ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49703

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 3, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.019, 0.040, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.040 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.021, 0.043, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.040, 0.165, 0.290, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.165 std_dev=0.125
O4' A 0, 0.026, 0.159, 0.293, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.159 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.108, 0.278, 0.448, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.278 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.270, 0.462, 0.653, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.462 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.229, 0.432, 0.636, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.432 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.267, 0.471, 0.675, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.471 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.037, 0.245, 0.452, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.245 std_dev=0.207
N2 B 0, 0.232, 0.449, 0.666, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.449 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.038, 0.265, 0.491, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.265 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.224, 0.455, 0.685, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.455 std_dev=0.231
O6 B 0, 0.278, 0.509, 0.741, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.509 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.169, 0.412, 0.655, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.412 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.171, 0.421, 0.672, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.421 std_dev=0.251
N7 B 0, 0.204, 0.484, 0.765, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.484 std_dev=0.280
O3' A 0, 0.065, 0.356, 0.646, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.356 std_dev=0.291
N9 B 0, 0.121, 0.433, 0.745, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.433 std_dev=0.312
C8 B 0, 0.146, 0.470, 0.795, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.470 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.066, 0.421, 0.777, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.421 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.101, 0.486, 0.871, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.486 std_dev=0.385
C5' A 0, 0.014, 0.452, 0.891, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.452 std_dev=0.439
O4' B 0, -0.050, 0.672, 1.393, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.672 std_dev=0.722
O2' B 0, 0.039, 0.783, 1.528, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.783 std_dev=0.745
O5' A 0, -0.168, 0.606, 1.380, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.606 std_dev=0.774
C3' B 0, -0.130, 0.727, 1.584, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.727 std_dev=0.857
C4' B 0, -0.167, 0.817, 1.801, 3.427 max_d=3.427 avg_d=0.817 std_dev=0.984
P A 0, -0.235, 0.821, 1.878, 3.787 max_d=3.787 avg_d=0.821 std_dev=1.057
O5' B 0, -0.143, 0.943, 2.030, 3.932 max_d=3.932 avg_d=0.943 std_dev=1.087
OP2 B 0, -0.089, 1.037, 2.163, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.037 std_dev=1.126
OP1 A 0, -0.188, 0.967, 2.122, 4.154 max_d=4.154 avg_d=0.967 std_dev=1.155
O3' B 0, -0.304, 0.860, 2.024, 3.669 max_d=3.669 avg_d=0.860 std_dev=1.164
C5' B 0, -0.222, 1.044, 2.310, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.044 std_dev=1.266
P B 0, -0.257, 1.033, 2.323, 4.688 max_d=4.688 avg_d=1.033 std_dev=1.290
OP1 B 0, -0.366, 1.165, 2.696, 5.608 max_d=5.608 avg_d=1.165 std_dev=1.531
OP2 A 0, -0.659, 1.033, 2.725, 6.362 max_d=6.362 avg_d=1.033 std_dev=1.692

