ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49702

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 4, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N3 B 0, 0.136, 0.303, 0.471, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.303 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.156, 0.343, 0.531, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.343 std_dev=0.187
O4' A 0, 0.055, 0.277, 0.499, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.277 std_dev=0.222
N9 B 0, 0.186, 0.409, 0.633, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.409 std_dev=0.223
C2' A 0, 0.061, 0.294, 0.527, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.294 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.235, 0.497, 0.758, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.497 std_dev=0.261
C5 B 0, 0.263, 0.525, 0.786, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.525 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.134, 0.412, 0.690, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.412 std_dev=0.278
C4' A 0, 0.072, 0.377, 0.681, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.377 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.220, 0.536, 0.852, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.536 std_dev=0.316
N7 B 0, 0.192, 0.509, 0.825, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.509 std_dev=0.316
C3' A 0, 0.064, 0.424, 0.784, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.424 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.407, 0.776, 1.144, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.776 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.127, 0.528, 0.928, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.528 std_dev=0.401
N1 B 0, 0.346, 0.771, 1.196, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.771 std_dev=0.425
N2 B 0, 0.153, 0.589, 1.025, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.589 std_dev=0.436
O6 B 0, 0.523, 1.005, 1.486, 1.693 max_d=1.693 avg_d=1.005 std_dev=0.481
O3' A 0, 0.108, 0.616, 1.124, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.616 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.048, 0.585, 1.121, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.585 std_dev=0.537
C5' A 0, 0.186, 0.724, 1.263, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.724 std_dev=0.539
O2' B 0, 0.144, 0.750, 1.355, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.750 std_dev=0.606
O4' B 0, 0.166, 0.790, 1.413, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.790 std_dev=0.624
C3' B 0, 0.037, 0.806, 1.575, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.806 std_dev=0.769
C4' B 0, 0.087, 0.927, 1.767, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.927 std_dev=0.840
O5' A 0, 0.278, 1.143, 2.007, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.143 std_dev=0.864
C5' B 0, 0.043, 1.043, 2.042, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.043 std_dev=1.000
O3' B 0, 0.131, 1.135, 2.138, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.135 std_dev=1.004
P A 0, 0.410, 1.524, 2.638, 3.829 max_d=3.829 avg_d=1.524 std_dev=1.114
O5' B 0, -0.013, 1.106, 2.224, 3.131 max_d=3.131 avg_d=1.106 std_dev=1.118
OP1 A 0, 0.520, 1.815, 3.111, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.815 std_dev=1.296
OP2 B 0, -0.142, 1.338, 2.817, 4.461 max_d=4.461 avg_d=1.338 std_dev=1.479
OP2 A 0, 0.355, 1.835, 3.315, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.835 std_dev=1.480
P B 0, -0.046, 1.472, 2.989, 4.539 max_d=4.539 avg_d=1.472 std_dev=1.518
OP1 B 0, 0.009, 1.938, 3.866, 5.885 max_d=5.885 avg_d=1.938 std_dev=1.928

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.04 0.42 0.14
C2 0.02 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.03 0.35 0.15 0.55 0.26
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.11 0.14 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.24 0.27 0.25 0.16
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.13 0.14 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.32 0.42 0.13 0.22
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.35 0.12 0.55 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.18 0.35 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.44 0.18 0.70 0.34
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.08 0.05 0.11 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.24 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.46 0.20 0.75 0.36
C8 0.01 0.02 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.43 0.21 0.66 0.32
N1 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.02 0.41 0.17 0.66 0.31
N3 0.02 0.01 0.14 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.04 0.30 0.12 0.48 0.21
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02 0.50 0.24 0.85 0.41
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.03 0.49 0.25 0.79 0.39
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.32 0.10 0.51 0.21
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.05 0.08 0.04 0.12 0.13 0.07 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.12 0.25 0.30 0.14
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.11 0.13 0.17 0.19 0.10 0.11 0.04 0.04 0.00 0.02 0.27 0.56 0.11 0.23
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.09 0.51 0.18
