ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49672

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.038, 0.059, 0.079, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.059 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.038, 0.063, 0.088, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.063 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.026, 0.052, 0.077, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.052 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.057 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.031, 0.058, 0.085, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.058 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.102, 0.170, 0.238, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.170 std_dev=0.068
N4 A 0, 0.082, 0.170, 0.259, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.170 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.314, 0.477, 0.639, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.477 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.358, 0.551, 0.743, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.551 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.368, 0.634, 0.900, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.634 std_dev=0.266
P B 0, 0.167, 0.540, 0.914, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.540 std_dev=0.373
C5' A 0, 0.602, 0.989, 1.377, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.989 std_dev=0.388
C3' A 0, 0.183, 0.605, 1.026, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.605 std_dev=0.421
OP2 B 0, 0.213, 0.694, 1.174, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.694 std_dev=0.481
O2' A 0, 0.674, 1.195, 1.717, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.195 std_dev=0.521
OP1 B 0, 0.047, 0.620, 1.193, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.620 std_dev=0.573
O5' A 0, 0.826, 1.543, 2.261, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.543 std_dev=0.718
O5' B 0, 0.027, 0.805, 1.583, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.805 std_dev=0.778
O3' A 0, 0.061, 0.961, 1.862, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.961 std_dev=0.900
OP2 A 0, 0.962, 1.929, 2.895, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.929 std_dev=0.967
P A 0, 0.826, 1.895, 2.964, 4.133 max_d=4.133 avg_d=1.895 std_dev=1.069
C5' B 0, -0.061, 1.054, 2.169, 4.332 max_d=4.332 avg_d=1.054 std_dev=1.115
C4' B 0, -0.317, 1.444, 3.205, 6.831 max_d=6.831 avg_d=1.444 std_dev=1.761
OP1 A 0, 0.530, 2.333, 4.135, 6.905 max_d=6.905 avg_d=2.333 std_dev=1.802
C8 B 0, 1.174, 3.008, 4.842, 6.613 max_d=6.613 avg_d=3.008 std_dev=1.834
O4' B 0, -0.385, 1.609, 3.603, 7.704 max_d=7.704 avg_d=1.609 std_dev=1.994
C3' B 0, -0.460, 1.568, 3.596, 7.862 max_d=7.862 avg_d=1.568 std_dev=2.028
N7 B 0, 1.078, 3.113, 5.147, 7.133 max_d=7.133 avg_d=3.113 std_dev=2.034
O3' B 0, -0.428, 1.694, 3.816, 8.257 max_d=8.257 avg_d=1.694 std_dev=2.122
N9 B 0, -0.263, 2.000, 4.263, 8.967 max_d=8.967 avg_d=2.000 std_dev=2.263
C1' B 0, -0.411, 2.010, 4.431, 9.507 max_d=9.507 avg_d=2.010 std_dev=2.421
C5 B 0, -0.271, 2.211, 4.694, 9.883 max_d=9.883 avg_d=2.211 std_dev=2.483
C2' B 0, -0.548, 2.083, 4.713, 10.236 max_d=10.236 avg_d=2.083 std_dev=2.630
N6 B 0, 0.182, 2.936, 5.690, 11.346 max_d=11.346 avg_d=2.936 std_dev=2.754
C4 B 0, -0.885, 1.981, 4.848, 10.973 max_d=10.973 avg_d=1.981 std_dev=2.867
C6 B 0, -0.664, 2.374, 5.412, 11.790 max_d=11.790 avg_d=2.374 std_dev=3.038
O2' B 0, -0.441, 2.600, 5.641, 11.953 max_d=11.953 avg_d=2.600 std_dev=3.041
N3 B 0, 0.129, 3.472, 6.815, 13.601 max_d=13.601 avg_d=3.472 std_dev=3.343
N1 B 0, 0.041, 3.549, 7.057, 14.353 max_d=14.353 avg_d=3.549 std_dev=3.508
