ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49717

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O4' A 0, -0.010, 0.090, 0.190, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.090 std_dev=0.100
C1' B 0, 0.079, 0.188, 0.297, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.188 std_dev=0.109
O2' B 0, 0.079, 0.189, 0.299, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.189 std_dev=0.110
N9 B 0, 0.081, 0.192, 0.304, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.192 std_dev=0.112
C2' B 0, 0.082, 0.197, 0.312, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.197 std_dev=0.115
C8 B 0, 0.085, 0.206, 0.327, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.206 std_dev=0.121
C5 B 0, 0.088, 0.212, 0.337, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.212 std_dev=0.125
N7 B 0, 0.086, 0.211, 0.336, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.211 std_dev=0.125
O4' B 0, 0.086, 0.213, 0.339, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.213 std_dev=0.126
C2' A 0, -0.011, 0.123, 0.257, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.123 std_dev=0.134
C3' B 0, 0.089, 0.225, 0.360, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.225 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.077, 0.213, 0.349, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.213 std_dev=0.136
C4' B 0, 0.094, 0.236, 0.378, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.236 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.092, 0.241, 0.391, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.241 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.006, 0.156, 0.306, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.156 std_dev=0.150
C6 B 0, 0.093, 0.247, 0.400, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.247 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.104, 0.265, 0.426, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.265 std_dev=0.161
O6 B 0, 0.095, 0.259, 0.424, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.259 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.119, 0.290, 0.461, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.290 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.012, 0.206, 0.399, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.206 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.115, 0.312, 0.508, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.312 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.049, 0.250, 0.451, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.250 std_dev=0.201
C3' A 0, -0.009, 0.193, 0.394, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.193 std_dev=0.202
P B 0, 0.139, 0.341, 0.543, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.341 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.085, 0.289, 0.492, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.289 std_dev=0.203
OP1 B 0, 0.139, 0.360, 0.580, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.360 std_dev=0.220
O5' A 0, 0.045, 0.270, 0.495, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.270 std_dev=0.225
OP2 B 0, 0.154, 0.382, 0.609, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.382 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.055, 0.290, 0.525, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.290 std_dev=0.235
P A 0, 0.096, 0.334, 0.572, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.334 std_dev=0.238
C5' A 0, 0.024, 0.273, 0.521, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.273 std_dev=0.249
OP2 A 0, 0.095, 0.404, 0.712, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.404 std_dev=0.309
N2 B 0, 0.046, 0.357, 0.669, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.357 std_dev=0.311
O3' A 0, -0.015, 0.301, 0.617, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.301 std_dev=0.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.04 0.06
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.07 0.08 0.04 0.06
N1 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.05 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.08 0.05 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.11 0.03 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.10 0.07
C2 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.08 0.03 0.07 0.08 0.07
C2' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06
C3' 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.04 0.09 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.05 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.11 0.10
C4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.08
C4' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.04 0.06 0.10 0.06 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.11 0.07 0.10 0.14 0.11
C5 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07
C5' 0.08 0.10 0.06 0.08 0.08 0.12 0.09 0.14 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.12 0.15 0.11 0.14 0.18 0.16
C6 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06
C8 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.10 0.07
N1 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.07
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.09 0.08
N6 0.03 0.10 0.02 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.08 0.12 0.09 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07
N9 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.10 0.08
O2' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05
O3' 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.05 0.06 0.02 0.09 0.04 0.06 0.10 0.06 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09
O4' 0.04 0.08 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.03 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.10 0.06 0.09 0.14 0.11
O5' 0.12 0.16 0.09 0.11 0.14 0.15 0.14 0.16 0.16 0.13 0.17 0.18 0.14 0.14 0.12 0.09 0.12 0.15 0.18 0.17 0.17 0.21 0.19
OP1 0.09 0.14 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.09 0.14 0.17 0.12 0.10 0.09 0.08 0.11 0.12 0.15 0.13 0.15 0.20 0.17
OP2 0.12 0.16 0.09 0.11 0.13 0.15 0.13 0.17 0.15 0.12 0.16 0.18 0.14 0.13 0.12 0.09 0.11 0.16 0.20 0.15 0.20 0.25 0.22
P 0.12 0.17 0.09 0.11 0.14 0.15 0.14 0.16 0.16 0.12 0.17 0.19 0.15 0.13 0.12 0.09 0.12 0.15 0.18 0.17 0.18 0.23 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.09 0.12 0.08
N2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.06 0.00 0.06 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.06 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.13 0.09
OP1 0.04 0.07 0.03 0.02 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.10 0.09 0.10 0.07 0.02 0.09 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00