ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49714

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.018, 0.039, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.017, 0.044, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.008, 0.038, 0.067, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.002, 0.033, 0.063, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.033 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.009, 0.040, 0.072, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.040 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.122, 0.350, 0.578, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.350 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.182, 0.410, 0.638, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.410 std_dev=0.228
O2' A 0, 0.083, 0.313, 0.543, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.313 std_dev=0.230
C2' A 0, 0.166, 0.406, 0.646, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.406 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.233, 0.506, 0.779, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.506 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.103, 0.377, 0.650, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.377 std_dev=0.274
N2 B 0, 0.292, 0.618, 0.944, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.618 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.139, 0.470, 0.801, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.470 std_dev=0.331
N9 B 0, 0.087, 0.420, 0.753, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.420 std_dev=0.333
C4' A 0, 0.256, 0.609, 0.961, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.609 std_dev=0.352
N7 B 0, 0.224, 0.583, 0.942, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.583 std_dev=0.359
C8 B 0, 0.174, 0.538, 0.902, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.538 std_dev=0.364
N1 B 0, 0.190, 0.566, 0.941, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.566 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.280, 0.660, 1.040, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.660 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.133, 0.521, 0.908, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.521 std_dev=0.387
C6 B 0, 0.178, 0.569, 0.960, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.569 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.127, 0.603, 1.079, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.603 std_dev=0.476
O6 B 0, 0.240, 0.728, 1.215, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.728 std_dev=0.487
O2' B 0, 0.168, 0.658, 1.147, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.658 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.319, 0.817, 1.314, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.817 std_dev=0.497
OP2 B 0, 0.301, 0.802, 1.303, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.802 std_dev=0.501
O5' B 0, 0.257, 0.780, 1.304, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.780 std_dev=0.524
P B 0, 0.305, 0.847, 1.389, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.847 std_dev=0.542
OP2 A 0, 0.284, 0.828, 1.372, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.828 std_dev=0.544
O3' A 0, 0.427, 0.996, 1.566, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.996 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.380, 0.958, 1.536, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.958 std_dev=0.578
OP1 B 0, 0.361, 1.012, 1.663, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.012 std_dev=0.651
C4' B 0, 0.329, 0.982, 1.635, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.982 std_dev=0.653
C3' B 0, 0.195, 0.857, 1.518, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.857 std_dev=0.662
P A 0, 0.345, 1.123, 1.901, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.123 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.387, 1.188, 1.989, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.188 std_dev=0.801
O3' B 0, 0.324, 1.148, 1.973, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.148 std_dev=0.825
O5' A 0, 0.295, 1.233, 2.171, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.233 std_dev=0.938
OP1 A 0, 0.548, 1.566, 2.583, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.566 std_dev=1.017

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.19 0.13
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.15 0.08 0.30 0.29 0.31 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.24 0.23 0.18
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.28 0.28 0.22 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.30 0.29 0.30 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.12 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.35 0.33 0.34 0.32
C5' 0.03 0.11 0.02 0.04 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.14 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.35 0.34 0.35 0.32
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.07 0.37 0.34 0.30 0.32
N1 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.14 0.05 0.32 0.31 0.33 0.30
N3 0.04 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.13 0.08 0.28 0.27 0.29 0.25
N6 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.13 0.02 0.36 0.35 0.35 0.34
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.39 0.37 0.35 0.35
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.27 0.26 0.25
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03 0.08 0.10 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.13 0.19 0.21 0.13
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.03 0.10 0.05 0.12 0.11 0.14 0.13 0.13 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.25 0.27 0.25 0.19
