ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49689

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 12, 20, 12, 15, 4, 11, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.041 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.035, 0.159, 0.284, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.159 std_dev=0.124
C2' A 0, 0.052, 0.183, 0.314, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.183 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.151, 0.333, 0.515, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.333 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.073, 0.261, 0.449, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.261 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.323, 0.514, 0.705, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.514 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.196, 0.394, 0.592, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.394 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.274, 0.475, 0.677, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.475 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.090, 0.293, 0.495, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.293 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.076, 0.280, 0.484, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.280 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.208, 0.427, 0.645, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.427 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.353, 0.578, 0.803, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.578 std_dev=0.225
N2 B 0, 0.282, 0.515, 0.749, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.515 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.238, 0.499, 0.759, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.499 std_dev=0.261
C8 B 0, 0.337, 0.602, 0.866, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.602 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.319, 0.586, 0.853, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.586 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.413, 0.682, 0.952, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.682 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.254, 0.535, 0.816, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.535 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.315, 0.610, 0.906, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.610 std_dev=0.295
O3' A 0, 0.127, 0.434, 0.742, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.434 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.246, 0.561, 0.877, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.561 std_dev=0.315
C3' B 0, 0.396, 0.722, 1.047, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.722 std_dev=0.325
C4' B 0, 0.389, 0.740, 1.091, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.740 std_dev=0.351
C5' A 0, 0.142, 0.495, 0.847, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.495 std_dev=0.352
O6 B 0, 0.316, 0.705, 1.094, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.705 std_dev=0.389
O3' B 0, 0.479, 0.891, 1.302, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.891 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.499, 0.975, 1.450, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.975 std_dev=0.475
O5' A 0, 0.115, 0.592, 1.070, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.592 std_dev=0.477
C5' B 0, 0.381, 0.926, 1.471, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.926 std_dev=0.545
P B 0, 0.634, 1.262, 1.889, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.262 std_dev=0.627
OP2 B 0, 0.912, 1.559, 2.206, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.559 std_dev=0.647
P A 0, 0.138, 0.857, 1.576, 4.141 max_d=4.141 avg_d=0.857 std_dev=0.719
OP2 A 0, 2.167, 2.937, 3.708, 4.327 max_d=4.327 avg_d=2.937 std_dev=0.771
OP1 A 0, 1.611, 2.413, 3.215, 4.715 max_d=4.715 avg_d=2.413 std_dev=0.802
OP1 B 0, 0.844, 1.700, 2.557, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.700 std_dev=0.857

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.20 0.28 0.19
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.05 0.37 0.34 0.66 0.38
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.11 0.13 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.18 0.13
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.16 0.23 0.17 0.15
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.03 0.38 0.34 0.64 0.38
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.06 0.04 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.46 0.44 0.84 0.49
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.19 0.20 0.16 0.10 0.22 0.22 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.18 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.47 0.47 0.89 0.52
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.45 0.41 0.75 0.47
N1 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.04 0.42 0.41 0.80 0.46
N3 0.03 0.00 0.13 0.13 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.05 0.33 0.30 0.55 0.33
N6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.04 0.51 0.54 1.02 0.59
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.50 0.50 0.92 0.55
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.35 0.30 0.55 0.34
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.13 0.14 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.16 0.11 0.07
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.12 0.12 0.16 0.16 0.13 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.19 0.35 0.26 0.20
