ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N3 B 0, 0.199, 0.327, 0.456, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.327 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.074, 0.220, 0.367, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.220 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.080, 0.238, 0.395, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.238 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.235, 0.393, 0.551, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.393 std_dev=0.158
N2 B 0, 0.227, 0.407, 0.588, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.407 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.219, 0.409, 0.599, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.409 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.132, 0.325, 0.518, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.325 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.246, 0.446, 0.645, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.446 std_dev=0.200
C8 B 0, 0.255, 0.469, 0.683, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.469 std_dev=0.214
C3' A 0, 0.161, 0.399, 0.637, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.399 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.190, 0.444, 0.698, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.444 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.315, 0.589, 0.863, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.589 std_dev=0.274
N7 B 0, 0.331, 0.610, 0.888, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.610 std_dev=0.279
O3' A 0, 0.202, 0.486, 0.769, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.486 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.257, 0.558, 0.858, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.558 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.396, 0.727, 1.057, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.727 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.383, 0.741, 1.099, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.741 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.426, 0.815, 1.204, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.815 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.379, 0.782, 1.185, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.782 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.396, 0.868, 1.340, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.868 std_dev=0.472
P B 0, 0.421, 0.919, 1.417, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.919 std_dev=0.498
C5' A 0, 0.372, 0.871, 1.371, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.871 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.291, 0.795, 1.298, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.795 std_dev=0.504
O6 B 0, 0.568, 1.099, 1.630, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.099 std_dev=0.531
C4' B 0, 0.420, 0.977, 1.534, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.977 std_dev=0.557
O2' B 0, 0.342, 0.911, 1.480, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.911 std_dev=0.569
O5' A 0, 0.454, 1.056, 1.658, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.056 std_dev=0.602
C5' B 0, 0.472, 1.078, 1.684, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.078 std_dev=0.606
C3' B 0, 0.383, 0.994, 1.604, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.994 std_dev=0.611
OP1 B 0, 0.533, 1.213, 1.893, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.213 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.507, 1.291, 2.075, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.291 std_dev=0.784
OP2 A 0, 0.702, 1.696, 2.691, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.696 std_dev=0.995
P A 0, 0.669, 1.670, 2.670, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.670 std_dev=1.001
OP1 A 0, 0.884, 2.517, 4.151, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.517 std_dev=1.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.08 0.13
C2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.20 0.08 0.29 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.12 0.10 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.22 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.19 0.09 0.25 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.24 0.16 0.32 0.23
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.00 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.06 0.18 0.18 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.25 0.18 0.36 0.25
C8 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.21 0.16 0.23 0.22
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.03 0.23 0.13 0.34 0.22
N3 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.03 0.17 0.06 0.23 0.16
N6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.27 0.24 0.41 0.29
N7 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.25 0.21 0.33 0.26
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.16 0.09 0.17 0.16
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.05 0.12 0.08 0.03
