ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49675

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.002, 0.011, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N1 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.012, 0.062, 0.112, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.062 std_dev=0.050
O2 A 0, 0.012, 0.072, 0.131, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.072 std_dev=0.059
OP2 B 0, 0.066, 0.324, 0.583, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.324 std_dev=0.259
C2' A 0, 0.009, 0.269, 0.530, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.269 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.031, 0.298, 0.566, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.298 std_dev=0.267
P B 0, 0.091, 0.417, 0.743, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.417 std_dev=0.326
C4' A 0, 0.051, 0.379, 0.707, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.379 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.075, 0.513, 0.952, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.513 std_dev=0.439
C5' B 0, 0.065, 0.562, 1.058, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.562 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.090, 0.652, 1.214, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.652 std_dev=0.562
C3' A 0, 0.124, 0.723, 1.322, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.723 std_dev=0.599
O2' A 0, 0.125, 0.789, 1.452, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.789 std_dev=0.663
C5' A 0, 0.178, 0.921, 1.663, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.921 std_dev=0.742
C4' B 0, 0.214, 1.123, 2.032, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.123 std_dev=0.909
O4' B 0, 0.236, 1.345, 2.453, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.345 std_dev=1.108
O3' A 0, 0.135, 1.286, 2.438, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.286 std_dev=1.152
O5' A 0, 0.284, 1.645, 3.007, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.645 std_dev=1.361
C1' B 0, 0.278, 2.340, 4.403, 4.851 max_d=4.851 avg_d=2.340 std_dev=2.063
C3' B 0, 0.188, 2.252, 4.316, 4.688 max_d=4.688 avg_d=2.252 std_dev=2.064
OP1 A 0, 0.393, 2.467, 4.541, 4.985 max_d=4.985 avg_d=2.467 std_dev=2.074
P A 0, 0.375, 2.556, 4.737, 5.112 max_d=5.112 avg_d=2.556 std_dev=2.181
C2' B 0, 0.249, 2.801, 5.353, 5.769 max_d=5.769 avg_d=2.801 std_dev=2.552
O2' B 0, 0.396, 3.001, 5.606, 5.856 max_d=5.856 avg_d=3.001 std_dev=2.605
O3' B 0, 0.174, 2.995, 5.816, 6.530 max_d=6.530 avg_d=2.995 std_dev=2.821
OP2 A 0, 0.424, 3.267, 6.109, 6.592 max_d=6.592 avg_d=3.267 std_dev=2.843
N9 B 0, 0.116, 3.077, 6.038, 6.782 max_d=6.782 avg_d=3.077 std_dev=2.961
C8 B 0, -0.041, 3.040, 6.121, 6.886 max_d=6.886 avg_d=3.040 std_dev=3.081
C4 B 0, 0.072, 4.074, 8.077, 9.046 max_d=9.046 avg_d=4.074 std_dev=4.002
N7 B 0, -0.160, 3.982, 8.123, 9.106 max_d=9.106 avg_d=3.982 std_dev=4.142
N3 B 0, 0.195, 4.507, 8.820, 9.830 max_d=9.830 avg_d=4.507 std_dev=4.312
C5 B 0, -0.100, 4.601, 9.302, 10.417 max_d=10.417 avg_d=4.601 std_dev=4.701
C2 B 0, 0.118, 5.498, 10.878, 12.124 max_d=12.124 avg_d=5.498 std_dev=5.380
C6 B 0, -0.150, 5.677, 11.503, 12.848 max_d=12.848 avg_d=5.677 std_dev=5.826
N1 B 0, -0.042, 6.088, 12.219, 13.627 max_d=13.627 avg_d=6.088 std_dev=6.131
N6 B 0, -0.274, 6.354, 12.982, 14.486 max_d=14.486 avg_d=6.354 std_dev=6.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.31 0.00 0.15 0.14 0.31 0.29
