Doublet Group distance statistics: 49719

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.172, 0.606, 1.039, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.606 std_dev=0.434
C2' B 0, 0.184, 0.629, 1.075, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.629 std_dev=0.445
C1' B 0, 0.193, 0.660, 1.127, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.660 std_dev=0.467
N3 B 0, 0.194, 0.677, 1.160, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.677 std_dev=0.483
N9 B 0, 0.204, 0.699, 1.195, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.699 std_dev=0.495
N2 B 0, 0.189, 0.690, 1.191, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.690 std_dev=0.501
C4 B 0, 0.207, 0.714, 1.222, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.714 std_dev=0.508
C2 B 0, 0.201, 0.715, 1.229, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.715 std_dev=0.514
C8 B 0, 0.218, 0.745, 1.271, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.745 std_dev=0.527
C5 B 0, 0.225, 0.780, 1.334, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.780 std_dev=0.554
N7 B 0, 0.232, 0.795, 1.358, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.795 std_dev=0.563
N1 B 0, 0.222, 0.788, 1.354, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.788 std_dev=0.566
C6 B 0, 0.234, 0.820, 1.406, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.820 std_dev=0.586
O6 B 0, 0.250, 0.881, 1.512, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.881 std_dev=0.631
O4' B 0, 0.275, 0.955, 1.634, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.955 std_dev=0.679
C3' B 0, 0.291, 1.001, 1.711, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.001 std_dev=0.710
C4' B 0, 0.336, 1.160, 1.983, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.160 std_dev=0.823
O3' B 0, 0.366, 1.254, 2.141, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.254 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.431, 1.474, 2.518, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.474 std_dev=1.043
C2' A 0, 0.522, 1.782, 3.043, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.782 std_dev=1.260
O4' A 0, 0.523, 1.786, 3.050, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.786 std_dev=1.263
C5' B 0, 0.528, 1.811, 3.095, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.811 std_dev=1.283
P B 0, 0.582, 1.990, 3.399, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.990 std_dev=1.408
OP2 B 0, 0.609, 2.085, 3.560, 3.200 max_d=3.200 avg_d=2.085 std_dev=1.475
O2' A 0, 0.647, 2.211, 3.775, 3.352 max_d=3.352 avg_d=2.211 std_dev=1.564
C4' A 0, 0.669, 2.285, 3.902, 3.483 max_d=3.483 avg_d=2.285 std_dev=1.617
OP1 B 0, 0.669, 2.288, 3.906, 3.498 max_d=3.498 avg_d=2.288 std_dev=1.619
C3' A 0, 0.767, 2.621, 4.474, 3.988 max_d=3.988 avg_d=2.621 std_dev=1.854
O3' A 0, 0.979, 3.348, 5.717, 5.123 max_d=5.123 avg_d=3.348 std_dev=2.369
C5' A 0, 1.250, 4.269, 7.289, 6.459 max_d=6.459 avg_d=4.269 std_dev=3.019
O5' A 0, 1.494, 5.101, 8.708, 7.653 max_d=7.653 avg_d=5.101 std_dev=3.607
OP1 A 0, 1.958, 6.686, 11.415, 10.067 max_d=10.067 avg_d=6.686 std_dev=4.728
P A 0, 2.007, 6.852, 11.697, 10.282 max_d=10.282 avg_d=6.852 std_dev=4.845
OP2 A 0, 2.338, 7.981, 13.625, 12.003 max_d=12.003 avg_d=7.981 std_dev=5.644

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.13 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.18 0.46 0.00 0.35 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.45 0.20 0.94 0.84 1.41 1.16
