ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 7, 15, 6, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.002, 0.015, 0.032, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.035, 0.061, 0.087, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.061 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.046, 0.077, 0.107, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.077 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.039, 0.073, 0.108, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.073 std_dev=0.035
N3 B 0, 0.226, 0.374, 0.522, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.374 std_dev=0.148
N1 B 0, 0.271, 0.439, 0.607, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.439 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.184, 0.355, 0.527, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.355 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.250, 0.432, 0.614, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.432 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.385, 0.576, 0.768, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.576 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.357, 0.562, 0.767, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.562 std_dev=0.205
N9 B 0, 0.280, 0.505, 0.731, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.505 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.241, 0.476, 0.711, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.476 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.342, 0.585, 0.829, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.585 std_dev=0.244
N2 B 0, 0.156, 0.404, 0.651, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.404 std_dev=0.248
O6 B 0, 0.468, 0.733, 0.998, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.733 std_dev=0.265
O4' A 0, -0.002, 0.271, 0.545, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.271 std_dev=0.274
C2' A 0, 0.034, 0.314, 0.595, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.314 std_dev=0.280
O2' A 0, 0.167, 0.459, 0.752, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.459 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.328, 0.623, 0.919, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.623 std_dev=0.296
N7 B 0, 0.416, 0.715, 1.014, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.715 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.356, 0.662, 0.969, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.662 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.249, 0.563, 0.877, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.563 std_dev=0.314
C3' B 0, 0.407, 0.735, 1.062, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.735 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.309, 0.682, 1.054, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.682 std_dev=0.372
C4' A 0, 0.033, 0.443, 0.852, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.443 std_dev=0.409
C5' B 0, 0.360, 0.802, 1.245, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.802 std_dev=0.442
C3' A 0, 0.036, 0.489, 0.942, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.489 std_dev=0.453
O5' B 0, 0.403, 0.869, 1.335, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.869 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.454, 0.926, 1.398, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.926 std_dev=0.472
P B 0, 0.406, 0.946, 1.486, 2.589 max_d=2.589 avg_d=0.946 std_dev=0.540
OP2 B 0, 0.435, 1.036, 1.636, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.036 std_dev=0.601
O5' A 0, 0.176, 0.795, 1.414, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.795 std_dev=0.619
OP1 B 0, 0.397, 1.032, 1.668, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.032 std_dev=0.635
O3' A 0, 0.069, 0.710, 1.351, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.710 std_dev=0.641
