ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49706

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.014, 0.044, 0.075, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.014, 0.056, 0.098, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.056 std_dev=0.042
C2 B 0, 0.191, 0.397, 0.603, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.397 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.186, 0.399, 0.611, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.399 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.170, 0.388, 0.606, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.388 std_dev=0.218
N2 B 0, 0.223, 0.445, 0.667, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.445 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.207, 0.431, 0.655, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.431 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.214, 0.438, 0.662, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.438 std_dev=0.224
C8 B 0, 0.202, 0.428, 0.653, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.428 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.140, 0.374, 0.607, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.374 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.188, 0.424, 0.659, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.424 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.175, 0.422, 0.669, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.422 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.161, 0.410, 0.660, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.410 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.198, 0.465, 0.731, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.465 std_dev=0.267
O6 B 0, 0.239, 0.527, 0.816, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.527 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.214, 0.706, 1.198, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.706 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.134, 0.626, 1.119, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.626 std_dev=0.493
C3' B 0, 0.129, 0.726, 1.323, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.726 std_dev=0.597
O5' B 0, 0.166, 0.778, 1.389, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.778 std_dev=0.612
C4' B 0, 0.072, 0.701, 1.329, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.701 std_dev=0.629
C5' B 0, 0.076, 0.819, 1.563, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.819 std_dev=0.743
P B 0, 0.392, 1.249, 2.107, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.249 std_dev=0.858
C2' A 0, 0.233, 1.110, 1.987, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.110 std_dev=0.877
O2' A 0, 0.320, 1.209, 2.097, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.209 std_dev=0.889
O4' A 0, 0.211, 1.121, 2.030, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.121 std_dev=0.909
O3' B 0, 0.085, 1.031, 1.976, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.031 std_dev=0.945
OP2 B 0, 0.459, 1.464, 2.469, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.464 std_dev=1.005
OP1 B 0, 0.416, 1.639, 2.863, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.639 std_dev=1.223
C4' A 0, 0.303, 1.672, 3.041, 3.131 max_d=3.131 avg_d=1.672 std_dev=1.369
C3' A 0, 0.449, 1.850, 3.251, 3.291 max_d=3.291 avg_d=1.850 std_dev=1.401
O3' A 0, 0.721, 2.578, 4.436, 4.438 max_d=4.438 avg_d=2.578 std_dev=1.857
O5' A 0, 0.685, 3.040, 5.395, 6.022 max_d=6.022 avg_d=3.040 std_dev=2.355
C5' A 0, 0.640, 3.018, 5.395, 5.435 max_d=5.435 avg_d=3.018 std_dev=2.378
P A 0, 0.965, 4.100, 7.236, 8.080 max_d=8.080 avg_d=4.100 std_dev=3.135
OP2 A 0, 0.794, 4.218, 7.643, 8.750 max_d=8.750 avg_d=4.218 std_dev=3.425
OP1 A 0, 1.120, 4.672, 8.223, 9.326 max_d=9.326 avg_d=4.672 std_dev=3.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.35 0.21 0.51 0.34
C2 0.02 0.00 0.52 0.44 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.42 0.54 0.39 0.67 0.39 1.24 0.73