C2 0.03 0.00 0.15 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.42 0.43 0.11 0.41 0.52 0.84 0.74
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.21 0.10 0.04 0.13 0.06 0.24 0.00 0.02 0.03 0.24 0.23 0.26 0.21
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.20 0.00 0.33 0.03 0.33 0.11 0.05 0.22 0.23 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.21 0.16
C4 0.00 0.01 0.06 0.20 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.09 0.03 0.63 0.78 1.36 1.05
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.07 0.09 0.11 0.27 0.02 0.00 0.02 0.14 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.33 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.10 0.65 0.72 1.38 1.00
C5' 0.07 0.09 0.21 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.18 0.07 0.09 0.11 0.16 0.06 0.18 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.33 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.16 0.14 0.54 0.54 1.08 0.80
N1 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.18 0.02 0.38 0.40 0.76 0.62
N3 0.02 0.01 0.13 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.47 0.33 0.09 0.53 0.70 1.12 0.93
N4 0.01 0.02 0.06 0.22 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.43 0.08 0.05 0.69 0.90 1.55 1.17
O2 0.07 0.01 0.24 0.23 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.49 0.72 0.18 0.30 0.45 0.61 0.62
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.40 0.27 0.27 0.06 0.18 0.22 0.47 0.43 0.49 0.00 0.02 0.17 0.21 0.13 0.43 0.22
O3' 0.31 0.43 0.02 0.01 0.09 0.02 0.16 0.18 0.16 0.18 0.33 0.08 0.72 0.02 0.00 0.20 0.02 0.18 0.21 0.12
O4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.09 0.05 0.18 0.17 0.20 0.00 0.28 0.24 0.42 0.41
O5' 0.15 0.41 0.24 0.13 0.63 0.02 0.65 0.01 0.54 0.38 0.53 0.69 0.30 0.21 0.02 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.52 0.23 0.22 0.78 0.14 0.72 0.05 0.54 0.40 0.70 0.90 0.45 0.13 0.18 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.84 0.26 0.21 1.36 0.05 1.38 0.02 1.08 0.76 1.12 1.55 0.61 0.43 0.21 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.74 0.21 0.16 1.05 0.04 1.00 0.02 0.80 0.62 0.93 1.17 0.62 0.22 0.12 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.65 4.09 1.34 0.63 3.35 0.23 4.03 0.38 4.79 2.78 4.74 3.37 5.40 3.69 2.56 0.78 0.22 0.93 0.51 0.14 0.14 0.25
C2 1.50 3.46 1.14 0.50 3.02 0.19 3.70 0.34 4.21 2.69 4.02 2.91 4.69 3.55 2.38 0.60 0.36 0.90 0.53 0.15 0.16 0.27
C2' 1.54 3.90 1.29 0.61 3.15 0.21 3.78 0.43 4.53 2.58 4.52 3.20 5.13 3.45 2.39 0.79 0.17 0.83 0.43 0.11 0.11 0.17
C3' 1.86 4.35 1.66 0.93 3.50 0.40 4.09 0.26 4.87 2.84 4.95 3.61 5.43 3.69 2.71 1.15 0.18 1.09 0.64 0.25 0.20 0.38
C4 1.43 2.79 1.39 0.90 2.54 0.33 2.97 0.34 3.25 2.33 3.14 2.44 3.49 2.89 2.10 0.93 0.34 0.79 0.50 0.10 0.17 0.25
C4' 1.97 4.76 1.74 0.95 3.78 0.37 4.40 0.25 5.27 2.99 5.40 3.93 5.84 3.90 2.89 1.21 0.16 1.13 0.62 0.19 0.21 0.33
C5 1.55 3.15 1.65 1.11 2.75 0.40 3.17 0.36 3.55 2.37 3.51 2.73 3.82 2.96 2.23 1.20 0.63 0.82 0.49 0.11 0.18 0.25
C5' 2.24 5.13 2.13 1.27 4.03 0.56 4.55 0.13 5.43 3.10 5.69 4.29 5.90 3.95 3.10 1.67 0.57 1.29 0.66 0.18 0.24 0.33
C6 1.63 3.59 1.61 0.98 3.05 0.34 3.57 0.37 4.09 2.57 4.05 3.05 4.47 3.30 2.41 1.11 0.39 0.86 0.50 0.13 0.17 0.26
N1 1.61 3.74 1.38 0.72 3.17 0.25 3.80 0.37 4.40 2.70 4.31 3.14 4.89 3.55 2.48 0.84 0.09 0.90 0.52 0.15 0.16 0.27
N3 1.40 2.95 1.11 0.55 2.69 0.21 3.26 0.33 3.58 2.52 3.39 2.54 3.92 3.24 2.19 0.61 0.24 0.84 0.52 0.12 0.16 0.26
