ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49697

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 6, 0, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.005, 0.017, 0.039, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.017 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.011, 0.040, 0.070, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.030
N6 A 0, -0.001, 0.036, 0.072, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.036 std_dev=0.037
C1' B 0, 0.284, 0.461, 0.639, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.461 std_dev=0.177
N9 B 0, 0.334, 0.531, 0.728, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.531 std_dev=0.197
C4 B 0, 0.347, 0.564, 0.781, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.564 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.337, 0.566, 0.795, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.566 std_dev=0.229
C8 B 0, 0.380, 0.614, 0.849, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.614 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.397, 0.637, 0.876, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.637 std_dev=0.239
N7 B 0, 0.425, 0.672, 0.920, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.672 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.372, 0.643, 0.914, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.643 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.424, 0.699, 0.974, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.699 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.397, 0.693, 0.988, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.693 std_dev=0.295
O6 B 0, 0.478, 0.774, 1.070, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.774 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.188, 0.492, 0.796, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.492 std_dev=0.304
N2 B 0, 0.395, 0.705, 1.015, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.705 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.315, 0.692, 1.068, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.692 std_dev=0.376
C4' B 0, 0.205, 0.683, 1.160, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.683 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.358, 0.836, 1.314, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.836 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.189, 0.671, 1.152, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.671 std_dev=0.481
C2' A 0, -0.017, 0.516, 1.048, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.516 std_dev=0.532
O4' A 0, -0.076, 0.484, 1.045, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.484 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.068, 0.642, 1.217, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.642 std_dev=0.575
C5' B 0, 0.288, 0.965, 1.642, 3.085 max_d=3.085 avg_d=0.965 std_dev=0.677
C3' A 0, -0.080, 0.647, 1.374, 2.599 max_d=2.599 avg_d=0.647 std_dev=0.727
O2' A 0, 0.014, 0.782, 1.550, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.782 std_dev=0.768
O3' A 0, -0.097, 0.688, 1.473, 2.847 max_d=2.847 avg_d=0.688 std_dev=0.785
C4' A 0, -0.207, 0.633, 1.474, 2.956 max_d=2.956 avg_d=0.633 std_dev=0.841
O5' A 0, 0.409, 1.572, 2.734, 4.634 max_d=4.634 avg_d=1.572 std_dev=1.162
P A 0, 0.050, 1.254, 2.459, 5.237 max_d=5.237 avg_d=1.254 std_dev=1.205
C5' A 0, -0.100, 1.130, 2.360, 4.385 max_d=4.385 avg_d=1.130 std_dev=1.230
O5' B 0, 1.237, 2.664, 4.091, 5.294 max_d=5.294 avg_d=2.664 std_dev=1.427
OP2 A 0, 0.284, 1.768, 3.252, 6.595 max_d=6.595 avg_d=1.768 std_dev=1.484
OP1 A 0, 0.782, 2.419, 4.056, 6.930 max_d=6.930 avg_d=2.419 std_dev=1.637
P B 0, 1.761, 3.681, 5.602, 6.253 max_d=6.253 avg_d=3.681 std_dev=1.920
OP2 B 0, 2.247, 4.812, 7.376, 7.655 max_d=7.655 avg_d=4.812 std_dev=2.564
OP1 B 0, 2.409, 5.089, 7.770, 8.185 max_d=8.185 avg_d=5.089 std_dev=2.681

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.25 0.32 0.22 0.16
C2 0.06 0.00 0.30 0.26 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.16 0.24 0.44 0.56 0.58 0.34