C2 B 0, 0.613, 4.226, 7.839, 15.042 max_d=15.042 avg_d=4.226 std_dev=3.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.13 0.03 0.01 0.03 0.04 0.08 0.02 0.33 0.01 0.26 0.34 0.43 0.13
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.03 0.03 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.31 0.33 0.03 0.48 0.59 0.40 0.38
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.26 0.06 0.03 0.05 0.08 0.08 0.00 0.03 0.02 0.29 0.71 0.94 0.53
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.27 0.01 0.35 0.01 0.34 0.17 0.15 0.28 0.13 0.01 0.01 0.02 0.26 0.56 0.53 0.32
C4 0.04 0.03 0.07 0.27 0.00 0.12 0.01 0.28 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.37 0.08 0.05 0.73 0.91 0.60 0.74
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.06 0.06 0.14 0.10 0.25 0.02 0.00 0.01 0.21 0.36 0.06
C5 0.03 0.02 0.07 0.35 0.01 0.17 0.00 0.32 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.29 0.17 0.06 0.79 0.92 0.65 0.79
C5' 0.13 0.18 0.26 0.01 0.28 0.00 0.32 0.00 0.29 0.19 0.22 0.31 0.18 0.10 0.21 0.02 0.01 0.32 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.34 0.02 0.16 0.01 0.29 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.20 0.15 0.05 0.69 0.69 0.46 0.59
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.03 0.06 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.20 0.15 0.02 0.49 0.52 0.38 0.36
N3 0.03 0.01 0.05 0.15 0.01 0.06 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.38 0.23 0.03 0.61 0.77 0.47 0.57
N4 0.04 0.04 0.08 0.28 0.01 0.14 0.03 0.31 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.40 0.08 0.06 0.78 1.04 0.71 0.84
O2 0.08 0.01 0.08 0.13 0.04 0.10 0.03 0.18 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.33 0.59 0.08 0.32 0.52 0.42 0.22
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.37 0.25 0.29 0.10 0.20 0.20 0.38 0.40 0.33 0.00 0.04 0.19 0.19 0.79 0.98 0.54
O3' 0.33 0.33 0.03 0.01 0.08 0.02 0.17 0.21 0.15 0.15 0.23 0.08 0.59 0.04 0.00 0.25 0.23 0.49 0.32 0.20
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.08 0.19 0.25 0.00 0.40 0.52 0.19 0.36
O5' 0.26 0.48 0.29 0.26 0.73 0.01 0.79 0.01 0.69 0.49 0.61 0.78 0.32 0.19 0.23 0.40 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.34 0.59 0.71 0.56 0.91 0.21 0.92 0.32 0.69 0.52 0.77 1.04 0.52 0.79 0.49 0.52 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.43 0.40 0.94 0.53 0.60 0.36 0.65 0.42 0.46 0.38 0.47 0.71 0.42 0.98 0.32 0.19 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.13 0.38 0.53 0.32 0.74 0.06 0.79 0.02 0.59 0.36 0.57 0.84 0.22 0.54 0.20 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.65 2.35 1.02 0.87 1.29 0.27 1.26 0.16 1.71 0.99 2.29 1.85 1.69 1.08 0.85 0.90 0.93 0.24 0.30 0.31 0.13 0.13
C2 0.36 2.34 0.66 0.56 1.04 0.14 0.96 0.29 1.41 1.02 2.13 1.79 1.33 1.06 0.58 0.52 0.57 0.18 0.19 0.34 0.18 0.17
C2' 0.48 2.23 0.85 0.75 1.14 0.16 1.11 0.22 1.56 0.92 2.15 1.73 1.54 1.00 0.70 0.71 0.82 0.16 0.30 0.33 0.17 0.20
C3' 0.72 2.24 1.10 0.95 1.25 0.47 1.26 0.38 1.72 0.98 2.24 1.74 1.75 1.06 0.87 1.04 1.03 0.38 0.35 0.13 0.17 0.13
C4 0.57 2.47 0.81 0.74 1.27 0.26 1.10 0.13 1.49 1.04 2.18 2.05 1.35 1.06 0.76 0.65 0.72 0.31 0.39 0.21 0.15 0.16
C4' 0.94 2.44 1.35 1.15 1.55 0.52 1.55 0.22 1.99 1.04 2.46 1.99 2.00 1.20 1.12 1.29 1.24 0.48 0.41 0.19 0.11 0.06
C5 0.88 2.52 1.16 1.06 1.51 0.52 1.38 0.24 1.76 1.05 2.33 2.13 1.63 1.12 1.04 1.03 1.09 0.54 0.53 0.16 0.11 0.14
C5' 1.19 2.54 1.60 1.37 1.74 0.75 1.69 0.41 2.09 1.13 2.53 2.16 2.07 1.28 1.32 1.57 1.48 0.73 0.57 0.26 0.26 0.23
C6 0.85 2.50 1.18 1.06 1.50 0.47 1.41 0.18 1.82 1.04 2.38 2.07 1.74 1.13 1.03 1.06 1.10 0.47 0.47 0.19 0.11 0.12
N1 0.62 2.41 0.96 0.84 1.29 0.26 1.22 0.15 1.66 1.00 2.28 1.91 1.60 1.07 0.82 0.82 0.88 0.25 0.32 0.28 0.14 0.14
N3 0.30 2.39 0.55 0.47 1.02 0.11 0.88 0.29 1.31 1.06 2.09 1.87 1.20 1.07 0.52 0.40 0.46 0.17 0.19 0.33 0.19 0.18