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.09 0.17 0.04
O5' 0.15 0.30 0.21 0.28 0.30 0.01 0.35 0.01 0.35 0.37 0.32 0.28 0.36 0.39 0.29 0.13 0.25 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.29 0.24 0.28 0.29 0.12 0.33 0.14 0.34 0.34 0.31 0.27 0.35 0.37 0.27 0.19 0.27 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.31 0.23 0.22 0.30 0.23 0.34 0.34 0.35 0.30 0.33 0.29 0.35 0.35 0.26 0.21 0.25 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.27 0.18 0.21 0.27 0.02 0.32 0.01 0.32 0.32 0.30 0.25 0.34 0.35 0.25 0.13 0.19 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.21 0.10 0.09 0.16 0.16 0.20 0.16 0.25 0.16 0.26 0.23 0.15 0.19 0.14 0.11 0.12 0.21 0.17 0.28 0.20 0.16 0.16
C2 0.13 0.25 0.04 0.05 0.09 0.20 0.12 0.20 0.20 0.06 0.26 0.36 0.16 0.08 0.03 0.09 0.07 0.24 0.18 0.22 0.22 0.16 0.19
C2' 0.13 0.20 0.08 0.08 0.14 0.14 0.18 0.16 0.23 0.12 0.24 0.22 0.14 0.16 0.11 0.08 0.09 0.19 0.16 0.25 0.20 0.15 0.16
C3' 0.14 0.23 0.08 0.08 0.18 0.16 0.22 0.18 0.27 0.16 0.28 0.25 0.19 0.21 0.15 0.09 0.09 0.21 0.16 0.30 0.19 0.14 0.15
C4 0.14 0.21 0.06 0.06 0.12 0.16 0.16 0.16 0.21 0.12 0.25 0.28 0.12 0.14 0.10 0.09 0.06 0.20 0.16 0.24 0.19 0.14 0.15
C4' 0.20 0.29 0.11 0.10 0.25 0.19 0.30 0.20 0.35 0.24 0.35 0.30 0.24 0.29 0.22 0.11 0.11 0.26 0.18 0.38 0.21 0.15 0.17
C5 0.15 0.19 0.07 0.07 0.11 0.17 0.14 0.17 0.18 0.12 0.22 0.26 0.11 0.13 0.11 0.10 0.06 0.21 0.16 0.20 0.20 0.14 0.15
C5' 0.30 0.41 0.17 0.17 0.37 0.28 0.42 0.30 0.47 0.37 0.46 0.41 0.36 0.42 0.34 0.16 0.14 0.36 0.25 0.50 0.26 0.20 0.24
C6 0.12 0.23 0.05 0.05 0.09 0.15 0.11 0.15 0.17 0.06 0.23 0.32 0.14 0.08 0.04 0.09 0.08 0.20 0.15 0.18 0.19 0.14 0.16
C8 0.21 0.20 0.12 0.12 0.19 0.21 0.21 0.22 0.23 0.19 0.23 0.20 0.19 0.20 0.19 0.13 0.09 0.26 0.20 0.24 0.22 0.17 0.18
N1 0.13 0.27 0.02 0.02 0.11 0.17 0.12 0.18 0.19 0.04 0.26 0.37 0.18 0.06 0.03 0.04 0.07 0.23 0.17 0.20 0.20 0.16 0.18
N3 0.13 0.23 0.05 0.05 0.10 0.18 0.15 0.18 0.22 0.09 0.26 0.33 0.13 0.12 0.06 0.10 0.07 0.21 0.17 0.24 0.20 0.15 0.17
N6 0.11 0.24 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.15 0.17 0.05 0.22 0.30 0.18 0.07 0.04 0.18 0.16 0.19 0.14 0.17 0.18 0.12 0.14
N7 0.21 0.17 0.12 0.13 0.17 0.22 0.17 0.23 0.18 0.17 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.14 0.10 0.27 0.20 0.19 0.22 0.16 0.18
N9 0.16 0.20 0.09 0.09 0.16 0.17 0.19 0.17 0.23 0.15 0.25 0.23 0.14 0.18 0.14 0.11 0.09 0.22 0.17 0.26 0.20 0.15 0.16
O2' 0.14 0.19 0.10 0.09 0.13 0.17 0.17 0.18 0.22 0.11 0.24 0.22 0.13 0.15 0.11 0.11 0.11 0.20 0.19 0.25 0.23 0.17 0.19
O3' 0.13 0.25 0.09 0.10 0.20 0.15 0.25 0.17 0.30 0.18 0.30 0.27 0.20 0.23 0.15 0.10 0.11 0.19 0.15 0.33 0.17 0.14 0.13
O4' 0.21 0.24 0.13 0.12 0.22 0.20 0.26 0.20 0.30 0.23 0.30 0.24 0.20 0.26 0.21 0.14 0.14 0.26 0.20 0.33 0.22 0.18 0.19
O5' 0.15 0.25 0.24 0.24 0.22 0.17 0.28 0.16 0.34 0.22 0.33 0.23 0.20 0.28 0.18 0.24 0.31 0.14 0.19 0.39 0.18 0.23 0.20
OP1 0.17 0.27 0.22 0.22 0.28 0.16 0.37 0.16 0.42 0.33 0.38 0.21 0.23 0.39 0.25 0.21 0.28 0.17 0.16 0.48 0.16 0.21 0.18
OP2 0.21 0.25 0.25 0.24 0.28 0.20 0.34 0.19 0.36 0.33 0.32 0.20 0.23 0.36 0.27 0.24 0.29 0.21 0.17 0.38 0.16 0.22 0.18
P 0.15 0.27 0.21 0.21 0.27 0.14 0.35 0.14 0.40 0.30 0.37 0.21 0.22 0.37 0.23 0.20 0.28 0.14 0.14 0.45 0.13 0.19 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.03 0.10 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.17 0.16 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.23 0.10 0.15 0.01 0.15 0.21 0.16
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.14 0.21 0.16 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.13 0.15 0.15 0.20 0.14 0.15 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.15 0.14 0.13
C4 0.03 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.17 0.01 0.17 0.21 0.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01
C5 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.05 0.21 0.01 0.21 0.26 0.22
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.09 0.05 0.07 0.15 0.09 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.09 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.17 0.07 0.20 0.00 0.21 0.26 0.21
C8 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.05 0.24 0.03 0.23 0.24 0.23
N1 0.03 0.00 0.14 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.21 0.09 0.18 0.01 0.18 0.24 0.19
N2 0.03 0.01 0.21 0.20 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.18 0.29 0.11 0.14 0.02 0.13 0.20 0.15
N3 0.04 0.01 0.16 0.14 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.10 0.15 0.01 0.15 0.19 0.15
N7 0.03 0.02 0.07 0.15 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.03 0.24 0.03 0.25 0.29 0.25
N9 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.17 0.02 0.17 0.18 0.16
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.10 0.18 0.12 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.09 0.11 0.07
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.17 0.16 0.21 0.29 0.20 0.15 0.07 0.03 0.00 0.01 0.16 0.16 0.24 0.18 0.19
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.11 0.10 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.14 0.10 0.11
O5' 0.10 0.15 0.08 0.12 0.17 0.02 0.21 0.01 0.20 0.24 0.18 0.14 0.15 0.24 0.17 0.06 0.16 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.16 0.06 0.19 0.00 0.21 0.26 0.21
OP1 0.10 0.15 0.11 0.15 0.17 0.07 0.21 0.09 0.21 0.23 0.18 0.13 0.15 0.25 0.17 0.09 0.24 0.14 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.21 0.13 0.14 0.21 0.03 0.26 0.03 0.26 0.24 0.24 0.20 0.19 0.29 0.18 0.11 0.18 0.10 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.09 0.13 0.18 0.01 0.22 0.01 0.21 0.23 0.19 0.15 0.15 0.25 0.16 0.07 0.19 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00