ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49718

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.010, 0.043, 0.075, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.024, 0.059, 0.095, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.059 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.016, 0.064, 0.112, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.064 std_dev=0.048
N3 B 0, 0.139, 0.360, 0.580, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.360 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.171, 0.419, 0.667, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.419 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.121, 0.391, 0.661, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.391 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.155, 0.432, 0.709, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.432 std_dev=0.277
N2 B 0, 0.190, 0.479, 0.768, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.479 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.210, 0.513, 0.815, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.513 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.189, 0.509, 0.828, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.509 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.107, 0.480, 0.853, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.480 std_dev=0.373
O6 B 0, 0.256, 0.631, 1.005, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.631 std_dev=0.375
N9 B 0, 0.136, 0.511, 0.886, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.511 std_dev=0.375
O4' A 0, 0.200, 0.584, 0.967, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.584 std_dev=0.383
C8 B 0, 0.097, 0.531, 0.965, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.531 std_dev=0.434
C1' B 0, 0.258, 0.715, 1.172, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.715 std_dev=0.457
C2' A 0, 0.261, 0.733, 1.205, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.733 std_dev=0.472
C4' A 0, 0.300, 0.852, 1.404, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.852 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.381, 0.942, 1.502, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.942 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.351, 0.932, 1.513, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.932 std_dev=0.581
C2' B 0, 0.416, 1.033, 1.650, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.033 std_dev=0.617
O2' A 0, 0.332, 0.971, 1.610, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.971 std_dev=0.639
C3' A 0, 0.360, 1.009, 1.657, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.009 std_dev=0.649
O3' A 0, 0.452, 1.264, 2.075, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.264 std_dev=0.812
C4' B 0, 0.548, 1.368, 2.187, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.368 std_dev=0.819
C3' B 0, 0.578, 1.417, 2.257, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.417 std_dev=0.840
C5' A 0, 0.521, 1.519, 2.517, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.519 std_dev=0.998
C5' B 0, 0.688, 1.718, 2.747, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.718 std_dev=1.030
O3' B 0, 0.757, 1.810, 2.864, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.810 std_dev=1.054
O5' A 0, 0.569, 1.708, 2.847, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.708 std_dev=1.139
O5' B 0, 0.760, 1.931, 3.103, 3.075 max_d=3.075 avg_d=1.931 std_dev=1.172
P A 0, 0.671, 1.928, 3.185, 3.429 max_d=3.429 avg_d=1.928 std_dev=1.257
OP2 A 0, 0.675, 2.009, 3.343, 3.418 max_d=3.418 avg_d=2.009 std_dev=1.334
OP1 A 0, 0.534, 1.973, 3.412, 4.005 max_d=4.005 avg_d=1.973 std_dev=1.439
P B 0, 0.969, 2.634, 4.298, 4.473 max_d=4.473 avg_d=2.634 std_dev=1.664
OP2 B 0, 0.917, 2.620, 4.323, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.620 std_dev=1.703
OP1 B 0, 1.348, 3.499, 5.649, 5.726 max_d=5.726 avg_d=3.499 std_dev=2.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.27 0.10 0.56 0.15
C2 0.03 0.00 0.13 0.21 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.23 0.03 0.68 0.44 0.34 0.47
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.08 0.14 0.05 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.28 0.20 0.33 0.08
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.12 0.14 0.17 0.20 0.12 0.13 0.05 0.02 0.00 0.01 0.31 0.32 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.67 0.37 0.27 0.43
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.59 0.17
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.81 0.46 0.35 0.60
C5' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.41 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.85 0.52 0.46 0.65
C8 0.01 0.01 0.11 0.14 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.75 0.33 0.13 0.49
N1 0.02 0.00 0.08 0.17 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.19 0.02 0.79 0.51 0.42 0.59
N3 0.03 0.00 0.14 0.20 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.21 0.02 0.59 0.36 0.32 0.38
N6 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02 0.92 0.58 0.58 0.75
N7 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.86 0.46 0.37 0.66
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.58 0.26 0.27 0.32
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.02 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.57 0.21