C2' 0.01 0.52 0.00 0.00 0.28 0.02 0.14 0.14 0.25 0.23 0.41 0.52 0.19 0.12 0.04 0.00 0.02 0.01 0.48 0.54 0.77 0.52
C3' 0.02 0.44 0.00 0.00 0.32 0.00 0.32 0.03 0.38 0.23 0.43 0.39 0.38 0.27 0.19 0.01 0.01 0.02 0.44 0.58 0.67 0.45
C4 0.01 0.01 0.28 0.32 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.22 0.31 0.20 0.66 0.46 1.13 0.72
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.12 0.28 0.09 0.14 0.18 0.27 0.11 0.18 0.06 0.00 0.02 0.20 0.11 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.32 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.29 0.08 0.81 0.76 1.44 0.96
C5' 0.09 0.21 0.14 0.03 0.14 0.01 0.29 0.00 0.25 0.54 0.16 0.20 0.35 0.51 0.23 0.05 0.15 0.02 0.01 0.25 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.38 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.39 0.16 0.84 0.79 1.58 1.02
C8 0.01 0.02 0.23 0.23 0.01 0.28 0.01 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.28 0.21 0.26 0.81 0.83 1.16 0.94
N1 0.02 0.00 0.41 0.43 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.49 0.30 0.77 0.59 1.47 0.89
N3 0.02 0.00 0.52 0.39 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.48 0.39 0.59 0.28 1.03 0.61
N6 0.02 0.02 0.19 0.38 0.02 0.18 0.02 0.35 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.25 0.39 0.10 0.92 0.99 1.78 1.17
N7 0.01 0.02 0.12 0.27 0.01 0.27 0.01 0.51 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.23 0.15 0.89 0.99 1.48 1.11
N9 0.00 0.01 0.04 0.19 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.61 0.46 0.92 0.64
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.22 0.18 0.21 0.05 0.25 0.28 0.34 0.40 0.25 0.26 0.12 0.00 0.07 0.14 0.23 0.48 0.55 0.34
O3' 0.09 0.54 0.02 0.01 0.31 0.06 0.29 0.15 0.39 0.21 0.49 0.48 0.39 0.23 0.12 0.07 0.00 0.04 0.40 0.86 0.78 0.58
O4' 0.01 0.39 0.01 0.02 0.20 0.00 0.08 0.02 0.16 0.26 0.30 0.39 0.10 0.15 0.02 0.14 0.04 0.00 0.12 0.22 0.16 0.18
O5' 0.35 0.67 0.48 0.44 0.66 0.02 0.81 0.01 0.84 0.81 0.77 0.59 0.92 0.89 0.61 0.23 0.40 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.39 0.54 0.58 0.46 0.20 0.76 0.25 0.79 0.83 0.59 0.28 0.99 0.99 0.46 0.48 0.86 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.24 0.77 0.67 1.13 0.11 1.44 0.17 1.58 1.16 1.47 1.03 1.78 1.48 0.92 0.55 0.78 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.73 0.52 0.45 0.72 0.06 0.96 0.01 1.02 0.94 0.89 0.61 1.17 1.11 0.64 0.34 0.58 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.24 0.14 0.45 0.23 0.60 0.23 0.64 0.24 0.23 0.25 0.25 0.23 0.23 0.23 0.39 1.01 0.56 0.53 0.26 0.63 0.58 0.58
C2 0.22 0.21 0.05 0.66 0.22 0.76 0.23 0.82 0.24 0.24 0.23 0.22 0.21 0.25 0.23 0.48 1.20 0.60 0.70 0.25 0.80 0.70 0.71
C2' 0.19 0.36 0.14 0.47 0.26 0.61 0.29 0.66 0.37 0.21 0.40 0.42 0.28 0.25 0.21 0.39 1.04 0.53 0.53 0.40 0.61 0.62 0.64
C3' 0.38 0.50 0.30 0.41 0.46 0.61 0.49 0.68 0.53 0.44 0.54 0.52 0.46 0.47 0.42 0.37 0.96 0.60 0.58 0.57 0.66 0.78 0.77
C4 0.22 0.23 0.09 0.50 0.23 0.64 0.23 0.69 0.24 0.23 0.24 0.23 0.23 0.24 0.23 0.42 1.06 0.58 0.58 0.25 0.67 0.62 0.62
C4' 0.30 0.54 0.18 0.41 0.41 0.60 0.49 0.64 0.62 0.37 0.64 0.59 0.41 0.45 0.34 0.32 0.99 0.59 0.52 0.70 0.66 0.67 0.64
C5 0.21 0.22 0.10 0.45 0.23 0.60 0.23 0.64 0.24 0.23 0.23 0.22 0.22 0.23 0.23 0.39 0.99 0.56 0.54 0.24 0.62 0.60 0.59
C5' 0.37 0.90 0.22 0.41 0.66 0.61 0.83 0.66 1.06 0.58 1.10 0.98 0.65 0.76 0.50 0.26 0.97 0.63 0.57 1.21 0.69 0.81 0.74
C6 0.21 0.20 0.06 0.52 0.22 0.66 0.23 0.70 0.23 0.24 0.22 0.20 0.20 0.24 0.23 0.43 1.05 0.59 0.61 0.25 0.67 0.64 0.63
C8 0.21 0.24 0.17 0.33 0.23 0.50 0.23 0.54 0.24 0.22 0.24 0.24 0.23 0.23 0.23 0.34 0.87 0.52 0.45 0.25 0.53 0.54 0.52
N1 0.21 0.20 0.06 0.65 0.21 0.76 0.23 0.81 0.23 0.24 0.22 0.21 0.20 0.25 0.22 0.47 1.17 0.60 0.70 0.25 0.77 0.70 0.71
N3 0.22 0.23 0.06 0.60 0.23 0.72 0.23 0.77 0.24 0.24 0.24 0.23 0.22 0.24 0.23 0.47 1.16 0.60 0.65 0.25 0.76 0.66 0.68
N6 0.19 0.18 0.08 0.47 0.22 0.61 0.23 0.65 0.23 0.24 0.20 0.18 0.19 0.25 0.22 0.39 0.94 0.58 0.58 0.24 0.62 0.63 0.61
