ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49676

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.009, 0.045, 0.080, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.056 std_dev=0.036
P B 0, 0.035, 0.099, 0.163, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.099 std_dev=0.064
O5' B 0, 0.053, 0.149, 0.244, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.149 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.020, 0.116, 0.211, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.116 std_dev=0.096
OP1 B 0, 0.055, 0.155, 0.255, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.155 std_dev=0.100
OP2 B 0, 0.035, 0.179, 0.323, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.179 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.015, 0.162, 0.308, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.025, 0.213, 0.402, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.213 std_dev=0.188
O4' A 0, 0.009, 0.200, 0.391, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.200 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.031, 0.236, 0.441, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.236 std_dev=0.205
C5' B 0, 0.037, 0.244, 0.451, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.244 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.032, 0.239, 0.446, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.239 std_dev=0.207
O5' A 0, 0.021, 0.243, 0.465, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.243 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.013, 0.236, 0.459, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.236 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.045, 0.277, 0.510, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.277 std_dev=0.233
P A 0, 0.019, 0.252, 0.485, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.252 std_dev=0.233
O3' B 0, 0.055, 0.296, 0.538, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.296 std_dev=0.242
O3' A 0, 0.023, 0.265, 0.508, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.265 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.047, 0.298, 0.549, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.298 std_dev=0.251
O2' B 0, 0.045, 0.298, 0.551, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.298 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.038, 0.299, 0.561, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.299 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.026, 0.290, 0.554, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.290 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.031, 0.305, 0.579, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.305 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.046, 0.327, 0.607, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.327 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.026, 0.311, 0.595, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.311 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.036, 0.342, 0.648, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.342 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.031, 0.346, 0.661, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.346 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.034, 0.358, 0.682, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.358 std_dev=0.324
N9 B 0, 0.032, 0.361, 0.691, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.361 std_dev=0.329
C5' A 0, 0.018, 0.352, 0.685, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.352 std_dev=0.333
O2' A 0, 0.045, 0.395, 0.746, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.395 std_dev=0.350
N6 B 0, 0.038, 0.400, 0.761, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.400 std_dev=0.361
C8 B 0, 0.039, 0.430, 0.821, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.430 std_dev=0.391
N7 B 0, 0.044, 0.437, 0.829, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.437 std_dev=0.392

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C2 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.10 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.05 0.03 0.05 0.07 0.09 0.08
C5' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04
N3 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04
N4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05
O2 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.03 0.12 0.07 0.12 0.02 0.02 0.06 0.15 0.00 0.02 0.02 0.20 0.22 0.23 0.25
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.10 0.08 0.08 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.00 0.00 0.08 0.13 0.12 0.11
O5' 0.02 0.01 0.11 0.07 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.20 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.09 0.02 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.22 0.08 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.23 0.08 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.12 0.05 0.05 0.04 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.05 0.02 0.25 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.02 0.10 0.06 0.01 0.10 0.03 0.02 0.03 0.09 0.07 0.04
C2 0.06 0.02 0.11 0.07 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.15 0.07 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01
C2' 0.09 0.03 0.12 0.09 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.15 0.10 0.08 0.09 0.07 0.04 0.01
C3' 0.05 0.01 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.13 0.06 0.04 0.05 0.09 0.06 0.03
C4 0.04 0.06 0.09 0.06 0.02 0.04 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.03 0.08 0.03 0.01 0.12 0.06 0.03 0.05 0.08 0.02 0.00
C4' 0.03 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.13 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.04
C5 0.05 0.05 0.09 0.07 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.02 0.12 0.07 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01
C5' 0.07 0.05 0.12 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.17 0.06 0.03 0.03 0.12 0.06 0.05
C6 0.05 0.04 0.10 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.03 0.13 0.07 0.04 0.06 0.08 0.00 0.00
N1 0.05 0.03 0.10 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.03 0.13 0.06 0.03 0.06 0.08 0.03 0.01
N3 0.05 0.04 0.11 0.07 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.14 0.07 0.03 0.06 0.07 0.02 0.01
N4 0.03 0.08 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.05 0.09 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.03 0.09 0.05 0.00
O2 0.08 0.05 0.14 0.09 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.18 0.09 0.05 0.08 0.04 0.05 0.01
O2' 0.21 0.19 0.24 0.19 0.20 0.17 0.18 0.14 0.17 0.20 0.17 0.20 0.16 0.18 0.21 0.28 0.20 0.19 0.15 0.05 0.01 0.04
O3' 0.12 0.09 0.16 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.05 0.07 0.11 0.19 0.13 0.10 0.10 0.06 0.03 0.01
O4' 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.09 0.07 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.07 0.05
O5' 0.06 0.02 0.11 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.16 0.08 0.03 0.06 0.09 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.13 0.05 0.01 0.03 0.13 0.02 0.04
OP2 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.06 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.15 0.03 0.06
P 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.05 0.01 0.12 0.04 0.01 0.02 0.13 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.03 0.03 0.02 0.11 0.13 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.10 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02 0.06 0.11 0.04
C5' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.02 0.08 0.12 0.06
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03 0.02 0.10 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03 0.02 0.08 0.11 0.06
N6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.03 0.02 0.09 0.13 0.06
N7 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.10 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01
O5' 0.04 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.08 0.09 0.04 0.02 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.13 0.03 0.01 0.10 0.05 0.11 0.07 0.12 0.08 0.13 0.11 0.13 0.10 0.08 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00