C5' A 0, 0.065, 0.758, 1.451, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.758 std_dev=0.693
P A 0, 0.244, 1.231, 2.219, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.231 std_dev=0.987
OP1 A 0, 0.314, 1.376, 2.439, 4.212 max_d=4.212 avg_d=1.376 std_dev=1.062
OP2 A 0, 0.041, 1.554, 3.067, 5.837 max_d=5.837 avg_d=1.554 std_dev=1.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.29 0.25 0.20
C2 0.05 0.00 0.25 0.28 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.35 0.11 0.29 0.51 0.63 0.40
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.02 0.12 0.13 0.20 0.25 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.29 0.16 0.18
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.16 0.00 0.13 0.02 0.18 0.15 0.24 0.26 0.16 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.24 0.36 0.11 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.18 0.06 0.30 0.48 0.63 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.16 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.04 0.36 0.55 0.86 0.48
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.21 0.15 0.20 0.16 0.22 0.18 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.25 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.18 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.22 0.06 0.36 0.59 0.91 0.50
C8 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.16 0.06 0.37 0.50 0.80 0.45
N1 0.04 0.00 0.20 0.24 0.02 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.31 0.09 0.33 0.57 0.79 0.46
N3 0.05 0.00 0.25 0.26 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.31 0.11 0.26 0.46 0.52 0.35
N6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.02 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.20 0.05 0.39 0.63 1.05 0.55
N7 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04 0.39 0.57 0.98 0.52
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.28 0.42 0.55 0.34
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.10 0.06 0.07 0.06 0.11 0.09 0.18 0.21 0.10 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.20 0.14 0.06
O3' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.18 0.02 0.15 0.04 0.22 0.16 0.31 0.31 0.20 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.20 0.46 0.24 0.14
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.11 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.24 0.14 0.14
O5' 0.16 0.29 0.20 0.24 0.30 0.02 0.36 0.01 0.36 0.37 0.33 0.26 0.39 0.39 0.28 0.07 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.51 0.29 0.36 0.48 0.16 0.55 0.25 0.59 0.50 0.57 0.46 0.63 0.57 0.42 0.20 0.46 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.63 0.16 0.11 0.63 0.19 0.86 0.25 0.91 0.80 0.79 0.52 1.05 0.98 0.55 0.14 0.24 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.40 0.18 0.18 0.39 0.03 0.48 0.02 0.50 0.45 0.46 0.35 0.55 0.52 0.34 0.06 0.14 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.20 0.21 0.12 0.20 0.13 0.20 0.15 0.14 0.15 0.15 0.12 0.13 0.14 0.24 0.28 0.19 0.19 0.16 0.18 0.23 0.21
C2 0.16 0.13 0.25 0.28 0.13 0.22 0.14 0.22 0.15 0.17 0.14 0.15 0.11 0.16 0.15 0.28 0.38 0.19 0.23 0.16 0.20 0.27 0.23
C2' 0.16 0.19 0.19 0.20 0.15 0.19 0.16 0.19 0.19 0.15 0.20 0.22 0.15 0.15 0.15 0.21 0.26 0.20 0.19 0.20 0.20 0.24 0.22
C3' 0.17 0.21 0.17 0.17 0.16 0.18 0.18 0.20 0.21 0.17 0.23 0.25 0.16 0.18 0.16 0.18 0.21 0.22 0.20 0.23 0.23 0.23 0.23
C4 0.16 0.13 0.20 0.22 0.12 0.20 0.13 0.19 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.13 0.14 0.24 0.29 0.18 0.19 0.15 0.17 0.24 0.21
C4' 0.17 0.18 0.17 0.18 0.16 0.17 0.17 0.18 0.19 0.16 0.20 0.19 0.16 0.17 0.16 0.20 0.24 0.20 0.18 0.21 0.20 0.21 0.20
C5 0.15 0.13 0.18 0.19 0.12 0.18 0.12 0.18 0.13 0.13 0.14 0.16 0.11 0.12 0.13 0.22 0.25 0.18 0.18 0.14 0.16 0.23 0.20
C5' 0.28 0.28 0.25 0.25 0.28 0.27 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.28 0.27 0.29 0.28 0.25 0.28 0.32 0.30 0.30 0.31 0.28 0.30
