ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 3, 3, 2, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.013, 0.039, 0.066, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N3 B 0, 0.302, 0.523, 0.743, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.523 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.294, 0.515, 0.736, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.515 std_dev=0.221
N2 B 0, 0.225, 0.452, 0.679, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.452 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.431, 0.684, 0.936, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.684 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.477, 0.743, 1.008, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.743 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.386, 0.661, 0.935, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.661 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.561, 0.843, 1.125, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.843 std_dev=0.282
O4' A 0, 0.704, 0.998, 1.291, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.998 std_dev=0.294
C2' A 0, 0.696, 0.996, 1.297, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.996 std_dev=0.301
C5 B 0, 0.609, 0.958, 1.307, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.958 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.541, 0.896, 1.250, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.896 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.754, 1.142, 1.531, 1.626 max_d=1.626 avg_d=1.142 std_dev=0.388
C4' A 0, 1.118, 1.536, 1.953, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.536 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.582, 1.007, 1.432, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.007 std_dev=0.425
O6 B 0, 0.617, 1.045, 1.472, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.045 std_dev=0.428
N7 B 0, 0.780, 1.221, 1.662, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.221 std_dev=0.441
O2' A 0, 1.272, 1.764, 2.256, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.764 std_dev=0.492
C3' A 0, 1.014, 1.547, 2.080, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.547 std_dev=0.533
C2' B 0, 0.739, 1.274, 1.809, 2.209 max_d=2.209 avg_d=1.274 std_dev=0.535
O2' B 0, 0.925, 1.537, 2.150, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.537 std_dev=0.613
C4' B 0, 0.658, 1.271, 1.885, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.271 std_dev=0.613
C3' B 0, 0.765, 1.408, 2.052, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.408 std_dev=0.643
O5' B 0, 0.962, 1.664, 2.367, 2.864 max_d=2.864 avg_d=1.664 std_dev=0.702
P B 0, 0.456, 1.183, 1.909, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.183 std_dev=0.727
OP2 B 0, 0.443, 1.175, 1.906, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.175 std_dev=0.732
OP1 B 0, 0.551, 1.301, 2.050, 3.174 max_d=3.174 avg_d=1.301 std_dev=0.749
C5' B 0, 0.990, 1.755, 2.520, 3.126 max_d=3.126 avg_d=1.755 std_dev=0.765
C5' A 0, 1.381, 2.157, 2.934, 3.151 max_d=3.151 avg_d=2.157 std_dev=0.777
O3' B 0, 0.720, 1.511, 2.302, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.511 std_dev=0.791
O3' A 0, 0.786, 2.097, 3.408, 3.475 max_d=3.475 avg_d=2.097 std_dev=1.311
O5' A 0, 1.007, 2.824, 4.641, 5.374 max_d=5.374 avg_d=2.824 std_dev=1.817
OP1 A 0, 1.937, 4.207, 6.477, 7.587 max_d=7.587 avg_d=4.207 std_dev=2.270
P A 0, 1.142, 3.585, 6.028, 7.105 max_d=7.105 avg_d=3.585 std_dev=2.443
OP2 A 0, 1.071, 3.860, 6.650, 8.005 max_d=8.005 avg_d=3.860 std_dev=2.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.01 0.17 0.28 0.26 0.16
C2 0.04 0.00 0.53 0.33 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.31 0.52 0.48 0.51 0.51 0.51
C2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.29 0.01 0.17 0.24 0.28 0.23 0.44 0.51 0.22 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.14 0.37 0.28 0.13