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.34 0.47 0.21
C2 0.03 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02 0.28 0.34 0.30 0.18
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.29 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.11 0.13 0.14 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.18 0.19 0.20 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.23 0.36 0.31 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.07 0.06 0.09 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.43 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.27 0.37 0.44 0.23
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.22 0.18 0.11 0.24 0.25 0.12 0.04 0.05 0.01 0.01 0.22 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.31 0.34 0.51 0.28
C8 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.06 0.21 0.46 0.42 0.23
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02 0.31 0.33 0.43 0.24
N3 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.16 0.03 0.23 0.34 0.26 0.14
N6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.33 0.33 0.64 0.35
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.06 0.26 0.43 0.53 0.28
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.17 0.40 0.34 0.16
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.09 0.04 0.07 0.04 0.11 0.04 0.14 0.15 0.10 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.13 0.42 0.11
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.11 0.13 0.16 0.16 0.11 0.12 0.04 0.05 0.00 0.01 0.23 0.36 0.21 0.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.37 0.66 0.33
O5' 0.10 0.28 0.13 0.18 0.23 0.01 0.27 0.01 0.31 0.21 0.31 0.23 0.33 0.26 0.17 0.07 0.23 0.17 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.34 0.34 0.16 0.19 0.36 0.06 0.37 0.22 0.34 0.46 0.33 0.34 0.33 0.43 0.40 0.13 0.36 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.30 0.29 0.20 0.31 0.43 0.44 0.27 0.51 0.42 0.43 0.26 0.64 0.53 0.34 0.42 0.21 0.66 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.18 0.07 0.09 0.16 0.12 0.23 0.02 0.28 0.23 0.24 0.14 0.35 0.28 0.16 0.11 0.18 0.33 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.24 0.34 0.39 0.28 0.70 0.26 0.72 0.24 0.29 0.23 0.22 0.28 0.27 0.30 0.67 0.89 0.69 0.79 0.23 0.89 0.84 0.90
C2 0.29 0.19 0.27 0.63 0.25 0.90 0.25 0.99 0.22 0.29 0.20 0.16 0.22 0.27 0.28 0.81 1.11 0.73 0.94 0.22 1.08 0.94 1.04
C2' 0.28 0.18 0.34 0.41 0.23 0.74 0.21 0.78 0.18 0.24 0.17 0.16 0.23 0.22 0.25 0.71 0.92 0.70 0.84 0.18 0.99 0.88 0.97
C3' 0.28 0.23 0.29 0.35 0.26 0.71 0.24 0.76 0.22 0.26 0.21 0.22 0.27 0.24 0.27 0.60 0.85 0.72 0.84 0.21 0.99 0.91 0.99
C4 0.30 0.21 0.32 0.46 0.26 0.76 0.25 0.80 0.22 0.29 0.21 0.18 0.25 0.27 0.29 0.74 0.96 0.71 0.84 0.22 0.95 0.87 0.94
C4' 0.34 0.32 0.32 0.34 0.34 0.66 0.33 0.69 0.31 0.34 0.31 0.32 0.35 0.33 0.35 0.57 0.81 0.72 0.79 0.30 0.90 0.89 0.94
C5 0.30 0.20 0.32 0.41 0.26 0.71 0.25 0.74 0.23 0.29 0.21 0.17 0.24 0.27 0.29 0.71 0.88 0.70 0.82 0.22 0.91 0.86 0.92
C5' 0.48 0.49 0.37 0.43 0.50 0.72 0.49 0.75 0.47 0.50 0.48 0.48 0.51 0.49 0.50 0.51 0.82 0.82 0.86 0.45 0.97 1.00 1.02
C6 0.29 0.19 0.28 0.50 0.25 0.80 0.25 0.84 0.23 0.29 0.21 0.17 0.22 0.28 0.29 0.76 0.96 0.73 0.89 0.23 0.99 0.91 0.98
C8 0.31 0.24 0.36 0.28 0.28 0.59 0.26 0.60 0.24 0.29 0.23 0.22 0.28 0.27 0.30 0.60 0.74 0.65 0.73 0.23 0.80 0.79 0.83
N1 0.28 0.19 0.26 0.63 0.25 0.90 0.25 0.98 0.22 0.29 0.20 0.16 0.21 0.28 0.28 0.81 1.08 0.73 0.94 0.22 1.08 0.94 1.04
N3 0.30 0.20 0.29 0.56 0.25 0.84 0.25 0.91 0.22 0.29 0.20 0.17 0.23 0.27 0.28 0.79 1.06 0.73 0.89 0.22 1.03 0.91 1.00
N6 0.28 0.20 0.27 0.45 0.26 0.75 0.26 0.80 0.23 0.30 0.21 0.18 0.22 0.29 0.29 0.73 0.86 0.73 0.88 0.24 0.97 0.90 0.96
N7 0.30 0.23 0.35 0.27 0.27 0.58 0.26 0.59 0.23 0.29 0.22 0.20 0.27 0.27 0.29 0.61 0.72 0.65 0.74 0.23 0.81 0.80 0.84
