ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49679

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.012, 0.051, 0.090, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.051 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.008, 0.050, 0.092, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.008, 0.080, 0.151, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.080 std_dev=0.071
O4' A 0, -0.008, 0.066, 0.140, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.066 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.038, 0.140, 0.242, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.140 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.044, 0.149, 0.255, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.149 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.044, 0.153, 0.262, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.153 std_dev=0.109
O3' A 0, 0.067, 0.236, 0.405, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.236 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.072, 0.253, 0.434, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.253 std_dev=0.181
O5' A 0, 0.064, 0.246, 0.427, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.246 std_dev=0.182
P A 0, 0.054, 0.342, 0.630, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.342 std_dev=0.288
OP2 A 0, 0.047, 0.391, 0.735, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.391 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.068, 0.427, 0.786, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.427 std_dev=0.359
OP1 A 0, 0.059, 0.462, 0.864, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.462 std_dev=0.403
C8 B 0, 0.113, 0.537, 0.961, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.537 std_dev=0.424
P B 0, 0.019, 0.454, 0.888, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.454 std_dev=0.435
N7 B 0, 0.108, 0.574, 1.039, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.574 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.035, 0.504, 0.972, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.504 std_dev=0.469
C4' B 0, 0.068, 0.542, 1.016, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.542 std_dev=0.474
O3' B 0, 0.055, 0.542, 1.029, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.542 std_dev=0.487
OP2 B 0, 0.016, 0.509, 1.001, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.509 std_dev=0.493
OP1 B 0, -0.026, 0.484, 0.993, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.484 std_dev=0.510
C3' B 0, 0.056, 0.580, 1.104, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.580 std_dev=0.524
O4' B 0, 0.058, 0.673, 1.288, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.673 std_dev=0.615
N9 B 0, 0.058, 0.789, 1.521, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.789 std_dev=0.731
C1' B 0, 0.042, 0.825, 1.608, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.825 std_dev=0.783
C5 B 0, 0.047, 0.853, 1.660, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.853 std_dev=0.806
C2' B 0, 0.017, 0.827, 1.638, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.827 std_dev=0.810
N6 B 0, 0.032, 0.939, 1.847, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.939 std_dev=0.908
C4 B 0, 0.007, 0.991, 1.975, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.991 std_dev=0.984
C6 B 0, 0.003, 1.022, 2.041, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.022 std_dev=1.019
O2' B 0, -0.034, 0.990, 2.014, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.990 std_dev=1.024
N3 B 0, -0.071, 1.271, 2.614, 3.128 max_d=3.128 avg_d=1.271 std_dev=1.342
N1 B 0, -0.079, 1.298, 2.676, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.298 std_dev=1.378
C2 B 0, -0.114, 1.401, 2.917, 3.506 max_d=3.506 avg_d=1.401 std_dev=1.515

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.06 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.06 0.12 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.03
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04
C4 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02 0.06 0.13 0.21 0.15
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.02 0.06 0.13 0.19 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.08 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.04 0.06 0.11 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
N3 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.01 0.05 0.09 0.18 0.12
N4 0.03 0.02 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.07 0.02 0.08 0.18 0.25 0.19
