ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49681

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N4 A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
OP2 B 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C5' A 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
O5' A 0, 0.000, 0.723, 1.446, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.723 std_dev=0.723
P B 0, 0.000, 0.750, 1.499, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.750 std_dev=0.750
OP1 A 0, 0.000, 1.230, 2.461, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.230 std_dev=1.230
P A 0, 0.000, 1.277, 2.555, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.277 std_dev=1.277
OP2 A 0, 0.000, 1.625, 3.249, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.625 std_dev=1.625
O5' B 0, 0.000, 1.999, 3.997, 3.997 max_d=3.997 avg_d=1.999 std_dev=1.999
C5' B 0, 0.000, 2.958, 5.917, 5.917 max_d=5.917 avg_d=2.958 std_dev=2.958
C4' B 0, 0.000, 3.980, 7.961, 7.961 max_d=7.961 avg_d=3.980 std_dev=3.980
O3' B 0, 0.000, 4.445, 8.891, 8.891 max_d=8.891 avg_d=4.445 std_dev=4.445
C3' B 0, 0.000, 4.589, 9.178, 9.178 max_d=9.178 avg_d=4.589 std_dev=4.589
O4' B 0, 0.000, 4.739, 9.478, 9.478 max_d=9.478 avg_d=4.739 std_dev=4.739
C8 B 0, 0.000, 5.359, 10.719, 10.719 max_d=10.719 avg_d=5.359 std_dev=5.359
C1' B 0, 0.000, 5.723, 11.446, 11.446 max_d=11.446 avg_d=5.723 std_dev=5.723
C2' B 0, 0.000, 5.723, 11.446, 11.446 max_d=11.446 avg_d=5.723 std_dev=5.723
N7 B 0, 0.000, 5.848, 11.695, 11.695 max_d=11.695 avg_d=5.848 std_dev=5.848
N9 B 0, 0.000, 6.011, 12.021, 12.021 max_d=12.021 avg_d=6.011 std_dev=6.011
O2' B 0, 0.000, 6.023, 12.047, 12.047 max_d=12.047 avg_d=6.023 std_dev=6.023
C5 B 0, 0.000, 6.894, 13.789, 13.789 max_d=13.789 avg_d=6.894 std_dev=6.894
C4 B 0, 0.000, 7.006, 14.013, 14.013 max_d=14.013 avg_d=7.006 std_dev=7.006
C6 B 0, 0.000, 7.827, 15.653, 15.653 max_d=15.653 avg_d=7.827 std_dev=7.827
N6 B 0, 0.000, 7.837, 15.674, 15.674 max_d=15.674 avg_d=7.837 std_dev=7.837
N3 B 0, 0.000, 7.914, 15.829, 15.829 max_d=15.829 avg_d=7.914 std_dev=7.914
C2 B 0, 0.000, 8.752, 17.504, 17.504 max_d=17.504 avg_d=8.752 std_dev=8.752
N1 B 0, 0.000, 8.770, 17.539, 17.539 max_d=17.539 avg_d=8.770 std_dev=8.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 0.18 0.23 0.19 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.24 0.20 0.12
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.07 0.04 0.05 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.28 0.18
C4 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.07 0.33 0.34 0.30 0.34
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.15 0.07 0.08 0.15 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.16 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.33 0.31 0.20 0.31
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.26 0.00 0.30 0.00 0.24 0.13 0.19 0.30 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.24 0.23 0.07 0.18
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.15 0.19 0.09 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.26 0.30 0.28 0.27
N4 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.08 0.38 0.40 0.39 0.42
O2 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.03 0.12 0.19 0.18 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.11 0.07 0.15 0.00 0.03 0.03 0.05 0.25 0.20 0.10
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.38 0.38 0.25
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.04 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.15 0.13
O5' 0.03 0.18 0.07 0.09 0.33 0.01 0.33 0.00 0.24 0.15 0.26 0.38 0.12 0.05 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.11 0.23 0.24 0.29 0.34 0.16 0.31 0.11 0.23 0.19 0.30 0.40 0.19 0.25 0.38 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.19 0.20 0.28 0.30 0.06 0.20 0.03 0.07 0.09 0.28 0.39 0.18 0.20 0.38 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.17 0.12 0.18 0.34 0.02 0.31 0.01 0.18 0.11 0.27 0.42 0.11 0.10 0.25 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.12 2.23 2.09 1.95 2.25 1.89 2.26 1.72 2.21 2.23 2.20 2.24 2.12 2.28 2.21 2.06 1.82 1.99 1.12 0.12 0.08 0.27