N9 0.31 0.22 0.34 0.38 0.27 0.68 0.25 0.71 0.23 0.28 0.22 0.20 0.26 0.27 0.29 0.68 0.87 0.69 0.79 0.23 0.88 0.83 0.89
O2' 0.30 0.19 0.36 0.45 0.23 0.76 0.21 0.80 0.19 0.25 0.18 0.17 0.23 0.23 0.26 0.75 0.95 0.69 0.85 0.19 0.98 0.87 0.96
O3' 0.25 0.23 0.28 0.35 0.24 0.72 0.23 0.78 0.23 0.23 0.23 0.23 0.25 0.23 0.24 0.61 0.85 0.70 0.85 0.24 1.03 0.91 1.01
O4' 0.32 0.29 0.35 0.32 0.31 0.62 0.30 0.64 0.28 0.31 0.28 0.28 0.31 0.30 0.32 0.59 0.79 0.68 0.73 0.28 0.81 0.81 0.85
O5' 0.51 0.50 0.41 0.42 0.52 0.73 0.51 0.80 0.49 0.52 0.49 0.49 0.53 0.51 0.53 0.51 0.73 0.86 0.88 0.47 1.01 1.04 1.06
OP1 0.19 0.13 0.68 0.47 0.13 0.19 0.16 0.20 0.21 0.14 0.19 0.14 0.13 0.17 0.13 0.68 0.34 0.31 0.43 0.28 0.50 0.55 0.57
OP2 0.93 1.11 0.68 0.74 1.12 1.00 1.20 1.15 1.24 1.14 1.21 1.04 1.06 1.20 1.08 0.58 0.80 1.21 1.26 1.26 1.41 1.58 1.51
P 0.53 0.64 0.43 0.44 0.64 0.66 0.68 0.77 0.70 0.65 0.69 0.60 0.62 0.67 0.62 0.38 0.61 0.85 0.85 0.71 0.97 1.08 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.36 0.02 0.37 0.37 0.36
C2 0.04 0.00 0.34 0.27 0.02 0.09 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.25 0.40 0.02 0.46 0.50 0.50
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.19 0.02 0.10 0.19 0.17 0.16 0.27 0.39 0.34 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.53 0.13 0.56 0.60 0.55
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.28 0.00 0.37 0.01 0.39 0.32 0.34 0.22 0.23 0.38 0.23 0.03 0.01 0.01 0.14 0.43 0.20 0.15 0.12
C4 0.02 0.02 0.19 0.28 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.15 0.13 0.37 0.02 0.40 0.44 0.42
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.15 0.30 0.08 0.16 0.10 0.29 0.13 0.28 0.03 0.01 0.03 0.21 0.12 0.13 0.05
C5 0.02 0.02 0.10 0.37 0.01 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.27 0.17 0.05 0.32 0.01 0.36 0.41 0.38
C5' 0.06 0.17 0.19 0.01 0.19 0.00 0.32 0.00 0.31 0.41 0.22 0.19 0.14 0.45 0.19 0.08 0.16 0.03 0.01 0.39 0.21 0.26 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.39 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.20 0.09 0.32 0.01 0.38 0.44 0.40
C8 0.02 0.02 0.16 0.32 0.01 0.30 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.43 0.16 0.17 0.30 0.02 0.31 0.33 0.29
N1 0.04 0.01 0.27 0.34 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.18 0.36 0.02 0.42 0.48 0.46
N2 0.03 0.01 0.39 0.22 0.03 0.16 0.03 0.19 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.31 0.32 0.32 0.43 0.02 0.49 0.53 0.53
N3 0.04 0.01 0.34 0.23 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.25 0.41 0.02 0.45 0.47 0.48
N7 0.02 0.01 0.08 0.38 0.01 0.29 0.01 0.45 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.44 0.22 0.11 0.29 0.02 0.31 0.34 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.20 0.10 0.01 0.36 0.01 0.37 0.39 0.38
O2' 0.03 0.20 0.00 0.03 0.11 0.28 0.27 0.08 0.23 0.43 0.14 0.31 0.22 0.44 0.20 0.00 0.10 0.23 0.33 0.30 0.39 0.61 0.39
O3' 0.30 0.25 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.16 0.20 0.16 0.20 0.32 0.26 0.22 0.10 0.10 0.00 0.22 0.22 0.24 0.31 0.33 0.25
O4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.13 0.01 0.05 0.03 0.09 0.17 0.18 0.32 0.25 0.11 0.01 0.23 0.22 0.00 0.26 0.05 0.30 0.23 0.28
O5' 0.36 0.40 0.53 0.14 0.37 0.03 0.32 0.01 0.32 0.30 0.36 0.43 0.41 0.29 0.36 0.33 0.22 0.26 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.13 0.43 0.02 0.21 0.01 0.39 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.30 0.24 0.05 0.30 0.00 0.36 0.42 0.36
OP1 0.37 0.46 0.56 0.20 0.40 0.12 0.36 0.21 0.38 0.31 0.42 0.49 0.45 0.31 0.37 0.39 0.31 0.30 0.02 0.36 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.50 0.60 0.15 0.44 0.13 0.41 0.26 0.44 0.33 0.48 0.53 0.47 0.34 0.39 0.61 0.33 0.23 0.02 0.42 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.50 0.55 0.12 0.42 0.05 0.38 0.02 0.40 0.29 0.46 0.53 0.48 0.30 0.38 0.39 0.25 0.28 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00