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.12 0.20 0.01 0.11 0.03 0.00 0.01 0.00 0.19 0.18 0.22 0.10
C3' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.17 0.00 0.04 0.01 0.11 0.37 0.31 0.46 0.05 0.28 0.08 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.22 0.14
C4 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.11 0.49 0.35 0.69 0.59
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.14 0.00 0.03 0.00 0.11 0.25 0.25 0.35 0.05 0.18 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.07 0.09
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.34 0.31 0.54 0.49
C5' 0.01 0.56 0.01 0.01 0.20 0.00 0.05 0.00 0.17 0.39 0.41 0.52 0.08 0.30 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.10 0.53 0.54 0.84 0.74
C8 0.01 0.00 0.15 0.37 0.00 0.25 0.00 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.33 0.10 0.14 0.17 0.15 0.08
N1 0.01 0.00 0.12 0.31 0.00 0.25 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.31 0.16 0.79 0.78 1.24 1.05
N3 0.02 0.00 0.20 0.46 0.00 0.35 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.43 0.20 0.85 0.65 1.18 0.97
N6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.43 0.51 0.73 0.67
N7 0.01 0.00 0.11 0.28 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.27 0.04 0.05 0.02 0.11 0.11
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.16 0.02 0.24 0.19
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.43 0.07 0.12
O3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.15 0.01 0.04 0.01 0.11 0.33 0.31 0.43 0.05 0.27 0.06 0.03 0.00 0.02 0.15 0.27 0.11 0.06
O4' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.10 0.16 0.20 0.07 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.11 0.03 0.01
O5' 0.12 0.94 0.19 0.24 0.49 0.01 0.34 0.00 0.53 0.14 0.79 0.85 0.43 0.05 0.16 0.06 0.15 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.84 0.18 0.10 0.35 0.20 0.31 0.09 0.54 0.17 0.78 0.65 0.51 0.02 0.02 0.43 0.27 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 1.41 0.22 0.22 0.69 0.07 0.54 0.12 0.84 0.15 1.24 1.18 0.73 0.11 0.24 0.07 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 1.16 0.10 0.14 0.59 0.09 0.49 0.00 0.74 0.08 1.05 0.97 0.67 0.11 0.19 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.02 0.06 0.12 0.06 0.11 0.13 0.09 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.01 0.17 0.20 0.09 0.07 0.05 0.25 0.15
C2 0.05 0.07 0.12 0.20 0.04 0.11 0.04 0.10 0.06 0.02 0.08 0.10 0.05 0.03 0.03 0.08 0.32 0.07 0.08 0.07 0.17 0.07 0.06
C2' 0.35 0.32 0.09 0.02 0.33 0.21 0.31 0.29 0.29 0.33 0.30 0.32 0.33 0.31 0.33 0.10 0.15 0.41 0.25 0.27 0.18 0.39 0.32
C3' 0.53 0.70 0.24 0.20 0.65 0.37 0.72 0.49 0.78 0.65 0.77 0.70 0.63 0.71 0.61 0.16 0.05 0.58 0.44 0.82 0.38 0.67 0.54
C4 0.12 0.03 0.05 0.11 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.02 0.22 0.15 0.04 0.01 0.04 0.16 0.08
C4' 0.34 0.55 0.14 0.13 0.49 0.22 0.58 0.35 0.66 0.49 0.65 0.54 0.46 0.57 0.44 0.05 0.05 0.37 0.29 0.72 0.26 0.57 0.40
C5 0.11 0.04 0.05 0.10 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.01 0.20 0.14 0.04 0.04 0.02 0.16 0.08
C5' 0.48 0.86 0.27 0.29 0.76 0.34 0.92 0.51 1.07 0.76 1.05 0.83 0.70 0.90 0.66 0.11 0.12 0.49 0.44 1.20 0.42 0.81 0.58
C6 0.07 0.10 0.09 0.16 0.04 0.07 0.05 0.05 0.08 0.02 0.11 0.14 0.06 0.03 0.03 0.04 0.26 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.03
C8 0.18 0.10 0.02 0.02 0.13 0.09 0.11 0.17 0.07 0.13 0.07 0.09 0.14 0.11 0.15 0.03 0.11 0.22 0.13 0.05 0.10 0.27 0.19
N1 0.04 0.11 0.13 0.21 0.06 0.12 0.07 0.12 0.10 0.03 0.11 0.14 0.08 0.05 0.03 0.08 0.32 0.05 0.09 0.10 0.18 0.07 0.08