N7 0.20 0.23 0.16 0.32 0.23 0.49 0.23 0.53 0.23 0.22 0.23 0.22 0.23 0.23 0.22 0.33 0.84 0.51 0.45 0.24 0.52 0.55 0.52
N9 0.22 0.24 0.13 0.43 0.23 0.58 0.23 0.62 0.24 0.23 0.24 0.24 0.23 0.23 0.23 0.39 0.99 0.56 0.52 0.25 0.62 0.58 0.58
O2' 0.24 0.45 0.23 0.58 0.35 0.69 0.42 0.72 0.51 0.31 0.53 0.48 0.35 0.38 0.28 0.48 1.13 0.58 0.60 0.56 0.67 0.62 0.64
O3' 0.32 0.54 0.24 0.40 0.46 0.62 0.52 0.70 0.59 0.43 0.61 0.57 0.46 0.50 0.40 0.35 0.97 0.58 0.58 0.65 0.69 0.82 0.81
O4' 0.31 0.38 0.20 0.48 0.28 0.65 0.32 0.68 0.41 0.27 0.45 0.44 0.28 0.29 0.27 0.36 1.02 0.62 0.55 0.48 0.74 0.57 0.58
O5' 0.94 1.23 0.65 0.90 1.10 1.18 1.20 1.27 1.34 1.07 1.36 1.27 1.08 1.17 1.03 0.56 1.29 1.26 1.21 1.43 1.35 1.42 1.39
OP1 0.91 1.71 0.89 0.61 1.46 0.81 1.76 0.99 2.06 1.43 2.05 1.70 1.37 1.70 1.25 0.60 0.41 1.02 1.13 2.29 1.06 1.57 1.42
OP2 1.77 2.14 1.35 1.54 2.05 1.94 2.20 2.11 2.33 2.05 2.33 2.08 1.97 2.18 1.95 1.15 1.71 2.13 2.11 2.41 2.23 2.42 2.37
P 1.14 1.70 0.77 0.93 1.50 1.28 1.70 1.41 1.92 1.46 1.94 1.73 1.44 1.64 1.35 0.57 1.22 1.45 1.41 2.07 1.48 1.73 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.16 0.05 0.28 0.31 0.20
C2 0.04 0.00 0.27 0.20 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.22 0.12 0.04 0.17 0.34 0.29
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.19 0.13 0.16 0.22 0.33 0.26 0.10 0.04 0.00 0.04 0.02 0.38 0.12 0.65 0.62 0.50
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.22 0.00 0.31 0.02 0.32 0.31 0.27 0.19 0.16 0.36 0.20 0.01 0.01 0.02 0.04 0.36 0.58 0.26 0.25
C4 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.12 0.09 0.04 0.13 0.31 0.24
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.21 0.07 0.18 0.13 0.19 0.08 0.25 0.03 0.00 0.01 0.11 0.27 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.31 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.15 0.05 0.13 0.03 0.13 0.32 0.25
C5' 0.07 0.16 0.19 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.18 0.11 0.21 0.16 0.19 0.05 0.08 0.18 0.01 0.01 0.14 0.09 0.03 0.01
C6 0.04 0.02 0.13 0.32 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.24 0.17 0.10 0.14 0.02 0.18 0.36 0.29
C8 0.01 0.01 0.16 0.31 0.01 0.21 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.38 0.21 0.14 0.16 0.02 0.09 0.25 0.18
N1 0.04 0.01 0.22 0.27 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.18 0.18 0.17 0.11 0.03 0.16 0.35 0.29
N2 0.05 0.01 0.33 0.19 0.01 0.18 0.01 0.21 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.31 0.34 0.26 0.14 0.06 0.20 0.35 0.31
N3 0.03 0.01 0.26 0.16 0.00 0.13 0.01 0.16 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.29 0.22 0.13 0.05 0.19 0.33 0.28
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.19 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.24 0.08 0.21 0.02 0.18 0.31 0.25
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.07 0.04 0.12 0.28 0.19
O2' 0.02 0.22 0.00 0.01 0.16 0.25 0.26 0.08 0.24 0.38 0.18 0.31 0.21 0.38 0.19 0.00 0.05 0.17 0.30 0.29 0.64 0.72 0.46
O3' 0.27 0.26 0.04 0.01 0.15 0.03 0.15 0.18 0.17 0.21 0.18 0.34 0.29 0.24 0.12 0.05 0.00 0.19 0.21 0.22 0.65 0.30 0.29
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.14 0.17 0.26 0.22 0.08 0.01 0.17 0.19 0.00 0.05 0.08 0.07 0.19 0.16
O5' 0.16 0.12 0.38 0.04 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.16 0.11 0.14 0.13 0.21 0.07 0.30 0.21 0.05 0.00 0.19 0.02 0.03 0.00
O6 0.05 0.04 0.12 0.36 0.04 0.11 0.03 0.14 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.29 0.22 0.08 0.19 0.00 0.24 0.39 0.32
OP1 0.28 0.17 0.65 0.58 0.13 0.27 0.13 0.09 0.18 0.09 0.16 0.20 0.19 0.18 0.12 0.64 0.65 0.07 0.02 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.34 0.62 0.26 0.31 0.09 0.32 0.03 0.36 0.25 0.35 0.35 0.33 0.31 0.28 0.72 0.30 0.19 0.03 0.39 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.50 0.25 0.24 0.06 0.25 0.01 0.29 0.18 0.29 0.31 0.28 0.25 0.19 0.46 0.29 0.16 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00