 B 0, -0.347, 1.610, 3.566, 7.608 max_d=7.608 avg_d=1.610 std_dev=1.956
O4' B 0, -0.636, 1.356, 3.348, 7.859 max_d=7.859 avg_d=1.356 std_dev=1.992
N9 B 0, -0.617, 1.424, 3.466, 8.035 max_d=8.035 avg_d=1.424 std_dev=2.041
C3' B 0, -0.806, 1.279, 3.364, 8.094 max_d=8.094 avg_d=1.279 std_dev=2.085
C6 B 0, -0.503, 1.631, 3.765, 8.343 max_d=8.343 avg_d=1.631 std_dev=2.134
C4 B 0, -0.705, 1.594, 3.892, 9.018 max_d=9.018 avg_d=1.594 std_dev=2.298
C1' B 0, -0.854, 1.500, 3.854, 9.196 max_d=9.196 avg_d=1.500 std_dev=2.354
O3' B 0, -1.041, 1.408, 3.857, 9.442 max_d=9.442 avg_d=1.408 std_dev=2.449
C2' B 0, -1.027, 1.514, 4.056, 9.834 max_d=9.834 avg_d=1.514 std_dev=2.541
N1 B 0, -0.774, 1.866, 4.505, 10.268 max_d=10.268 avg_d=1.866 std_dev=2.640
N3 B 0, -0.997, 1.863, 4.722, 11.143 max_d=11.143 avg_d=1.863 std_dev=2.859
C2 B 0, -0.986, 1.973, 4.931, 11.507 max_d=11.507 avg_d=1.973 std_dev=2.958
O2' B 0, -1.338, 1.772, 4.881, 11.972 max_d=11.972 avg_d=1.772 std_dev=3.110

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.22 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.06 0.07 0.28 0.10
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.08 0.05 0.19 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.16 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.19 0.05 0.09 0.11 0.20 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.09 0.18 0.33 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.04 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.19 0.02 0.15 0.21 0.34 0.20
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.17 0.06 0.08 0.14 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.20 0.03 0.15 0.16 0.30 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.26 0.09
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.07 0.12 0.31 0.13
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.10 0.22 0.34 0.20
O2 0.04 0.01 0.19 0.20 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.24 0.06 0.09 0.06 0.27 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.03 0.15 0.00 0.03 0.04 0.06 0.12 0.16 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.11 0.02 0.19 0.02 0.20 0.05 0.11 0.13 0.24 0.03 0.00 0.01 0.21 0.22 0.21 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.10 0.04 0.23 0.11
O5' 0.03 0.06 0.10 0.18 0.09 0.01 0.15 0.01 0.15 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.21 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.03 0.07 0.10 0.15 0.18 0.08 0.21 0.08 0.16 0.07 0.12 0.22 0.06 0.12 0.22 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.28 0.16 0.17 0.33 0.16 0.34 0.15 0.30 0.26 0.31 0.34 0.27 0.16 0.21 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.04 0.10 0.17 0.02 0.20 0.01 0.16 0.09 0.13 0.20 0.10 0.03 0.15 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.70 0.49 1.05 0.98 0.47 0.68 0.27 0.46 0.24 0.33 0.30 0.60 0.43 0.24 0.52 1.17 1.17 0.53 0.37 0.19 0.21 0.11
C2 0.40 0.28 0.68 0.66 0.28 0.41 0.31 0.27 0.40 0.26 0.32 0.32 0.61 0.36 0.30 0.73 0.79 0.28 0.26 0.17 0.20 0.15
C2' 0.38 0.34 0.74 0.74 0.27 0.45 0.42 0.29 0.60 0.27 0.49 0.31 0.91 0.48 0.25 0.86 0.99 0.25 0.25 0.20 0.26 0.18
C3' 0.55 0.29 1.01 1.02 0.26 0.67 0.31 0.47 0.48 0.22 0.35 0.37 0.83 0.39 0.32 1.17 1.34 0.40 0.36 0.22 0.22 0.11
C4 0.68 0.45 0.97 0.97 0.48 0.68 0.38 0.49 0.35 0.44 0.34 0.54 0.45 0.40 0.55 1.01 1.10 0.53 0.48 0.20 0.20 0.14
C4' 0.93 0.69 1.38 1.30 0.63 0.93 0.32 0.65 0.24 0.40 0.40 0.82 0.39 0.24 0.68 1.56 1.59 0.72 0.50 0.21 0.19 0.08
C5 0.98 0.71 1.35 1.32 0.72 0.97 0.47 0.70 0.38 0.56 0.49 0.85 0.34 0.40 0.78 1.44 1.52 0.80 0.61 0.22 0.22 0.15
