ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49674

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.002, 0.010, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O4' A 0, -0.005, 0.093, 0.192, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.093 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.011, 0.114, 0.217, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.114 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.068, 0.189, 0.309, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.121
C4' A 0, -0.004, 0.145, 0.294, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.145 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.008, 0.159, 0.325, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.159 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.188, 0.403, 0.619, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.403 std_dev=0.216
O3' A 0, -0.050, 0.188, 0.425, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.188 std_dev=0.238
P A 0, 0.242, 0.500, 0.759, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.500 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.016, 0.279, 0.542, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.279 std_dev=0.263
P B 0, 0.191, 0.472, 0.752, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.472 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.204, 0.493, 0.782, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.493 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.303, 0.608, 0.912, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.608 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.320, 0.650, 0.979, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.650 std_dev=0.330
OP2 A 0, 0.298, 0.629, 0.959, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.629 std_dev=0.330
C8 B 0, 0.151, 0.488, 0.825, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.488 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.343, 0.696, 1.050, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.696 std_dev=0.353
OP2 B 0, 0.087, 0.454, 0.820, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.454 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.348, 0.719, 1.090, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.719 std_dev=0.371
N7 B 0, 0.148, 0.522, 0.896, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.522 std_dev=0.374
C4 B 0, 0.391, 0.789, 1.187, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.789 std_dev=0.398
O4' B 0, 0.409, 0.820, 1.230, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.820 std_dev=0.411
C2' B 0, 0.415, 0.851, 1.286, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.851 std_dev=0.435
C6 B 0, 0.428, 0.868, 1.308, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.868 std_dev=0.440
O2' B 0, 0.426, 0.869, 1.312, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.869 std_dev=0.443
N6 B 0, 0.382, 0.841, 1.300, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.841 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.430, 0.976, 1.522, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.976 std_dev=0.546
N1 B 0, 0.500, 1.053, 1.605, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.053 std_dev=0.552
C3' B 0, 0.482, 1.051, 1.620, 1.569 max_d=1.569 avg_d=1.051 std_dev=0.569
OP1 B 0, 0.112, 0.705, 1.298, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.705 std_dev=0.593
C2 B 0, 0.477, 1.091, 1.705, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.091 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.556, 1.189, 1.821, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.189 std_dev=0.632
C4' B 0, 0.502, 1.145, 1.789, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.145 std_dev=0.643
C5' B 0, 0.483, 1.443, 2.404, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.443 std_dev=0.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.11 0.12
C2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.08 0.10 0.15 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.14 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.05 0.12 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.11 0.11 0.16 0.16
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.11 0.10 0.14 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.10 0.09 0.13 0.14
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.09 0.14 0.15
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.09 0.11 0.16 0.15
N4 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.12 0.12 0.17 0.16
O2 0.04 0.00 0.14 0.12 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.08 0.10 0.15 0.16
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05 0.14 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.07 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.13 0.05 0.00 0.01 0.08 0.21 0.15 0.11
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.15
