ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49713

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2 B 0, 0.099, 0.252, 0.406, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.252 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.127, 0.299, 0.471, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.299 std_dev=0.172
N3 B 0, 0.094, 0.270, 0.447, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.270 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.128, 0.314, 0.500, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.314 std_dev=0.186
N2 B 0, 0.069, 0.263, 0.457, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.263 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.088, 0.304, 0.520, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.304 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.171, 0.393, 0.615, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.393 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.142, 0.386, 0.630, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.386 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.123, 0.372, 0.622, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.372 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.090, 0.348, 0.607, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.348 std_dev=0.258
C4' A 0, 0.188, 0.465, 0.742, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.465 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.142, 0.420, 0.698, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.420 std_dev=0.278
C8 B 0, 0.132, 0.423, 0.713, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.423 std_dev=0.290
N7 B 0, 0.172, 0.467, 0.763, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.467 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.120, 0.418, 0.717, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.418 std_dev=0.298
O6 B 0, 0.198, 0.497, 0.797, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.497 std_dev=0.300
O2' A 0, 0.243, 0.548, 0.853, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.548 std_dev=0.305
C3' A 0, 0.258, 0.596, 0.935, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.596 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.203, 0.585, 0.967, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.585 std_dev=0.382
C2' B 0, 0.283, 0.670, 1.057, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.670 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.164, 0.569, 0.975, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.569 std_dev=0.406
O5' B 0, 0.171, 0.582, 0.992, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.582 std_dev=0.411
C3' B 0, 0.284, 0.715, 1.146, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.715 std_dev=0.431
OP1 A 0, 0.318, 0.764, 1.209, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.764 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.382, 0.827, 1.273, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.827 std_dev=0.446
P B 0, 0.199, 0.657, 1.115, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.657 std_dev=0.458
OP2 B 0, 0.227, 0.691, 1.155, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.691 std_dev=0.464
OP1 B 0, 0.230, 0.699, 1.169, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.699 std_dev=0.470
O3' A 0, 0.372, 0.851, 1.329, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.851 std_dev=0.478
P A 0, 0.424, 0.926, 1.429, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.926 std_dev=0.503
C5' A 0, 0.382, 0.891, 1.400, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.891 std_dev=0.509
OP2 A 0, 0.477, 1.003, 1.528, 1.436 max_d=1.436 avg_d=1.003 std_dev=0.525
O3' B 0, 0.435, 0.995, 1.555, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.995 std_dev=0.560
O5' A 0, 0.469, 1.030, 1.591, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.030 std_dev=0.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.05 0.06 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.05 0.03 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.07 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.08 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.09
O5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.07 0.10 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.15 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.08 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.04 0.08 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.03 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05
C2 0.15 0.11 0.16 0.16 0.13 0.15 0.13 0.15 0.12 0.14 0.11 0.09 0.13 0.14 0.14 0.16 0.17 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15
C2' 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.13 0.08 0.13 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.14 0.05 0.05 0.05
C3' 0.09 0.14 0.06 0.07 0.13 0.07 0.15 0.08 0.17 0.12 0.17 0.14 0.12 0.15 0.11 0.05 0.05 0.09 0.09 0.19 0.10 0.07 0.07
C4 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09
C4' 0.09 0.11 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.13 0.10 0.06 0.07
C5 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08
C5' 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12
C6 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.13 0.14 0.12 0.09 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12
C8 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04
N1 0.16 0.12 0.17 0.17 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.16 0.12 0.09 0.14 0.16 0.16 0.17 0.18 0.16 0.15 0.14 0.14 0.16 0.15
N3 0.12 0.10 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.08 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12
N6 0.14 0.13 0.15 0.14 0.16 0.12 0.16 0.12 0.16 0.16 0.14 0.10 0.15 0.16 0.16 0.15 0.14 0.13 0.12 0.17 0.11 0.15 0.13
N7 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05
N9 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06
O2' 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.12 0.06 0.05 0.13 0.05 0.06 0.06
O3' 0.10 0.17 0.07 0.07 0.15 0.08 0.18 0.09 0.22 0.15 0.21 0.16 0.14 0.18 0.13 0.05 0.05 0.10 0.10 0.25 0.11 0.09 0.09
O4' 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04
O5' 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.17 0.14 0.15 0.16 0.17 0.12 0.13
OP1 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.12 0.07 0.08 0.11 0.10 0.06 0.07
OP2 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.13 0.07 0.09 0.13 0.10 0.12 0.15 0.09 0.11 0.16 0.12 0.08 0.09
P 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.12 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.10 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05
OP1 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.10 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.03 0.09 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00