ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49699

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.046 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.013, 0.050, 0.088, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.050 std_dev=0.037
N3 B 0, 0.101, 0.280, 0.459, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.280 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.125, 0.319, 0.513, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.319 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.130, 0.330, 0.530, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.330 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.142, 0.359, 0.576, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.359 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.195, 0.419, 0.643, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.419 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.198, 0.436, 0.674, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.436 std_dev=0.238
C5 B 0, 0.161, 0.400, 0.639, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.400 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.157, 0.402, 0.647, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.402 std_dev=0.245
N9 B 0, 0.122, 0.375, 0.628, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.375 std_dev=0.253
O6 B 0, 0.256, 0.521, 0.786, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.521 std_dev=0.265
O4' A 0, 0.118, 0.386, 0.654, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.386 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.170, 0.440, 0.710, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.440 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.179, 0.469, 0.760, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.469 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.173, 0.489, 0.805, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.489 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.186, 0.508, 0.830, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.508 std_dev=0.322
O2' B 0, 0.181, 0.505, 0.829, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.505 std_dev=0.324
N7 B 0, 0.159, 0.495, 0.832, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.495 std_dev=0.337
C4' A 0, 0.229, 0.569, 0.909, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.569 std_dev=0.340
C2' A 0, 0.165, 0.505, 0.845, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.505 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.132, 0.472, 0.812, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.472 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.221, 0.568, 0.915, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.568 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.297, 0.654, 1.010, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.654 std_dev=0.357
P B 0, 0.280, 0.637, 0.993, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.637 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.285, 0.650, 1.014, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.650 std_dev=0.364
O5' B 0, 0.229, 0.599, 0.969, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.599 std_dev=0.370
C5' B 0, 0.184, 0.585, 0.986, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.585 std_dev=0.401
C3' A 0, 0.283, 0.800, 1.317, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.800 std_dev=0.517
O2' A 0, 0.224, 0.761, 1.298, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.761 std_dev=0.537
C5' A 0, 0.343, 0.972, 1.602, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.972 std_dev=0.630
O5' A 0, 0.330, 1.135, 1.939, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.135 std_dev=0.805
O3' A 0, 0.437, 1.271, 2.105, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.271 std_dev=0.834
P A 0, 0.276, 1.360, 2.445, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.360 std_dev=1.085
OP1 A 0, 0.339, 1.578, 2.816, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.578 std_dev=1.238
OP2 A 0, 0.464, 1.760, 3.055, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.760 std_dev=1.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.19 0.17 0.14
C2 0.05 0.00 0.17 0.17 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.21 0.07 0.30 0.40 0.51 0.36
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.09 0.14 0.13 0.18 0.09 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.20 0.12
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.14 0.01 0.21 0.02 0.20 0.30 0.17 0.15 0.24 0.29 0.15 0.03 0.01 0.02 0.21 0.07 0.25 0.15
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.04 0.32 0.40 0.47 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.17 0.08 0.06 0.14 0.17 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.23 0.03 0.43 0.53 0.63 0.46
C5' 0.03 0.13 0.03 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.25 0.29 0.20 0.10 0.30 0.31 0.17 0.07 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.04 0.43 0.57 0.69 0.49
C8 0.01 0.02 0.14 0.30 0.01 0.17 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.33 0.06 0.45 0.49 0.52 0.41
N1 0.04 0.01 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.20 0.06 0.38 0.50 0.63 0.45
N3 0.04 0.01 0.18 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.20 0.07 0.26 0.34 0.42 0.30
N6 0.02 0.02 0.09 0.24 0.02 0.14 0.02 0.30 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.28 0.04 0.49 0.65 0.79 0.56
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.34 0.05 0.50 0.60 0.69 0.51
N9 0.00 0.02 0.05 0.15 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.14 0.01 0.30 0.35 0.38 0.29