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.20 0.23 0.23 0.19
O5' 0.21 0.37 0.14 0.16 0.38 0.01 0.46 0.01 0.47 0.45 0.42 0.33 0.51 0.50 0.35 0.05 0.19 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.34 0.17 0.23 0.34 0.14 0.44 0.18 0.47 0.41 0.41 0.30 0.54 0.50 0.30 0.16 0.35 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.66 0.18 0.17 0.64 0.14 0.84 0.23 0.89 0.75 0.80 0.55 1.02 0.92 0.55 0.11 0.26 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.13 0.15 0.38 0.03 0.49 0.01 0.52 0.47 0.46 0.33 0.59 0.55 0.34 0.07 0.20 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.18 0.16 0.17 0.15 0.17 0.16 0.18 0.19 0.15 0.21 0.21 0.15 0.15 0.15 0.18 0.23 0.23 0.17 0.21 0.18 0.22 0.18
C2 0.18 0.17 0.19 0.21 0.14 0.21 0.14 0.21 0.15 0.16 0.17 0.21 0.14 0.15 0.16 0.21 0.29 0.23 0.20 0.16 0.25 0.20 0.20
C2' 0.18 0.19 0.17 0.17 0.16 0.21 0.16 0.22 0.19 0.16 0.21 0.22 0.16 0.16 0.16 0.20 0.24 0.25 0.19 0.21 0.22 0.23 0.21
C3' 0.21 0.22 0.17 0.17 0.20 0.22 0.21 0.24 0.23 0.20 0.24 0.25 0.20 0.20 0.20 0.20 0.22 0.28 0.23 0.25 0.24 0.28 0.25
C4 0.17 0.17 0.16 0.16 0.13 0.17 0.13 0.18 0.16 0.14 0.18 0.21 0.13 0.13 0.14 0.18 0.23 0.22 0.17 0.17 0.19 0.20 0.17
C4' 0.20 0.22 0.17 0.17 0.20 0.19 0.21 0.21 0.24 0.20 0.25 0.23 0.20 0.21 0.20 0.18 0.22 0.26 0.21 0.27 0.21 0.29 0.23
C5 0.17 0.16 0.15 0.15 0.13 0.17 0.13 0.17 0.16 0.14 0.18 0.21 0.13 0.13 0.14 0.17 0.20 0.21 0.17 0.17 0.18 0.21 0.17
C5' 0.30 0.32 0.26 0.26 0.31 0.29 0.32 0.30 0.34 0.31 0.34 0.32 0.31 0.32 0.31 0.25 0.27 0.35 0.31 0.36 0.31 0.40 0.34
C6 0.17 0.17 0.16 0.16 0.13 0.17 0.14 0.17 0.15 0.15 0.17 0.21 0.14 0.14 0.15 0.17 0.21 0.21 0.17 0.16 0.19 0.20 0.17
C8 0.17 0.18 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.19 0.16 0.21 0.21 0.16 0.16 0.16 0.17 0.21 0.22 0.18 0.21 0.18 0.26 0.20
N1 0.18 0.17 0.19 0.21 0.14 0.20 0.15 0.20 0.15 0.17 0.17 0.21 0.14 0.16 0.16 0.21 0.27 0.22 0.19 0.16 0.24 0.20 0.19
N3 0.17 0.16 0.17 0.19 0.13 0.19 0.13 0.20 0.15 0.15 0.17 0.21 0.13 0.14 0.15 0.19 0.26 0.22 0.18 0.16 0.22 0.19 0.18
N6 0.17 0.18 0.16 0.15 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.15 0.17 0.21 0.15 0.14 0.15 0.16 0.19 0.20 0.17 0.16 0.18 0.20 0.17
N7 0.17 0.18 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.17 0.18 0.15 0.19 0.21 0.15 0.15 0.16 0.17 0.20 0.22 0.18 0.19 0.18 0.25 0.19
N9 0.17 0.18 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.17 0.18 0.15 0.20 0.21 0.14 0.14 0.15 0.17 0.22 0.22 0.17 0.20 0.18 0.23 0.18
O2' 0.18 0.18 0.19 0.20 0.15 0.22 0.16 0.23 0.19 0.16 0.20 0.22 0.15 0.15 0.16 0.22 0.28 0.25 0.20 0.21 0.23 0.23 0.21
O3' 0.23 0.25 0.19 0.19 0.23 0.26 0.24 0.28 0.27 0.23 0.28 0.28 0.23 0.23 0.22 0.22 0.24 0.31 0.26 0.29 0.28 0.30 0.29
O4' 0.18 0.20 0.16 0.17 0.17 0.17 0.19 0.17 0.22 0.17 0.23 0.22 0.17 0.18 0.16 0.17 0.23 0.22 0.18 0.26 0.17 0.26 0.19
O5' 0.54 0.57 0.49 0.50 0.56 0.53 0.58 0.55 0.58 0.57 0.58 0.56 0.56 0.58 0.56 0.48 0.48 0.58 0.56 0.59 0.56 0.61 0.59
OP1 0.63 0.69 0.55 0.55 0.69 0.62 0.72 0.64 0.75 0.70 0.74 0.68 0.67 0.73 0.67 0.55 0.52 0.68 0.61 0.77 0.62 0.65 0.66
OP2 1.16 1.23 1.08 1.10 1.23 1.13 1.26 1.18 1.28 1.24 1.27 1.20 1.20 1.27 1.21 1.00 1.04 1.18 1.25 1.28 1.26 1.36 1.30
P 0.66 0.71 0.59 0.60 0.70 0.65 0.73 0.67 0.74 0.71 0.73 0.69 0.69 0.73 0.69 0.56 0.56 0.70 0.69 0.75 0.69 0.76 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.16 0.09
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.19 0.06 0.17 0.01 0.19 0.31 0.21
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.07 0.12 0.16 0.13 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.08 0.11 0.12 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.14 0.12 0.15 0.17 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.14 0.15 0.12 0.10
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.18 0.01 0.18 0.29 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.22 0.01 0.25 0.35 0.26
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.07 0.06 0.16 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.16 0.08 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.04 0.23 0.01 0.28 0.38 0.29
C8 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.05 0.22 0.02 0.23 0.29 0.23
N1 0.03 0.01 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.05 0.21 0.01 0.24 0.36 0.26
N2 0.05 0.00 0.16 0.17 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.23 0.07 0.16 0.02 0.17 0.30 0.19
N3 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.15 0.02 0.15 0.27 0.18
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.04 0.25 0.02 0.29 0.37 0.29
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.16 0.02 0.16 0.24 0.17
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.12 0.18 0.13 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.12 0.10 0.05
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.03 0.18 0.14 0.19 0.23 0.16 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.16 0.20 0.22 0.21 0.17
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.04 0.09 0.16 0.10
O5' 0.08 0.17 0.08 0.13 0.18 0.01 0.22 0.01 0.23 0.22 0.21 0.16 0.15 0.25 0.16 0.06 0.16 0.10 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.20 0.04 0.25 0.00 0.33 0.42 0.33
OP1 0.08 0.19 0.11 0.15 0.18 0.08 0.25 0.08 0.28 0.23 0.24 0.17 0.15 0.29 0.16 0.12 0.22 0.09 0.02 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.31 0.12 0.12 0.29 0.10 0.35 0.11 0.38 0.29 0.36 0.30 0.27 0.37 0.24 0.10 0.21 0.16 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.07 0.10 0.20 0.02 0.26 0.02 0.29 0.23 0.26 0.19 0.18 0.29 0.17 0.05 0.17 0.10 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00