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.16 0.14 0.16 0.23 0.30 0.11 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.46 0.25 0.46 0.42
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.23 0.00 0.27 0.03 0.31 0.18 0.29 0.22 0.34 0.24 0.16 0.02 0.01 0.01 0.26 0.14 0.44 0.20
C4 0.03 0.00 0.16 0.23 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.10 0.12 0.41 0.53 0.48 0.29
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.12 0.18 0.07 0.08 0.17 0.18 0.08 0.20 0.02 0.01 0.02 0.19 0.31 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.27 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.07 0.05 0.46 0.66 0.67 0.39
C5' 0.06 0.16 0.16 0.03 0.15 0.01 0.22 0.00 0.23 0.22 0.19 0.14 0.30 0.26 0.12 0.07 0.14 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.31 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.10 0.09 0.50 0.71 0.79 0.46
C8 0.02 0.01 0.16 0.18 0.01 0.18 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.32 0.04 0.15 0.38 0.58 0.51 0.29
N1 0.05 0.00 0.23 0.29 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.13 0.18 0.48 0.66 0.73 0.42
N3 0.06 0.01 0.30 0.22 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.24 0.39 0.48 0.44 0.27
N6 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.17 0.02 0.30 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.27 0.13 0.06 0.54 0.81 0.93 0.54
N7 0.01 0.02 0.09 0.24 0.01 0.18 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.32 0.07 0.10 0.45 0.69 0.70 0.39
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.09 0.01 0.35 0.46 0.35 0.23
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.15 0.20 0.23 0.07 0.23 0.32 0.22 0.21 0.27 0.32 0.15 0.00 0.05 0.16 0.30 0.22 0.48 0.37
O3' 0.24 0.16 0.03 0.01 0.10 0.02 0.07 0.14 0.10 0.04 0.13 0.18 0.13 0.07 0.09 0.05 0.00 0.16 0.21 0.29 0.47 0.22
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.12 0.01 0.05 0.02 0.09 0.15 0.18 0.24 0.06 0.10 0.01 0.16 0.16 0.00 0.11 0.40 0.38 0.21
O5' 0.25 0.44 0.46 0.26 0.41 0.02 0.46 0.01 0.50 0.38 0.48 0.39 0.54 0.45 0.35 0.30 0.21 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.56 0.25 0.14 0.53 0.19 0.66 0.13 0.71 0.58 0.66 0.48 0.81 0.69 0.46 0.22 0.29 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.58 0.46 0.44 0.48 0.31 0.67 0.28 0.79 0.51 0.73 0.44 0.93 0.70 0.35 0.48 0.47 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.34 0.42 0.20 0.29 0.09 0.39 0.01 0.46 0.29 0.42 0.27 0.54 0.39 0.23 0.37 0.22 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.23 0.22 0.11 0.35 0.14 0.41 0.16 0.13 0.14 0.09 0.09 0.15 0.12 0.42 0.49 0.30 0.72 0.18 1.20 0.67 0.83
C2 0.16 0.09 0.20 0.34 0.12 0.43 0.13 0.52 0.13 0.16 0.11 0.11 0.10 0.16 0.14 0.47 0.60 0.32 0.97 0.15 1.40 1.10 1.10
C2' 0.11 0.23 0.21 0.22 0.16 0.33 0.22 0.38 0.28 0.15 0.29 0.25 0.15 0.20 0.13 0.38 0.48 0.28 0.65 0.33 1.18 0.57 0.78
C3' 0.33 0.33 0.43 0.30 0.34 0.37 0.35 0.42 0.35 0.35 0.34 0.32 0.33 0.36 0.34 0.51 0.43 0.34 0.68 0.36 1.14 0.68 0.83
C4 0.13 0.10 0.21 0.25 0.12 0.36 0.14 0.43 0.15 0.14 0.13 0.10 0.09 0.15 0.13 0.43 0.52 0.30 0.76 0.17 1.17 0.72 0.85
C4' 0.21 0.36 0.30 0.23 0.30 0.35 0.35 0.40 0.40 0.28 0.41 0.38 0.30 0.33 0.26 0.38 0.49 0.30 0.68 0.43 1.05 0.65 0.78
C5 0.12 0.11 0.21 0.21 0.12 0.33 0.14 0.38 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.14 0.12 0.40 0.48 0.29 0.65 0.16 0.99 0.56 0.71
C5' 0.35 0.53 0.38 0.35 0.46 0.46 0.53 0.50 0.60 0.45 0.61 0.54 0.44 0.51 0.41 0.36 0.55 0.43 0.72 0.65 0.96 0.69 0.80
C6 0.14 0.11 0.19 0.25 0.12 0.37 0.14 0.42 0.13 0.15 0.12 0.12 0.10 0.15 0.14 0.42 0.51 0.31 0.73 0.14 1.02 0.67 0.78
C8 0.11 0.13 0.25 0.16 0.12 0.28 0.14 0.32 0.16 0.12 0.16 0.12 0.11 0.14 0.12 0.37 0.41 0.27 0.52 0.18 0.89 0.40 0.59
N1 0.16 0.10 0.19 0.33 0.12 0.43 0.14 0.50 0.13 0.16 0.11 0.12 0.10 0.16 0.14 0.45 0.59 0.32 0.92 0.14 1.26 0.99 1.01
N3 0.14 0.09 0.21 0.31 0.11 0.41 0.13 0.48 0.14 0.15 0.12 0.10 0.09 0.16 0.13 0.46 0.58 0.31 0.90 0.16 1.36 0.97 1.02
