ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49673

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.031, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.019, 0.064, 0.109, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.064 std_dev=0.045
N4 A 0, 0.030, 0.086, 0.141, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.086 std_dev=0.055
P A 0, 0.065, 0.241, 0.417, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.241 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.119, 0.301, 0.483, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.301 std_dev=0.182
OP2 A 0, 0.116, 0.346, 0.575, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.346 std_dev=0.230
O5' A 0, 0.125, 0.435, 0.744, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.435 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.144, 0.486, 0.828, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.486 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.112, 0.461, 0.809, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.461 std_dev=0.349
C4 B 0, 0.117, 0.469, 0.821, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.469 std_dev=0.352
P B 0, 0.214, 0.600, 0.985, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.600 std_dev=0.386
C5 B 0, 0.175, 0.572, 0.969, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.572 std_dev=0.397
N9 B 0, 0.123, 0.547, 0.970, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.547 std_dev=0.423
C3' B 0, 0.124, 0.570, 1.017, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.570 std_dev=0.446
OP2 B 0, 0.191, 0.645, 1.099, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.645 std_dev=0.454
OP1 B 0, 0.237, 0.694, 1.151, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.694 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.291, 0.751, 1.210, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.751 std_dev=0.460
O4' B 0, 0.151, 0.613, 1.075, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.613 std_dev=0.462
C6 B 0, 0.158, 0.641, 1.123, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.641 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.244, 0.778, 1.311, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.778 std_dev=0.534
C4' B 0, 0.162, 0.702, 1.242, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.702 std_dev=0.540
C4' A 0, 0.182, 0.751, 1.320, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.751 std_dev=0.569
N6 B 0, 0.194, 0.769, 1.344, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.769 std_dev=0.575
C5' A 0, 0.012, 0.601, 1.190, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.601 std_dev=0.589
C3' A 0, 0.279, 0.958, 1.637, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.958 std_dev=0.679
O5' B 0, 0.238, 0.933, 1.628, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.933 std_dev=0.695
C5' B 0, 0.202, 0.911, 1.619, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.911 std_dev=0.708
O4' A 0, 0.394, 1.358, 2.322, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.358 std_dev=0.964
O3' A 0, 0.470, 1.542, 2.614, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.542 std_dev=1.072
N7 B 0, -0.111, 1.039, 2.190, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.039 std_dev=1.151
C2' A 0, 0.496, 1.662, 2.829, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.662 std_dev=1.166
C8 B 0, -0.182, 1.010, 2.202, 3.581 max_d=3.581 avg_d=1.010 std_dev=1.192
N3 B 0, -0.445, 0.772, 1.989, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.772 std_dev=1.217
N1 B 0, -0.318, 0.936, 2.191, 3.682 max_d=3.682 avg_d=0.936 std_dev=1.254
C2 B 0, -0.659, 0.986, 2.630, 4.648 max_d=4.648 avg_d=0.986 std_dev=1.644