C5' 1.20 0.97 1.71 1.61 0.88 1.19 0.50 0.86 0.39 0.57 0.63 1.12 0.30 0.34 0.92 1.94 1.96 0.96 0.65 0.26 0.19 0.13
C6 0.96 0.72 1.34 1.28 0.70 0.93 0.43 0.65 0.35 0.51 0.48 0.85 0.33 0.35 0.75 1.45 1.49 0.76 0.54 0.21 0.22 0.12
N1 0.69 0.47 1.04 0.98 0.47 0.68 0.28 0.47 0.26 0.35 0.30 0.58 0.43 0.28 0.52 1.13 1.16 0.53 0.40 0.19 0.21 0.12
N3 0.38 0.30 0.63 0.62 0.30 0.38 0.37 0.25 0.43 0.32 0.35 0.31 0.61 0.43 0.32 0.66 0.73 0.26 0.28 0.18 0.19 0.15
N4 0.66 0.45 0.91 0.93 0.50 0.68 0.44 0.51 0.41 0.51 0.39 0.53 0.48 0.48 0.57 0.92 1.02 0.54 0.56 0.22 0.18 0.19
O2 0.23 0.40 0.42 0.39 0.32 0.20 0.46 0.14 0.60 0.30 0.53 0.32 0.83 0.48 0.24 0.47 0.51 0.15 0.15 0.16 0.20 0.18
O2' 0.31 0.42 0.60 0.58 0.32 0.33 0.48 0.20 0.66 0.30 0.58 0.34 0.95 0.50 0.25 0.72 0.79 0.20 0.21 0.21 0.29 0.23
O3' 0.40 0.36 0.86 0.91 0.25 0.56 0.48 0.40 0.70 0.28 0.58 0.29 1.07 0.54 0.22 1.04 1.26 0.27 0.30 0.23 0.25 0.14
O4' 1.04 0.89 1.44 1.32 0.81 0.97 0.51 0.67 0.41 0.55 0.61 1.00 0.27 0.35 0.83 1.60 1.54 0.82 0.53 0.19 0.18 0.09
O5' 1.28 1.07 1.81 1.73 0.96 1.29 0.61 0.93 0.55 0.64 0.77 1.21 0.47 0.43 0.99 2.04 2.10 1.03 0.72 0.29 0.18 0.16
OP1 1.64 1.45 2.22 2.08 1.28 1.61 0.84 1.18 0.74 0.84 1.06 1.60 0.45 0.56 1.29 2.54 2.52 1.35 0.88 0.36 0.26 0.27
OP2 1.57 1.31 2.14 2.07 1.19 1.60 0.77 1.19 0.67 0.80 0.95 1.47 0.42 0.52 1.23 2.42 2.52 1.32 0.90 0.39 0.36 0.32
P 1.63 1.42 2.18 2.06 1.27 1.59 0.85 1.17 0.75 0.86 1.05 1.57 0.46 0.58 1.29 2.47 2.47 1.34 0.89 0.35 0.25 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.14 0.07
C2 0.05 0.00 0.14 0.13 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.16 0.04 0.09 0.11 0.25 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.12 0.14 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.11 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.10 0.11
C4 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.01 0.09 0.12 0.24 0.17
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.14 0.21 0.32 0.24
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.11 0.14 0.07 0.04 0.14 0.16 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.15 0.24 0.34 0.27
C8 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.14 0.20 0.29 0.21
N1 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.03 0.12 0.18 0.31 0.23
N3 0.05 0.00 0.14 0.12 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.04 0.07 0.07 0.21 0.13
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.19 0.31 0.39 0.32
N7 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.17 0.27 0.36 0.28
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.10 0.22 0.14
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.04 0.07 0.04 0.11 0.03 0.17 0.19 0.10 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.09 0.06
O3' 0.02 0.16 0.02 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.11 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.05 0.04 0.00 0.02 0.17 0.14 0.17 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.11 0.11 0.15 0.09
O5' 0.04 0.09 0.09 0.14 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.14 0.12 0.07 0.19 0.17 0.08 0.06 0.17 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.11 0.08 0.10 0.12 0.09 0.21 0.11 0.24 0.20 0.18 0.07 0.31 0.27 0.10 0.07 0.14 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.25 0.11 0.10 0.24 0.04 0.32 0.06 0.34 0.29 0.31 0.21 0.39 0.36 0.22 0.09 0.17 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.17 0.09 0.11 0.17 0.02 0.24 0.01 0.27 0.21 0.23 0.13 0.32 0.28 0.14 0.06 0.14 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00