ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49678

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.006, 0.052, 0.098, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.052 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.017, 0.095, 0.172, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.018, 0.104, 0.190, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.104 std_dev=0.086
C5' A 0, 0.005, 0.137, 0.270, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.137 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.017, 0.186, 0.356, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.186 std_dev=0.169
P A 0, 0.022, 0.238, 0.454, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.238 std_dev=0.216
OP2 A 0, 0.037, 0.264, 0.490, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.264 std_dev=0.227
OP1 A 0, 0.030, 0.264, 0.498, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.264 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.005, 0.357, 0.708, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.357 std_dev=0.352
P B 0, 0.005, 0.378, 0.751, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.378 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.017, 0.393, 0.769, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.393 std_dev=0.376
N7 B 0, -0.038, 0.345, 0.727, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.345 std_dev=0.382
C8 B 0, -0.030, 0.355, 0.739, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.355 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.009, 0.414, 0.819, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.414 std_dev=0.405
C5 B 0, -0.029, 0.396, 0.820, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.396 std_dev=0.425
N6 B 0, -0.033, 0.392, 0.818, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.392 std_dev=0.425
N9 B 0, -0.020, 0.408, 0.836, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.408 std_dev=0.428
C6 B 0, -0.028, 0.421, 0.869, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.421 std_dev=0.448
C5' B 0, -0.006, 0.445, 0.896, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.445 std_dev=0.451
O4' B 0, -0.020, 0.433, 0.887, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.433 std_dev=0.454
C4 B 0, -0.017, 0.436, 0.890, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.436 std_dev=0.454
C1' B 0, -0.019, 0.436, 0.890, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.436 std_dev=0.454
C4' B 0, -0.021, 0.447, 0.915, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.447 std_dev=0.468
C3' B 0, -0.020, 0.452, 0.923, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.452 std_dev=0.472
C2' B 0, -0.025, 0.452, 0.928, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.452 std_dev=0.476
O3' B 0, -0.020, 0.472, 0.963, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.472 std_dev=0.492
N1 B 0, -0.017, 0.482, 0.981, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.482 std_dev=0.499
O2' B 0, -0.044, 0.458, 0.961, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.458 std_dev=0.503
N3 B 0, -0.007, 0.498, 1.004, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.498 std_dev=0.506
C2 B 0, -0.009, 0.517, 1.043, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.517 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.10 0.10 0.10
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.08 0.06 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.08 0.08 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.11 0.12 0.12
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.02 0.08 0.05 0.08 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.02 0.10 0.01 0.06 0.04 0.08 0.12 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.04 0.08 0.12 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07
C2 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.08 0.01 0.08 0.02 0.11 0.04 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.13 0.11 0.11
C2' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C3' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07
C4 0.05 0.14 0.06 0.05 0.11 0.01 0.14 0.02 0.17 0.10 0.17 0.11 0.20 0.14 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03
C4' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.00 0.08 0.03 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06
C5 0.06 0.15 0.08 0.07 0.12 0.04 0.14 0.02 0.17 0.10 0.17 0.12 0.20 0.14 0.09 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02
C5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.01 0.08 0.03 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06
C6 0.03 0.11 0.04 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.13 0.06 0.13 0.09 0.16 0.10 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N1 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.02 0.09 0.04 0.12 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06
N3 0.02 0.09 0.02 0.02 0.06 0.06 0.09 0.09 0.12 0.03 0.12 0.06 0.16 0.08 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.14 0.10 0.11
N4 0.09 0.19 0.11 0.10 0.16 0.05 0.20 0.02 0.22 0.15 0.21 0.16 0.25 0.20 0.13 0.09 0.10 0.05 0.04 0.06 0.07 0.00
O2 0.09 0.02 0.09 0.11 0.03 0.13 0.01 0.15 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.09 0.13 0.15 0.17 0.16 0.16
O2' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07
O3' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
O4' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.08 0.01 0.08 0.03 0.10 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
O5' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.08 0.02 0.09 0.03 0.11 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07
OP1 0.04 0.07 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.03 0.10 0.04 0.12 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06
OP2 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.09 0.04 0.12 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.02 0.09 0.04 0.12 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00