N6 0.14 0.13 0.18 0.22 0.13 0.33 0.15 0.37 0.15 0.15 0.14 0.13 0.12 0.16 0.14 0.39 0.46 0.30 0.59 0.15 0.80 0.49 0.62
N7 0.11 0.13 0.24 0.15 0.12 0.27 0.14 0.31 0.15 0.12 0.15 0.13 0.11 0.14 0.12 0.36 0.40 0.27 0.48 0.17 0.80 0.37 0.53
N9 0.12 0.11 0.22 0.21 0.12 0.33 0.14 0.39 0.16 0.13 0.14 0.10 0.10 0.15 0.12 0.40 0.48 0.29 0.67 0.18 1.10 0.59 0.76
O2' 0.36 0.60 0.24 0.37 0.53 0.52 0.63 0.60 0.71 0.53 0.70 0.60 0.50 0.62 0.47 0.34 0.61 0.54 0.85 0.78 1.47 0.77 0.97
O3' 0.16 0.26 0.25 0.21 0.23 0.33 0.28 0.38 0.32 0.24 0.31 0.27 0.21 0.28 0.21 0.38 0.53 0.27 0.69 0.35 1.27 0.70 0.85
O4' 0.13 0.24 0.23 0.22 0.18 0.36 0.21 0.42 0.26 0.16 0.28 0.27 0.18 0.20 0.15 0.37 0.52 0.30 0.70 0.29 1.09 0.65 0.78
O5' 0.55 0.52 0.45 0.60 0.53 0.74 0.54 0.79 0.54 0.54 0.54 0.51 0.52 0.54 0.54 0.39 0.83 0.74 0.93 0.56 1.18 0.86 1.00
OP1 0.95 0.91 1.07 1.02 0.93 1.01 0.98 1.02 1.01 0.98 0.99 0.87 0.88 1.00 0.94 1.01 0.98 0.94 1.11 1.05 1.14 1.08 1.17
OP2 1.00 1.15 0.98 0.92 1.13 0.97 1.20 1.07 1.24 1.14 1.22 1.10 1.08 1.20 1.09 0.97 0.89 1.06 1.13 1.27 1.15 1.36 1.23
P 0.57 0.67 0.52 0.55 0.65 0.69 0.71 0.75 0.76 0.66 0.75 0.65 0.61 0.71 0.62 0.42 0.64 0.71 0.86 0.80 0.99 0.86 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.32 0.03 0.43 0.53 0.31
C2 0.03 0.00 0.18 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.17 0.17 0.00 0.46 0.58 0.26
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.12 0.10 0.09 0.15 0.22 0.17 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.57 0.09 1.01 0.82 0.69
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.19 0.19 0.16 0.10 0.09 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.34 0.22 0.98 0.37 0.48
C4 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.09 0.29 0.02 0.22 0.77 0.30
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.08 0.17 0.12 0.11 0.04 0.16 0.02 0.00 0.01 0.06 0.38 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.04 0.45 0.02 0.27 1.06 0.46
C5' 0.05 0.14 0.12 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.19 0.10 0.19 0.14 0.17 0.07 0.07 0.12 0.01 0.01 0.09 0.33 0.31 0.02
C6 0.03 0.00 0.10 0.19 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.07 0.07 0.37 0.00 0.32 1.05 0.42
C8 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.14 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.24 0.10 0.10 0.74 0.03 0.57 1.24 0.72
N1 0.03 0.00 0.15 0.16 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.13 0.22 0.00 0.42 0.81 0.31
N2 0.04 0.01 0.22 0.10 0.02 0.17 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.21 0.20 0.20 0.24 0.01 0.61 0.43 0.33
N3 0.02 0.01 0.17 0.09 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.17 0.16 0.01 0.35 0.52 0.22
N7 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.11 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.12 0.06 0.69 0.03 0.47 1.35 0.70
N9 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.44 0.02 0.33 0.83 0.42
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.16 0.13 0.07 0.11 0.24 0.08 0.21 0.14 0.23 0.11 0.00 0.03 0.11 0.57 0.14 1.16 0.99 0.77
O3' 0.16 0.15 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.12 0.07 0.10 0.09 0.20 0.17 0.12 0.05 0.03 0.00 0.12 0.23 0.11 0.87 0.27 0.37
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.13 0.20 0.17 0.06 0.01 0.11 0.12 0.00 0.08 0.05 0.08 0.15 0.10
O5' 0.32 0.17 0.57 0.34 0.29 0.01 0.45 0.01 0.37 0.74 0.22 0.24 0.16 0.69 0.44 0.57 0.23 0.08 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.00 0.09 0.22 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.14 0.11 0.05 0.45 0.00 0.36 1.21 0.51
OP1 0.43 0.46 1.01 0.98 0.22 0.38 0.27 0.33 0.32 0.57 0.42 0.61 0.35 0.47 0.33 1.16 0.87 0.08 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.58 0.82 0.37 0.77 0.16 1.06 0.31 1.05 1.24 0.81 0.43 0.52 1.35 0.83 0.99 0.27 0.15 0.02 1.21 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.26 0.69 0.48 0.30 0.07 0.46 0.02 0.42 0.72 0.31 0.33 0.22 0.70 0.42 0.77 0.37 0.10 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00