N4 1.27 2.19 1.36 1.01 2.05 0.41 2.33 0.33 2.50 1.95 2.42 1.96 2.65 2.30 1.77 0.98 0.60 0.72 0.48 0.09 0.17 0.24
O2 1.47 3.58 0.94 0.28 3.08 0.15 3.84 0.32 4.46 2.73 4.23 2.97 5.08 3.67 2.39 0.42 0.71 0.94 0.54 0.18 0.18 0.28
O2' 1.14 3.55 0.80 0.15 2.76 0.39 3.41 0.78 4.20 2.17 4.21 2.82 4.87 3.06 1.98 0.33 0.73 0.52 0.21 0.38 0.52 0.32
O3' 1.35 3.86 1.09 0.39 3.00 0.24 3.61 0.60 4.41 2.37 4.49 3.09 5.02 3.23 2.21 0.57 0.42 0.65 0.27 0.14 0.19 0.07
O4' 1.93 4.65 1.66 0.88 3.75 0.32 4.40 0.28 5.25 3.00 5.31 3.85 5.81 3.93 2.87 1.10 0.06 1.10 0.60 0.18 0.22 0.32
O5' 2.94 5.56 2.93 2.09 4.56 1.33 4.97 0.68 5.74 3.64 6.01 4.83 6.09 4.40 3.71 2.52 1.46 1.99 1.31 0.68 0.73 0.92
OP1 3.53 6.39 3.54 2.59 5.19 1.79 5.50 1.06 6.33 4.08 6.76 5.59 6.60 4.81 4.26 3.19 1.98 2.49 1.67 0.92 1.07 1.22
OP2 4.06 6.36 4.23 3.37 5.41 2.53 5.62 1.78 6.26 4.43 6.61 5.75 6.43 5.02 4.64 3.96 2.91 3.08 2.27 1.46 1.59 1.81
P 3.74 6.35 3.81 2.91 5.29 2.09 5.58 1.35 6.32 4.25 6.68 5.65 6.55 4.93 4.43 3.48 2.34 2.73 1.92 1.15 1.27 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.24 0.21 0.12
C2 0.06 0.00 0.17 0.15 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.20 0.04 0.10 0.68 0.57 0.19
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.02 0.10 0.04 0.15 0.16 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.14 0.14
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.09 0.07 0.13 0.14 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.03 0.16
C4 0.03 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.11 0.65 0.53 0.19
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.05 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.23 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.13 0.87 0.65 0.22
C5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.04 0.04 0.08 0.12 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.38 0.37 0.01
C6 0.04 0.02 0.10 0.09 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.14 0.03 0.12 0.94 0.70 0.23
C8 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.13 0.74 0.54 0.19
N1 0.06 0.01 0.15 0.13 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.19 0.03 0.11 0.84 0.66 0.21
N3 0.06 0.00 0.16 0.14 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.04 0.10 0.55 0.49 0.16
N6 0.03 0.02 0.09 0.07 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.04 0.13 1.08 0.78 0.25
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.15 0.97 0.67 0.23
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.52 0.43 0.16
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.10 0.04 0.15 0.16 0.09 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.13 0.05 0.12
O3' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.11 0.03 0.10 0.06 0.14 0.07 0.19 0.18 0.13 0.07 0.05 0.06 0.00 0.02 0.09 0.38 0.15 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.10 0.13 0.09
O5' 0.09 0.10 0.06 0.06 0.11 0.02 0.13 0.01 0.12 0.13 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.05 0.09 0.09 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.24 0.68 0.15 0.12 0.65 0.23 0.87 0.38 0.94 0.74 0.84 0.55 1.08 0.97 0.52 0.13 0.38 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.57 0.14 0.03 0.53 0.18 0.65 0.37 0.70 0.54 0.66 0.49 0.78 0.67 0.43 0.05 0.15 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.19 0.14 0.16 0.19 0.05 0.22 0.01 0.23 0.19 0.21 0.16 0.25 0.23 0.16 0.12 0.20 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00