O5' 0.14 0.35 0.24 0.32 0.35 0.02 0.44 0.01 0.46 0.43 0.41 0.30 0.50 0.49 0.32 0.12 0.27 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.04 0.15 0.27 0.42 0.12 0.18 0.18 0.24 0.20 0.21 0.17 0.12 0.24 0.25 0.10 0.25 0.56 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.55 0.25 0.13 0.55 0.35 0.70 0.32 0.75 0.66 0.66 0.48 0.85 0.79 0.51 0.30 0.11 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.26 0.16 0.22 0.25 0.08 0.34 0.01 0.36 0.32 0.31 0.21 0.41 0.39 0.21 0.14 0.23 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.22 0.22 0.14 0.17 0.13 0.17 0.14 0.14 0.15 0.18 0.14 0.13 0.14 0.20 0.27 0.16 0.19 0.15 0.26 0.23 0.27
C2 0.18 0.08 0.23 0.23 0.12 0.20 0.12 0.19 0.09 0.16 0.08 0.08 0.10 0.13 0.15 0.23 0.26 0.19 0.20 0.09 0.25 0.23 0.25
C2' 0.19 0.19 0.21 0.21 0.17 0.20 0.17 0.21 0.18 0.18 0.19 0.23 0.17 0.17 0.18 0.19 0.23 0.21 0.24 0.18 0.38 0.28 0.37
C3' 0.21 0.25 0.24 0.23 0.20 0.22 0.20 0.24 0.22 0.21 0.25 0.30 0.21 0.20 0.20 0.21 0.25 0.23 0.27 0.23 0.40 0.31 0.39
C4 0.16 0.12 0.22 0.21 0.13 0.18 0.12 0.17 0.11 0.14 0.11 0.13 0.13 0.13 0.14 0.20 0.26 0.16 0.19 0.11 0.24 0.23 0.25
C4' 0.16 0.17 0.20 0.20 0.14 0.17 0.13 0.18 0.14 0.14 0.17 0.22 0.15 0.13 0.14 0.17 0.25 0.19 0.21 0.15 0.31 0.25 0.30
C5 0.16 0.11 0.22 0.22 0.13 0.17 0.12 0.17 0.11 0.14 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.20 0.26 0.16 0.19 0.10 0.22 0.23 0.23
C5' 0.19 0.16 0.20 0.21 0.15 0.21 0.13 0.23 0.13 0.17 0.16 0.21 0.15 0.15 0.17 0.17 0.24 0.24 0.27 0.13 0.34 0.30 0.34
C6 0.17 0.08 0.22 0.21 0.12 0.18 0.11 0.18 0.09 0.14 0.08 0.08 0.10 0.13 0.14 0.21 0.24 0.17 0.19 0.09 0.21 0.23 0.22
C8 0.15 0.17 0.23 0.23 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.16 0.19 0.16 0.14 0.15 0.20 0.29 0.15 0.19 0.15 0.23 0.24 0.24
N1 0.18 0.08 0.23 0.22 0.12 0.19 0.12 0.19 0.10 0.16 0.08 0.08 0.10 0.14 0.15 0.24 0.26 0.18 0.20 0.10 0.23 0.23 0.23
N3 0.17 0.10 0.22 0.22 0.12 0.19 0.11 0.19 0.10 0.15 0.10 0.11 0.11 0.13 0.15 0.21 0.25 0.18 0.20 0.10 0.26 0.23 0.26
N6 0.18 0.10 0.22 0.21 0.12 0.19 0.11 0.19 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.13 0.14 0.21 0.24 0.18 0.20 0.10 0.19 0.24 0.20
N7 0.16 0.14 0.23 0.24 0.14 0.17 0.14 0.17 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.15 0.20 0.29 0.15 0.19 0.13 0.21 0.25 0.22
N9 0.16 0.15 0.22 0.22 0.14 0.17 0.13 0.16 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.13 0.14 0.19 0.27 0.15 0.19 0.14 0.24 0.23 0.25
O2' 0.19 0.17 0.20 0.20 0.16 0.21 0.16 0.22 0.16 0.18 0.18 0.21 0.16 0.16 0.17 0.19 0.22 0.21 0.24 0.17 0.39 0.28 0.38
O3' 0.25 0.30 0.27 0.26 0.26 0.27 0.27 0.28 0.29 0.26 0.32 0.35 0.26 0.26 0.25 0.24 0.26 0.28 0.32 0.30 0.48 0.38 0.47
O4' 0.14 0.16 0.21 0.22 0.12 0.15 0.12 0.15 0.15 0.12 0.16 0.19 0.13 0.11 0.12 0.19 0.29 0.14 0.17 0.16 0.23 0.23 0.23
O5' 0.67 0.67 0.67 0.68 0.67 0.65 0.66 0.67 0.64 0.68 0.65 0.67 0.67 0.66 0.67 0.61 0.68 0.66 0.74 0.61 0.80 0.81 0.81
OP1 0.37 0.34 0.34 0.36 0.37 0.36 0.37 0.40 0.35 0.39 0.34 0.32 0.36 0.38 0.38 0.30 0.34 0.39 0.47 0.33 0.57 0.53 0.58
OP2 1.05 1.28 1.09 1.10 1.20 1.02 1.25 1.04 1.30 1.17 1.33 1.30 1.20 1.22 1.14 1.00 1.12 1.00 1.11 1.31 1.16 1.22 1.21
P 0.58 0.67 0.59 0.60 0.64 0.56 0.65 0.58 0.66 0.62 0.68 0.70 0.64 0.64 0.61 0.53 0.62 0.56 0.66 0.65 0.72 0.74 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.14 0.08 0.13
C2 0.04 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.04 0.14 0.01 0.17 0.23 0.15
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.05 0.13 0.18 0.06
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.12 0.07 0.13 0.13 0.11 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.14 0.12 0.22 0.25 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.13 0.02 0.15 0.20 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.02 0.16 0.01 0.18 0.24 0.17
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.17 0.01 0.21 0.27 0.19
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.14 0.02 0.14 0.16 0.13
N1 0.03 0.00 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.03 0.16 0.01 0.19 0.27 0.17
N2 0.05 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.05 0.14 0.01 0.17 0.23 0.14
N3 0.04 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04 0.12 0.01 0.15 0.20 0.13
N7 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.17 0.02 0.18 0.23 0.18
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.11 0.02 0.13 0.14 0.11
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.15 0.13 0.07
O3' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.14 0.08 0.15 0.16 0.13 0.10 0.08 0.06 0.00 0.01 0.17 0.15 0.35 0.33 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.03 0.23 0.14 0.22
O5' 0.06 0.14 0.08 0.14 0.13 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.16 0.14 0.12 0.17 0.11 0.07 0.17 0.12 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.15 0.03 0.18 0.00 0.23 0.30 0.21
OP1 0.14 0.17 0.13 0.22 0.15 0.10 0.18 0.06 0.21 0.14 0.19 0.17 0.15 0.18 0.13 0.15 0.35 0.23 0.02 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.23 0.18 0.25 0.20 0.03 0.24 0.03 0.27 0.16 0.27 0.23 0.20 0.23 0.14 0.13 0.33 0.14 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.06 0.16 0.14 0.05 0.17 0.01 0.19 0.13 0.17 0.14 0.13 0.18 0.11 0.07 0.25 0.22 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00