ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49721

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.007, 0.039, 0.070, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.016, 0.057, 0.099, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.057 std_dev=0.041
C2' A 0, -0.002, 0.211, 0.424, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.211 std_dev=0.213
O4' A 0, 0.008, 0.238, 0.468, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.238 std_dev=0.230
O2' A 0, -0.007, 0.223, 0.453, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.223 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.046, 0.315, 0.585, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.315 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.120, 0.411, 0.703, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.411 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.070, 0.387, 0.704, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.387 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.129, 0.457, 0.786, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.457 std_dev=0.329
C4' A 0, 0.030, 0.365, 0.701, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.365 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.073, 0.414, 0.755, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.414 std_dev=0.341
C3' A 0, 0.044, 0.387, 0.730, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.387 std_dev=0.343
C5 B 0, 0.138, 0.496, 0.853, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.496 std_dev=0.358
O6 B 0, 0.147, 0.510, 0.874, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.510 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.173, 0.596, 1.019, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.596 std_dev=0.423
N2 B 0, 0.156, 0.581, 1.006, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.581 std_dev=0.425
C1' B 0, 0.156, 0.617, 1.077, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.617 std_dev=0.461
O3' A 0, 0.083, 0.548, 1.014, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.548 std_dev=0.465
O2' B 0, 0.162, 0.631, 1.100, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.631 std_dev=0.469
C2' B 0, 0.193, 0.674, 1.156, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.674 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.192, 0.706, 1.219, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.706 std_dev=0.513
N7 B 0, 0.163, 0.682, 1.202, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.682 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.217, 0.742, 1.267, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.742 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.217, 0.747, 1.276, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.747 std_dev=0.530
C8 B 0, 0.197, 0.730, 1.263, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.730 std_dev=0.533
OP1 B 0, 0.148, 0.687, 1.226, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.687 std_dev=0.539
OP2 B 0, 0.190, 0.737, 1.285, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.737 std_dev=0.548
P B 0, 0.197, 0.756, 1.315, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.756 std_dev=0.559
O5' B 0, 0.203, 0.780, 1.358, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.780 std_dev=0.578
C5' B 0, 0.226, 0.827, 1.429, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.827 std_dev=0.601
O3' B 0, 0.247, 0.849, 1.452, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.849 std_dev=0.603
C5' A 0, -0.033, 0.594, 1.222, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.594 std_dev=0.627
P A 0, -0.105, 0.557, 1.220, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.557 std_dev=0.663
O5' A 0, 0.262, 1.274, 2.286, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.274 std_dev=1.012
OP2 A 0, 0.332, 1.389, 2.447, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.389 std_dev=1.057
OP1 A 0, 0.289, 1.442, 2.595, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.442 std_dev=1.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.31 0.32 0.04
C2 0.03 0.00 0.07 0.15 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.02 0.29 0.50 0.53 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.08 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.37 0.21 0.01
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.11 0.12 0.14 0.07 0.08 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.35 0.15 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.24 0.46 0.50 0.17
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.26 0.53 0.56 0.21
C5' 0.03 0.15 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.17 0.07 0.17 0.13 0.18 0.11 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.30 0.57 0.58 0.25
C8 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.15 0.45 0.47 0.12
N1 0.02 0.00 0.04 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.31 0.56 0.57 0.24
N3 0.03 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.02 0.25 0.44 0.48 0.17
N6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.31 0.61 0.60 0.27
N7 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.21 0.52 0.55 0.19