O3' 0.02 0.23 0.02 0.00 0.11 0.02 0.11 0.03 0.14 0.15 0.19 0.21 0.15 0.15 0.05 0.07 0.00 0.02 0.10 0.34 0.18 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.12 0.78 0.24
O5' 0.27 0.68 0.28 0.31 0.67 0.02 0.81 0.01 0.85 0.75 0.79 0.59 0.92 0.86 0.58 0.03 0.10 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.44 0.20 0.32 0.37 0.05 0.46 0.15 0.52 0.33 0.51 0.36 0.58 0.46 0.26 0.04 0.34 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.34 0.33 0.18 0.27 0.59 0.35 0.41 0.46 0.13 0.42 0.32 0.58 0.37 0.27 0.57 0.18 0.78 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.47 0.08 0.16 0.43 0.17 0.60 0.01 0.65 0.49 0.59 0.38 0.75 0.66 0.32 0.21 0.08 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.13 0.12 0.08 0.04 0.09 0.03 0.10 0.07 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.13 0.12 0.06 0.07 0.11 0.06 0.18 0.14
C2 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.14 0.14 0.10 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06
C2' 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.07 0.05 0.11 0.09 0.08 0.07 0.10 0.15 0.09 0.18 0.34 0.30
C3' 0.16 0.08 0.13 0.13 0.14 0.15 0.16 0.18 0.16 0.19 0.12 0.03 0.09 0.19 0.16 0.10 0.08 0.18 0.23 0.18 0.25 0.43 0.35
C4 0.10 0.10 0.13 0.11 0.09 0.05 0.09 0.04 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.12 0.09 0.07 0.10 0.07 0.14 0.09
C4' 0.13 0.08 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.09 0.08 0.14 0.17 0.09 0.17 0.32 0.24
C5 0.11 0.09 0.14 0.13 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.08
C5' 0.21 0.14 0.16 0.16 0.18 0.20 0.17 0.23 0.16 0.20 0.13 0.12 0.16 0.19 0.19 0.11 0.11 0.24 0.26 0.16 0.26 0.38 0.30
C6 0.11 0.08 0.13 0.12 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.06
C8 0.10 0.11 0.15 0.14 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.18 0.12
N1 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.07 0.10 0.06 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.11 0.07 0.09 0.12 0.08 0.05
N3 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.05 0.09 0.03 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.13 0.09 0.05 0.09 0.07 0.11 0.08
N6 0.13 0.07 0.14 0.14 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.07 0.11 0.11 0.14 0.12 0.14 0.13 0.10 0.17 0.12 0.09
N7 0.11 0.10 0.15 0.14 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.13 0.14 0.10 0.13 0.10 0.11 0.17 0.11
N9 0.09 0.10 0.14 0.12 0.09 0.05 0.09 0.04 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.13 0.12 0.08 0.08 0.10 0.06 0.17 0.11
O2' 0.09 0.05 0.09 0.09 0.06 0.13 0.06 0.16 0.04 0.10 0.04 0.08 0.05 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.17 0.04 0.22 0.34 0.33
O3' 0.21 0.13 0.16 0.16 0.20 0.21 0.24 0.25 0.24 0.27 0.18 0.06 0.15 0.28 0.23 0.11 0.10 0.24 0.30 0.27 0.35 0.54 0.45
O4' 0.11 0.14 0.14 0.13 0.12 0.06 0.13 0.07 0.14 0.11 0.14 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.15 0.08 0.19 0.12
O5' 1.11 1.02 0.95 0.98 1.09 1.10 1.08 1.15 1.03 1.13 1.00 0.97 1.07 1.11 1.11 0.88 0.88 1.18 1.18 1.00 1.21 1.27 1.23
OP1 0.86 0.77 0.65 0.69 0.85 0.86 0.86 0.94 0.82 0.91 0.77 0.69 0.81 0.90 0.88 0.57 0.57 0.97 0.96 0.81 0.99 1.05 1.01
OP2 1.06 1.09 0.78 0.83 1.15 1.02 1.21 1.12 1.21 1.20 1.15 0.97 1.08 1.23 1.14 0.63 0.66 1.18 1.17 1.22 1.20 1.31 1.25
P 1.08 1.09 0.86 0.90 1.13 1.05 1.16 1.13 1.15 1.17 1.11 1.02 1.09 1.18 1.13 0.75 0.76 1.17 1.17 1.15 1.20 1.28 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.17 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.10 0.01 0.11 0.24 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.16 0.09 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.09 0.05 0.11 0.12 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.22 0.11 0.10
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.24 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.03
C5 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.17 0.26 0.18
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.04 0.10 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.12 0.00 0.17 0.26 0.17
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.12 0.01 0.17 0.25 0.18
N1 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.11 0.00 0.14 0.25 0.16
N2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.02 0.10 0.01 0.10 0.23 0.16
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.09 0.01 0.10 0.23 0.15
N7 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.20 0.28 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.12 0.22 0.15
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.02 0.16 0.10 0.07
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.06 0.14 0.17 0.12 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.08 0.12 0.35 0.20 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.02 0.09 0.21 0.18
O5' 0.06 0.10 0.06 0.07 0.10 0.02 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08 0.00 0.12 0.03 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.12 0.00 0.19 0.26 0.18
OP1 0.06 0.11 0.16 0.22 0.13 0.08 0.17 0.04 0.17 0.17 0.14 0.10 0.10 0.20 0.12 0.16 0.35 0.09 0.03 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.24 0.09 0.11 0.24 0.04 0.26 0.01 0.26 0.25 0.25 0.23 0.23 0.28 0.22 0.10 0.20 0.21 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.16 0.06 0.10 0.16 0.03 0.18 0.01 0.17 0.18 0.16 0.16 0.15 0.20 0.15 0.07 0.18 0.18 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00