sequences=6 maxmove=0.1 pval=0.1 usescval=false complexatt=true cooling=1.0 currcool=1.0 attfactor=10.0 attvalpow=1 repfactor=10.0 repvalpow=1 dampening=1.0 minattract=1.0 cluster2d=false blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500 formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb showinfo=true zoom=1.0 dotsize=0 ovalsize=10 groupsize=4 usefoldchange=false avgfoldchange=false colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9; colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23): 1.0;0.0;0.0; 0.0;1.0;0.0; 0.0;0.0;1.0; >3KNI-A1877-A1851 X >3R8S-A1955-A1929 X >3OH5-A1878-A1852 X >3OH7-A1878-A1852 X >2J03-A1878-A1852 X >2J01-A1878-A1852 X 0 1:0.999999790809 0 2:0.119325303409 0 3:0.120310202151 0 4:0.118844814273 0 5:0.115383515461 1 2:0.949392967782 1 3:0.956686431663 1 4:0.94852812056 1 5:0.951697879715 2 3:0.0158635477036 2 4:0.127048502339 2 5:0.128731554212 3 4:0.127394800155 3 5:0.128550272912 4 5:0.0142057760172