O3' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.10 0.37 0.13 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.23 0.07 0.20
O5' 0.08 0.20 0.07 0.06 0.19 0.01 0.24 0.00 0.25 0.21 0.23 0.17 0.27 0.25 0.16 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.08 0.12 0.22 0.09 0.05 0.16 0.06 0.18 0.16 0.13 0.06 0.24 0.21 0.09 0.12 0.37 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.29 0.10 0.09 0.25 0.02 0.32 0.01 0.36 0.23 0.34 0.23 0.41 0.33 0.17 0.08 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.06 0.05 0.18 0.06 0.23 0.01 0.25 0.22 0.22 0.16 0.29 0.26 0.16 0.03 0.12 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.14 0.17 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10 0.15 0.27 0.10 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10
C2 0.11 0.09 0.21 0.23 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.12 0.11 0.22 0.32 0.09 0.13 0.11 0.16 0.12 0.12
C2' 0.10 0.10 0.14 0.16 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.16 0.26 0.13 0.12 0.12 0.11 0.16 0.12
C3' 0.06 0.10 0.16 0.17 0.07 0.09 0.09 0.08 0.12 0.07 0.13 0.11 0.07 0.08 0.06 0.18 0.27 0.07 0.08 0.14 0.08 0.14 0.09
C4 0.09 0.09 0.15 0.17 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.16 0.26 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.09
C4' 0.10 0.17 0.17 0.19 0.14 0.12 0.16 0.11 0.19 0.13 0.19 0.18 0.14 0.15 0.12 0.17 0.28 0.09 0.10 0.20 0.11 0.16 0.11
C5 0.09 0.08 0.13 0.15 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.22 0.11 0.10 0.09 0.09 0.14 0.10
C5' 0.22 0.31 0.28 0.29 0.28 0.24 0.31 0.22 0.34 0.28 0.34 0.31 0.28 0.30 0.26 0.26 0.35 0.20 0.21 0.36 0.22 0.26 0.22
C6 0.08 0.09 0.16 0.16 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.17 0.23 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09
C8 0.11 0.13 0.14 0.15 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.15 0.22 0.13 0.12 0.13 0.12 0.20 0.14
N1 0.10 0.10 0.21 0.22 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.22 0.30 0.08 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11
N3 0.09 0.08 0.18 0.20 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.18 0.30 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10
N6 0.09 0.12 0.14 0.13 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10 0.09 0.16 0.19 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11
N7 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.15 0.21 0.13 0.13 0.11 0.13 0.20 0.15
N9 0.09 0.11 0.14 0.16 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.15 0.25 0.10 0.10 0.11 0.10 0.15 0.10
O2' 0.16 0.12 0.17 0.19 0.13 0.16 0.12 0.16 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.19 0.27 0.19 0.17 0.12 0.17 0.19 0.16
O3' 0.08 0.10 0.16 0.17 0.06 0.11 0.08 0.09 0.12 0.05 0.13 0.11 0.07 0.07 0.05 0.19 0.26 0.10 0.11 0.15 0.10 0.14 0.11
O4' 0.11 0.15 0.17 0.19 0.14 0.13 0.15 0.12 0.16 0.14 0.16 0.16 0.14 0.15 0.13 0.16 0.28 0.11 0.11 0.17 0.12 0.17 0.12
O5' 0.32 0.37 0.36 0.36 0.36 0.33 0.38 0.32 0.39 0.36 0.39 0.37 0.35 0.38 0.35 0.36 0.41 0.31 0.31 0.40 0.32 0.35 0.32
OP1 0.32 0.41 0.34 0.34 0.39 0.32 0.43 0.31 0.46 0.39 0.45 0.40 0.37 0.42 0.36 0.32 0.39 0.33 0.29 0.49 0.29 0.30 0.30
OP2 0.50 0.53 0.51 0.51 0.53 0.51 0.54 0.49 0.54 0.54 0.54 0.52 0.52 0.55 0.52 0.52 0.53 0.50 0.46 0.54 0.47 0.47 0.46
P 0.32 0.38 0.38 0.38 0.36 0.34 0.39 0.31 0.41 0.36 0.41 0.37 0.35 0.39 0.35 0.38 0.43 0.30 0.26 0.42 0.27 0.24 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.15 0.00 0.16 0.23 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.10 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.11 0.04 0.06 0.04 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.16 0.01 0.17 0.21 0.19
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.21 0.01 0.23 0.28 0.25
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.05 0.06 0.17 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.22 0.00 0.26 0.32 0.28
C8 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.21 0.02 0.22 0.22 0.22
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.19 0.00 0.22 0.29 0.24
N2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.04 0.13 0.00 0.14 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.13 0.01 0.13 0.19 0.15
N7 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.02 0.24 0.02 0.27 0.30 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.15 0.16 0.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.05 0.11 0.07 0.13 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.09 0.11 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04
O5' 0.05 0.15 0.06 0.05 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.21 0.19 0.13 0.13 0.24 0.14 0.02 0.05 0.04 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.24 0.00 0.30 0.37 0.32
OP1 0.06 0.16 0.07 0.07 0.17 0.04 0.23 0.05 0.26 0.22 0.22 0.14 0.13 0.27 0.15 0.04 0.09 0.03 0.01 0.30 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.23 0.10 0.09 0.21 0.02 0.28 0.01 0.32 0.22 0.29 0.22 0.19 0.30 0.16 0.06 0.11 0.07 0.01 0.37 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.06 0.06 0.19 0.01 0.25 0.01 0.28 0.22 0.24 0.17 0.15 0.28 0.15 0.01 0.06 0.04 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00