O2 0.05 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.04 0.04 0.08 0.08 0.10 0.06
O2' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.09 0.12 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.11 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.14 0.17 0.10 0.12
O5' 0.08 0.05 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.08 0.02 0.13 0.14 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.11 0.06 0.08 0.06 0.13 0.11 0.13 0.13 0.06 0.06 0.09 0.18 0.08 0.07 0.01 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.12 0.04 0.03 0.21 0.02 0.19 0.01 0.11 0.09 0.18 0.25 0.10 0.03 0.08 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.03 0.04 0.15 0.02 0.15 0.01 0.09 0.06 0.12 0.19 0.06 0.02 0.09 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.80 0.42 0.19 0.60 0.08 0.62 0.14 0.75 0.36 0.84 0.70 0.77 0.46 0.45 0.40 0.15 0.17 0.14 0.45 0.14 0.23
C2 0.36 0.73 0.40 0.19 0.58 0.10 0.60 0.12 0.70 0.38 0.75 0.65 0.70 0.47 0.45 0.37 0.14 0.19 0.13 0.43 0.13 0.20
C2' 0.28 0.71 0.32 0.11 0.51 0.05 0.53 0.17 0.67 0.28 0.75 0.60 0.70 0.38 0.36 0.32 0.07 0.11 0.20 0.49 0.23 0.29
C3' 0.26 0.64 0.32 0.13 0.47 0.05 0.50 0.14 0.62 0.27 0.68 0.55 0.65 0.37 0.34 0.31 0.10 0.10 0.16 0.42 0.18 0.24
C4 0.14 0.40 0.20 0.08 0.32 0.10 0.36 0.20 0.42 0.21 0.44 0.35 0.45 0.30 0.23 0.15 0.07 0.06 0.18 0.45 0.13 0.25
C4' 0.31 0.72 0.39 0.19 0.54 0.08 0.55 0.13 0.68 0.32 0.76 0.63 0.70 0.41 0.40 0.37 0.16 0.14 0.12 0.39 0.12 0.20
C5 0.14 0.43 0.21 0.08 0.33 0.10 0.38 0.22 0.46 0.21 0.48 0.36 0.50 0.31 0.23 0.15 0.07 0.06 0.18 0.45 0.13 0.26
C5' 0.32 0.69 0.42 0.24 0.53 0.09 0.55 0.08 0.66 0.34 0.72 0.60 0.68 0.43 0.40 0.38 0.22 0.15 0.06 0.29 0.06 0.12
C6 0.23 0.58 0.30 0.13 0.44 0.07 0.48 0.19 0.58 0.28 0.63 0.50 0.62 0.39 0.32 0.25 0.10 0.07 0.16 0.44 0.13 0.24
N1 0.31 0.71 0.37 0.17 0.55 0.07 0.57 0.15 0.68 0.34 0.74 0.62 0.70 0.44 0.41 0.34 0.13 0.14 0.14 0.45 0.13 0.22
N3 0.26 0.55 0.30 0.14 0.45 0.07 0.47 0.15 0.54 0.30 0.58 0.49 0.54 0.38 0.34 0.26 0.10 0.12 0.15 0.44 0.13 0.22
N4 0.04 0.22 0.09 0.06 0.16 0.16 0.21 0.25 0.26 0.10 0.26 0.17 0.29 0.18 0.09 0.05 0.07 0.13 0.23 0.45 0.14 0.28
O2 0.47 0.90 0.49 0.25 0.72 0.16 0.72 0.09 0.84 0.46 0.92 0.81 0.83 0.56 0.56 0.48 0.17 0.28 0.11 0.41 0.12 0.18
O2' 0.27 0.75 0.31 0.08 0.52 0.06 0.52 0.20 0.68 0.24 0.78 0.63 0.70 0.34 0.35 0.33 0.05 0.10 0.24 0.52 0.27 0.32
O3' 0.25 0.60 0.30 0.11 0.44 0.05 0.47 0.13 0.58 0.26 0.64 0.51 0.62 0.35 0.32 0.29 0.09 0.10 0.17 0.39 0.19 0.23
O4' 0.36 0.80 0.44 0.23 0.60 0.09 0.61 0.14 0.74 0.35 0.83 0.70 0.76 0.45 0.44 0.42 0.19 0.16 0.11 0.42 0.11 0.20
O5' 0.21 0.57 0.29 0.13 0.43 0.03 0.47 0.16 0.58 0.27 0.62 0.48 0.63 0.37 0.30 0.24 0.10 0.04 0.13 0.38 0.09 0.20
OP1 0.21 0.50 0.31 0.18 0.39 0.03 0.44 0.08 0.52 0.28 0.55 0.43 0.56 0.37 0.30 0.25 0.17 0.07 0.04 0.23 0.02 0.09
OP2 0.26 0.52 0.36 0.24 0.43 0.09 0.49 0.04 0.56 0.35 0.57 0.45 0.61 0.44 0.35 0.28 0.24 0.11 0.05 0.17 0.11 0.04
P 0.25 0.57 0.35 0.21 0.45 0.05 0.50 0.07 0.59 0.33 0.62 0.49 0.63 0.42 0.34 0.29 0.20 0.09 0.01 0.24 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.02 0.10 0.13 0.06 0.02 0.14 0.14 0.06 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05 0.11 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.09 0.05 0.06
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.15 0.13 0.09 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.15 0.13 0.10 0.10
C8 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.18 0.14 0.09 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.11 0.10 0.07 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04
N6 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.19 0.17 0.14 0.13
N7 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01 0.19 0.15 0.12 0.11
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.11 0.09 0.05 0.06
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.11 0.13 0.06 0.04 0.16 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11 0.17 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.11 0.11 0.07 0.09
O5' 0.05 0.07 0.05 0.09 0.10 0.01 0.15 0.01 0.15 0.18 0.11 0.06 0.19 0.19 0.11 0.02 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.03 0.05 0.09 0.05 0.13 0.08 0.13 0.14 0.10 0.06 0.17 0.15 0.09 0.03 0.11 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.11 0.11 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.07 0.03 0.14 0.12 0.05 0.06 0.17 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.04 0.13 0.11 0.06 0.01 0.15 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00