O5' 0.03 0.08 0.03 0.05 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.12 0.08 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.10 0.07 0.13 0.11 0.04 0.10 0.03 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.10 0.21 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.15 0.08 0.10 0.16 0.04 0.14 0.01 0.13 0.14 0.16 0.17 0.15 0.07 0.15 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.15 0.07 0.06 0.16 0.06 0.15 0.01 0.14 0.15 0.15 0.16 0.16 0.06 0.11 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.15 0.26 0.29 0.21 0.48 0.20 0.74 0.14 0.28 0.12 0.19 0.10 0.25 0.26 0.26 0.25 0.27 0.16 0.61 0.17 0.30
C2 0.27 0.12 0.26 0.30 0.19 0.50 0.15 0.77 0.09 0.27 0.10 0.16 0.08 0.21 0.25 0.26 0.26 0.29 0.17 0.60 0.20 0.30
C2' 0.26 0.18 0.27 0.30 0.23 0.46 0.23 0.72 0.19 0.27 0.17 0.21 0.17 0.26 0.26 0.26 0.25 0.26 0.15 0.58 0.22 0.30
C3' 0.23 0.19 0.24 0.25 0.22 0.41 0.22 0.65 0.20 0.24 0.18 0.20 0.19 0.23 0.24 0.23 0.21 0.21 0.13 0.58 0.18 0.28
C4 0.27 0.14 0.21 0.20 0.19 0.43 0.16 0.62 0.10 0.27 0.10 0.18 0.07 0.21 0.25 0.22 0.16 0.28 0.24 0.65 0.11 0.33
C4' 0.25 0.16 0.25 0.27 0.21 0.44 0.21 0.69 0.17 0.26 0.15 0.19 0.15 0.24 0.25 0.24 0.23 0.24 0.17 0.61 0.15 0.30
C5 0.28 0.17 0.22 0.19 0.23 0.41 0.20 0.57 0.14 0.29 0.14 0.21 0.10 0.25 0.28 0.22 0.15 0.28 0.26 0.66 0.09 0.34
C5' 0.22 0.15 0.21 0.23 0.19 0.40 0.19 0.62 0.16 0.23 0.14 0.17 0.15 0.21 0.22 0.21 0.19 0.21 0.18 0.61 0.12 0.28
C6 0.29 0.18 0.24 0.23 0.24 0.44 0.22 0.64 0.16 0.30 0.15 0.22 0.12 0.27 0.28 0.25 0.19 0.29 0.23 0.65 0.13 0.33
N1 0.28 0.15 0.26 0.28 0.22 0.48 0.20 0.72 0.13 0.29 0.12 0.19 0.09 0.25 0.27 0.26 0.23 0.29 0.20 0.63 0.17 0.32
N3 0.26 0.12 0.23 0.26 0.17 0.48 0.13 0.73 0.08 0.26 0.10 0.15 0.10 0.19 0.24 0.24 0.22 0.29 0.19 0.60 0.17 0.31
N4 0.26 0.14 0.18 0.15 0.18 0.39 0.14 0.53 0.09 0.25 0.10 0.17 0.07 0.17 0.24 0.20 0.12 0.28 0.28 0.66 0.04 0.34
O2 0.26 0.12 0.28 0.35 0.16 0.53 0.13 0.84 0.09 0.25 0.12 0.14 0.13 0.19 0.23 0.28 0.31 0.29 0.14 0.56 0.23 0.28
O2' 0.32 0.23 0.34 0.37 0.29 0.52 0.28 0.80 0.24 0.33 0.22 0.26 0.22 0.31 0.31 0.33 0.33 0.31 0.16 0.58 0.26 0.31
O3' 0.24 0.25 0.27 0.28 0.25 0.41 0.25 0.67 0.26 0.25 0.25 0.25 0.26 0.25 0.25 0.26 0.24 0.22 0.13 0.56 0.20 0.28
O4' 0.26 0.14 0.25 0.28 0.21 0.47 0.19 0.71 0.13 0.27 0.12 0.18 0.11 0.24 0.25 0.25 0.23 0.27 0.19 0.63 0.14 0.30
O5' 0.20 0.13 0.18 0.19 0.17 0.35 0.16 0.54 0.12 0.20 0.12 0.15 0.12 0.18 0.20 0.18 0.17 0.19 0.20 0.61 0.13 0.28
OP1 0.20 0.16 0.16 0.14 0.19 0.29 0.18 0.45 0.15 0.21 0.15 0.18 0.14 0.20 0.21 0.16 0.12 0.17 0.19 0.56 0.10 0.25
OP2 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.19 0.09 0.32 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.15 0.49 0.15 0.17
P 0.14 0.10 0.12 0.11 0.12 0.25 0.11 0.41 0.11 0.14 0.10 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.13 0.16 0.52 0.12 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.17 0.31 0.05
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.17 0.02 0.36 0.13 0.26 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.30 0.21 0.14
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.04 0.12 0.13 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.40 0.42 0.12 0.25
C4 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.30 0.10 0.30 0.09
C4' 0.00 0.10 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.13 0.08 0.13 0.01 0.00 0.02 0.25 0.34 0.02
C5 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.29 0.06 0.27 0.06
C5' 0.08 0.28 0.03 0.00 0.28 0.01 0.35 0.00 0.36 0.34 0.32 0.24 0.39 0.38 0.25 0.11 0.08 0.01 0.01 0.33 0.47 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.34 0.07 0.23 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.13 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.17 0.05 0.37 0.06
N1 0.03 0.00 0.08 0.12 0.00 0.10 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01 0.37 0.09 0.23 0.10
N3 0.04 0.00 0.10 0.13 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.15 0.02 0.33 0.14 0.28 0.11
N6 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.13 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.09 0.02 0.32 0.09 0.19 0.07
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.08 0.31 0.04
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.09 0.34 0.07
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.13 0.04 0.11 0.06 0.02 0.08 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.24 0.34 0.20 0.13
O3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.08 0.10 0.04 0.14 0.15 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.35 0.47 0.06 0.27
O4' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.19 0.29 0.06
O5' 0.16 0.36 0.31 0.40 0.30 0.02 0.29 0.01 0.34 0.17 0.37 0.33 0.32 0.22 0.22 0.24 0.35 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.13 0.30 0.42 0.10 0.25 0.06 0.33 0.07 0.05 0.09 0.14 0.09 0.08 0.09 0.34 0.47 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.26 0.21 0.12 0.30 0.34 0.27 0.47 0.23 0.37 0.23 0.28 0.19 0.31 0.34 0.20 0.06 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.14 0.25 0.09 0.02 0.06 0.01 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.04 0.07 0.13 0.27 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00