N4 0.56 2.44 0.71 0.67 1.24 0.30 1.00 0.16 1.35 1.05 2.05 2.09 1.17 1.04 0.71 0.57 0.62 0.39 0.46 0.16 0.16 0.17
O2 0.29 2.17 0.52 0.40 0.81 0.30 0.77 0.46 1.22 1.06 1.98 1.60 1.18 1.07 0.44 0.44 0.41 0.36 0.12 0.38 0.21 0.19
O2' 0.40 2.25 0.78 0.72 1.10 0.22 1.06 0.39 1.50 0.94 2.12 1.75 1.47 1.03 0.64 0.61 0.80 0.24 0.53 0.71 0.50 0.56
O3' 0.65 2.55 1.05 0.92 1.45 0.32 1.50 0.17 2.07 0.94 2.61 1.98 2.13 1.16 0.91 0.96 1.01 0.24 0.39 0.49 0.29 0.28
O4' 0.95 2.50 1.34 1.14 1.57 0.51 1.55 0.17 2.00 1.07 2.49 2.04 1.98 1.21 1.13 1.27 1.21 0.48 0.40 0.25 0.10 0.07
O5' 1.48 2.09 1.85 1.65 1.54 1.24 1.45 0.98 1.67 1.43 2.04 1.83 1.62 1.35 1.44 1.93 1.80 1.14 0.93 0.64 0.89 0.78
OP1 1.52 1.46 1.77 1.52 1.12 1.37 0.93 1.20 0.88 1.43 1.27 1.35 0.72 1.16 1.31 2.03 1.68 1.34 0.97 1.10 1.51 1.24
OP2 1.92 2.55 2.29 2.10 1.98 1.66 1.78 1.26 1.97 1.66 2.39 2.35 1.81 1.55 1.83 2.42 2.30 1.59 1.21 0.63 0.88 0.78
P 1.65 1.97 1.97 1.74 1.53 1.41 1.35 1.14 1.46 1.49 1.83 1.80 1.33 1.31 1.52 2.14 1.89 1.36 0.99 0.83 1.16 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.23 0.35 0.18
C2 0.04 0.00 0.14 0.61 0.01 0.73 0.02 1.16 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.46 0.57 0.60 1.54 2.26 1.69 1.87
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.10 0.10 0.14 0.09 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.22 0.18 0.13
C3' 0.01 0.61 0.01 0.00 0.28 0.01 0.12 0.02 0.24 0.39 0.46 0.60 0.15 0.28 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.22 0.11 0.10
C4 0.03 0.01 0.07 0.28 0.00 0.29 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.24 0.28 0.48 0.81 0.58 0.59
C4' 0.01 0.73 0.02 0.01 0.29 0.00 0.06 0.01 0.19 0.54 0.50 0.74 0.08 0.42 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.19 0.27 0.06
C5 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.05 0.14 0.70 0.40 0.36
C5' 0.04 1.16 0.02 0.02 0.38 0.01 0.13 0.00 0.25 0.91 0.78 1.12 0.15 0.76 0.18 0.07 0.04 0.03 0.01 0.28 0.22 0.02
C6 0.04 0.03 0.08 0.24 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.15 0.26 0.16 0.33 0.93 0.41 0.48
C8 0.03 0.03 0.10 0.39 0.02 0.54 0.03 0.91 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.28 0.31 0.44 1.17 1.44 1.30 1.35
N1 0.04 0.01 0.10 0.46 0.01 0.50 0.01 0.78 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.33 0.45 0.40 1.04 1.72 1.12 1.28
N3 0.04 0.01 0.14 0.60 0.01 0.74 0.02 1.12 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.46 0.51 0.64 1.45 1.88 1.56 1.68
N6 0.04 0.04 0.09 0.15 0.02 0.08 0.02 0.15 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.10 0.21 0.07 0.14 0.88 0.44 0.41
N7 0.04 0.02 0.09 0.28 0.02 0.42 0.01 0.76 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.21 0.23 0.33 0.99 1.41 1.24 1.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04 0.24 0.48 0.40 0.33
O2' 0.01 0.46 0.00 0.02 0.20 0.06 0.08 0.07 0.15 0.28 0.33 0.46 0.10 0.21 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.20 0.22 0.08
O3' 0.03 0.57 0.02 0.01 0.24 0.03 0.14 0.04 0.26 0.31 0.45 0.51 0.21 0.23 0.06 0.04 0.00 0.04 0.06 0.38 0.13 0.13
O4' 0.01 0.60 0.01 0.02 0.28 0.01 0.05 0.03 0.16 0.44 0.40 0.64 0.07 0.33 0.04 0.06 0.04 0.00 0.10 0.16 0.49 0.21
O5' 0.09 1.54 0.08 0.06 0.48 0.02 0.14 0.01 0.33 1.17 1.04 1.45 0.14 0.99 0.24 0.04 0.06 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 2.26 0.22 0.22 0.81 0.19 0.70 0.28 0.93 1.44 1.72 1.88 0.88 1.41 0.48 0.20 0.38 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 1.69 0.18 0.11 0.58 0.27 0.40 0.22 0.41 1.30 1.12 1.56 0.44 1.24 0.40 0.22 0.13 0.49 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 1.87 0.13 0.10 0.59 0.06 0.36 0.02 0.48 1.35 1.28 1.68 0.41 1.25 0.33 0.08 0.13 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00