O2' A 0, 0.902, 3.026, 5.151, 4.609 max_d=4.609 avg_d=3.026 std_dev=2.124

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.24 0.00 0.25 0.11 0.32 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.26 0.10 0.34 0.14 0.21 0.13
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.02 0.18 0.08 0.19 0.07 0.04 0.11 0.15 0.01 0.04 0.03 0.46 0.26 0.25 0.19
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.15 0.06 0.15 0.05 0.01 0.09 0.12 0.03 0.01 0.03 0.28 0.27 0.32 0.17
C4 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.17 0.02 0.41 0.15 0.11 0.17
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.11 0.25 0.05 0.00 0.04 0.04 0.37 0.09
C5 0.02 0.01 0.18 0.15 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.06 0.43 0.14 0.10 0.18
C5' 0.05 0.15 0.08 0.06 0.17 0.02 0.15 0.00 0.12 0.12 0.17 0.18 0.16 0.56 0.28 0.04 0.03 0.08 0.29 0.04
C6 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.08 0.43 0.14 0.18 0.15
N1 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.20 0.02 0.35 0.14 0.24 0.12
N3 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.23 0.07 0.37 0.14 0.15 0.15
N4 0.03 0.02 0.11 0.09 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.17 0.16 0.02 0.41 0.15 0.10 0.19
O2 0.05 0.00 0.15 0.12 0.02 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.22 0.34 0.18 0.30 0.16 0.24 0.14
O2' 0.03 0.13 0.01 0.03 0.16 0.25 0.23 0.56 0.23 0.09 0.13 0.17 0.22 0.00 0.15 0.16 1.05 0.89 0.57 0.93
O3' 0.24 0.26 0.04 0.01 0.17 0.05 0.12 0.28 0.12 0.20 0.23 0.16 0.34 0.15 0.00 0.17 0.41 0.52 0.27 0.38
O4' 0.00 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.08 0.02 0.07 0.02 0.18 0.16 0.17 0.00 0.15 0.14 0.52 0.26
O5' 0.25 0.34 0.46 0.28 0.41 0.04 0.43 0.03 0.43 0.35 0.37 0.41 0.30 1.05 0.41 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02
OP1 0.11 0.14 0.26 0.27 0.15 0.04 0.14 0.08 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.89 0.52 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.21 0.25 0.32 0.11 0.37 0.10 0.29 0.18 0.24 0.15 0.10 0.24 0.57 0.27 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.13 0.19 0.17 0.17 0.09 0.18 0.04 0.15 0.12 0.15 0.19 0.14 0.93 0.38 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 1.54 0.20 0.30 0.37 0.39 0.18 0.56 0.29 0.91 1.17 1.17 0.24 1.01 0.16 0.25 0.28 0.25 0.17 0.32 0.31 0.23
C2 0.09 1.59 0.21 0.31 0.35 0.38 0.24 0.55 0.23 1.08 1.13 1.24 0.28 1.15 0.24 0.26 0.29 0.21 0.18 0.33 0.33 0.25
C2' 0.40 1.72 0.44 0.54 0.67 0.58 0.46 0.69 0.71 0.78 1.45 1.36 0.58 0.86 0.36 0.37 0.52 0.48 0.28 0.37 0.33 0.28
C3' 0.29 1.49 0.31 0.44 0.48 0.53 0.28 0.67 0.46 0.77 1.20 1.15 0.34 0.85 0.26 0.23 0.43 0.42 0.24 0.35 0.31 0.25
C4 0.12 1.59 0.18 0.23 0.32 0.27 0.29 0.39 0.23 1.22 1.11 1.26 0.29 1.22 0.32 0.26 0.24 0.12 0.15 0.33 0.22 0.22
C4' 0.11 1.41 0.18 0.18 0.35 0.33 0.34 0.51 0.37 0.94 1.10 1.05 0.46 1.05 0.27 0.34 0.16 0.21 0.07 0.36 0.27 0.21
C5 0.09 1.66 0.17 0.24 0.35 0.29 0.25 0.42 0.28 1.18 1.20 1.29 0.27 1.20 0.29 0.25 0.25 0.14 0.15 0.35 0.22 0.22
C5' 0.21 1.49 0.19 0.14 0.40 0.29 0.40 0.45 0.43 1.03 1.18 1.12 0.49 1.12 0.34 0.36 0.12 0.24 0.07 0.47 0.26 0.25
C6 0.07 1.66 0.18 0.28 0.37 0.34 0.21 0.48 0.29 1.10 1.23 1.28 0.25 1.15 0.24 0.25 0.27 0.19 0.17 0.35 0.25 0.23
N1 0.08 1.62 0.20 0.30 0.37 0.37 0.20 0.53 0.28 1.04 1.20 1.25 0.24 1.11 0.21 0.25 0.29 0.22 0.18 0.33 0.29 0.24
N3 0.10 1.55 0.19 0.27 0.31 0.31 0.29 0.47 0.20 1.20 1.07 1.24 0.30 1.21 0.31 0.26 0.27 0.15 0.17 0.32 0.29 0.23
N4 0.15 1.52 0.18 0.19 0.30 0.20 0.31 0.29 0.23 1.25 1.05 1.22 0.31 1.22 0.36 0.26 0.21 0.11 0.13 0.35 0.18 0.20
O2 0.12 1.52 0.25 0.36 0.37 0.45 0.22 0.62 0.21 0.96 1.07 1.20 0.29 1.07 0.18 0.26 0.34 0.29 0.20 0.34 0.39 0.28