O2' 0.02 0.27 0.00 0.03 0.14 0.07 0.09 0.07 0.14 0.07 0.21 0.26 0.11 0.05 0.04 0.00 0.05 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09
O3' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.14 0.03 0.23 0.05 0.23 0.33 0.20 0.20 0.28 0.34 0.14 0.05 0.00 0.03 0.21 0.14 0.28 0.17
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.08 0.03 0.00 0.10 0.20 0.15 0.14
O5' 0.13 0.30 0.16 0.21 0.32 0.02 0.43 0.01 0.43 0.45 0.38 0.26 0.49 0.50 0.30 0.08 0.21 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.40 0.09 0.07 0.40 0.07 0.53 0.07 0.57 0.49 0.50 0.34 0.65 0.60 0.35 0.10 0.14 0.20 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.51 0.20 0.25 0.47 0.05 0.63 0.02 0.69 0.52 0.63 0.42 0.79 0.69 0.38 0.11 0.28 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.36 0.12 0.15 0.35 0.04 0.46 0.02 0.49 0.41 0.45 0.30 0.56 0.51 0.29 0.09 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.16 0.14 0.16 0.13 0.12 0.14 0.11 0.16 0.13 0.17 0.19 0.14 0.14 0.12 0.16 0.26 0.13 0.10 0.17 0.10 0.11 0.10
C2 0.17 0.17 0.16 0.19 0.15 0.18 0.14 0.18 0.14 0.15 0.15 0.19 0.16 0.14 0.16 0.18 0.30 0.21 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16
C2' 0.15 0.19 0.16 0.18 0.16 0.17 0.17 0.17 0.19 0.16 0.21 0.22 0.17 0.17 0.15 0.20 0.27 0.18 0.15 0.20 0.17 0.14 0.15
C3' 0.27 0.40 0.27 0.28 0.35 0.27 0.37 0.28 0.40 0.32 0.42 0.44 0.36 0.35 0.31 0.29 0.34 0.28 0.28 0.41 0.27 0.32 0.30
C4 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.14 0.16 0.19 0.15 0.14 0.13 0.16 0.27 0.15 0.11 0.15 0.12 0.11 0.11
C4' 0.18 0.27 0.21 0.23 0.24 0.19 0.26 0.19 0.29 0.22 0.30 0.29 0.23 0.25 0.21 0.23 0.31 0.19 0.19 0.30 0.18 0.24 0.21
C5 0.12 0.16 0.13 0.15 0.14 0.10 0.14 0.10 0.15 0.13 0.15 0.18 0.15 0.14 0.13 0.16 0.24 0.14 0.10 0.14 0.11 0.10 0.10
C5' 0.35 0.49 0.40 0.41 0.44 0.35 0.47 0.36 0.51 0.42 0.52 0.50 0.44 0.46 0.40 0.38 0.46 0.34 0.38 0.52 0.37 0.45 0.41
C6 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.14 0.14 0.16 0.25 0.17 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12
C8 0.10 0.16 0.13 0.14 0.13 0.09 0.15 0.09 0.16 0.13 0.17 0.18 0.14 0.14 0.12 0.16 0.23 0.12 0.10 0.17 0.10 0.10 0.09
N1 0.18 0.16 0.16 0.18 0.15 0.17 0.14 0.17 0.14 0.15 0.15 0.18 0.16 0.14 0.16 0.18 0.29 0.21 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15
N3 0.15 0.16 0.15 0.19 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14 0.14 0.16 0.19 0.15 0.14 0.14 0.17 0.29 0.18 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14
N6 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.17 0.21 0.16 0.11 0.13 0.13 0.10 0.11
N7 0.10 0.16 0.13 0.14 0.14 0.09 0.14 0.09 0.15 0.13 0.16 0.18 0.14 0.14 0.12 0.16 0.22 0.12 0.10 0.16 0.10 0.10 0.09
N9 0.11 0.16 0.14 0.15 0.13 0.11 0.14 0.10 0.16 0.13 0.16 0.18 0.14 0.14 0.12 0.16 0.26 0.13 0.09 0.16 0.10 0.10 0.10
O2' 0.18 0.15 0.20 0.21 0.14 0.20 0.15 0.20 0.15 0.16 0.16 0.17 0.14 0.15 0.16 0.22 0.30 0.22 0.18 0.16 0.22 0.13 0.16
O3' 0.35 0.50 0.31 0.32 0.44 0.34 0.47 0.36 0.51 0.41 0.53 0.54 0.45 0.45 0.40 0.32 0.35 0.37 0.36 0.52 0.35 0.40 0.39
O4' 0.09 0.17 0.15 0.17 0.13 0.09 0.15 0.09 0.18 0.12 0.19 0.20 0.13 0.14 0.11 0.17 0.28 0.10 0.10 0.20 0.08 0.14 0.11
O5' 0.56 0.73 0.60 0.61 0.66 0.55 0.69 0.55 0.72 0.64 0.75 0.76 0.67 0.67 0.62 0.55 0.63 0.54 0.57 0.72 0.56 0.62 0.58
OP1 0.79 0.98 0.83 0.84 0.92 0.78 0.98 0.80 1.04 0.91 1.05 0.98 0.90 0.97 0.87 0.77 0.86 0.76 0.86 1.06 0.87 0.95 0.89
OP2 0.95 1.18 0.99 1.01 1.09 0.94 1.12 0.94 1.16 1.05 1.21 1.22 1.09 1.09 1.03 0.91 1.02 0.92 0.96 1.14 0.96 1.02 0.98
P 0.68 0.88 0.75 0.76 0.81 0.68 0.86 0.68 0.90 0.79 0.93 0.90 0.81 0.84 0.76 0.68 0.79 0.64 0.71 0.91 0.71 0.79 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.10 0.07
C2 0.04 0.00 0.10 0.10 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.13 0.05 0.14 0.02 0.14 0.17 0.13
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.09 0.12 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.12 0.12 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.16 0.15 0.10
C4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.17 0.01 0.17 0.19 0.16
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.11 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.10 0.04 0.17 0.01 0.19 0.21 0.17
C8 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.16 0.03 0.15 0.15 0.14
N1 0.04 0.01 0.09 0.09 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.12 0.04 0.16 0.02 0.17 0.20 0.16
N2 0.05 0.01 0.12 0.11 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.15 0.06 0.13 0.03 0.13 0.16 0.12
N3 0.04 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.12 0.05 0.13 0.02 0.13 0.15 0.11
N7 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.04 0.18 0.03 0.19 0.20 0.18
N9 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.03 0.12 0.13 0.10
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.12 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.12 0.10 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.10 0.08 0.12 0.15 0.12 0.09 0.05 0.06 0.00 0.02 0.14 0.11 0.26 0.23 0.17
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.04 0.08 0.12 0.10
O5' 0.07 0.14 0.05 0.09 0.14 0.01 0.17 0.01 0.17 0.16 0.16 0.13 0.13 0.18 0.13 0.04 0.14 0.08 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.11 0.04 0.18 0.00 0.21 0.23 0.19
OP1 0.07 0.14 0.12 0.16 0.14 0.09 0.17 0.09 0.19 0.15 0.17 0.13 0.13 0.19 0.12 0.12 0.26 0.08 0.02 0.21 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.17 0.12 0.15 0.15 0.06 0.19 0.02 0.21 0.15 0.20 0.16 0.15 0.20 0.13 0.10 0.23 0.12 0.02 0.23 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.06 0.10 0.12 0.03 0.16 0.02 0.17 0.14 0.16 0.12 0.11 0.18 0.10 0.05 0.17 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00