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.17 0.40 0.43 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.30 0.19 0.03
O3' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.13 0.12 0.15 0.09 0.12 0.04 0.02 0.00 0.00 0.16 0.33 0.19 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.22 0.25 0.04
O5' 0.10 0.29 0.07 0.12 0.24 0.00 0.26 0.00 0.30 0.15 0.31 0.25 0.31 0.21 0.17 0.04 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.50 0.37 0.35 0.46 0.19 0.53 0.12 0.57 0.45 0.56 0.44 0.61 0.52 0.40 0.30 0.33 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.53 0.21 0.15 0.50 0.11 0.56 0.04 0.58 0.47 0.57 0.48 0.60 0.55 0.43 0.19 0.19 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.21 0.01 0.06 0.17 0.02 0.21 0.00 0.25 0.12 0.24 0.17 0.27 0.19 0.11 0.03 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.08 0.21 0.20 0.16 0.29 0.10 0.29 0.10 0.19 0.10 0.06 0.17 0.12 0.22 0.19 0.17 0.36 0.25 0.14 0.24 0.24 0.26
C2 0.30 0.13 0.22 0.20 0.14 0.31 0.13 0.31 0.14 0.21 0.16 0.20 0.10 0.16 0.22 0.21 0.16 0.39 0.26 0.16 0.27 0.24 0.27
C2' 0.23 0.20 0.16 0.15 0.13 0.24 0.15 0.26 0.23 0.14 0.27 0.26 0.14 0.12 0.16 0.12 0.11 0.31 0.20 0.28 0.21 0.20 0.22
C3' 0.21 0.24 0.10 0.11 0.09 0.25 0.14 0.28 0.27 0.09 0.33 0.34 0.12 0.08 0.12 0.09 0.06 0.31 0.20 0.34 0.21 0.17 0.20
C4 0.31 0.10 0.21 0.20 0.16 0.30 0.12 0.31 0.13 0.21 0.15 0.14 0.14 0.15 0.23 0.19 0.15 0.38 0.26 0.16 0.25 0.24 0.27
C4' 0.31 0.08 0.18 0.18 0.15 0.32 0.06 0.34 0.10 0.17 0.13 0.11 0.16 0.09 0.22 0.17 0.13 0.40 0.27 0.17 0.27 0.23 0.27
C5 0.31 0.11 0.20 0.19 0.16 0.30 0.12 0.30 0.13 0.20 0.16 0.18 0.13 0.15 0.23 0.18 0.14 0.38 0.26 0.16 0.25 0.24 0.27
C5' 0.43 0.13 0.27 0.28 0.25 0.45 0.14 0.48 0.01 0.29 0.04 0.13 0.26 0.18 0.33 0.28 0.21 0.53 0.39 0.09 0.39 0.32 0.39
C6 0.31 0.15 0.20 0.19 0.14 0.30 0.12 0.31 0.13 0.21 0.17 0.24 0.09 0.15 0.22 0.18 0.13 0.38 0.26 0.15 0.26 0.24 0.27
C8 0.30 0.09 0.19 0.19 0.17 0.28 0.11 0.29 0.11 0.18 0.12 0.07 0.19 0.12 0.23 0.17 0.14 0.35 0.24 0.15 0.24 0.24 0.26
N1 0.30 0.15 0.21 0.19 0.13 0.31 0.13 0.31 0.13 0.21 0.17 0.24 0.09 0.16 0.22 0.20 0.14 0.38 0.26 0.15 0.27 0.24 0.27
N3 0.31 0.10 0.22 0.20 0.15 0.30 0.12 0.31 0.13 0.21 0.15 0.15 0.12 0.15 0.23 0.20 0.16 0.39 0.26 0.16 0.26 0.24 0.27
N6 0.30 0.18 0.19 0.18 0.11 0.30 0.11 0.30 0.13 0.20 0.18 0.29 0.08 0.14 0.21 0.16 0.11 0.37 0.26 0.14 0.26 0.24 0.27
N7 0.30 0.09 0.18 0.18 0.16 0.28 0.11 0.29 0.12 0.19 0.14 0.13 0.17 0.13 0.23 0.16 0.13 0.35 0.25 0.15 0.24 0.24 0.26
N9 0.31 0.09 0.21 0.20 0.17 0.29 0.12 0.30 0.12 0.19 0.13 0.08 0.17 0.13 0.23 0.19 0.16 0.37 0.25 0.16 0.24 0.24 0.26
O2' 0.24 0.16 0.18 0.17 0.14 0.23 0.13 0.25 0.19 0.15 0.21 0.19 0.14 0.12 0.18 0.14 0.15 0.30 0.21 0.24 0.20 0.21 0.22
O3' 0.15 0.33 0.08 0.07 0.14 0.20 0.20 0.24 0.35 0.07 0.41 0.43 0.18 0.13 0.08 0.03 0.04 0.26 0.15 0.42 0.18 0.15 0.16
O4' 0.31 0.10 0.21 0.20 0.18 0.30 0.09 0.31 0.06 0.18 0.06 0.09 0.20 0.11 0.23 0.19 0.17 0.38 0.25 0.12 0.24 0.23 0.26
O5' 0.51 0.13 0.35 0.37 0.29 0.54 0.17 0.57 0.01 0.34 0.05 0.12 0.30 0.22 0.40 0.38 0.30 0.62 0.47 0.11 0.47 0.37 0.45
OP1 0.93 0.66 0.75 0.76 0.75 0.94 0.61 0.99 0.44 0.77 0.46 0.69 0.79 0.64 0.84 0.73 0.68 1.04 0.90 0.26 0.90 0.83 0.92
OP2 0.70 0.40 0.59 0.57 0.51 0.71 0.36 0.71 0.21 0.51 0.20 0.39 0.56 0.38 0.59 0.66 0.53 0.76 0.60 0.15 0.57 0.43 0.54
P 0.53 0.24 0.35 0.36 0.35 0.53 0.24 0.56 0.09 0.38 0.07 0.24 0.38 0.27 0.43 0.38 0.28 0.62 0.47 0.07 0.46 0.38 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04
C2 0.05 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.03 0.04 0.04 0.00 0.05 0.11 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.04 0.05 0.03 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.12 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.15 0.14
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.05 0.03 0.02 0.12 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.12 0.00 0.15 0.19 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.10 0.02 0.09 0.09 0.10
N1 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.03 0.08 0.00 0.10 0.16 0.13
N2 0.06 0.00 0.09 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06
N3 0.05 0.00 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05
N7 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.17 0.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.11 0.19 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.08 0.10 0.04 0.08 0.04 0.12 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.12 0.19 0.16 0.13
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.09 0.08
O5' 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.01 0.10 0.00 0.12 0.10 0.08 0.02 0.02 0.13 0.04 0.03 0.09 0.06 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.02 0.15 0.00 0.20 0.25 0.21
OP1 0.02 0.05 0.09 0.12 0.05 0.04 0.12 0.03 0.15 0.09 0.10 0.03 0.02 0.15 0.03 0.08 0.19 0.05 0.02 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.06 0.10 0.09 0.02 0.15 0.02 0.19 0.09 0.16 0.10 0.07 0.17 0.05 0.05 0.16 0.09 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.01 0.14 0.01 0.16 0.10 0.13 0.06 0.05 0.16 0.05 0.03 0.13 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00