O2' 0.38 1.65 0.48 0.54 0.62 0.54 0.30 0.62 0.64 0.64 1.39 1.29 0.42 0.66 0.29 0.45 0.52 0.48 0.39 0.38 0.33 0.31
O3' 0.33 1.15 0.40 0.39 0.34 0.37 0.34 0.48 0.28 0.86 0.91 0.86 0.31 0.92 0.38 0.44 0.37 0.32 0.38 0.12 0.16 0.18
O4' 0.25 1.45 0.30 0.13 0.45 0.27 0.57 0.46 0.55 1.12 1.15 1.08 0.71 1.25 0.45 0.50 0.10 0.20 0.04 0.33 0.25 0.20
O5' 0.18 1.57 0.08 0.20 0.33 0.33 0.25 0.47 0.33 1.08 1.24 1.16 0.23 1.12 0.30 0.18 0.20 0.25 0.19 0.47 0.26 0.28
OP1 0.12 1.55 0.12 0.18 0.30 0.26 0.29 0.41 0.32 1.11 1.20 1.15 0.35 1.16 0.30 0.26 0.17 0.14 0.11 0.30 0.08 0.09
OP2 0.23 1.74 0.32 0.33 0.44 0.35 0.22 0.47 0.38 1.11 1.34 1.33 0.12 1.12 0.31 0.41 0.33 0.25 0.25 0.28 0.22 0.18
P 0.11 1.60 0.14 0.19 0.30 0.26 0.24 0.41 0.29 1.13 1.23 1.18 0.25 1.16 0.29 0.28 0.18 0.12 0.11 0.32 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.30 0.36 0.18 0.22
C2 0.07 0.00 0.31 0.33 0.04 0.42 0.02 0.86 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.21 0.11 0.22 0.73 0.97 1.41 1.04
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.00 0.07 0.05 0.14 0.21 0.24 0.31 0.09 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.35 0.38 0.14 0.23
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.16 0.01 0.07 0.02 0.15 0.19 0.26 0.32 0.09 0.11 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.39 0.09 0.14
C4 0.02 0.04 0.16 0.16 0.00 0.21 0.01 0.38 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.06 0.14 0.23 0.28 0.42 0.22
C4' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.21 0.00 0.11 0.01 0.20 0.21 0.33 0.41 0.14 0.12 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.19 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.07 0.08 0.35 0.36 0.25 0.24
C5' 0.05 0.86 0.05 0.02 0.38 0.01 0.23 0.00 0.38 0.48 0.67 0.80 0.29 0.35 0.14 0.05 0.02 0.02 0.01 0.19 0.27 0.01
C6 0.02 0.02 0.14 0.15 0.01 0.20 0.01 0.38 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.16 0.07 0.13 0.20 0.34 0.37 0.19
C8 0.03 0.05 0.21 0.19 0.02 0.21 0.02 0.48 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.10 0.10 0.98 1.02 1.06 1.01
N1 0.05 0.01 0.24 0.26 0.03 0.33 0.02 0.67 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.20 0.09 0.18 0.45 0.70 1.00 0.70
N3 0.07 0.01 0.31 0.32 0.01 0.41 0.01 0.80 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.18 0.11 0.23 0.68 0.79 1.21 0.90
N6 0.03 0.03 0.09 0.09 0.02 0.14 0.01 0.29 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.16 0.08 0.10 0.30 0.37 0.26 0.19
N7 0.05 0.02 0.11 0.11 0.02 0.12 0.01 0.35 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.08 0.10 0.04 0.84 0.87 0.93 0.86
N9 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.14 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.06 0.02 0.45 0.46 0.32 0.36
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.13 0.02 0.13 0.05 0.16 0.06 0.20 0.18 0.16 0.08 0.05 0.00 0.05 0.02 0.34 0.38 0.21 0.24
O3' 0.05 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.06 0.05 0.00 0.03 0.12 0.44 0.13 0.17
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.14 0.01 0.08 0.02 0.13 0.10 0.18 0.23 0.10 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.21 0.27 0.23 0.15
O5' 0.30 0.73 0.35 0.15 0.23 0.02 0.35 0.01 0.20 0.98 0.45 0.68 0.30 0.84 0.45 0.34 0.12 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.36 0.97 0.38 0.39 0.28 0.29 0.36 0.19 0.34 1.02 0.70 0.79 0.37 0.87 0.46 0.38 0.44 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 1.41 0.14 0.09 0.42 0.19 0.25 0.27 0.37 1.06 1.00 1.21 0.26 0.93 0.32 0.21 0.13 0.23 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.22 1.04 0.23 0.14 0.22 0.06 0.24 0.01 0.19 1.01 0.70 0.90 0.19 0.86 0.36 0.24 0.17 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00