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.32 0.00 0.41 0.01 0.44 0.35 0.41 0.27 0.49 0.43 0.25 0.02 0.00 0.02 0.44 0.53 0.42 0.44
C4 0.02 0.01 0.29 0.32 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.18 0.28 0.33 0.40 0.36 0.33
C4' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.32 0.17 0.27 0.09 0.26 0.10 0.30 0.03 0.00 0.02 0.22 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.17 0.41 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.15 0.14 0.48 0.54 0.45 0.50
C5' 0.09 0.38 0.24 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.15 0.36 0.28 0.37 0.16 0.31 0.09 0.08 0.22 0.01 0.01 0.21 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.28 0.44 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.26 0.44 0.52 0.47 0.47
C8 0.01 0.01 0.23 0.35 0.01 0.32 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.54 0.13 0.27 0.82 0.75 0.55 0.79
N1 0.03 0.00 0.44 0.41 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.25 0.42 0.42 0.49 0.47 0.45
N3 0.04 0.00 0.51 0.27 0.00 0.27 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.33 0.51 0.44 0.45 0.47 0.44
N6 0.02 0.01 0.22 0.49 0.02 0.09 0.02 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.25 0.19 0.53 0.62 0.56 0.58
N7 0.01 0.01 0.10 0.43 0.01 0.26 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.46 0.18 0.13 0.78 0.79 0.65 0.81
N9 0.00 0.01 0.04 0.25 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.12 0.01 0.40 0.43 0.30 0.37
O2' 0.02 0.46 0.00 0.02 0.13 0.30 0.17 0.08 0.12 0.54 0.28 0.46 0.17 0.46 0.19 0.00 0.05 0.22 0.30 0.43 0.29 0.24
O3' 0.36 0.31 0.03 0.00 0.18 0.03 0.15 0.22 0.21 0.13 0.25 0.33 0.25 0.18 0.12 0.05 0.00 0.26 0.59 0.95 0.74 0.73
O4' 0.01 0.52 0.02 0.02 0.28 0.00 0.14 0.01 0.26 0.27 0.42 0.51 0.19 0.13 0.01 0.22 0.26 0.00 0.21 0.24 0.35 0.18
O5' 0.17 0.48 0.14 0.44 0.33 0.02 0.48 0.01 0.44 0.82 0.42 0.44 0.53 0.78 0.40 0.30 0.59 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.28 0.51 0.37 0.53 0.40 0.22 0.54 0.21 0.52 0.75 0.49 0.45 0.62 0.79 0.43 0.43 0.95 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.51 0.28 0.42 0.36 0.19 0.45 0.27 0.47 0.55 0.47 0.47 0.56 0.65 0.30 0.29 0.74 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.51 0.13 0.44 0.33 0.04 0.50 0.01 0.47 0.79 0.45 0.44 0.58 0.81 0.37 0.24 0.73 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.34 0.29 0.15 0.33 0.15 0.35 0.18 0.15 0.20 0.21 0.15 0.15 0.15 0.57 0.84 0.32 0.26 0.20 0.33 0.35 0.33
C2 0.18 0.13 0.25 0.49 0.13 0.47 0.13 0.50 0.12 0.18 0.12 0.19 0.12 0.16 0.17 0.62 1.07 0.37 0.42 0.12 0.49 0.48 0.48
C2' 0.19 0.28 0.29 0.33 0.17 0.47 0.21 0.51 0.29 0.16 0.33 0.34 0.18 0.18 0.15 0.54 0.87 0.43 0.35 0.34 0.49 0.39 0.46
C3' 0.41 0.53 0.37 0.30 0.49 0.56 0.52 0.62 0.55 0.48 0.55 0.54 0.49 0.51 0.46 0.52 0.80 0.62 0.52 0.57 0.66 0.62 0.67
C4 0.17 0.15 0.30 0.33 0.14 0.37 0.14 0.39 0.14 0.16 0.16 0.20 0.13 0.14 0.16 0.59 0.90 0.34 0.31 0.15 0.38 0.39 0.38
C4' 0.17 0.45 0.39 0.42 0.27 0.34 0.35 0.33 0.47 0.20 0.53 0.55 0.31 0.28 0.19 0.64 1.00 0.33 0.25 0.54 0.31 0.34 0.30
C5 0.16 0.15 0.29 0.29 0.14 0.34 0.14 0.36 0.13 0.16 0.14 0.20 0.13 0.14 0.15 0.56 0.85 0.33 0.28 0.14 0.35 0.38 0.36
C5' 0.26 0.58 0.52 0.61 0.31 0.43 0.41 0.41 0.61 0.21 0.70 0.72 0.36 0.32 0.20 0.80 1.15 0.37 0.35 0.71 0.39 0.35 0.31
C6 0.15 0.13 0.25 0.37 0.13 0.40 0.13 0.41 0.12 0.17 0.12 0.19 0.13 0.15 0.15 0.57 0.93 0.35 0.34 0.12 0.40 0.43 0.41
C8 0.17 0.18 0.34 0.19 0.15 0.28 0.16 0.29 0.18 0.15 0.19 0.21 0.16 0.15 0.16 0.51 0.70 0.30 0.21 0.20 0.28 0.33 0.30
N1 0.17 0.13 0.24 0.49 0.13 0.48 0.14 0.50 0.12 0.18 0.12 0.19 0.13 0.17 0.17 0.60 1.06 0.37 0.41 0.12 0.48 0.49 0.48
N3 0.18 0.14 0.28 0.42 0.14 0.43 0.13 0.46 0.13 0.17 0.14 0.20 0.13 0.15 0.16 0.62 1.00 0.36 0.37 0.13 0.44 0.44 0.44
