ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49680

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O2 A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
OP2 B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.000, 0.114, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
P B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O5' B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C5' A 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O5' A 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
OP1 B 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.000, 0.398, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.398 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C3' B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C8 B 0, 0.000, 0.495, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.495 std_dev=0.494
P A 0, 0.000, 0.498, 0.995, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.498 std_dev=0.498
N7 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C1' B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
N9 B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C5 B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
N6 B 0, 0.000, 0.528, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.528 std_dev=0.528
C4 B 0, 0.000, 0.529, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C6 B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
N3 B 0, 0.000, 0.543, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.543 std_dev=0.543
N1 B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
C2 B 0, 0.000, 0.572, 1.143, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.572 std_dev=0.572
OP2 A 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
C2' B 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
O3' B 0, 0.000, 1.225, 2.449, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.225 std_dev=1.225
O2' B 0, 0.000, 1.539, 3.079, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.539 std_dev=1.539

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.08 0.08
C2 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.19 0.24 0.21 0.20
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.11 0.07
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.19 0.24 0.19 0.21
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03
C5 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.23 0.14 0.19
C5' 0.04 0.11 0.03 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.05 0.01 0.02 0.00 0.10 0.03 0.01
C6 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.18 0.21 0.11 0.17
N1 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.17 0.21 0.15 0.16
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.20 0.25 0.22 0.22
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.17 0.23 0.18 0.20
O2 0.07 0.01 0.07 0.10 0.02 0.08 0.04 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.21 0.26 0.24 0.22
O2' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.14 0.12 0.08
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.02
O5' 0.10 0.19 0.04 0.01 0.19 0.01 0.18 0.00 0.18 0.17 0.20 0.17 0.21 0.06 0.04 0.07 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.14 0.24 0.12 0.10 0.24 0.11 0.23 0.10 0.21 0.21 0.25 0.23 0.26 0.14 0.08 0.12 0.04 0.00 0.02 0.04
OP2 0.08 0.21 0.11 0.10 0.19 0.04 0.14 0.03 0.11 0.15 0.22 0.18 0.24 0.12 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.20 0.07 0.05 0.21 0.03 0.19 0.01 0.17 0.16 0.22 0.20 0.22 0.08 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.24 0.12 0.11 0.16 0.10 0.18 0.07 0.23 0.06 0.26 0.19 0.24 0.12 0.09 0.52 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
C2 0.08 0.15 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.00 0.17 0.03 0.18 0.12 0.19 0.09 0.05 0.38 0.08 0.05 0.05 0.05 0.00 0.03
C2' 0.11 0.24 0.14 0.09 0.15 0.07 0.17 0.05 0.22 0.05 0.25 0.19 0.23 0.10 0.09 0.60 0.29 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
C3' 0.07 0.22 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.07 0.20 0.00 0.24 0.17 0.21 0.06 0.04 0.53 0.36 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03
C4 0.07 0.06 0.17 0.04 0.01 0.07 0.03 0.05 0.10 0.12 0.10 0.01 0.14 0.02 0.09 0.03 0.10 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02