N3 0.09 0.04 0.09 0.16 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.28 0.11 0.03 0.03 0.11 0.11 0.03
N6 0.05 0.16 0.10 0.17 0.08 0.08 0.09 0.06 0.13 0.03 0.16 0.20 0.11 0.06 0.03 0.04 0.24 0.07 0.04 0.13 0.11 0.07 0.03
N7 0.16 0.04 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06 0.14 0.02 0.11 0.00 0.02 0.10 0.08 0.12 0.03 0.12 0.19 0.11 0.00 0.07 0.24 0.16
N9 0.15 0.08 0.02 0.06 0.11 0.05 0.09 0.11 0.06 0.11 0.06 0.07 0.11 0.09 0.12 0.00 0.17 0.19 0.09 0.04 0.04 0.23 0.14
O2' 0.21 0.08 0.04 0.10 0.11 0.11 0.06 0.16 0.05 0.11 0.05 0.09 0.13 0.06 0.14 0.06 0.23 0.29 0.13 0.09 0.07 0.23 0.18
O3' 0.60 0.75 0.29 0.24 0.72 0.44 0.79 0.58 0.85 0.73 0.83 0.73 0.69 0.79 0.68 0.21 0.05 0.67 0.52 0.89 0.46 0.76 0.63
O4' 0.14 0.27 0.01 0.02 0.24 0.04 0.29 0.15 0.34 0.23 0.34 0.27 0.22 0.28 0.20 0.08 0.14 0.16 0.10 0.38 0.07 0.34 0.19
O5' 0.11 0.56 0.15 0.15 0.44 0.12 0.64 0.13 0.82 0.43 0.80 0.52 0.36 0.61 0.31 0.35 0.32 0.11 0.10 0.99 0.12 0.45 0.21
OP1 0.14 0.45 0.33 0.32 0.27 0.32 0.49 0.15 0.72 0.24 0.70 0.44 0.21 0.45 0.11 0.59 0.52 0.17 0.24 0.92 0.31 0.20 0.10
OP2 0.14 0.71 0.32 0.32 0.54 0.27 0.84 0.17 1.12 0.55 1.06 0.65 0.43 0.81 0.37 0.61 0.58 0.14 0.16 1.39 0.23 0.48 0.20
P 0.17 0.47 0.38 0.37 0.30 0.36 0.55 0.19 0.80 0.29 0.76 0.44 0.22 0.52 0.14 0.65 0.59 0.20 0.23 1.02 0.30 0.25 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.18 0.04 0.04 0.00 0.05 0.19 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.10 0.15 0.13 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03 0.13 0.10
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.11 0.10 0.16 0.12 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.03 0.12 0.18 0.19
C4 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.06 0.00 0.08 0.18 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.02 0.04 0.03 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.00 0.17 0.27 0.22
C5' 0.05 0.09 0.02 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.22 0.13 0.07 0.08 0.22 0.14 0.04 0.05 0.02 0.00 0.19 0.11 0.09 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.14 0.00 0.20 0.30 0.25
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.14 0.00 0.17 0.21 0.21
N1 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.03 0.09 0.00 0.13 0.26 0.20
N2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.23 0.05 0.02 0.00 0.02 0.18 0.10
N3 0.01 0.00 0.13 0.12 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.24 0.30 0.27
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.13 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.06 0.02
O3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.05 0.07 0.12 0.14 0.23 0.16 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.31 0.05 0.18 0.22 0.25
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.01 0.19 0.19 0.16
O5' 0.07 0.04 0.09 0.22 0.06 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.09 0.02 0.02 0.18 0.04 0.02 0.31 0.20 0.00 0.18 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.18 0.00 0.26 0.36 0.30
OP1 0.08 0.05 0.03 0.12 0.08 0.07 0.17 0.11 0.20 0.17 0.13 0.02 0.01 0.24 0.05 0.08 0.18 0.19 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.19 0.13 0.18 0.18 0.06 0.27 0.09 0.30 0.21 0.26 0.18 0.15 0.30 0.13 0.06 0.22 0.19 0.02 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.13 0.10 0.19 0.14 0.01 0.22 0.01 0.25 0.21 0.20 0.10 0.09 0.27 0.10 0.02 0.25 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00