N6 0.13 0.14 0.23 0.33 0.14 0.37 0.14 0.37 0.13 0.17 0.12 0.18 0.15 0.16 0.15 0.51 0.85 0.34 0.32 0.13 0.38 0.42 0.39
N7 0.16 0.16 0.32 0.19 0.15 0.28 0.15 0.29 0.16 0.15 0.17 0.20 0.14 0.15 0.15 0.49 0.70 0.30 0.22 0.17 0.29 0.34 0.30
N9 0.18 0.17 0.33 0.27 0.15 0.33 0.15 0.35 0.17 0.15 0.18 0.21 0.15 0.15 0.16 0.56 0.82 0.32 0.26 0.18 0.33 0.36 0.33
O2' 0.22 0.69 0.33 0.38 0.48 0.39 0.58 0.41 0.73 0.38 0.79 0.79 0.51 0.50 0.34 0.59 0.93 0.33 0.29 0.81 0.35 0.37 0.33
O3' 0.22 0.42 0.30 0.30 0.35 0.40 0.42 0.46 0.49 0.33 0.49 0.44 0.34 0.40 0.29 0.57 0.94 0.44 0.36 0.54 0.51 0.50 0.53
O4' 0.21 0.34 0.43 0.46 0.18 0.36 0.23 0.34 0.35 0.13 0.41 0.43 0.21 0.18 0.14 0.64 1.00 0.29 0.28 0.41 0.31 0.33 0.26
O5' 0.43 1.13 0.61 0.72 0.74 0.52 0.90 0.52 1.17 0.58 1.30 1.33 0.81 0.77 0.54 0.90 1.26 0.56 0.49 1.30 0.46 0.59 0.55
OP1 0.45 1.23 0.73 0.87 0.80 0.56 1.02 0.56 1.36 0.64 1.48 1.42 0.85 0.88 0.57 1.09 1.40 0.57 0.55 1.55 0.51 0.62 0.59
OP2 0.53 1.16 0.99 1.04 0.71 0.62 0.92 0.60 1.27 0.59 1.41 1.38 0.75 0.78 0.53 1.43 1.53 0.52 0.62 1.45 0.55 0.60 0.57
P 0.46 1.30 0.74 0.92 0.81 0.61 1.03 0.60 1.39 0.62 1.54 1.54 0.88 0.87 0.56 1.12 1.48 0.59 0.58 1.57 0.51 0.60 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.17 0.02 0.17 0.30 0.15
C2 0.05 0.00 0.22 0.14 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.27 0.17 0.19 0.01 0.17 0.31 0.20
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.03 0.07 0.19 0.11 0.12 0.18 0.27 0.21 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.39 0.10 0.49 0.53 0.41
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.18 0.01 0.28 0.03 0.28 0.31 0.21 0.12 0.11 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.08 0.32 0.28 0.18 0.13
C4 0.02 0.01 0.11 0.18 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.09 0.18 0.01 0.17 0.31 0.19
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.17 0.06 0.15 0.11 0.15 0.06 0.26 0.04 0.01 0.02 0.07 0.15 0.13 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.13 0.05 0.20 0.01 0.20 0.32 0.22
C5' 0.08 0.15 0.19 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.16 0.12 0.18 0.15 0.16 0.08 0.10 0.20 0.03 0.01 0.11 0.13 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.13 0.07 0.20 0.00 0.21 0.33 0.23
C8 0.02 0.02 0.12 0.31 0.01 0.17 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.12 0.22 0.02 0.20 0.32 0.22
N1 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.13 0.19 0.01 0.19 0.32 0.21
N2 0.06 0.00 0.27 0.12 0.01 0.15 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.36 0.21 0.20 0.02 0.18 0.31 0.20
N3 0.04 0.01 0.21 0.11 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.30 0.17 0.19 0.01 0.17 0.31 0.19
N7 0.01 0.02 0.07 0.34 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.33 0.25 0.08 0.24 0.02 0.24 0.33 0.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.18 0.01 0.16 0.30 0.17
O2' 0.03 0.20 0.00 0.02 0.16 0.26 0.24 0.10 0.23 0.32 0.18 0.27 0.19 0.33 0.18 0.00 0.12 0.17 0.30 0.27 0.42 0.59 0.35
O3' 0.26 0.27 0.04 0.01 0.15 0.04 0.13 0.20 0.13 0.22 0.16 0.36 0.30 0.25 0.11 0.12 0.00 0.20 0.22 0.18 0.37 0.26 0.24
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.07 0.12 0.13 0.21 0.17 0.08 0.02 0.17 0.20 0.00 0.09 0.06 0.15 0.23 0.16
O5' 0.17 0.19 0.39 0.08 0.18 0.02 0.20 0.01 0.20 0.22 0.19 0.20 0.19 0.24 0.18 0.30 0.22 0.09 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.18 0.06 0.20 0.00 0.24 0.33 0.25
OP1 0.17 0.17 0.49 0.28 0.17 0.15 0.20 0.13 0.21 0.20 0.19 0.18 0.17 0.24 0.16 0.42 0.37 0.15 0.02 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.31 0.53 0.18 0.31 0.13 0.32 0.05 0.33 0.32 0.32 0.31 0.31 0.33 0.30 0.59 0.26 0.23 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.20 0.41 0.13 0.19 0.06 0.22 0.01 0.23 0.22 0.21 0.20 0.19 0.25 0.17 0.35 0.24 0.16 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00