C2 1.73 1.52 1.70 1.65 1.62 1.69 1.51 1.61 1.38 1.69 1.41 1.62 1.20 1.55 1.70 1.71 1.55 1.71 1.05 0.13 0.08 0.25
C2' 2.36 2.54 2.20 1.98 2.56 2.03 2.60 1.82 2.56 2.52 2.53 2.54 2.48 2.62 2.49 2.19 1.76 2.24 1.24 0.04 0.08 0.37
C3' 2.03 2.18 1.87 1.69 2.18 1.76 2.21 1.61 2.20 2.13 2.17 2.17 2.16 2.21 2.12 1.88 1.51 1.94 1.06 0.12 0.05 0.25
C4 0.65 0.17 0.70 0.79 0.31 0.92 0.12 1.04 0.04 0.39 0.01 0.32 0.24 0.14 0.47 0.78 0.86 0.77 0.65 0.11 0.06 0.13
C4' 2.01 2.23 1.97 1.81 2.20 1.77 2.24 1.60 2.26 2.11 2.25 2.20 2.26 2.21 2.11 1.95 1.69 1.87 1.01 0.16 0.04 0.20
C5 0.69 0.25 0.76 0.85 0.40 0.94 0.24 1.05 0.08 0.51 0.11 0.40 0.11 0.29 0.55 0.81 0.92 0.80 0.65 0.11 0.05 0.12
C5' 1.58 1.71 1.58 1.48 1.70 1.44 1.72 1.34 1.72 1.64 1.72 1.70 1.71 1.70 1.65 1.57 1.41 1.49 0.78 0.28 0.19 0.03
C6 1.18 0.91 1.21 1.24 1.03 1.28 0.93 1.30 0.79 1.11 0.81 1.01 0.64 0.98 1.12 1.23 1.23 1.21 0.82 0.12 0.05 0.17
N1 1.66 1.53 1.65 1.60 1.62 1.61 1.55 1.54 1.44 1.68 1.45 1.61 1.30 1.60 1.67 1.65 1.52 1.63 1.00 0.13 0.07 0.23
N3 1.18 0.80 1.18 1.21 0.92 1.32 0.75 1.36 0.60 0.98 0.66 0.93 0.40 0.76 1.05 1.24 1.19 1.26 0.89 0.12 0.08 0.20
N4 0.04 0.55 0.14 0.30 0.41 0.47 0.64 0.66 0.81 0.35 0.73 0.37 1.01 0.65 0.22 0.27 0.45 0.22 0.37 0.07 0.04 0.06
O2 2.25 2.16 2.19 2.05 2.24 2.04 2.15 1.84 2.02 2.31 2.06 2.23 1.82 2.18 2.29 2.16 1.86 2.15 1.19 0.14 0.08 0.29
O2' 2.92 3.37 2.75 2.42 3.30 2.40 3.41 2.07 3.45 3.13 3.41 3.31 3.41 3.36 3.13 2.73 2.16 2.68 1.44 0.08 0.19 0.51
O3' 2.27 2.56 2.05 1.79 2.50 1.91 2.56 1.71 2.60 2.37 2.59 2.51 2.61 2.50 2.39 2.07 1.57 2.17 1.16 0.04 0.02 0.34
O4' 1.95 2.10 1.97 1.85 2.09 1.76 2.11 1.61 2.10 2.04 2.10 2.09 2.06 2.10 2.04 1.94 1.77 1.80 1.01 0.16 0.04 0.19
O5' 1.06 0.96 1.07 1.05 1.03 1.07 1.01 1.06 0.94 1.07 0.92 1.01 0.88 1.05 1.07 1.07 1.02 1.05 0.54 0.40 0.31 0.12
OP1 0.77 0.56 0.78 0.80 0.68 0.85 0.64 0.89 0.55 0.77 0.51 0.64 0.48 0.71 0.75 0.78 0.80 0.80 0.39 0.46 0.40 0.21
OP2 0.17 0.35 0.20 0.33 0.12 0.45 0.22 0.60 0.42 0.10 0.47 0.19 0.57 0.08 0.06 0.23 0.39 0.32 0.14 0.51 0.47 0.31
P 0.63 0.35 0.68 0.74 0.49 0.78 0.44 0.84 0.31 0.61 0.28 0.45 0.22 0.52 0.59 0.68 0.77 0.69 0.34 0.45 0.39 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.12 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.29 0.15 0.78 0.43
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.11 0.24 0.14
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.02 0.17 0.20
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.20 0.74 0.45
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.13 0.09
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.40 0.42 0.97 0.64
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.26 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.42 0.46 1.05 0.68
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.39 0.41 0.83 0.61
N1 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.32 0.95 0.57
N3 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.24 0.05 0.64 0.33
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.47 0.62 1.20 0.80
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.45 0.56 1.05 0.75
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.16 0.62 0.40
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.11
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.07 0.03 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.19 0.10 0.01
O5' 0.12 0.29 0.24 0.34 0.31 0.00 0.40 0.00 0.42 0.39 0.37 0.24 0.47 0.45 0.28 0.05 0.30 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.15 0.11 0.02 0.20 0.25 0.42 0.00 0.46 0.41 0.32 0.05 0.62 0.56 0.16 0.42 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.78 0.24 0.17 0.74 0.13 0.97 0.26 1.05 0.83 0.95 0.64 1.20 1.05 0.62 0.01 0.03 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.43 0.14 0.20 0.45 0.09 0.64 0.02 0.68 0.61 0.57 0.33 0.80 0.75 0.40 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00