C4' 0.06 0.24 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.09 0.20 0.01 0.25 0.18 0.21 0.06 0.04 0.50 0.45 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03
C5 0.13 0.03 0.19 0.12 0.07 0.14 0.01 0.10 0.08 0.17 0.09 0.03 0.13 0.07 0.15 0.01 0.26 0.14 0.03 0.01 0.05 0.01
C5' 0.03 0.19 0.04 0.18 0.04 0.18 0.05 0.15 0.13 0.08 0.20 0.11 0.14 0.03 0.04 0.36 0.53 0.13 0.07 0.07 0.08 0.08
C6 0.08 0.10 0.10 0.13 0.00 0.15 0.05 0.10 0.13 0.09 0.14 0.03 0.16 0.00 0.08 0.14 0.34 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
N1 0.05 0.18 0.03 0.07 0.11 0.09 0.14 0.06 0.19 0.01 0.21 0.13 0.21 0.08 0.04 0.36 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
N3 0.03 0.11 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.14 0.02 0.15 0.08 0.17 0.06 0.00 0.21 0.00 0.03 0.06 0.07 0.01 0.04
N4 0.10 0.02 0.23 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.06 0.16 0.06 0.02 0.11 0.07 0.13 0.09 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.01
O2 0.15 0.17 0.13 0.04 0.14 0.05 0.16 0.05 0.18 0.08 0.19 0.15 0.19 0.12 0.11 0.55 0.02 0.12 0.08 0.08 0.02 0.04
O2' 0.16 0.24 0.23 0.06 0.17 0.02 0.18 0.00 0.22 0.09 0.25 0.20 0.23 0.13 0.13 0.74 0.27 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02
O3' 0.09 0.22 0.15 0.10 0.11 0.08 0.12 0.06 0.18 0.00 0.23 0.17 0.19 0.05 0.05 0.61 0.33 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
O4' 0.05 0.25 0.09 0.15 0.15 0.14 0.17 0.09 0.24 0.04 0.28 0.19 0.25 0.11 0.06 0.44 0.48 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
O5' 0.19 0.03 0.15 0.30 0.13 0.30 0.11 0.26 0.01 0.25 0.06 0.06 0.02 0.19 0.22 0.12 0.61 0.27 0.19 0.17 0.20 0.19
OP1 0.21 0.01 0.16 0.32 0.16 0.32 0.15 0.28 0.05 0.28 0.02 0.08 0.03 0.23 0.24 0.08 0.66 0.29 0.21 0.20 0.23 0.21
OP2 0.11 0.19 0.11 0.19 0.02 0.23 0.00 0.21 0.13 0.19 0.23 0.08 0.17 0.11 0.13 0.10 0.47 0.19 0.13 0.13 0.15 0.14
P 0.15 0.10 0.12 0.24 0.09 0.26 0.08 0.23 0.03 0.23 0.12 0.01 0.05 0.17 0.18 0.10 0.56 0.23 0.16 0.16 0.18 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.22 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.39 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.14 0.10 0.10 0.06 0.02 0.12 0.12 0.06 0.00 0.04 0.01 0.25 0.21 0.26 0.27
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.07 0.17 0.02 0.04 0.09 0.16 0.09 0.05 0.00 0.01 0.05 0.10 0.14 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.23 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.09 0.04 0.25 0.03 0.00 0.03 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.14 0.03 0.09 0.08 0.07 0.08
C5' 0.02 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.09 0.08 0.01 0.09 0.20 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.20 0.03 0.09 0.09 0.09 0.10
C8 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.05 0.04 0.09 0.07 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.35 0.30 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07
N3 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.39 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
N6 0.01 0.02 0.12 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.15 0.04 0.12 0.12 0.12 0.14
N7 0.00 0.00 0.12 0.16 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.01 0.05 0.12 0.11 0.10 0.11
N9 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00
O2' 0.03 0.29 0.00 0.05 0.26 0.25 0.34 0.09 0.38 0.22 0.35 0.24 0.41 0.32 0.17 0.00 0.03 0.20 0.17 0.15 0.34 0.22
O3' 0.22 0.39 0.04 0.00 0.23 0.03 0.14 0.20 0.20 0.05 0.30 0.39 0.15 0.01 0.12 0.03 0.00 0.15 0.21 0.43 0.32 0.30
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.20 0.15 0.00 0.04 0.07 0.03 0.03
O5' 0.04 0.02 0.25 0.05 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.00 0.12 0.12 0.02 0.17 0.21 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.21 0.10 0.04 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.00 0.12 0.11 0.03 0.15 0.43 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.03 0.26 0.14 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.05 0.07 0.01 0.12 0.10 0.00 0.34 0.32 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.27 0.07 0.03 0.03 0.08 0.00 0.10 0.06 0.07 0.00 0.14 0.11 0.00 0.22 0.30 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00