C6 0.15 0.13 0.21 0.21 0.12 0.19 0.13 0.18 0.13 0.14 0.13 0.15 0.11 0.13 0.13 0.24 0.28 0.18 0.19 0.14 0.17 0.24 0.20
C8 0.15 0.13 0.16 0.17 0.12 0.17 0.12 0.17 0.14 0.13 0.15 0.16 0.12 0.12 0.13 0.20 0.22 0.19 0.17 0.15 0.16 0.22 0.19
N1 0.16 0.13 0.25 0.27 0.13 0.21 0.14 0.21 0.14 0.16 0.14 0.15 0.11 0.16 0.15 0.28 0.36 0.18 0.22 0.15 0.19 0.26 0.22
N3 0.16 0.13 0.23 0.26 0.13 0.21 0.14 0.21 0.15 0.16 0.15 0.15 0.11 0.15 0.14 0.27 0.35 0.18 0.21 0.16 0.19 0.25 0.22
N6 0.14 0.12 0.19 0.19 0.12 0.17 0.12 0.17 0.12 0.14 0.13 0.15 0.11 0.13 0.13 0.22 0.24 0.17 0.18 0.13 0.16 0.23 0.19
N7 0.15 0.13 0.16 0.16 0.12 0.16 0.12 0.16 0.13 0.12 0.14 0.16 0.12 0.12 0.13 0.19 0.21 0.18 0.16 0.13 0.16 0.22 0.19
N9 0.16 0.13 0.19 0.20 0.12 0.19 0.13 0.19 0.14 0.13 0.15 0.15 0.12 0.13 0.13 0.23 0.26 0.19 0.18 0.15 0.17 0.23 0.20
O2' 0.19 0.17 0.22 0.24 0.16 0.23 0.16 0.24 0.18 0.16 0.18 0.20 0.16 0.16 0.17 0.26 0.32 0.23 0.22 0.18 0.22 0.26 0.25
O3' 0.20 0.24 0.18 0.19 0.19 0.22 0.21 0.24 0.25 0.21 0.26 0.28 0.19 0.21 0.19 0.20 0.21 0.26 0.25 0.28 0.28 0.26 0.27
O4' 0.16 0.13 0.20 0.21 0.12 0.19 0.14 0.18 0.16 0.14 0.16 0.15 0.12 0.14 0.13 0.26 0.30 0.18 0.18 0.18 0.16 0.22 0.19
O5' 0.47 0.49 0.52 0.52 0.47 0.48 0.46 0.48 0.46 0.46 0.48 0.51 0.48 0.46 0.47 0.54 0.57 0.46 0.50 0.45 0.49 0.53 0.53
OP1 0.72 0.69 0.77 0.76 0.71 0.73 0.69 0.72 0.66 0.71 0.67 0.70 0.71 0.69 0.72 0.77 0.80 0.71 0.72 0.64 0.72 0.73 0.73
OP2 1.25 1.42 1.30 1.30 1.36 1.24 1.40 1.24 1.44 1.34 1.46 1.42 1.35 1.38 1.32 1.24 1.33 1.21 1.33 1.43 1.33 1.43 1.37
P 0.65 0.71 0.73 0.72 0.67 0.65 0.68 0.64 0.69 0.66 0.71 0.73 0.68 0.66 0.66 0.73 0.78 0.62 0.68 0.67 0.67 0.73 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.15 0.09
C2 0.03 0.00 0.15 0.17 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.23 0.07 0.11 0.02 0.12 0.22 0.14
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.05 0.14 0.17 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.12 0.13 0.07
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.16 0.09 0.18 0.19 0.15 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.16 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 0.11 0.02 0.12 0.21 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.14 0.02 0.15 0.24 0.16
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.21 0.04 0.14 0.01 0.17 0.26 0.17
C8 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05 0.13 0.03 0.13 0.21 0.15
N1 0.02 0.01 0.14 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.24 0.06 0.13 0.01 0.15 0.25 0.16
N2 0.03 0.00 0.17 0.19 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.25 0.08 0.11 0.02 0.12 0.22 0.13
N3 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.06 0.10 0.02 0.10 0.20 0.12
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04 0.15 0.03 0.17 0.25 0.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.10 0.19 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.08 0.13 0.11 0.05
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.05 0.21 0.10 0.24 0.25 0.18 0.14 0.07 0.06 0.00 0.02 0.17 0.23 0.26 0.20 0.17
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.04 0.11 0.17 0.13
O5' 0.07 0.11 0.09 0.13 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.13 0.13 0.11 0.10 0.15 0.10 0.05 0.17 0.11 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.16 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.23 0.04 0.16 0.00 0.20 0.27 0.19
OP1 0.08 0.12 0.12 0.16 0.12 0.09 0.15 0.09 0.17 0.13 0.15 0.12 0.10 0.17 0.10 0.13 0.26 0.11 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.22 0.13 0.13 0.21 0.09 0.24 0.08 0.26 0.21 0.25 0.22 0.20 0.25 0.19 0.11 0.20 0.17 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.07 0.10 0.14 0.02 0.16 0.02 0.17 0.15 0.16 0.13 0.12 0.18 0.12 0.05 0.17 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00